用于鉴定棉花品种的InDel分子标记组合及其开发方法和应用技术

本发明专利技术提供了一种用于鉴定棉花品种的InDel分子标记组合，包括53个InDel分子标记，53个InDel分子标记分别特异性检测53个棉花InDel位点InDeljs0001～InDeljs0053。较佳地，每个InDel分子标记分别包括一条正向引物和一条反向引物，53个InDel分子标记的序列依次如SEQ ID NO:1～SEQ ID NO:106所示。还提供了用于鉴定棉花品种的InDel分子标记组合的开发方法和应用。本发明专利技术的用于鉴定棉花品种的InDel分子标记组合能够用于鉴定棉花品种，具有高度稳定性、准确性和低成本的特点，设计巧妙，鉴定简便快捷，成本低，不受环境影响，适于大规模推广应用。广应用。

【技术实现步骤摘要】
用于鉴定棉花品种的InDel分子标记组合及其开发方法和应用


[0001]本专利技术涉及生物信息学及分子标记遗传学
，更具体地，涉及棉花InDel分子标记
，特别是指一种用于鉴定棉花品种的InDel分子标记组合及其开发方法和应用。

技术介绍

[0002]棉花作为我国主要的经济作物，新品种选育与推广对人民生活水平的提高和经济的发展具有重要意义。近年来，我国棉花育种成绩显著，棉花新品种的数量明显增加，产量和纤维品质也有极大提高，促进了棉花的生产发展。每年约有许多棉花新品种通过审定，棉花的鉴定工作越来越繁重。通过棉花的表型可以区分不同材料之间存在的形态学差异，但通过田间种植鉴定棉种的真实性和纯度的方法不仅受栽培条件影响,而且耗时长，成本高，并且能够用来鉴定的性状少，使用分子标记能有效地在DNA水平上区分材料之间的差异。
[0003]分子标记已逐渐取代了形态学、物理化学、生化技术等鉴定方法。分子标记是以分子多态性为基础的一种遗传标记，能稳定遗传，可以反映个体和群体基因组之间某种差异特征。目前许多分子标记已用于棉花品种鉴定等研究中，一种本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于鉴定棉花品种的InDel分子标记组合，其特征在于，所述的用于鉴定棉花品种的InDel分子标记组合包括53个InDel分子标记，53个所述InDel分子标记分别特异性检测53个棉花InDel位点InDeljs0001～InDeljs0053。2.根据权利要求1所述的用于鉴定棉花品种的InDel分子标记组合，其特征在于，每个所述InDel分子标记分别包括一条正向引物和一条反向引物，53个所述InDel分子标记的序列依次如SEQ ID NO:1～SEQ ID NO:106所示。3.一种用于鉴定棉花品种的InDel分子标记组合的开发方法，其特征在于，所述的用于鉴定棉花品种的InDel分子标记组合的开发方法包括以下步骤：(1)从NCBI的SRA数据库下载多份棉花的二代原始序列，对多份所述棉花以最小等位基因频率＞0.05、基因型缺失率≤20％、哈迪温伯格平衡显著性阀值P<0.001、多态信息含量>0.4以及二态性为条件进行筛选得到候选InDel位点，从所述候选InDel位点中筛选出插入或缺失大于20nt的靶标InDel位点；(2)根据所述靶标InDel位点和所述靶标InDel位点的侧翼序列设计InDel引物组合；(3)根据所述InDel引物组合，采用InDel实验对多个棉花品种进行实验验证，获得相应的基因型分型结果；(4)根据所述基因型分型结果以及所述InDel引物组合在棉花染色体上的分布情况，从中挑选有效的多个目的InDel引物组合，多个所述目的InDel引物组合作为多个InDel分子标记形成用于鉴定棉花品种的InDel分子标记组合。4.根据权利要求3所述的用于鉴定棉花品种的InDel分子标记组合的开发方法，其特征在于，所述SRA数据库为PRJNA257154；所述棉花的份数为121份，121份所述棉花分别为Mebane Triumph、Paymaster 54、Paymaster 54B、Malone、Stoneville2B、Trice、86-1、CIR7、CIR10、CIR12、CIR35、Esha 28、J8891、Jimian 1#、Junmian 1#、Lumian 1#、Shiyuan 321、Simian 2#、Simian 3#、Sumian 12#、Xinluzao 26#、Xinluzao 1#、Xinluzao 42#、Brazil 011、Brazil 014、Brazil 0101、India 941、MA-6、NV50-70、Tashkent 1、Tashkent 2、Tashkent 3、66-241、108？、Punctatum 3、Punctatum 5、Punctatum 12、Punctatum 14、Punctatum 25、Punctatum 24、Punctatum 31、Morrilli 2、Morrilli 38、Morrilli 45、Yucatanense 1、Yucatanense 3、Yucatanense 2、Yucatanense 5A、Yucatanense 6、Richmondi 7、Richmondi 2、Richmondi 3、Marie-galante 7、Marie-galante 17、Marie-galante 36、Marie-galante 62、Marie-galante 71、Latifolium 1、Latifolium 3、Latifolium 13、Latifolium 39、Latifolium 64、Latifolium 161、Latifolium 178、Palmeri 5、Palmeri 2、5904、8763、910、910、Ba3119、CCCP 1243、CCCP B154(91-486)、CCCP B51、CCCP B9102、DJ-07-136、K388、9899-I、BuharaZTW、VIR-29TV、VIR-4TV、C...

【专利技术属性】
技术研发人员：陆海燕，林峰，赵涵，
申请(专利权)人：江苏省农业科学院，
类型：发明
国别省市：