一种肿瘤免疫治疗的预后生存期预测用试剂盒及其用途制造技术

本发明专利技术提供了一种肿瘤免疫治疗的预后生存期预测用试剂盒，包括检测一种基因的基因突变的试剂，该基因为SETD2基因。该试剂盒包括测序模块和对比模块，可分别对待测样本的DNA进行提取、测序，并将测序结果与参考基因比对，从而获得目标SETD2基因的突变信息。使用该试剂盒对肿瘤患者SETD2基因的突变状况进行检测，可实现对患者的提前筛选，能够为个体化治疗方案的制定提供依据，且相较于现有技术中多达几十上百个基因组标志物或者TMB方法，在保持高效预测患者是否适合免疫疗法的同时，还具有低成本的优点，并且可以广泛地应用于多种肿瘤疾病中。

【技术实现步骤摘要】
一种肿瘤免疫治疗的预后生存期预测用试剂盒及其用途
本专利技术涉及生物
，更具体地，本专利技术涉及一种肿瘤免疫治疗的预后生存期预测用试剂盒。
技术介绍
近年来，肿瘤免疫治疗引领了肿瘤治疗领域的重大突破，特别是以PD-1/PD-L1为代表的免疫检查点抑制剂是目前肿瘤免疫治疗较为成功的领域以及研究的热点，相关的免疫治疗药物如抗PD-L1(阿维单抗，阿特珠单抗，德瓦鲁单抗)，抗PD-1(纳武单抗，派姆单抗，西米普利单抗)和抗CTLA-4(伊匹单抗，曲美木单抗)等的疗效均已得到了临床证实：其可有效提高肿瘤患者的生存率。然而，免疫治疗的总体有效率比较有限，仅为10-40％，治疗获益患者比例低和治疗费用高昂，因此亟需寻找特异性的生物标志物来筛选出可接受免疫治疗的肿瘤患者，避免过度治疗，目前缺乏高效的生物标志物在很大程度上影响了免疫治疗的疗效和应用。现有研究发现，肿瘤突变负荷(TumorMutationBurden，TMB)与免疫检查点抑制剂的疗效具有一定的相关性，可作为表征免疫检查点抑制剂的疗效的生物标志物。其中，TMB是指每百万碱基中被检测出的体细胞非同义基因突变总数，包括编码错误、碱基替换、基因插入或缺失错误等。体细胞的突变经转录和翻译最终表达于蛋白质水平，突变产生新的蛋白片段或多肽段等新的抗原，被自身免疫系统识别为非自身抗原，激活T细胞，引起免疫反应。因此，理论上TMB越高，产生的肿瘤相关新抗原就越多，越有可能刺激产生免疫应答，使用免疫检查点抑制剂的治疗效果会越好。具体的研究表明：TMB在恶性黑色素瘤、肺癌和大肠癌等肿瘤中与免疫检查点抑制剂的临床疗效呈正相关关系。但是，TMB的计算包含了负性突变，对免疫检查点抑制剂的疗效预测效能有限，仅仅top20％的患者被预测有好的预后(与bottom80％相比)，并且，在不同的肿瘤中对于TMB高低的cutoff值并不统一。这些缺点极大地影响了TMB作为生物标志物在免疫治疗中的广泛应用。此外，TMB检测的金标准，——全外显子测序(wholeexomesequencing,WES)价格昂贵，目前主要采用靶向基因测序，尽管研究表明基于大的基因组合的靶向基因测序测算的TMB与基于WES测算的TMB显著相关，但不同大小的测序组合会影响TMB准确度。目前，用以检测TMB的基因测序组合包含的基因越来越多，费用越来越高，同时，计算出的TMB有差异，更加难以实现统一的cutoff值用以指导临床实践。基于上述缺点，中国专利CN110229894B公开了一种基于55种基因的组合，并通过该基因组合开发了肿瘤突变评分(TumorMutationScore，TMS)方法，来用于预测接受免疫检查点抑制治疗患者的预后，该方法相较于TMB，在预测免疫治疗后总体生存中，预测效能更高，并具有统一的cutoff值，易于在临床实践中推广应用。但该专利技术的基因组合涉及的基因数量众多，实践中检测成本也会随之增加。进一步的，中国专利CN110423820A公开了一种预测膀胱癌化疗敏感性的标记物及应用，提供了一种预测膀胱癌化疗敏感性的标记物，所述标记物为SOCS1联合CYLD基因的组合，相较于上述专利CN110229894B，涉及到的基因数量大大降低，但是该专利技术只针对膀胱癌的化疗，未涉及晚期膀胱癌的抗肿瘤治疗。进一步的，中国专利CN109879956A公开了一种肿瘤免疫生物标志物，所述的标志物为PGLYRP2基因或其表达的蛋白，也显著降低了用于预测免疫治疗效果的基因/蛋白数量，但是该专利技术仅仅是针对肝癌肿瘤的免疫治疗，无法推广至其他癌症。此外，目前的研究中，涉及免疫治疗是否有效的标志物还包括：PD-L1表达、免疫细胞浸润、DNA错配修复(mismatchrepair)缺陷。但鉴于免疫治疗中特有的“假进展”和“超进展”现象，使用生存期来判断肿瘤治疗疗效的标准无疑是更好的方案。另外，目前尚未有研究公开或者给出使用SETD2突变作为预测肿瘤免疫治疗的预后生存期的标志物，上述专利CN110229894B中公开的包含55种基因的组合中虽然也提及了SETD2基因，但是该专利技术并未公开SETD2在该55种基因中的功能定位，也没有涉及SETD2的具体作用方式，且该专利中涉及到的基因数量众多，增加了检测成本，进一步加重了患者的经济负担。可见目前，缺乏高效、低成本的生物标志物仍是阻碍肿瘤免疫治疗应用的主要问题。
技术实现思路
本专利技术针对现有技术中存在的不足，提供了一种肿瘤免疫治疗的预后生存期预测用试剂盒，可使用该试剂盒提前对肿瘤患者预后进行预测，以帮助医生更精准地选择治疗方案，从而提高肿瘤免疫治疗的客观有效率，降低患者的治疗费用。第一方面，提供了一种肿瘤免疫治疗的预后生存期预测用试剂盒，所述试剂盒包括检测一种基因的基因突变的试剂，所述基因为SETD2基因。在其他优化的技术方案中，所述试剂盒包括：测序模块，用于对待测样本的DNA进行提取，并进行测序，获得测序结果；对比模块，用于对测序结果与参考基因比对，获得突变信息；所述的参考基因是人SETD2基因。在其他优化的技术方案中，所述对比模块，用于获得的突变信息至少包括非同义突变，或还包括有同义突变。第二方面，提供了检测一种基因的基因突变的试剂在制备肿瘤免疫治疗的预后生存期预测试剂盒中的用途，所述基因为SETD2基因。在其他优化的技术方案中，所述肿瘤类型包括黑色素瘤、肾癌、肺癌和消化系统肿瘤。本专利技术的有益效果是：第一方面，本专利技术提供的预后生存期预测用试剂盒，通过检测标志物SETD2基因的突变状况，对患者进行筛选，能够为个体化治疗方案的制定提供依据。相较于现有技术中多达几十上百个基因组标志物或者TMB方法，在保持高效预测患者是否适合免疫疗法的同时，还具有低成本的优点，并且可以广泛地应用于多种肿瘤疾病中。第二方面，使用本专利技术提供的检测试剂盒，用于检测SETD2基因的突变状况，便于对肿瘤患者的DNA样本进行检测，及时为患者制定精准的治疗方案。附图说明为了更清楚地说明本专利技术的技术方案，下面将对实施例描述中所需要使用的附图作简单地介绍。下面描述中的附图仅仅是本专利技术中记载的部分实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。图1为实施例1中的癌症基因组图谱(TCGA)中，SETD2基因突变的突变位置、分布和突变亚型；图2为实施例1中的TCGA患者中，SETD2基因突变与未突变的患者的TMB；图3为实施例1中的TCGA患者中，SETD2基因突变的患者的SETD2突变频率与TMB中位值之间的关系；图4为实施例1中的患者中，SETD2基因突变与未突变的患者的生存曲线；图5为实施例1中的患者中，TMB小于中值与大于等于中值的患者的生存曲线；图6为实施例3中的肺癌患者中，SETD2基因突变与未突变的患者的生存曲线；图7为实施例3中的肺癌患者中，TMB小于中值与大于等于中值的患者的生存曲线本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种肿瘤免疫治疗的预后生存期预测用试剂盒，其特征在于：/n所述试剂盒包括检测一种基因的基因突变的试剂，所述基因为SETD2基因。/n

【技术特征摘要】
1.一种肿瘤免疫治疗的预后生存期预测用试剂盒，其特征在于：
所述试剂盒包括检测一种基因的基因突变的试剂，所述基因为SETD2基因。


2.如权利要求1所述的一种肿瘤免疫治疗的预后生存期预测用试剂盒，其特征在于：
所述试剂盒包括：
测序模块，用于对待测样本的DNA进行提取，并进行测序，获得测序结果；
对比模块，用于对测序结果与参考基因比对，获得突变信息；所述的参考基因是人SETD2基因。<...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵滨，
申请(专利权)人：温州医科大学附属第二医院温州医科大学附属育英儿童医院，
类型：发明
国别省市：浙江;33