鉴定抗体轻链和重链可变结构域的配对制造技术

本发明专利技术涉及在选择过程中鉴定抗体和/或抗体片段。本发明专利技术涉及一种用于鉴定编码选择的抗体和/或抗体片段的轻链和重链可变结构域的基因对的方法、系统和计算机程序产品。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】鉴定抗体轻链和重链可变结构域的配对本专利技术涉及在选择方法中鉴定抗体和/或抗体片段。本专利技术的主题是一种用于鉴定编码选择的抗体和/或抗体片段的轻链和重链可变结构域的基因对的方法、系统和计算机程序产品。人类免疫系统形成了由各种器官、细胞类型和分子组成的复杂网络，作为抵御外来入侵者的防御系统。抗体，也称为免疫球蛋白，是脊椎动物中因对某些物质(称为抗原)的应答而形成的球蛋白类别的蛋白质。抗体为免疫系统服务；它们是由一类白细胞B淋巴细胞产生的。充当抗原的几乎都是大分子或颗粒结合的分子，例如细菌表面的脂多糖。特定抗原通常仅诱导少数几种特定抗体的形成，在大多数情况下，它们仅通过特定的非共价键识别该外来物质。抗体与抗原的特异性结合形成了对已入侵的外来物质防御的主要部分。每个抗体均由两条相同的重链(H)和两条相同的轻链(L)组成，其通过共价二硫键相互连接形成Y形结构。轻链各由一个可变结构域和一个恒定结构域组成。将其称为VL和CL。相反，重链各具有一个可变结构域和三个(IgG，IgA)或四个(IgM，IgE)恒定结构域。以此类推，将其称为VH和CH1、C本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种方法，所述方法包括以下步骤：/n-提供抗体和/或抗体片段的文库，/n-将所述抗体和/或抗体片段引入选择方法，其中所述选择方法包括至少两个选择循环，第一选择循环和第二选择循环，/n-在所述第一选择循环之后和在所述第二选择循环之后对所述抗体和/或抗体片段的基因进行测序，并确定编码所述抗体和/或抗体片段的轻链可变结构域的V

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180425 EP 18169334.21.一种方法，所述方法包括以下步骤：
-提供抗体和/或抗体片段的文库，
-将所述抗体和/或抗体片段引入选择方法，其中所述选择方法包括至少两个选择循环，第一选择循环和第二选择循环，
-在所述第一选择循环之后和在所述第二选择循环之后对所述抗体和/或抗体片段的基因进行测序，并确定编码所述抗体和/或抗体片段的轻链可变结构域的VL基因和编码所述抗体和/或抗体片段的重链可变结构域的VH基因，
-确定与来自第一选择方法和来自第二选择方法的所述VL基因和VH基因相关的特征，其中与所述VL基因和VH基因相关的所述特征包括以下特征：
·在来自所述第二选择循环的池中所述VH基因的频度，
·在来自所述第二选择循环的池中所述VL基因的频度，
·在来自所述第一选择循环的池中所述VH基因的频度，和
·在来自所述第一选择循环的池中所述VL基因的频度，
-基于从所述第一选择循环和所述第二选择循环确定的特征，形成来自所述第二选择循环的VL基因和VH基因对的特征向量，
-将所述特征向量引入模型，其中所述模型基于其特征向量计算每对VL基因和VH基因的结果，其中所述结果说明所述VL基因和所述VH基因是否编码属于同一抗体和/或抗体片段的可变结构域，或者所述VL基因和所述VH基因是否编码不属于同一抗体和/或抗体片段的可变结构域，
-输出所述结果。


2.根据权利要求1所述的方法，其中任选地在实施将所获得的抗体和/或抗体片段倍增的倍增步骤后，将从所述第一选择循环获得的抗体和/或抗体片段引入所述第二选择循环。


3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述选择方法是生物淘选法。


4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述测序是通过下一代测序法进行的。


5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中与所述VL基因和VH基因相关的一个或多个其他特征进入所述特征向量的形成，其中所述一个其他特征或多个其他特征选自以下列表：
·在来自所述第二选择循环的池中不同VH基因的绝对数量
·在来自所述第二选择循环的池中不同VL基因的绝对数量
·在来自所述第二选择循环的池中以最高频度存在的那种VH基因的绝对数量
·在来自所述第二选择循环的池中以最高频度存在的那种VL基因的绝对数量
·在来自所述第二选择循环的池中的VH基因基于在来自所述第二选择循环的池中以最高频度出现的VH基因的数量的相对频度
·在来自所述第二选择循环的池中的VL基因基于在来自所述第二选择循环的池中以最高频度出现的VL基因的数量的相对频度
·在来自所述第二选择循环的池中的所述VH基因的频度与在来自所述第二选择循环的池中的所述VL基因的频度之间的差异
·分别相对于在来自所述第二选择循环的池中以较高频度出现的VH基因或VL基因的频度的在来自所述第二选择循环的池中的VH基因的频度与在来自所述第二选择循环的池中的VL基因的频度之间的相对差异
·在所述第二选择循环之前已经进行的选择循环的数量
·在来自所述第一选择循环的池中的所述VH基因的频度与在来自所述第一选择循环的池中的所述VL基因的频度之间的差异
·所述第一选择循环与所述第二选择循环的所述VH基因的数量的相对变化
·所述第一选择循环与所述第二选择循环的所述VL基因的数量的相对变化。


6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中基于已知哪些属于一起和哪些不属于一起的VH基因和VL基因的特征，已经在监督学习方法中创建了所述模型。


7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述模型是分类模型或回归模型。


8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其包括以下步骤：
(1)提供噬菌体文库，其中抗体和/或抗体片段作为融合多肽在噬菌体外壳蛋白上表达，
(2)将所述噬菌体与底物一起孵育，
(3)将底物结合噬菌体与非结合噬菌体分离，
(4)对结合或非结合噬菌体上的所述抗体和/或抗体片段的基因进行测序，并确定编码所述抗体和/或抗体片段的轻链可变结构域的VL基因和编码所述抗体和/或抗原片段的重链可变结构域的VH基因，
(5)倍增所述结合或非结合噬菌体，并且在这样做时形成新的噬菌体文库并重复步骤(1)至(5)k次，其中在步骤(1)中每次使用新的噬菌体文库，其中k是整数且大于0，和其中步骤(1)至(4)的实施构成一个生物淘选循环，
(6)形成VL基因和VH基因对的特征向量，其中使用的特征至少是最后实施的生物淘选循环和之前一个生物淘选循环的所述VL基因和所述VH基因的频度，
(7)将所述特征向量引入模型，其中所述模型基于其特征向量计算每对VL基因和VH基因的结果，其中所述结果说明所述VL基因和所述VH基因是否编码属于同一抗体和...

【专利技术属性】
技术研发人员：M·施特雷拉特，C·本德，J·福尔克尔，J·C·波利瓦尔·洛佩兹，
申请(专利权)人：拜耳公司，
类型：发明
国别省市：德国;DE