基于变构机制的靶标识别方法、设备及存储介质技术

本发明专利技术公开了一种基于变构机制的靶标识别方法、设备及存储介质，基于变构机制的靶标识别方法包括：提取包含变构位点的变构蛋白数据；获取特定基因的突变数据；构建所述特定基因的突变数据与所述变构蛋白数据的映射关系，基于所述映射关系获取特定基因的突变数据在所述变构蛋白数据的所述变构位点的突变概率，并基于所述突变概率识别靶标。本发明专利技术将临床特定基因数据映射到已知的人类蛋白结构上，提取在人类蛋白变构位点发生的突变，通过计算蛋白变构位点变异率可精准预测识别各种疾病的靶标，为重大疾病的治疗提供了新的途径，同时能够实现基因型到临床表型的关联。够实现基因型到临床表型的关联。够实现基因型到临床表型的关联。

【技术实现步骤摘要】
基于变构机制的靶标识别方法、设备及存储介质


[0001]本专利技术涉及生物计算
，特别涉及一种基于变构机制的靶标识别方法、设备及存储介质。

技术介绍

[0002]变构调节(Allosteric regulation)，也叫别构调节，是指调节分子通过结合到一个蛋白上的变构位点(空间上不同于蛋白底物功能位点)来调控蛋白的功能活性。细胞中蛋白的变构调节形式是多种多样的，包括结合相互作用(利用蛋白质，离子，脂质，小分子和DNA/RNA)和共价修饰(磷酸化，乙酰化和交联(tethering))，光吸收，环境扰动(pH，温度，和离子强度)等。变构位点的扰动信号产生后触发相关原子波动，氨基酸残基网络或结构域运动，传递到蛋白质功能位点区域，使其构象或者理化性质发生改变，最终改变蛋白质的功能。变构调节能精确控制细胞中的正常细胞进程(包括细胞信号转导，代谢，酶的催化，以及基因调控)，是一种非常有效的机制。这种精细的蛋白内变构调节网络调控一旦发生功能障碍会导致一些人类疾病的发生，比如癌症，糖尿病，炎症以及阿尔兹海默病等。
[0003]生物大分子上天然存本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.基于变构机制的靶标识别方法，其特征在于，包括：提取包含变构位点的变构蛋白数据；获取特定基因的突变数据；构建所述特定基因的突变数据与所述变构蛋白数据的映射关系，基于所述映射关系获取特定基因的突变数据在所述变构蛋白数据的所述变构位点的突变概率，并基于所述突变概率识别靶标。2.如权利要求1所述的基于变构机制的靶标识别方法，其特征在于，获取特定基因的突变数据，包括通过以下至少一种方式从数据库中获取：获取体细胞突变数据、获取遗传病致病突变数据、获取罕见病致病突变数据。3.如权利要求1所述的基于变构机制的靶标识别方法，其特征在于，提取包含变构位点的变构蛋白数据，包括：对获取的变构蛋白数据进行预处理，提取相应的变构复合物数据；其中，所述变构复合物的提取标准包括：(1)仅包含晶体结构中包含变构配体分子的数据；(2)排除结合到变构共价配体的复合物；(3)变构复合物中的配体为常规的有机物分子；(4)排除变构区域结合离子和寡肽结合的复合物数据；从提取出的所述变构结合复合物中识别所述变构位点。4.如权利要求3所述的基于变构机制的靶标识别方法，其特征在于，从所述变构结合复合物中识别所述变构位点包括：使用PyMOL软件提取所述变构结合复合物的蛋白序列数据中与所述变构位点相关的氨基酸残基信息，并将提取到的所述蛋白序列数据中与所述变构位点相关的氨基酸残基序列使用PDBSWS软件与UniProt数据库中相应的蛋白序列数据进行比对分析，识别出第一变构蛋白，完成变构位点的识别，所述第一变构蛋白包括蛋白三维结构和变构位点注释。5.如权利要求4所述的基于变构机制的靶标识别方法，其特征在于，还包括从所述第一变构蛋白中识别正位位点，所述正位位点的识别包括：从PDB数据库中获取所述第一变构蛋白的正位复合结构，并提取相应的正位结合复合物，其中，所述正位结合复合物的提取标准包括：(1)晶体结构的精度/分辨力高于(2)正位配体为常规的有机物小分子物质；使用PyMOL软件提取所述正位结合复合物的蛋白序列数据中与正位位点相关的氨基酸残基，并使用PDBSWS将所述正位位点的氨基酸残基与UniProt数据库中相应的蛋白序列数据进行比对分析，获得第二变构蛋白，完成所述正位位点的识别，所述第二变构蛋白包括蛋白三维结构和正位位点注释。6.如权利要求4所述的基于变构机制的靶标识别方法，其特征在于，从所述第一变构蛋白中识别位点的方式，还包括：(1)从PDB蛋白数据库获取所述第一变构蛋白的变构结合复合物数据；...

【专利技术属性】
技术研发人员：沈倩诚，张健，
申请(专利权)人：上海宇道生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：