使用非人类核酸诊断和治疗癌症的方法技术

基于宿主受试者的组织(包括血液来源的组织)中的微生物存在或丰度，诊断癌症、其亚型、分子特征和对治疗的反应可能性以及其他疾病的方法。还提供了治疗受试者中所确定的癌症的方法。方法。方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】使用非人类核酸诊断和治疗癌症的方法
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请主张2018年11月2日提交的美国临时申请No.62/754,696的优先权权益，所述申请以引用方式并入本文中。


[0003]本专利技术涉及使用非人类来源的核酸来准确地诊断和治疗来自人类组织活体切片或血液来源样本的疾病的方法领域。

技术介绍

[0004]尽管人们普遍认为癌症是
‘
人类基因组的疾病
’
，但越来越多的证据表明，微生物群在致癌作用、肿瘤进展和治疗反应中起关键作用。事实上，据估计，多达20％的全球癌症负担是由微生物药剂引起的。许多研究人员认为，潜在的机制是通过我们体内的微生物对免疫系统的影响，它们能够增强或抑制炎症，并操纵我们免疫细胞的能力和反应。
[0005]基于使用利用一种或多种特定细菌定殖的无菌动物小鼠模型的研究数据，微生物群似乎可以通过多种机制改变癌症的易感性和进展，诸如调节炎症、诱导DNA损伤和产生参与肿瘤形成或肿瘤抑制的代谢物。除了致癌作用和癌症进展，新出现的证据表明，微生物群可以本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于基于非哺乳动物特征创建诊断模型以诊断哺乳动物疾病的方法，包括：检测来自一个或多个哺乳动物受试者的组织样本中的微生物存在或丰度；确定一个或多个所述哺乳动物受试者中微生物存在或丰度的共有模式；在微生物存在或丰度的所述共有模式与所述哺乳动物受试者中存在的所述疾病之间形成关联；以及总结诊断模型中的所述关联，以使用微生物存在或丰度来诊断另一哺乳动物组织样本中的疾病。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述诊断模型利用来自一个或多个以下非哺乳动物生命领域的微生物存在或丰度信息：病毒、细菌、古细菌和/或真菌。3.根据权利要求1所述的方法，其中所述诊断模型诊断癌症的存在或不存在。4.根据权利要求1所述的方法，其中所述诊断模型诊断癌症的类别或位置。5.根据权利要求1所述的方法，其中所述诊断模型用于诊断受试者中的一种或多种癌症。6.根据权利要求1所述的方法，其中所述诊断模型用于诊断受试者中的一种或多种亚型癌症。7.根据权利要求1所述的方法，其中所述诊断模型用于预测受试者中的癌症的阶段和/或预测所述受试者中的癌症的预后。8.根据权利要求1所述的方法，其中所述诊断模型用于诊断低阶段(I期或II期)肿瘤的一种类型的癌症。9.根据权利要求1所述的方法，其中所述诊断模型用于预测所述受试者中的一种或多种癌症的突变状态。10.根据权利要求1所述的方法，其中所述诊断模型用于预测受试者的免疫治疗反应。11.根据权利要求1所述的方法，其中所述诊断模型用于为特定受试者选择最佳治疗。12.根据权利要求1所述的方法，其中所述诊断模型用于纵向建模一种或多种癌症对治疗的反应过程，然后调整治疗方案。13.根据权利要求1所述的方法，其中所述诊断模型诊断以下中的一种或多种：急性骨髓性白血病、肾上腺皮质癌、膀胱尿路上皮癌、脑低级胶质瘤、乳腺浸润性癌、宫颈鳞状细胞癌和宫颈腺癌、胆管癌、结肠腺癌、食管癌、多形性胶质母细胞瘤、头颈部鳞状细胞癌、肾嫌色细胞癌、肾脏肾透明细胞癌、肾脏肾乳头细胞癌、肝细胞肝癌、肺腺癌、肺鳞癌、淋巴肿瘤弥漫性大B细胞淋巴瘤、间皮瘤、卵巢浆液性囊腺癌、胰腺癌、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤、前列腺腺癌、直肠腺癌、肉瘤、皮肤黑色素瘤、胃腺癌、睾丸生殖细胞肿瘤、胸腺瘤、甲状腺癌、子宫肉瘤、子宫内膜癌或葡萄膜黑色素瘤。14.根据权利要求1所述的方法，其中所述诊断模型是机器学习模型。15.根据权利要求1所述的方法，其中所述诊断模型是正则化机器学习模型。16.根据权利要求1所述的方法，其中所述诊断模型是机器学习模型的集成。17.根据权利要求1所述的方法，其中所述诊断模型识别并去除作为被称为噪声的污染物的某些微生物特征，同时选择性地保留被称为信号的其他微生物特征。18.根据权利要求1所述的方法，其中所述受试者是非人类哺乳动物。19.根据权利要求1所述的方法，其中所述受试者是人。
20.根据权利要求1所述的方法，其中所述组织是全血活体切片。21.根据权利要求1所述的方法，其中所述组织活体切片是全血的一种或多种成分，包括但不限于以下中的一种或多种：血浆、白细胞、红细胞和/或血小板。22.根据权利要求1所述的方法，其中所述组织是固体组织活体切片，包括但不限于恶性组织和/或相邻非恶性组织的固体组织活体切片。23.根据权利要求1所述的方法，进一步包括在所述诊断模型中除了非哺乳动物微生物特征之外还包括哺乳动物特征。24.根据权利要求23所述的方法，其中所述诊断模型中的哺乳动物特征包括以下中的一种或多种：无细胞肿瘤DNA、无细胞肿瘤RNA、外体来源的肿瘤DNA、外体来源的肿瘤RNA、循环肿瘤细胞来源的DNA、循环肿瘤细胞来源的RNA、无细胞肿瘤DNA的甲基化模式、无细胞肿瘤RNA的甲基化模式、循环肿瘤细胞来源的DNA的甲基化模式和/或循环肿瘤细胞来源的RNA的甲基化模式。25.一种诊断哺乳动物受试者中的疾病的方法，包括：检测来自所述受试者的组织样本中的微生物存在或丰度；确定检测到的所述微生物存在或丰度与来自健康或患病个体的组织中的微生物存在或丰度相似或不同；以及将检测到的所述微生物存在或丰度与疾病的已知微生物存在或丰度相关联，从而诊断所述疾病。26.根据权利要求25所述的方法，其中所述诊断是癌症的存在或不存在。27.根据权利要求25所述的方法，其中所述诊断是癌症的类别或位置。28.根据权利要求25所述的方法，其中所述诊断是受试者中的一种或多种类型的癌症。29.根据权利要求25所述的方法，其中所述诊断是受试者中的一种或多种亚型癌症。30.根据权利要求25所述的方法，其中所述诊断是受试者中的癌症的阶段和/或所述受试者中的癌症的预后。31.根据权利要求25所述的方法，其中所述诊断是处于低阶段(I期或II期)肿瘤的一种类型的癌症。32.根据权利要求25所述的方法，其中所述诊断是所述受试者中的一种或多种癌症的突变状态。33.根据权利要求25所述的方法，其中所述诊断是对所述受试者的免疫治疗的预期反应。34.根据权利要求25所述的方法，其中所述诊断是以下中的一种或多种：急性骨髓性白血病、肾上腺皮质癌、膀胱尿路上皮癌、脑低级胶质瘤、乳腺浸润性癌、宫颈鳞状细胞癌和宫颈腺癌、胆管癌、结肠腺癌、食管癌、多形性胶质母细胞瘤、头颈部鳞状细胞癌、肾嫌色细胞癌、肾脏肾透明细胞癌、肾脏肾乳头细胞癌、肝细胞肝癌、肺腺癌、肺鳞癌、淋巴肿瘤弥漫性大B细胞淋巴瘤、间皮瘤、卵巢浆液性囊腺癌、胰腺癌、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤、前列腺腺癌、直肠腺癌、肉瘤、皮肤黑色素瘤、胃腺癌、睾丸生殖细胞肿瘤、胸腺瘤、甲状腺癌、子宫肉瘤、子宫内膜癌或葡萄膜黑色素瘤。35.根据权利要求25所述的方法，其中所述受试者是非人类哺乳动物。36.根据权利要求25所述的方法，其中所述受试者是人。
37.根据权利要求25所述的方法，进一步包括基于诊断信息对所述受试者中的所述疾病进行最佳治疗选择。38.根据权利要求37所述的方法，其中所述最佳治疗选择是包括向需要治疗的所述...

【专利技术属性】
技术研发人员：G，
申请(专利权)人：加利福尼亚大学董事会，
类型：发明
国别省市：