与绵羊高繁殖力相关的单倍型分子标记、筛选方法与应用技术

本发明专利技术公开了与绵羊高繁殖力相关的单倍型分子标记、筛选方法与应用。属于分子遗传学技术领域。该单倍型分子标记由SNP1、SNP2和SNP3组成；SNP1所在位置为MTNR1A基因的第735bp处，该处碱基为G或A；SNP2所在位置为MTNR1A基因的第753bp处，该处碱基为G或A；SNP3所在位置为MTNR1A基因的第845bp处，该处碱基为C或A。当待测绵羊SNP1处碱基为G、SNP2处碱基为G、SNP3处碱基为C且均为纯合体时或单倍型为GGC时为高繁殖力个体。本发明专利技术为绵羊育种提供了一个有效准确的分子育种标记方法，能提高群体选种的准确性和育种进程，将在多胎肉羊和多胎细毛羊分子育种中发挥作用。

【技术实现步骤摘要】
与绵羊高繁殖力相关的单倍型分子标记、筛选方法与应用
本专利技术涉及分子遗传学
，更具体的说是涉及与绵羊高繁殖力相关的单倍型分子标记、筛选方法与应用。
技术介绍
近年来，随着人民生活水平的逐渐提高，健康合理的饮食结构日益受到人们的重视，对蛋白质含量高、脂肪和胆固醇含量低的羊肉需求量逐年提高，导致连续多年羊肉供不应求，价格持续上涨。而培育高繁殖力绵羊、饲养多胎绵羊、提高绵羊群体的繁殖率可以显著增加存栏羔羊数量，缓解市场羊肉价高和供给紧张的局面。随着封山禁牧各项政策措施的实施，绵羊养殖已由传统的放牧散养方式转变为舍饲喂养的方式，为了确保养羊业的经济效益，实现持续健康发展，培育和饲养高繁殖力绵羊已成为世界绵羊生产共同追求的目标之一。但是，世界绵羊近700个品种中，绝大多数产单羔，少数产双羔，极大地影响了绵羊的繁殖性能。随着集约化养羊业的不断发展，提高绵羊繁殖力已成为舍饲养羊获得经济效益的关键因素。现有繁殖力较高的品种有芬兰的兰得瑞斯，前苏联的罗曼诺夫，我国的小尾寒羊和湖羊等，但是这些品种远不能满足现代养羊业发展所需的多胎肉羊品种需求。而要育成新品种多胎肉羊，所需的时间较长、投入的人力和物力较多。因此，要满足肉羊生产发展的需要，仅依靠传统的繁殖和育种方式是远远不够的，需大力开发现代育种和繁殖新技术，以推动优质多胎绵羊的快速精准育成。根据Turner等对美利奴及罗姆羊等研究结果表明，繁殖性状是绵羊遗传性状中极为重要的经济性状，其遗传力平均仅为0.10左右。针对低遗传力的绵羊繁殖性状的选育，传统表型选择育种方法速度慢、效率低、准确性差，因此难以用常规育种技术在短期内提升繁殖性能。而现代分子育种技术能够利用基因标记辅助选择技术实现早期、准确、快速的育种，极大的提高难以早期选择、低遗传力的绵羊繁殖性状选择效率。研究表明，单核苷酸多态性(SingleNucleotidePolymorphisms，SNP)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，即基因组DNA序列中由于单个核苷酸(A、T、C或G)的突变而引起的多态性，包括单碱基的插入、缺失、转化和颠换等，其中一些重要的SNPs可直接影响蛋白结构和表达水平等，从而导致表型的变化。生物体中的SNPs占所有已知多态性的90％以上，SNPs作为第三代遗传标记，具有分布广泛、遗传稳定、易于自动化高通量快速检测分析的特点。连锁不平衡(LinkageDisequilibrium，LD)是指在某一群体中不同座位上某两个等位基因同时遗传的频率明显高于预期的随机频率的现象，LD分析可以检验SNPs之间的互作关系，实现基因的精细定位，是一种对重要表型相关基因的功能进行鉴定的有效方法。单倍型(Haplotype)是指在同一染色体上或一定区域内若干个决定同一表型性状且紧密连锁的SNPs，具有统计学关联性，包含了比单个SNP以及多个SNP简单相加的更多信息(JoshuaAkey等，2001)，以及各遗传位点的互作，能够更准确解释表型性状的遗传信息。SNP分子标记及其组成的单倍型由于分布的广泛性和稳定性，在动物分子标记辅助选择(MarkerAssistedSelection，MAS)育种中发挥着重要作用。基于此，为进一步鉴定与绵羊高繁殖力相关的MTNR1A基因SNP分子标记及其单倍型，将重要SNP标记及其单倍型作为筛选标记用于高繁殖力绵羊的标记辅助选择上，可以显著提高选种的效率和准确性，对培育多胎绵羊具有重要意义。褪黑激素是一种在夜间由松果体分泌的多效性信号分子，其生物学功能主要通过与高亲和力的褪黑素受体(MelatoninReceptor，MTNR)结合对动物的昼夜节律和生殖活动发挥调节作用。褪黑素受体1A蛋白是褪黑激素主要的高亲和力受体，是一种经典的G蛋白，带有七个跨膜结构域，一个细胞外N-末端结构域和三个细胞外环的耦合受体，具有跨膜信号传递功能。然而，MTNR1A基因在绵羊上的研究主要集中于季节性发情，针对绵羊高繁殖力的相关研究较少，尚无应用于多胎绵羊分子育种中的MTNR1A基因分子标记和单倍型。
技术实现思路
有鉴于此，本专利技术提供了一种与绵羊高繁殖力相关的单倍型分子标记、筛选方法与应用。为提高绵羊繁殖性能提供了一种有效的分子标记育种手段，可辅助选育高繁殖力的优质种羊，加速育种进程，提高选种的准确性。为了实现上述目的，本专利技术采用如下技术方案：一种与绵羊高繁殖力相关的单倍型分子标记，所述单倍型分子标记由SNP1、SNP2和SNP3共3个SNP位点组成；其中，SNP1所在位置为MTNR1A基因的第735bp处，该处碱基为G或A；SNP2所在位置为MTNR1A基因的第753bp处，该处碱基为G或A；SNP3所在位置为MTNR1A基因的第845bp处，该处碱基为C或A。优选的，当待测绵羊SNP1处的碱基为G、SNP2处的碱基为G、SNP3处的碱基为C且均为纯合体(即SNP1、SNP2和SNP3处的基因型分别为GG、GG和CC)时，为高繁殖力个体。优选的，当待测绵羊的单倍型为GGC时，为高繁殖力个体。用于扩增上述单倍体分子标记的引物组，其核苷酸序列如下：用于扩增SNP1的引物：SNP1F：TCGCCGTGGTGGTGTTCCATTTCAT；SEQIDNO.1；SNP1R：ACAAACATGGTGACAAAATTTCTGAAGTCCTGGGTT；SEQIDNO.2；用于扩增SNP2的引物：SNP2F：TCGCCGTGGTGGTGTTCCATTTC；SEQIDNO.3；SNP2R：GGCAAAGAGGACAAAAACCACAAACATGGTGACAAAT；SEQIDNO.4；用于扩增SNP3的引物：SNP3F：GGACAACAAACCGAAACTGA；SEQIDNO.5；SNP3R：AATGAGTAAGGCTTGGAGTAG；SEQIDNO.6。注：引物序列中画框碱基为引入的突变碱基。含有上述引物的检测试剂盒。上述单倍体分子标记的筛选方法，包括如下步骤：(1)根据MTNR1A基因SNP1、SNP2和SNP3位点的核苷酸序列设计引物，所述引物的核苷酸序列如SEQIDNO.2～SEQIDNO.7所示；(2)提取绵羊基因组DNA，利用上述引物进行PCR扩增；(3)将扩增产物分别用限制性内切酶酶切，酶切产物采用琼脂糖凝胶电泳进行基因型判定；(4)MTNR1A基因外显子2区域变异分析；(5)绵羊群体MTNR1A基因分型；(6)分析绵羊群体中不同基因型与产羔数的相关性。SNP1位点的PCR扩增产物用限制性内切酶EcoRⅠ酶切，酶切产物经3％琼脂糖凝胶进行电泳分离，根据参考序列和电泳分离结果进行基因型判定，基因型判定的标准为：将只有一条带，大小为160bp的个体命名为AA基因型，PCR产物不能被限制性内切酶EcoRⅠ切开，则绵羊SNP1位点发生突变；将存在两条带，大小为160bp和122bp的个本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与绵羊高繁殖力相关的单倍型分子标记，其特征在于，所述单倍型分子标记由SNP1、SNP2和SNP3共3个SNP位点组成；/n其中，SNP1所在位置为MTNR1A基因的第735bp处，该处碱基为G或A；/nSNP2所在位置为MTNR1A基因的第753bp处，该处碱基为G或A；/nSNP3所在位置为MTNR1A基因的第845bp处，该处碱基为C或A。/n

【技术特征摘要】
1.一种与绵羊高繁殖力相关的单倍型分子标记，其特征在于，所述单倍型分子标记由SNP1、SNP2和SNP3共3个SNP位点组成；
其中，SNP1所在位置为MTNR1A基因的第735bp处，该处碱基为G或A；
SNP2所在位置为MTNR1A基因的第753bp处，该处碱基为G或A；
SNP3所在位置为MTNR1A基因的第845bp处，该处碱基为C或A。


2.如权利要求1所述的一种与绵羊高繁殖力相关的单倍型分子标记，其特征在于，当待测绵羊SNP1处的碱基为G、SNP2处的碱基为G、SNP3处的碱基为C且均为纯合体时，为高繁殖力个体。


3.如权利要求1所述的一种与绵羊高繁殖力相关的单倍型分子标记，其特征在于，当待测绵羊的单倍型为GGC时，为高繁殖力个体。


4.用于扩增权利要求1所述单倍体分子标记的引物组，其特征在于，其核苷酸序列如下：
用于扩增SNP1的引物：
SNP1F：TCGCCGTGGTGGTGTTCCATTTCAT；SEQIDNO.1；
SNP1R：ACAAACATGGTGACAAAATTTCTGAAGTCCTGGGAATT；SEQIDNO.2；
用于扩增SNP2的引物：
SNP2F：TCGCCGTGGTGGTGTTCCATTTC；SEQIDNO.3；
SNP2R：GGCAAAGAGGACAAAAACCACA...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨华，杨永林，王明远，赵宗胜，余乾，张宾，倪建宏，陈宁，卢守亮，刘长彬，
申请(专利权)人：新疆农垦科学院，
类型：发明
国别省市：新疆;65