基于CpG的猪肉色性状全基因组甲基化位点的定位方法技术

本发明专利技术公开了本发明专利技术公开一种基于CpG的猪肉色性状全基因组甲基化位点的定位方法，该甲基化位点基于国际猪参考基因组11.1版本参考序列12号染色体上，该位点上呈高甲基化水平。本发明专利技术提供的CpG甲基化位点与大白猪的肉色性状黄度值显著相关，因此可以通过鉴定该位点CpG甲基化来筛选肉色稳定性良好的大白猪，进而得到肉质良好的商品猪肉，因而具有重要的经济效益和社会价值。

【技术实现步骤摘要】
基于CpG的猪肉色性状全基因组甲基化位点的定位方法
本专利技术涉及分子生物学领域，特别是涉及一种基于CpG的猪肉色性状全基因组甲基化位点的定位方法。
技术介绍
养猪业的目的是满足人们不断增长的对猪肉及其制品的消费需求，这既包括对其量的需求，也包括对其质的需求。在猪的遗传育种过程中，猪的生产性能一直是主要的育种目标，并且已经取得了显著的成果。然而近年来，随着我国规模化养猪业的发展和人们生活水平的提升，消费者对高品质的猪肉的需求越来越迫切，猪肉的品质也越发引起人们的重视。肉色是肉质性状中最重要的测量指标之一，是肌肉的生理学、生物化学和微生物学变化的外部表现，也是衡量猪肉质量的一个重要的经济指标。当前研究肉色性状常用的方法是通过分子标记以及全基因组关联分析挖掘与肉色性状关联的SNP位点和候选基因，然而，肉色性状受多种因素影响，表观遗传变异也是影响性状的一个重要因素。因此通过开发和利用新的方法来改良猪肉品质意义重大。大白猪以生长速度快、瘦肉率高的特点而被作为生猪产业中主要的引进品种，但是其猪肉品质与中国地方猪相比较差，这会对养殖产业造成巨大的经本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基于CpG的猪肉色性状全基因组甲基化位点的定位方法，其特征在于，包括以下步骤：/nS1、选择实验猪；/nS2、校正实验猪的肉色性状表型数据；/nS3、采集实验猪的肌肉组织样品，提取基因组DNA；/nS4、对提取的基因组DNA进行质量和浓度检测，选择质量合格的基因组DNA进行简化代表性甲基化测序，提取CpG位点甲基化水平信息；/nS5、采用R软件CpGassoc包对校正后的实验猪的表型性状和全基因组CpG位点甲基化水平进行关联分析，其分析模型为：y＝Xm+An+e，其中，y表示矫正后的表型性状向量；m表示CpG位点甲基化程度；n表示剩余CpG位点甲基化程度；e表示残差效应向量；X和A分别...

【技术特征摘要】
1.一种基于CpG的猪肉色性状全基因组甲基化位点的定位方法，其特征在于，包括以下步骤：
S1、选择实验猪；
S2、校正实验猪的肉色性状表型数据；
S3、采集实验猪的肌肉组织样品，提取基因组DNA；
S4、对提取的基因组DNA进行质量和浓度检测，选择质量合格的基因组DNA进行简化代表性甲基化测序，提取CpG位点甲基化水平信息；
S5、采用R软件CpGassoc包对校正后的实验猪的表型性状和全基因组CpG位点甲基化水平进行关联分析，其分析模型为：y＝Xm+An+e，其中，y表示矫正后的表型性状向量；m表示CpG位点甲基化程度；n表示剩余CpG位点甲基化程度；e表示残差效应向量；X和A分别表示m和a的关联矩阵；
S6、采用Bonferroni校正法控制多重检验对关联分析结果进行校正，将显著性阈值确定为P＜7.79e-8，绘制关联分析Manhattan图，由Manhattan图显示与肉色性状显著相关的关键位点。


2.根据权利要求1所述的基于CpG的猪肉色性状全基因组甲基化位点的定位方法，其特征在于，步骤S2中，校正实验猪的肉色性状表型数据，建立的回归模型如下：Y＝parity+year+month+gender+weight+Farm+e，其中，Y为肉色形状；parity为胎次；year为年度；month为月度；gender为性别；weight为屠宰重；Farm为场次；e为残差。


3.根据权利要求1所述的基于CpG的猪肉色性状全基因组甲基化位点的定位方法，其特征在于，步骤S3中，提取基因组DNA的方法如下：
S31、取黄豆大小组织样，尽量剪碎放入离心管中，加入裂解液及蛋白酶K；
S32、样品置于55℃恒温箱中孵育，至管中无组织块为止；
S33、加入Tris饱...

【专利技术属性】
技术研发人员：唐国庆，王凯，吴平先，周洁，陈德娟，杨喜堤，
申请(专利权)人：四川农业大学，
类型：发明
国别省市：四川;51