【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】经由改造的ADAR募集的RNA和DNA碱基编辑交叉引用本申请要求享有于2018年9月6日提交的美国临时申请62/728,007、于2018年10月17日提交的美国临时申请62/766,433和于2018年12月15日提交的美国临时申请62/780,241的权益，其全部内容通过引用并入本文中。关于政府支持的声明本公开是在政府的支持下，以美国国立卫生研究院(NationalInstitutesofHealth)授予的拨款编号CA222826、GM123313和HG009285进行的。政府拥有本专利技术的某些权利。
技术实现思路
本公开的一方面提供了一种载体。在某些情况下，所述载体可包括具有编码至少一种RNA编辑实体募集结构域的多核苷酸序列的核酸，其中：(a)所述编码至少一种RNA编辑实体募集结构域的多核苷酸序列不形成含茎环的二级结构，或(b)其中所述编码至少一种RNA编辑实体募集结构域的多核苷酸序列包括与选自以下项中的至少一个序列的至少约80％的序列同一性：Alu结构域编码序列，载脂蛋白BmRNA编辑催化多肽样(APOBEC)...
【技术保护点】
1.一种载体，包括具有编码至少一种RNA编辑实体募集结构域的多核苷酸序列的核酸，其中：/n(a)所述编码至少一种RNA编辑实体募集结构域的多核苷酸序列缺少含茎环的二级结构，或/n(b)所述编码至少一种RNA编辑实体募集结构域的多核苷酸序列包括与选自以下项中的至少一个序列的至少约80％的序列同一性：Alu结构域编码序列，载脂蛋白B mRNA编辑催化多肽样(APOBEC)募集结构域编码序列，及其组合。/n
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180906 US 62/728007;20181017 US 62/766433;2018111.一种载体，包括具有编码至少一种RNA编辑实体募集结构域的多核苷酸序列的核酸，其中：
(a)所述编码至少一种RNA编辑实体募集结构域的多核苷酸序列缺少含茎环的二级结构，或
(b)所述编码至少一种RNA编辑实体募集结构域的多核苷酸序列包括与选自以下项中的至少一个序列的至少约80％的序列同一性：Alu结构域编码序列，载脂蛋白BmRNA编辑催化多肽样(APOBEC)募集结构域编码序列，及其组合。
2.根据权利要求1所述的载体，其中所述编码至少一种RNA编辑实体募集结构域的多核苷酸序列包括与所述Alu结构域序列的至少约80％的序列同一性。
3.根据权利要求1所述的载体，其中所述编码至少一种RNA编辑实体募集结构域的多核苷酸序列包括与所述APOBEC募集结构域编码序列的至少约80％的序列同一性。
4.根据权利要求1所述的载体，其中所述载体是病毒载体。
5.根据权利要求1所述的载体，其中所述载体是脂质体。
6.根据权利要求1所述的载体，其中所述载体是纳米颗粒。
7.根据权利要求1所述的载体，其中所述至少一种RNA编辑实体募集结构域被配置为募集ADAR蛋白。
8.根据权利要求7所述的载体，其中所述ADAR蛋白是ADAR1、ADAR2或ADAR3蛋白。
9.根据权利要求7或8所述的载体，其中所述ADAR蛋白是人ADAR蛋白。
10.根据权利要求7或8所述的载体，其中所述ADAR蛋白是重组的ADAR蛋白。
11.根据权利要求7或8所述的载体，其中所述ADAR蛋白是经修饰的ADAR蛋白。
12.根据权利要求1所述的载体，其中所述至少一种RNA编辑实体募集结构域被配置为募集APOBEC蛋白。
13.根据权利要求12所述的载体，其中所述APOBEC蛋白是APOBEC1、APOBEC2、APOBEC3A、APOBEC3B、APOBEC3C、APOBEC3E、APOBEC3F、APOBEC3G、APOBEC3H或APOBEC4蛋白。
14.根据权利要求12或13所述的载体，其中所述ADAR蛋白是人ADAR蛋白。
15.根据权利要求12或13所述的载体，其中所述ADAR蛋白是重组的ADAR蛋白。
16.根据权利要求12或13所述的载体，其中所述ADAR蛋白是经修饰的ADAR蛋白。
17.根据权利要求1所述的载体，其中所述至少一种RNA编辑实体募集结构域缺少含茎环的二级结构。
18.根据权利要求1所述的载体，其中所述多核苷酸序列编码至少两种RNA编辑募集结构域。
19.根据权利要求18所述的载体，其中所述至少两种RNA编辑募集结构域中的至少一种是Alu结构域。
20.根据权利要求19所述的载体，其中所述Alu结构域的序列形成含至少一个茎环的二级结构。
21.根据权利要求19所述的载体，其中所述Alu结构域编码序列包括多个Alu重复序列。
22.根据权利要求19所述的载体，其中所述Alu结构域编码序列至少部分是单链的。
23.根据权利要求18所述的载体，其中所述至少两种RNA编辑募集结构域中的至少一种是APOBEC募集结构域。
24.根据权利要求18所述的载体，其中所述至少两种RNA编辑募集结构域编码序列中的至少一种包括与GluR2结构域编码序列的至少约80％的序列同一性。
25.根据权利要求24所述的载体，其中所述至少两种RNA编辑募集结构域中的至少一种是GluR2结构域。
26.根据权利要求18所述的载体，其中所述至少两种RNA编辑募集结构域中的至少一种是Cas13结构域。
27.根据权利要求19或23所述的载体，其中所述至少两种RNA编辑募集结构域是Alu结构域和APOBEC募集结构域。
28.根据权利要求1至27中任一项所述的载体，进一步包括，编码与靶标RNA的至少一部分互补的RNA的核酸。
29.根据权利要求28所述的载体，其中所述编码与靶标RNA的至少一部分互补的RNA的核酸的长度为约10个碱基对(bp)至约1000bp。
30.根据权利要求28所述的载体，其中所述编码至少一种RNA编辑实体募集结构域的核酸，和所述编码与靶标RNA的至少一部分互补的RNA的核酸，包括长度至少约200bp的连续核酸。
31.根据权利要求1至30中任一项所述的载体，其中所述核酸是化学合成的。
32.根据权利要求1至30中任一项所述的载体，其中所述核酸是基因编码的。
33.根据权利要求1至30中任一项所述的载体，其中所述载体包括DNA。
34.根据权利要求33所述的载体，其中所述DNA是双链的。
35.根据权利要求33所述的载体，其中所述DNA是单链的。
36.根据权利要求1至30中任一项所述的载体，其中所述载体包括RNA。
37.根据权利要求1至30中任一项所述的载体，其中所述RNA包括碱基修饰。
38.根据权利要求1至37中任一项所述的载体，其中所述载体是腺相关病毒(AAV)载体。
39.根据权利要求38所述的载体，其中所述AAV是重组的AAV(rAAV)。
40.根据权利要求38所述的载体，其中所述AAV选自由以下项组成的组：AAV1血清型，AAV2血清型，AAV3血清型，AAV4血清型，AAV5血清型，AAV6血清型，AAV7血清型，AAV8血清型，AAV9血清型，任意这些的衍生物，和这些任一种的组合。
41.根据权利要求38所述的载体，其中所述AAV是AAV5血清型或其衍生物。
42.根据权利要求40所述的载体，包括所述AAV的衍生物，其中所述AAV的衍生物包括经修饰的VP1蛋白。
43.根据权利要求3所述的载体，其中所述APOBEC募集结构域选自由以下项组成的组：APOBEC1募集结构域、APOBEC2募集结构域、APOBEC3A募集结构域、APOBEC3B募集结构域、APOBEC3C募集结构域、APOBEC3E募集结构域、APOBEC3F募集结构域、APOBEC3G募集结构域、APOBEC3H募集结构域、APOBEC4募集结构域和其任意组合。
44.根据权利要求1至43中任一项所述的载体，其中所述至少一种RNA编辑实体募集结构域募集至少两种RNA编辑实体，并且其中，编码所述RNA编辑实体的至少两种多核苷酸序列中的至少一种包括与APOBEC蛋白编码序列的至少约80％的同一性。
45.根据权利要求1至43中任一项所述的载体，其中所述至少一种RNA编辑实体募集结构域募集至少两种RNA编辑实体，并且其中，编码所述RNA编辑实体的至少两种多核苷酸序列中的至少一种包括与ADAR蛋白编码序列的至少约80％的同一性。
46.根据权利要求1至45中任一项所述的载体，其中由所述核酸编码的所述RNA募集结构域包括至少一个茎环。
47.根据权利要求1至46中任一项所述的载体，其中所述编码至少一种RNA编辑实体募集结构域的多核苷酸序列包括基本上是十字形的二级结构。
48.根据权利要求1至46中任一项所述的载体，其中所述编码至少一种RNA编辑实体募集结构域的多核苷酸序列包括至少两个基本上是十字形的二级结构。
49.根据权利要求48所述的载体，其中所述编码至少一种RNA编辑实体募集结构域的多核苷酸序列，位于形成所述至少两个基本上是十字形的二级结构的多核苷酸序列之间。
50.根据权利要求47至49中任一项所述的载体，其中所述十字形的二级结构包括，与所述十字形的二级结构的至少一对至少部分互补的链邻接的茎环。
51.根据权利要求1至46中任一项所述的载体，其中所述编码至少一种RNA编辑募集结构域的多核苷酸序列包括基本上是立足点形的二级结构。
52.一种载体，包括编码具有基本上是十字形的二维形状的RNA的核酸，其中所述RNA包括编码RNA编辑实体募集结构域的至少一种序列。
53.根据权利要求52所述的载体，进一步包括编码具有至少一种靶向结构域编码序列的RNA的核酸，该至少一种靶向结构域编码序列与靶标RNA序列的至少一部分互补。
54.根据权利要求53所述的载体，其中所述编码具有至少一种靶向结构域的RNA的核酸进一步包括基本上是线性的二维结构，该至少一种靶向结构域与所述靶标RNA序列的至少一部分互补。
55.一种非天然存在的RNA，其由权利要求1至54中任一项所述的载体编码。
56.一种非天然存在的RNA，包括：第一结构域序列，包括基本上是十字形的二维形状；和，第二结构域序列，具有与所述第一结构域序列连接的基本上是线性的二维结构，
其中所述第一结构域序列编码RNA编辑实体募集结构域，且所述第二结构域序列编码靶向结构域，其中所述第二结构域序列与靶标RNA的至少一部分互补。
57.根据权利要求56所述的非天然存在的RNA，进一步包括附接至所述第二结构域序列的第三结构域序列。
58.根据权利要求57所述的非天然存在的RNA，其中所述第三结构域序列包括RNA编辑实体募集结构域编码序列，所述RNA编辑实体募集结构域编码序列形成具有二维形状基本上是十字形的二级结构。
59.根据权利要求56至59中任一项所述的非天然存在的RNA，其中所述非天然存在的RNA中的至少一个碱基包括化学修饰。
60.根据权利要求56至59中任一项所述的非天然存在的RNA，其中所述非天然存在的RNA中的至少一个糖包括化学修饰。
61.一种包括RNA编辑实体募集结构域和反义结构域序列的核酸，其中，如通过对靶标核酸进行桑格法测序所确定的，当所述核酸与RNA编辑实体和与所述反义结构域的至少一部分互补的靶标核酸接触时，以比与Cas13b蛋白或其活性片段复合的可比较核酸高至少约4倍的效率，修饰所述靶标核酸的至少一个碱基对。
62.一种核酸，包括RNA编辑实体募集结构域和反义结构域，其中，如通过对靶标核酸进行桑格法测序所确定的，所述核酸在与RNA编辑实体和与所述反义结构域的至少一部分互补的靶标核酸接触时，以比与GluR2结构域和所述反义结构域复合的可比较核酸高至少约4倍的效率，修饰所述靶标核酸的至少一个碱基对。
63.根据权利要求61或62所述的核酸，其中所述核酸包括RN...
【专利技术属性】
技术研发人员：普拉尚特·马利，德拉瓦·卡特埃卡，D·梅鲁兹，陈赓灏，K·M·福特，
申请(专利权)人：加利福尼亚大学董事会，
类型：发明
国别省市：美国;US
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