唇腭裂相关SNP标记及其应用制造技术

本发明专利技术提供与唇腭裂相关的SNP标记rs7078160和rs4791774及其在评估唇腭裂患病风险中的应用。本发明专利技术提供分离的来自哺乳动物的核酸分子，所述核酸分子含SNP标记rs7078160和rs4791774，其中，rs7078160为A或G，rs4791774为G或A，优选地，rs7078160为以哺乳动物基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:7和8作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5

【技术实现步骤摘要】
唇腭裂相关SNP标记及其应用


[0001]本专利技术涉及唇腭裂相关SNP标记及其应用。

技术介绍

[0002]唇腭裂是一种胚胎发育过程中面部各突起融合障碍所形成的先天性发育畸形，是最常见的先天性疾病之一。在一般情况下，发病率约为1/800。根据种族、民族、地理位置和所处环境的不同，发病率也有所差异。亚洲和美洲印第安人患病率最高，通常为1/500，白种人患病率约在1/1000，非洲人群患病率最低，约1/2500，这表示不同种族之间易感性基因的相对贡献度也不同。我国为唇腭裂高发国家发病率高达1.82
‰
，总发生率占我国出生缺陷的14.01％。唇腭裂患者后代发病危险为普通人的20-30倍。
[0003]口腔颌面部的发育开始为胚胎发育的第三周。在胚胎第七周，嗅窝底破裂而形成鼻孔，左右侧上颌突与外侧鼻突相连形成鼻孔底及上唇，两侧内侧鼻突相连形成鼻小柱、人中及前颌，两侧下颌突也向中线生长并相连而形成下颌与下唇。在胚胎发育的第12周，前端与鼻中隔相连部分骨化形成硬腭，后端不与鼻中隔相连部分无骨质发生，即为软腭。胎儿的口和鼻逐渐具备成人的形态。
[0004]在怀孕的第4周到第10周，由于受到某些因素的影响，使面突的正常发育与融合受到阻碍时，可使胎儿发生相应的唇、腭裂畸形。目前医学认为可能的致病因素有：1、遗传因素：部分患儿直系或旁系亲属中有类似畸形发生。2、环境因素：包括感染和损伤：怀孕初期(2个月左右)的母亲感染过病毒，如流感、风疹；母体怀孕期间患有如贫血、糠尿病、严重营养障碍等慢性疾病；怀孕期间服用某些药物如镇静药、抗癫痫药及激素类药等；怀孕期间母体接受过大剂量X线照射。
[0005]唇腭裂一般分为综合征性(30％)和非综合征性(70％)。综合征性唇腭裂是由染色体异常或单基因突变引起的，一般以多发畸形的综合征形式出现。非综合征性唇腭裂表现单独畸形，是由遗传背景的易感性和环境因素相互作用造成的，为多基因遗传病，也是唇腭裂基因研究的重点。通过基因层面的检测可以高效快速估计疾病的发病概率，但现有技术中尚无非综合征性唇腭裂与基因型之间的关系。所以，本领域需要一种有效估计唇腭裂发病概率的方法。

技术实现思路

[0006]本专利技术提出了一种与唇腭裂风险相关、能够有效用于唇腭裂风险评估的SNP标记，利用该SNP标记设计引物和探针，对样本DNA进行检测，从而实现对唇腭裂风险的评估，有效地解决孕前、产前唇腭裂评估的难题。
[0007]具体而言，本专利技术提供一种分离的来自哺乳动物的核酸分子，所述核酸分子含SNP标记rs7078160和rs4791774，其中，rs7078160为A或G，rs4791774为G或A。
[0008]在一个或多个实施方案中，rs7078160为以哺乳动物基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:7和8作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
’
末端起第104位核苷酸，其为A或
G；rs4791774为以哺乳动物基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:9和10作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
’
末端起第179位核苷酸，其为G或A。
[0009]优选地，rs7078160为SEQ ID NO:1第104位核苷酸，其为A或G；rs4791774为SEQ ID NO:2第179位核苷酸，其为G或A。
[0010]在一个或多个实施方案中，所述哺乳动物是人。
[0011]在一个或多个实施方案中，所述核酸分子长度为20bp-1000bp；优选地，所述核酸分子的核苷酸序列至少包括SEQ ID NO:1第94-114位核苷酸和SEQ ID NO:2第169-189位核苷酸。
[0012]本专利技术还提供用于检测SNP标记rs7078160和rs4791774的引物，其中，rs7078160为A或G，rs4791774为G或A。
[0013]在一个或多个实施方案中，rs7078160为以哺乳动物基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:7和8作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第104位核苷酸，其为A或G；rs4791774为以哺乳动物基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:9和10作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
’
末端起第179位核苷酸，其为G或A。
[0014]优选地，rs7078160为SEQ ID NO:1第104位核苷酸，其为A或G；rs4791774为SEQ ID NO:2第179位核苷酸，其为G或A。
[0015]在一个或多个实施方案中，所述哺乳动物是人。
[0016]在一个或多个实施方案中，所述引物的扩增产物至少包括SEQ ID NO:1第94-114位核苷酸和SEQ ID NO:2第169-189位核苷酸，
[0017]在一个或多个实施方案中，所述引物选自：
[0018](1)SEQ ID NO:7和8所示的序列或与其有至少90％相同性的序列；
[0019](2)SEQ ID NO:9和10所示的序列或与其有至少90％相同性的序列；和
[0020](3)(1)和(2)所述序列的混合物。
[0021]本专利技术还提供用于检测SNP标记rs7078160和rs4791774的探针，其中，rs7078160为A或G，rs4791774为G或A。
[0022]在一个或多个实施方案中，rs7078160为以哺乳动物基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:7和8作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第104位核苷酸，其为A或G；rs4791774为以哺乳动物基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:9和10作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第179位核苷酸，其为G或A。
[0023]优选地，rs7078160为SEQ ID NO:1第104位核苷酸，其为A或G；rs4791774为SEQ ID NO:2第179位核苷酸，其为G或A。
[0024]在一个或多个实施方案中，所述哺乳动物是人。
[0025]在一个或多个实施方案中，所述探针至少识别SEQ ID NO:1第94-114位核苷酸和SEQ ID NO:2第169-189位核苷酸。
[0026]本专利技术还提供一种试剂盒，其含有用于检测SNP标记rs7078160和rs4791774的试剂，其中，rs7078160为A或G，rs4791774为G或A。
[0027]在一个或多个实施方案中，rs7078160为以哺乳动物基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:7和8作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第104位核苷酸，其为A或G；rs4791774为以哺乳动物基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:9和10作为引物进行PCR扩增
得到的扩增产物的自5
’<本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种分离的来自哺乳动物的核酸分子，所述核酸分子含SNP标记rs7078160和rs4791774，其中，rs7078160为A或G，rs4791774为G或A，优选地，rs7078160为以哺乳动物基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:7和8作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第104位核苷酸，其为A或G；rs4791774为以哺乳动物基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:9和10作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第179位核苷酸，其为G或A，更优选地，rs7078160为SEQ ID NO:1第104位核苷酸，其为A或G；rs4791774为SEQ ID NO:2第179位核苷酸，其为G或A。2.如权利要求1所述的核酸分子，其特征在于，所述核酸分子长度为20bp-1000bp。3.如权利要求1或2所述的核酸分子，其特征在于，所述核酸分子的核苷酸序列至少包括SEQ ID NO:1第94-114位核苷酸和SEQ ID NO:2第169-189位核苷酸。4.用于检测SNP标记rs7078160和rs4791774的引物，其中，rs7078160为A或G，rs4791774为G或A，优选地，rs7078160为以哺乳动物基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:7和8作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第104位核苷酸，其为A或G；rs4791774为以哺乳动物基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:9和10作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第179位核苷酸，其为G或A，更优选地，rs7078160为SEQ ID NO:1第104位核苷酸，其为A或G；rs4791774为SEQ ID NO:2第179位核苷酸，其为G或A，更优选地，所述引物的扩增产物至少包括SEQ ID NO:1第94-114位核苷酸和SEQ ID NO:2第169-189位核苷酸。5.如权利要求4所述的引物，其特征在于，所述引物选自：(1)SEQ ID NO:7和8所示的序列或与其有至少90％相同性的序列；(2)SEQ ID NO:9和10所示的序列或与其有至少90％相同性的序列；和(3)(1)和(2)所述序列的混合物。6.用于检测SNP标记rs7078160和rs4791774的探针，其中，rs7078160为A或G，rs4791774为G或A，优选地，rs7078160为以哺乳动物基因组DNA为模板，采用SEQ ID NO:7和8作为引物进行PCR扩增得到的扩增产物的自5
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末端起第104位核苷酸，其为A或G；rs4791774为以哺乳动物基因组DNA为模板，采用SE...

【专利技术属性】
技术研发人员：牛振民，陈振琦，彭莉，黄薇，
申请(专利权)人：上海交通大学医学院附属第九人民医院，
类型：发明
国别省市：