用于药物发现的探针、系统和方法技术方案

本发明专利技术的方面包括独立使用的探针、方法和系统，并可以包含一种药物发现系统或方法的特点。本发明专利技术还包括了药物组合物。更详细地说，本发明专利技术包括提供了分子探针以及生产分子探针的方法。本发明专利技术还提供了用于新药物发现的系统和方法。本发明专利技术的一个实施方案在一个药物发现方法中使用了本发明专利技术的探针组和一种新的计算化学方法，该方法与目前所用的组合化学方法相比正获得越来越多的关注。本发明专利技术还提供了用于药物发现系统的计算机软件和硬件工具。在本发明专利技术的药物发现方法的一个实施方案中，计算机方法和生物筛选方法都被利用来最大化成功的可能性，同时最小化了为获得成功所必需的时间和令人讨厌的实验室步骤的数目。（*该技术在2022年保护过期，可自由使用*）

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术的方面包括既能够独立使用、又可以包含一种药物发现系统或方法的特点的探针、方法和系统。本专利技术还包括了药物组合物。更详细地说，本专利技术提供了分子探针以及生产分子探针的方法。本专利技术还提供了用于新药物发现的系统和方法。本专利技术的一个实施方案在一个药物发现方法中使用了本专利技术的探针组和一种新的计算化学方法，该方法与目前所用的组合化学方法相比正获得越来越多的关注。本专利技术还提供了用于药物发现系统的计算机软件和硬件工具。在本专利技术的药物发现方法的一个实施方案中，计算机(in silico)方法和生物(in biologico)筛选方法均被利用来最大化成功的可能性，同时最小化了为获得成功所必需的时间和令人伤感的实验室步骤的数目。
技术介绍
可用作药物的化学实体的发现一般是从对可获得的化学实体进行随机筛选开始的，这些化学实体通常来自于一个给定机构(公司或大学)的化学物质收藏中心。在经过数据分析等相当的努力之后，这样的工作可能会发现一些少量的活性分子，称为“命中物(hits)”。使用常规的方法系统性地提高这些命中物的活性通常来说是困难的，这是因为这些命中物具有不同的结构指纹，从而使根据结构及其生物学活性在这些分子间直观地建立衍生关系变得困难。由于工业和学术对化学物质的启动能力越来越高，使得化学物质的多样性以一种无序的方式持续扩展。此外，这种连续的高通量化学实践经常产生越来越大的分子，它们作为起始点进行最适化的有用性受到限制，另外，一系列组合衍生的分子可能不容易在彼此间建立相关性(通过直觉或甚至计算机衍生的分子描述符)。因此，需要一种新的药物发现方法。专利技术概述本专利技术包括不同的方面，既可以独立使用，也可以包含一个药物发现系统的部分。一方面，本专利技术提供了分子探针。所述探针可用于药物发现方法中。该探针还可用于药物组合物，它是基于与治疗的靶的一个结合位点相关联。另一方面，本专利技术提供了生产探针的化学合成方法。这些方法可用来制备探针进行生物学筛选。另一方面，本专利技术提供了探针组。探针组可以包括结构嵌套的探针。探针组可用于药物发现的系统和方法中，可以包括计算机表示和/或物理探针。另一方面，本专利技术提供了生产探针组的方法。这些方法可以包括本专利技术的化学合成方法。这些方法也可选择地或附加地包括计算机软件和/或硬件方法，以生产探针的计算机表示。本专利技术还提供了药物发现的系统。本专利技术的系统可以有利地使用本专利技术的探针和/或探针组，和/或可以使用现有的分子。本专利技术还提供了药物发现方法。所述药物发现方法可以有利地使用本专利技术的探针和/或探针组。本专利技术的药物发现系统和方法的实施方案可在计算机或生物或在两者中同时使用。本专利技术的系统和方法的特定实施方案的一个特点是这些方法包括了产生、评估、鉴定和/或选择探针的重复的步骤。另一方面，本专利技术提供了药物组合物。这些药物组合物可以通过本专利技术的药物发现系统或方法进行鉴定。在参照对药用化学化合物或药物的搜索和鉴定描述了本专利技术的特点之后，本专利技术的特点和方面适用于任何尝试对具有所需生理特性的识别化学化合物进行搜索。本专利技术的一个优点是本专利技术的探针的实施方案可用于研究一个靶的结合位点的特征。本专利技术的探针的实施方案具有足够低的分子量，例如分子量1000或以下，以便与其它可能的组合物相比允许研究较小物理尺寸的结合位点。本专利技术的另一个优点是本专利技术的探针的实施方案可以构建在计算机或生物体内。本专利技术的另一个优点是本专利技术的系统和方法的实施方案提供了一种令人关注的方法，使得以更高成功率、更快速地筛选与一个特定结合位点具有结合潜力的探针成为可能。本专利技术的其它细节和优点将在下面的部分和附图中阐述。附图简述本专利技术将参考附图进行描述，其中附图说明图1示出本专利技术的一个实施方案的示例性环境。图2示出本专利技术的一个实施方案的多层应用框架。图3将本专利技术的一个实施方案示出为相关模块的3级结构。图4示出根据图3的高级模块，在本专利技术的一个实施方案中的通用步骤。图5示出在本专利技术的一个实施方案中蛋白序列翻译模块所执行的步骤。图6示出在本专利技术的一个实施方案中的结合位点假说步骤。图7示出在本专利技术的一个实施方案中的对接或筛选步骤。图8示出在本专利技术的一个实施方案中选择和分析模块所执行的步骤。图9示出在本专利技术的一个实施方案中呈现和更新用户界面以及安排和执行任务的通用步骤。图10示出在本专利技术的一个实施方案中的搜索步骤。图11示出在本专利技术的一个实施方案中产生和执行任务的通用步骤。图12示出在本专利技术的一个实施方案中正在使用的模板和定制的任务。图13示出在本专利技术的一个实施方案中提供的搜索结果的电子邮件通告。图14示出在本专利技术的一个实施方案中通过电子邮件提供的模型结果。图15示出在本专利技术的一个实施方案中通过电子邮件提供结合位点结果。图16示出在本专利技术的一个实施方案中通过电子邮件的自动对接结果。图17示出在本专利技术的一个实施方案中对一个商业应用成分产生和执行用户脚本。图18示出在本专利技术的一个实施方案中预并行化步骤。图19示出在本专利技术的一个实施方案中一个步骤的并行化。图20示出本专利技术的一个实施方案的示例性环境。图21a示出在本专利技术的一个实施方案中的一个步骤。图21b是在本专利技术的一个实施方案中登录屏的屏幕取景。图21c是在本专利技术的一个实施方案中搜索屏的屏幕取景。图21d是在本专利技术的一个实施方案中模板产生和修改屏的屏幕取景。图21e是在本专利技术的一个实施方案中分析数据视图的屏幕取景。图21f是在本专利技术的一个实施方案中作图器视图的屏幕取景。图22到25(除了图23b之外)是本专利技术的不同实施方案的步骤模型。图23b是在本专利技术的一个实施方案中模板视图的屏幕取景。图26是本专利技术的药物发现方法的框图。图27描述了计算机分析方法操作的流程图。图28描述了生物分析方法操作的流程图。图29是一个流程图，描述了计算机分析方法和生物分析方法的探针命中物的名单的加工。图30是一个流程框图，描述了一个探针组的产生和计算机分析方法和生物分析方法的探针命中物的名单位置。图31描述了一组探针(第一组)随着特定药效团特征之间距离的变化而表现出的特定药效团特征。图32描述了一组探针(第二组)随着特定药效团特征之间距离的变化而表现出的特定药效团特征。图33描述了一组探针(第三组)随着特定药效团特征之间距离的变化而表现出的特定药效团特征。图34描述了一组探针(第四组)随着特定药效团特征之间距离的变化而表现出的特定药效团特征。图35示出一组识别元件、结合位点和框架。图36示出一组表现不同识别元件的探针和靶蛋白上的一个假设的结合位点。图37示出一个探针和一个靶蛋白上的一个结合位点之间的一个假设的结合。图38示出一个探针和一个靶蛋白上的一个结合位点之间的一个假设的结合。图39示出一个探针和一个靶蛋白上的一个结合位点之间的一个假设的结合。图40示出一个探针和一个靶蛋白上的一个结合位点之间的一个假设的结合。图41示出将所选的识别元件和框架组合产生一个第二代探针。图42示出一个第二代探针与一个靶分子之间的一个假设的结合。专利技术详述如前所述，本专利技术提供了探针、方法和系统，并且还提供了药物组合物。一个探针包括一个框架和一个输入片段，其中探针包含了一个识别元件。在本专利技术的实施方案中探针包括了多个输入片段。探针也可以包含多个识别元件。识别元件可以位于输本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种探针，其含有一个框架和一个输入片段，其中探针含有一个识别元件。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】...

【专利技术属性】
技术研发人员：阿德南MM米亚丽，罗伯特安德鲁，杰罗姆博德里，斯科特约库姆，威廉班纳，克里斯托弗怀颂，
申请(专利权)人：特兰斯泰克制药公司，
类型：发明
国别省市：US[美国]