用于急性移植物抗宿主病的供体选择和预后的组合物和方法技术

提供了用于急性移植物抗宿主病的供体选择和预后的组合物和方法。提供了方法，其包括从处于GVHD风险的第一受试者获得第一生物学样品，检测所述样品中的miR‑142‑3p水平；和确定所述第一受试者中GVHD的风险、预后或诊断。还提供了选择干细胞移植供体的方法，其包括从第一受试者获得第一生物学样品和从第二受试者获得第二生物学样品，检测所述第一生物学样品和第二生物学样品中的miR‑142‑3p水平；确定第二生物学样品中的miR‑142‑3p水平与第一生物学样品中的miR‑142‑3p水平的比率；基于所述比率确定第一受试者将发展GVHD的可能性；和基于所述比率选择移植供体。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于急性移植物抗宿主病的供体选择和预后的组合物和方法交叉引用的申请本申请要求于2018年4月19日提交的美国临时申请号62/659,807的权益，其全部内容通过引用并入本文。序列表本申请包含已通过EFS-Web以ASCII格式提交并其全部内容通过引用并入本文的序列表。所述ASCII副本，创建于2019年4月19日，名为DU6176PCT_Seq_Listing_ST25.txt并且大小为2,186字节。关于联邦资助研究的声明本专利技术是在NIH/NIAID授予的联邦资助号AI119707的政府支持下完成的。联邦政府对本专利技术享有某些权利。
提供了用于受试者中急性移植物抗宿主病的供体选择、诊断、预后和确定风险的组合物和方法。专利技术背景同种异体骨髓干细胞移植(BMT)是一种用于治疗白血病以及其他非恶性疾病的有效治疗性方法。但是，植入的T细胞可能攻击受体中的许多器官，从而在BMT后100天内诱发急性移植物抗宿主病(aGVHD)。目前，人白细胞抗原(HLA)是用于骨髓或脐带血移植的供体与受体匹配的主要考虑因素。供体和受体之间紧密的HLA匹配降低了受体将发展aGVHD的机会。但是，还需要其他生物学标志物来确定与GVHD的发展有关的风险。专利技术概述本公开内容部分上提供了用于受试者中急性移植物抗宿主病的供体选择和预后的组合物和方法。提供了如下方法，其中包括(a)从处于GVHD风险的第一受试者获得第一生物学样品，和(b)检测所述样品中的miR-142-3p水平。在一些方面，该样品与不处于GVHD风险的第二受试者获得的第二生物学样品相比具有降低水平的miR-142-3p。在一些方面，第一受试者需要骨髓干细胞移植。一些方面包括将从第一受试者获得的样品中的miR-142-3p水平与从第二受试者获得的miR-142-3p水平进行比较。一些方面包括确定第一受试者中GVHD的风险、预后或诊断。一些方面包括对第一受试者执行干细胞移植。还提供了用于选择干细胞移植供体的方法，包括：(a)从第一受试者获得第一生物学样品和从第二受试者获得第二生物学样品，(b)检测第一生物学样品和第二生物学样品中的miR-142-3p水平；(c)确定(i)第二生物学样品中的miR-142-3p水平与(ii)第一生物学样品中的miR-142-3p水平的比率；和(d)基于所述比率确定第一受试者将发展GVHD的可能性。一些方面包括基于该比率选择移植供体。一些方面包括基于所述比率不选择移植供体。一些方面包括：如果(i)∶(ii)的比率是至少约2∶1，则将来自第二受试者的干细胞移植到第一受试者。在一些方面，所述比率是约2.5∶1、约3∶1、约3.5∶1、约4∶1、约4.5∶1或约5∶1。在一些方面，所述方法包括从一个或多个另外的受试者获得一个或多个另外的生物学样品，其中(i)第二生物学样品中的miR-142-3p水平与(ii)第一生物学样品中的miR-142-3p水平的比率高于(i)所述一个或多个另外的生物学样品中的miR-142-3p水平与(ii)第一生物学样品中的miR-142-3p水平的比率；和将来自第二受试者的干细胞移植到第一受试者。在一些方面，所述第一受试者和第二受试者是HLA匹配的。在其他方面，所述第一受试者和第二受试者是HLA不匹配的。还提供了确定受试者是否将发展GVHD的方法，包括：(a)从已经经历干细胞移植的第一受试者获得第一生物学样品；(b)检测第一生物学样品中的miR-142-3p水平；(c)从第一受试者获得第二生物学样品，其中在从受试者获得第一生物学样品之后，从所述受试者获得第二生物学样品；(d)确定第二生物学样品中的miR-142-3p水平；(e)确定(i)第二生物学样品中的miR-142-3p水平与(ii)第一生物学样品中的miR-142-3p水平的比率；和(f)基于所述比率确定第一受试者将发展GVHD的可能性。一些方面包括对受试者治疗GVHD。在一些方面，治疗包括施用免疫抑制药、化疗、类固醇、抗真菌剂、和抗病毒剂或抗生素中的一种或多种。在一些方面，免疫抑制药包括环孢霉素、他克莫司、甲氨蝶呤、西罗莫司、霉酚酸和利妥昔单抗中的一种或多种；化疗包括甲氨蝶呤；类固醇包括泼尼松或甲基泼尼松龙；抗真菌剂包括泊沙康唑；抗病毒剂包括阿昔洛韦或伐昔洛韦；和抗生素包括磺胺甲恶唑。还提供了确定GVHD治疗的功效的方法，包括：(a)从已经用抗GVHD疗法治疗的第一受试者获得第一生物学样品；(b)检测第一生物学样品中的miR-142-3p水平；(c)从第一受试者获得第二生物学样品，其中在从受试者获得第一生物学样品之后，从所述受试者获得第二生物学样品；(d)确定第二生物学样品中的miR-142-3p水平；(e)确定(i)第二生物学样品中的miR-142-3p水平与(ii)第一生物学样品中的miR-142-3p水平的比率；和(f)基于所述比率确定抗GVHD疗法的功效。一些方面包括，如果所述比率低于约2∶1，则改变GVHD的治疗。在一些方面，抗GVHD疗法包括免疫抑制药、化疗、类固醇、抗真菌剂、和抗病毒剂或抗生素中的一种或多种。在一些方面，免疫抑制药包括环孢霉素、他克莫司、甲氨蝶呤、西罗莫司、霉酚酸和利妥昔单抗中的一种或多种；化疗包括甲氨蝶呤；类固醇包括泼尼松或甲基泼尼松龙；抗真菌剂包括泊沙康唑；抗病毒剂包括阿昔洛韦或伐昔洛韦；和抗生素包括磺胺甲恶唑(sulfamethoxazole)。在一些方面，所述第一受试者和/或第二受试者是哺乳动物，例如人。在一些方面，所述第一生物学样品和/或第二生物学样品选自组织、细胞、活组织检查、血液、淋巴液、血清、血浆、尿液、唾液、粘液和眼泪。在特定方面，所述样品包括血液或血浆。还提供了用于实施所提供的方法的组合物。在一些方面，所述组合物包含用于确定生物学样品中的miR-142-3p水平的探针阵列，所述阵列包含与miR-142-3p杂交的多个探针。在一些方面，所述组合物包含用于确定生物学样品中的miR-142-3p水平的试剂盒，包括用于进行生物学样品中的miR-142-3p表达水平的确定的探针阵列和说明书。在一些方面，所述探针阵列包括具有与其附着的多个探针的固相支持物。还提供了确定受试者中GVHD的风险、预后和/或诊断的方法，包括定量衍生自所述受试者的生物学样品中存在的至少一种生物学标志物的量、由其组成或基本上由其组成，其中所述生物学标志物包含与GVHD有关的miRNA、由其组成或基本上由其组成。一些方面包括对移植受体选择供体的方法，包括以下、由以下组成或基本上由以下组成：(a)从所述供体获得生物学样品；(b)确定所述生物学样品中与GVHD有关的一种或多种miRNA生物学标志物的表达水平；(c)比较所述生物学样品中所述一种或多种miRNA生物学标志物的表达水平与对照的表达水平，其中miRNA表达低于对照指示匹配差；和(d)不选择所述供体用于移植。在一些方面，所述方法还包括匹配供体-受体HLA匹配，其中(a)供体-受本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种方法，其中包括：/n(a)从处于GVHD风险的第一受试者获得第一生物学样品，和/n(b)检测所述样品中的miR-142-3p水平。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180419 US 62/659,8071.一种方法，其中包括：
(a)从处于GVHD风险的第一受试者获得第一生物学样品，和
(b)检测所述样品中的miR-142-3p水平。


2.权利要求1的方法，其中所述样品与从未处于GVHD风险的第二受试者获得的第二生物学样品相比，具有降低水平的miR-142-3p。


3.权利要求1或2的方法，其中所述第一受试者需要骨髓干细胞移植。


4.权利要求2或3的方法，还包括将从第一受试者获得的样品中的miR-142-3p水平与从第二受试者获得的miR-142-3p水平进行比较。


5.权利要求1-4中任一项的方法，还包括确定第一受试者中GVHD的风险、预后或诊断。


6.权利要求1-5中任一项的方法，还包括对第一受试者执行干细胞移植。


7.选择干细胞移植供体的方法，包括：
(a)从第一受试者获得第一生物学样品并且从第二受试者获得第二生物学样品；
(b)检测第一生物学样品和第二生物学样品中的miR-142-3p水平；
(c)确定(i)第二生物学样品中的miR-142-3p水平与(ii)第一生物学样品中的miR-142-3p水平的比率；和
(d)基于所述比率确定第一受试者将发展GVHD的可能性。


8.权利要求7的方法，还包括基于所述比率选择移植供体。


9.权利要求7的方法，还包括基于所述比率不选择移植供体。


10.权利要求7的方法，还包括如果(i)∶(ii)的比率是至少约2∶1，则将来自第二受试者的干细胞移植到第一受试者。


11.权利要求10的方法，其中所述比率是约2.5∶1、约3∶1，约3.5∶1、约4∶1、约4.5∶1或约5∶1。


12.权利要求7的方法，还包括
从一个或多个另外的受试者获得一个或多个另外的生物学样品，其中(i)第二生物学样品中的miR-142-3p水平与(ii)第一生物学样品中的miR-142-3p水平的比率高于(i)所述一个或多个另外的生物学样品中的miR-142-3p水平与(ii)第一生物学样品中的miR-142-3p水平的比率；和
将来自第二受试者的干细胞移植到第一受试者。


13.权利要求2-12中任一项的方法，其中所述第一受试者和所述第二受试者是HLA匹配的。


14.权利要求2-12中任一项的方法，其中所述第一受试者和所述第二受试者是HLA不匹配的。


15.确定受试者是否将发展GVHD的方法，包括：
(a)从已经经历干细胞移植的第一受试者获得第一生物学样品；
(b)检测所述第一生物学样品中的miR-142-3p水平；
(c)从第一受试者获得第二生物学样品，其中在从所述受试者获得第一生物学样品之后，从该受试者获得第二生物学样品；
(d)确定第二生物学样品中的miR-142-3p水平；
(e)确定(i)第二生物学样品中的miR-142-3p水平与(ii)第一生物学样品中的miR-142...

【专利技术属性】
技术研发人员：何有文，王宇，N·赵，
申请(专利权)人：杜克大学，
类型：发明
国别省市：美国;US