通过比较感染性生物的临床分离物中的多态性区域构建比较数据库和鉴定致病因子制造技术

本发明专利技术涉及新的核苷酸序列，其将用于对所有感染性疾病（更具体地结核病）的诊断、菌株鉴定、菌株分型和对其潜在毒性程度、传染性和／或潜伏期给出指导。本发明专利技术还包括通过感染性生物的不同临床分离物／菌株的序列的比较基因组分析，鉴定和选择与感染性疾病（尤其结核病）中的毒性和／或传染性相关的多态性的方法。多态性区域也可以作为潜在药物靶标和疫苗靶标。更具体地，本发明专利技术还涉及鉴定将包括在诊断ＤＮＡ芯片中的结核分枝杆菌（Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）菌株和其他感染性生物的致病因子，允许鉴定菌株、分型菌株和最终对其潜在毒性程度给出指导。尽管本发明专利技术已经特别参考结核分枝杆菌中的多态性区域进行了阐明，但是所述发明专利技术不被理解和解释为限定于结核病，而是可以应用于所有感染性疾病。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】专利
本专利技术涉及新的核苷酸序列，其将用于对包括结核病在内的所有感染性疾病的诊断、菌株鉴定、菌株分型和对其潜在毒性程度、传染性和/或潜伏期给出指导。本专利技术还包括通过感染性生物的不同临床分离物/菌株的序列的比较基因组分析，鉴定和选择与感染性疾病中的毒性和/或传染性相关的多态性的方法。多态性区域也可以作为潜在药物靶标和疫苗靶标。更具体地，本专利技术还涉及鉴定将包括在诊断DNA芯片中的结核分枝杆菌(M.tuberculosis)菌株和其他感染性生物的致病因子，允许鉴定菌株、分型菌株和最终对其潜在毒性程度给出指导。尽管本专利技术已经特别参考结核分枝杆菌中的多态性区域进行了阐明，但是所述专利技术不被理解和解释为限定于结核病，而是可以应用于所有感染性疾病。专利技术背景微生物病原体使用多种复杂的策略破坏宿主细胞功能以确保它们的繁殖和存活。已经与宿主共同进化或者与它们的宿主长期共存的一些病原体利用精密调节的宿主特异性策略来建立病原性关系。在感染期间，病原体遇到不同的条件，并且通过表达适于特定环境、宿主或者环境和宿主的毒性因子来应答。尽管抗生素是治疗感染性疾病的有效工具，但是药物抗性病原体的出现正成为临床情况中的问题。因此，需要新的抗生素或者抗病原体分子来抵抗此类药物抗性病原体。因此，本领域需要筛选方法，其目标不仅是鉴定和表征潜在的抗病原体试剂，还包括鉴定和表征使得病原体能够感染宿主和使其宿主变得虚弱的致病因子。分枝杆菌是不形成孢子的棒状、耐酸的需氧芽孢杆菌。一些种类的分枝杆菌对人和/或动物是致病的，许多因子与它们的毒性有关。结核病是世界性的健康问题，其导致每年约三百万人死亡，然而对于结-->核病致病的分子基础知之甚少。该疾病由结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)的感染引起；结核杆菌被吸入并被肺泡巨噬细胞摄入。与多数病原体的情况相同，结核分枝杆菌的感染并不总是导致疾病。该感染通常被细胞介导的免疫(CMI)的发展而阻止，导致在肺中形成微损伤，或者结节。如果CMI不限制结核分枝杆菌的扩散，那么可以发生干酪样坏死、支气管壁侵蚀，和肺部空洞。确定结核分枝杆菌感染是否将导致疾病的因素还没有完全了解。结核病复合体是一组四种分枝杆菌物种，它们在遗传上如此密切相关以致于已经提出它们组合成一个物种。该复合体的三个重要的成员是结核分枝杆菌(人类结核病的主要原因)；非洲分枝杆菌(Mycobacterium africanum)(某些群体中人类结核病的主要原因)；和牛分枝杆菌(Mycobacterium bovis)(牛结核病的病因)。这些分枝杆菌没有一种局限于对单独一种宿主物种致病。例如，牛分枝杆菌导致包括人的宽范围的动物中的结核病，其中它引起与结核分枝杆菌引起的疾病在临床上不可区分的疾病。人结核病是世界上，尤其在较不发达的国家中主要的死因。它引起每年约8百万新的临床疾病病例和三百万死亡。牛结核病导致小百分比的这些人类病例，是患病动物的主要病因并且导致动物工业的很大经济成本。结核病的抗生素治疗非常昂贵并且需要长期施用几种抗结核病药物的组合。用一种抗生素治疗不是可取的，因为结核病生物可以发展出对有效针对它们的治疗水平的所有抗生素的抗性。抗一种或多种抗结核病药物的结核分枝杆菌菌株正变得更频繁并且此类菌株感染的患者的治疗非常昂贵和困难。在少数但是其百分比不断增加的人类结核病病例中，结核病生物已经变得耐受两种最有用的抗生素：异烟肼和利福平。这些患者的治疗表现出极端困难并且实际上通常不成功。在当前的情况中，明显迫切需要开发新的方法来检测分枝杆菌的毒性菌株和开发结核病疗法。存在结核病的公认的疫苗，其是称作BCG的牛分枝杆菌的减毒形式。该疫苗非常广泛地使用，但是它提供不完全的保护。BCG的开发在1921年完成，但是其无毒性的理由过去直到现在一直未知。对结核病菌株减毒以便以更合理的方式产生疫苗的方法已经进行了研究，但是由于多种原因还没有成功。然而，考虑到死亡的牛分枝杆菌-->BCG在赋予免疫性方面没有活的BCG有效，所有需要可以用于制备疫苗的分枝杆菌的减毒菌株。已经提出多种化合物作为结核病的致病因子(virulence factor)，但是尽管进行了无数研究，仍然缺少支持这些提议的有力证据。然而，结核病的一种或多种致病因子的发现是非常重要的并且是当前研究的活跃领域。这种发现将不仅使得可能开发新一代的结核病疫苗，而且还可能提供设计或者发现新的或者改进的抗结核病药物或者疗法的靶标。鉴定和表征来自人和动物疾病的样品中的分枝杆菌的当前方法是通过Zeil-Neilson染色、体外和体内培养、生物化学测试和血清分型。这些方法通常缓慢并且不容易区分密切相关的分枝杆菌菌株和种，尤其例如副结核分枝杆菌(Mycobacterium paratuberculosis)和鸟分枝杆菌(Mycobacterium avium)。分枝杆菌在环境中广泛分布，并且没有用于从通常不致病的许多环境菌株中鉴定特定致病菌株的快速方法。分枝杆菌鉴定和表征的现有方法的困难已经增加了分析来自人类中的克洛恩氏病(节段性回肠炎)和动物(尤其牛、绵羊和山羊)中的约内病(Johne’s disease)的微生物分离物以及具有分枝杆菌超感染的艾滋病患者的鸟分枝杆菌菌株的关联性。尽管对人麻风病和结核病的致病剂的认识是清楚的，但是存在每种疾病的临床病理形式，如麻风病的结核样形式，其中分枝杆菌组织丰度很低并且鉴定也相应的很困难。如果当前的将诸如类风湿性关节炎的疾病与分枝杆菌抗原联系的证据得到证明，那么分枝杆菌的特定识别和表征中的改进也可以增加关联性。对于分枝杆菌，包括来自艾滋病患者的鸟分枝杆菌和来自结核病患者的结核分枝杆菌，的不断出现的药物抗性是越来越严重的问题。现有技术中还没有数据或者技术信息来允许特异地为新药物和疫苗组合物选择潜在的新靶标和保护性抗原，来治疗和预防感染性疾病，尤其结核病。此外，需要开发新的工具以选择编码分枝杆菌物种的存活或感染中必需的蛋白质或者调节性核苷酸序列以及用于基于比较性分枝杆菌基因组学的知识设计抗结核病药物和疫苗。使用DNA探针来精确鉴定分枝杆菌和通过基因型表征区分密切相关的分枝杆菌菌株和物种的方法是必需的。基因型分析的方法还可-->以应用于快速鉴定表型特征，如药物抗性和致病性。本专利技术的目的是满足本领域的这些需要。本专利技术的方法的优本文档来自技高网...

【技术保护点】
具有ＳＥＱ　ＩＤ　ｎｏｓ　１到２５３１的核苷酸序列，其用于诊断、菌株鉴定、对菌株分型和对所有感染性疾病的毒性、感染性和／或潜伏期的潜在程度给出指导。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.具有SEQ ID nos 1到2531的核苷酸序列，其用于诊断、菌
株鉴定、对菌株分型和对所有感染性疾病的毒性、感染性和/或潜伏期
的潜在程度给出指导。
2.如权利要求1所述的具有SEQ ID nos 1到2531的核苷酸序
列，其用于诊断、菌株鉴定、对菌株分型和对所有分枝杆菌菌株的毒
性、感染性和/或潜伏期的潜在程度给出指导。
3.权利要求1或者2的核苷酸序列，其中所述序列是具有SEQ ID
Nos.1到1829的单核苷酸多态性。
4.权利要求1或者2的核苷酸序列，其中所述序列是具有SEQ ID
Nos.1830到2286的插入/缺失(indel)。
5.权利要求1或者2的核苷酸序列，其中所述序列是具有SEQ ID
No 2287到2531的长多态性的区域。
6.引物序列，其用于扩增多态性SEQ ID nos 1到2531周围的
区域。
7.如权利要求1所述的SEQ ID nos 1到2531的多态性任一边
侧翼至35个核苷酸长的核苷酸序列，其用于试剂和诊断、药物开发、
RNAi、基因治疗和其他此类技术中。
8.包含具有SEQ ID nos 1到2531的核苷酸序列的序列的用
途，其用作使用生物信息学和其他工具进行的药物设计、药物开发、
基因治疗和疫苗开发的靶标。
9.包含如权利要求3所述的具有SEQ ID Nos 1到1829的单核
苷酸多态性的序列的用途，用作使用生物信息学和其他工具进行的药
物设计、药物开发、基因治疗和疫苗开发的靶标。
10.包含如权利要求4所述的具有SEQ ID Nos.1830到2286的
插入/缺失(indel)的序列的用途，用作使用生物信息学和其他工具
进行的药物设计、药物开发、基因治疗和疫苗开发的靶标。
11.如权利要求5所述的具有SEQ ID Nos.2287到2581的长多
态性区域的用途，用作使用生物信息学和其他工具进行的药物设计、
药物开发、基因治疗和疫苗开发的靶标。
12.携带如权利要求1所述的具有SEQ ID NOs.1到2531的多态
性的区域编码的蛋白质、RNA、DNA和代谢物的用途，用于使用生
物信息学和其他工具进行的药物设计、有效针对包括结核病在内的感
染性疾病的药物的开发。

【专利技术属性】
技术研发人员：VM帕特尔，KR拉亚什里，M罗德里古，G弗纳特，
申请(专利权)人：阿维斯塔金格兰技术有限公司，拜奥梅留克斯股份有限公司，
类型：发明
国别省市：IN[印度]