一种牛SEPT7基因插入/缺失突变的检测方法及其应用技术

本发明专利技术公开了一种牛SEPT7基因插入/缺失突变的检测方法及其应用。以牛全基因组DNA为模板，通过PCR扩增牛SEPT7基因部分片段，应用琼脂糖凝胶电泳鉴定个体SEPT7基因9‑bp插入突变的基因型。根据性状关联分析结果，SEPT7基因9‑bp插入突变位点的基因型与母牛的繁殖性状显著相关。因此，SEPT7基因9‑bp插入突变位点可用于母牛繁殖性状的早期标记辅助选择，以加快建立遗传资源优良的牛群体。

【技术实现步骤摘要】
一种牛SEPT7基因插入/缺失突变的检测方法及其应用
本专利技术属于生物技术与家畜育种
，涉及一种牛SEPT7基因插入/缺失突变的检测方法及其应用。
技术介绍
牛作为主要的家畜有多种用途，肉用和产奶等，其中，如何提高肉牛的肉质是一直备受关注的问题。近年来，除了提高合理饲养和管理意识，科研人员更加重视从基因层面上对肉牛进行筛选来提高肉牛的产量和品质。随着分子标记辅助选择技术的不断发展，利用特定基因的DNA标记位点对牛进行筛选进而提高肉牛品质已取得突破性进展。但与此同时，却忽视了对牛繁殖性能的提高，造成了牛繁殖性能仍处于较低水平的状况。根据Norman等的研究，奶牛的首次受孕率仅为39％-52％甚至更低。同样的问题也出现在其他品种、用途的牛上。作为雌性生殖系统中最重要的器官，卵巢具有产生卵子和分泌雌激素等作用。故卵巢的形态以及功能一定程度上反映了繁殖性能。在一定范围内，卵巢各类性状如长、宽、高、重量等数值越大，代表其具有容纳更多的卵泡的可能，其中生殖腺体数量也可能越多，进而表明个体具有更强的繁殖性能。分子标记辅助选择(Marker-assistedSelection，MAS)在动物育种中广为应用，可以显著提高选择的准确性和选择效率。分子标记辅助选择可以从分子水平上快速准确地分析个体的遗传组成，从而实现对基因型的直接选择，及进行分子育种。插入/缺失(InDel)突变作为一种重要的分子遗传标记，具有分布广、密度高、数量多、检测方便等优点。且与其它变异相比，InDel多态性更容易通过PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳技术直接被鉴定。随着比较基因组学的深入研究，InDel多态性为理论研究和遗传育种应用提供了大量的生物信息，其作为遗传学鉴定标记，多集中在人类基因组研究中，反刍动物繁殖性状的选育方面的InDel标记的研究和应用甚少。SEPT7基因属于SEPTIN基因家族，具有鸟苷三磷酸酶活性。在SEPTIN基因家族的众多成员中，SEPT7作为精源miR-202的靶基因，在细胞胞质分裂中发挥重要作用。但目前尚未见到研究SEPT7基因变异位点与牛繁殖性状的关系的报道。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种牛SEPT7基因插入/缺失突变的检测方法及其应用，通过简单、快速、低成本、精确地对插入/缺失(InDel)多态性位点进行分型，可以快速建立优良繁殖性状的遗传资源群体，加速对牛优良繁殖性能的选育为达到上述目的，本专利技术采用了以下技术方案：一种牛SEPT7基因InDel多态性的检测方法，包括以下步骤：以待测牛个体基因组DNA为模板，利用PCR扩增包含SEPT7基因内含子区InDel多态性位点的片段，将扩增产物进行电泳，根据电泳结果鉴定该个体InDel多态性位点的基因型；所述InDel多态性位点选自牛SEPT7基因NC_037331.1:g.12317-12318位9-bp插入突变位点。优选的，所述PCR的扩增引物对为：上游引物：5’-CTGAGCCCTTTACTGATCTC-3’下游引物：5’-GTTTTGCTAACCACAGATACAC-3’。优选的，所述PCR采用的反应程序为：95℃预变性5min；94℃变性30s，68℃退火30s，72℃延伸20s，18个循环，每循环后退火温度减1℃；94℃变性30s，50℃退火30s，72℃延伸20s，25个循环；72℃延伸10min；所述电泳采用质量浓度为2.5％的琼脂糖凝胶。优选的，根据电泳结果，所述InDel多态性位点有三个基因型，其中插入/插入基因型II表现为121bp一条带纹，插入/缺失基因型ID表现为121bp和112bp两条带纹，缺失/缺失基因型DD表现为112bp一条带纹。一种牛SEPT7基因InDel多态性的检测试剂盒，该试剂盒包括用于PCR扩增牛SEPT7基因NC_037331.1:g.12317-12318位9-bp插入突变位点的引物对(例如，上述上游引物和下游引物)。上述牛SEPT7基因InDel多态性的检测方法在牛分子标记辅助选择育种中的应用。优选的，所述牛SEPT7基因NC_037331.1:g.12317-12318位9-bp插入突变位点与牛的繁殖性状显著相关，其中，具有插入/插入基因型II的个体在繁殖性状上较优。优选的，所述繁殖性状选自卵巢长。本专利技术的有益效果体现在：本专利技术根据牛SEPT7基因内显子区InDel多态性位点(NC_037331.1:g.12317-12318)设计引物，以牛基因组DNA为模板，通过序列扩增、电泳鉴定，能够简单、快速、低成本、精确地检测所述InDel多态性位点的基因型。对该InDel多态性位点与牛繁殖性状进行关联性分析的结果表明，本专利技术检测的InDel多态性位点存在提高牛繁殖性状的DNA标记(InDel标记)，可应用于牛分子标记辅助选择育种中，从而加快建立繁殖性状优良的种群，有利于提高良种选育速度。附图说明图1为牛SEPT7基因9-bp插入突变位点扩增产物琼脂糖凝胶电泳图；其中，M表示Marker。图2为牛SEPT7基因PCR扩增产物测序图；其中，方框标出的部分表示9-bp插入序列CACACACAG(NC_037331.1:g.12317-12318)。具体实施方式下面结合附图和实施例对本专利技术作进一步详细描述。需要说明的是，本实施例仅用于解释本专利技术，而非对本专利技术的保护范围的限制。本专利技术利用PCR方法对牛SEPT7基因g.12317-12318位点(参考序列：NC_037331.1)插入突变在牛群体中可能产生的InDel多态性进行检测，并将其基因型与牛繁殖性状进行关联性分析，验证其是否可以作为牛分子育种中辅助选择的分子标记。具体说明如下。1.实验药品与试剂1.1生化试剂与生物学试剂：①TaqDNA聚合酶(购自Fermantas即MBI公司)；②蛋白酶K(购自华美生物工程公司)；③MarkerI(购自天根生化科技(北京)有限公司)。1.2普通试剂：普通试剂从华美生物工程公司购买，为进口分装产品，包括柠檬酸、柠檬酸钠、葡萄糖、Tris、EDTA、NaCl、NaOH、KCl、Na2HPO4、KH2PO4、Tris饱和酚、氯仿、异戊醇、无水乙醇、醋酸钠、十二烷基磺酸钠(SDS)、溴化乙锭(EB)、溴酚蓝、二甲基苯氰FF、乙酸、蔗糖、硼酸、琼脂糖等。1.3溶液与缓冲液：所有溶液与缓冲液均采用去离子超纯水配制。试剂配制方法均参考Sambrook等编著的《分子克隆实验指南》，高压灭菌条件为15bf/in(1.034×105Pa)、25min。1)提取组织样DNA所用溶液：除了基因组DNA提取时的公用溶液外，还配制以下试剂：①2mol/LNaCl：11.688g溶于水，定容至100mL，高压灭菌。②组织DNA提取液(100mL)：lmol/LTris-HCl(pH8.0)lmL、0.5mol/LEDTA(pH8.0)本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种牛SEPT7基因插入/缺失多态性的检测方法，其特征在于：包括以下步骤：/n以待测牛基因组DNA为模板，利用PCR扩增包含SEPT7基因内含子区插入/缺失多态性位点的片段，将扩增产物进行电泳，根据电泳结果鉴定该插入/缺失多态性位点的基因型；所述插入/缺失多态性位点选自牛SEPT7基因NC_037331.1:g.12317-12318位9-bp插入突变位点。/n

【技术特征摘要】
1.一种牛SEPT7基因插入/缺失多态性的检测方法，其特征在于：包括以下步骤：
以待测牛基因组DNA为模板，利用PCR扩增包含SEPT7基因内含子区插入/缺失多态性位点的片段，将扩增产物进行电泳，根据电泳结果鉴定该插入/缺失多态性位点的基因型；所述插入/缺失多态性位点选自牛SEPT7基因NC_037331.1:g.12317-12318位9-bp插入突变位点。


2.根据权利要求1所述一种牛SEPT7基因插入/缺失多态性的检测方法，其特征在于：所述PCR的扩增引物对为：
上游引物：5’-CTGAGCCCTTTACTGATCTC-3’
下游引物：5’-GTTTTGCTAACCACAGATACAC-3’。


3.根据权利要求1所述一种牛SEPT7基因插入/缺失多态性的检测方法，其特征在于：所述PCR采用的反应程序为：95℃预变性5min；94℃变性30s，68℃退火30s，72℃延伸20s，18个循环，每循环后退火温度减1℃；94℃变性30s，50℃退火30s，72℃延伸20s，25个循环；72℃延伸10min；所述电泳采用质量浓度为2.5％的琼脂糖凝胶。


4.根据权利要求1所述一种牛SEPT7基因插入/缺失多态性的检测方法，其特征在于：根据电泳结果，所述插入/缺失多态性位点有三个基因型，其中插入/插入基因型II表现...

【专利技术属性】
技术研发人员：蓝康澍，李洁，宋恩亮，王勇胜，潘传英，张思欢，姜富贵，费攀锋，田欣，雷柞，高龙鑫，沈成龙，牛至寒，
申请(专利权)人：西北农林科技大学，
类型：发明
国别省市：陕西;61