使用靶基因表达的线性组合评价细胞信号传导途径活性制造技术

本发明专利技术涉及使用靶基因表达的线性组合评价细胞信号传导途径活性。本申请主要涉及至少基于在医学受试者的组织和/或细胞的提取样品中测量的细胞信号传导途径的一种或多种靶基因的表达水平，用于推断医学受试者的组织和/或细胞中的细胞信号传导途径的活性的具体方法，包含配置为执行此类方法的数字压缩机的仪器，和存储可通过数字处理装置执行此类方法的指令的非瞬时性存储介质。

【技术实现步骤摘要】
使用靶基因表达的线性组合评价细胞信号传导途径活性本申请是申请日为2013年12月18日的中国专利申请201380073861.6“使用靶基因表达的线性组合评价细胞信号传导途径活性”的分案申请。
本文描述的主题主要涉及生物信息学、基因组处理领域、蛋白质组学处理领域和相关领域。
技术介绍
基因组和蛋白质组学分析已基本实现，且提出医学领域例如肿瘤学中的临床应用的潜在希望，其中多种癌症已知与基因组突变/变异的特异性组合和/或特异性基因的高或低表达水平相关，所述特异性基因在癌症的生长和进化例如细胞增殖和转移中起作用。例如，Wnt信号传导途径影响细胞增殖的调节，并且是高度调节的。由于调节丧失导致的高Wnt途径活性已与癌症关联，在所述癌症中有恶性结肠肿瘤。虽然不限于任何具体操作理论，但认为恶性肿瘤细胞中的Wnt途径失调导致高Wnt途径活性，其依次又引起恶性结肠细胞的细胞增殖，即结肠癌的传播。另一方面，例如在骨质疏松症的情况下，异常低的途径活性也可能是有利的。获得基因组和蛋白组学数据的技术在临床背景下已变得容易获得。例如，通过微阵列的测量常规用本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种非诊断方法，其用于至少基于在医学受试者的组织和/或细胞的提取样品中测量的细胞信号传导途径的三种或多种靶基因的表达水平(20)，推断医学受试者的组织和/或细胞中的细胞信号传导途径的活性，其中所述推断包括：/n测定在所述医学受试者的组织和/或细胞的提取样品中的转录因子(TF)元件水平(46)，所述TF元件控制细胞信号传导途径的三种或多种靶基因的转录，所述测定至少部分基于评估将细胞信号传导途径的三种或多种靶基因的表达水平与TF元件的水平关联的数学模型(40-1，...，40-3)，所述模型基于三种或多种靶基因的表达水平的一种或多种线性组合；和/n基于在所述医学受试者的组织和/或细胞的提取样品...

【技术特征摘要】
20121226 US 61/7458391.一种非诊断方法，其用于至少基于在医学受试者的组织和/或细胞的提取样品中测量的细胞信号传导途径的三种或多种靶基因的表达水平(20)，推断医学受试者的组织和/或细胞中的细胞信号传导途径的活性，其中所述推断包括：
测定在所述医学受试者的组织和/或细胞的提取样品中的转录因子(TF)元件水平(46)，所述TF元件控制细胞信号传导途径的三种或多种靶基因的转录，所述测定至少部分基于评估将细胞信号传导途径的三种或多种靶基因的表达水平与TF元件的水平关联的数学模型(40-1，...，40-3)，所述模型基于三种或多种靶基因的表达水平的一种或多种线性组合；和
基于在所述医学受试者的组织和/或细胞的提取样品中测定的TF元件水平，推断所述医学受试者的组织和/或细胞中的细胞信号传导途径的活性；
其中所述推断通过使用细胞信号传导途径的模型的数字处理装置(12)来执行，
其中对于三种或多种靶基因各自，提供在所述医学受试者的组织和/或细胞的提取样品中测量的三种或多种表达水平，并且其中所述一种或多种线性组合包含对于所述三种或多种靶基因提供的三种或多种表达水平的所有表达水平的线性组合，或
其中对于三种或多种靶基因各自，提供在所述医学受试者的组织和/或细胞的提取样品中测量的三种或多种表达水平，并且其中所述一种或多种线性组合包含对于所述三种或多种靶基因各自包括加权项的线性组合，每个加权项基于对于分别的靶基因提供的三种或多种表达水平的仅一种表达水平，或
其中对于三种或多种靶基因各自，提供在所述医学受试者的组织和/或细胞的提取样品中测量的三种或多种表达水平，其中所述一种或多种线性组合对于所述三种或多种靶基因各自包含对于分别的靶基因提供的三种或多种表达水平的所有表达水平的第一线性组合，并且其中所述模型进一步至少部分基于对于所述三种或多种靶基因各自包括加权项的进一步的线性组合，每个加权项基于对于分别的靶基因的第一线性组合，
其中所述细胞信号传导途径包含Wnt途径、ER途径、AR途径或HH途径，其中所述推断包括：
至少基于在所述医学受试者的组织和/或细胞的提取样品中测量的所述Wnt途径的至少三种靶基因的表达水平(20)，推断所述医学受试者的组织和/或细胞中的Wnt途径的活性，所述靶基因选自下述：KIAA1199、AXIN2、RNF43、TBX3、TDGF1、SOX9、ASCL2、IL8、SP5、ZNRF3、KLF6、CCND1、DEFA6和FZD7；和/或
至少基于在所述医学受试者的组织和/或细胞的提取样品中测量的所述ER途径的至少三种靶基因的表达水平(20)，推断所述医学受试者的组织和/或细胞中的ER途径的活性，所述靶基因选自下述：CDH26、SGK3、PGR、GREB1、CA12、XBP1、CELSR2、WISP2、DSCAM、ERBB2、CTSD、TFF1和NRIP1；和/或
至少基于在所述医学受试者的组织和/或细胞的提取样品中测量的所述HH途径的至少三种靶基因的表达水平(20)，推断所述医学受试者的组织和/或细胞中的HH途径的活性，所述靶基因选自下述：GLI1、PTCH1、PTCH2、IGFBP6、SPP1、CCND2、FST、FOXL1、CFLAR、TSC22D1、RAB34、S100A9、S100A7、MYCN、FOXM1、GLI3、TCEA2、FYN和CTSL1；和/或
至少基于在所述医学受试者的组织和/或细胞的提取样品中测量的所述AR途径的至少三种靶基因的表达水平(20)，推断所述医学受试者的组织和/或细胞中的AR途径的活性，所述靶基因选自下述：KLK2、PMEPA1、TMPRSS2、NKX3_1、ABCC4、KLK3、FKBP5、ELL2、UGT2B15、DHCR24、PPAP2A、NDRG1、LRIG1、CREB3L4、LCP1、GUCY1A3、AR和EAF2。


2.权利要求1的方法，其中所述推断进一步基于在所述医学受试者的组织和/或细胞的提取样品中测量的所述Wnt途径的至少一种靶基因的表达水平(20)，所述靶基因选自下述：NKD1、OAT、FAT1、LEF1、GLUL、REG1B、TCF7L2、COL18A1、BMP7、SLC1A2、ADRA2C、PPARG、DKK1、HNF1A和LECT2。


3.权利要求1的方法，其中所述推断进一步基于在所述医学受试者的组织和/或细胞的提取样品中测量的所述ER途径的至少一种靶基因的表达水平(20)，所述靶基因选自下述：AP1B1、ATP5J、COL18A1、COX7A2L、EBAG9、ESR1、HSPB1、IGFBP4、KRT19、MYC、NDUFV3、PISD、PRDM15、PTMA、RARA、SOD1和TRIM25。


4.权利要求1的方法，其中所述推断进一步基于在所述医学受试者的组织和/或细胞的提取样品中测量的所述HH途径的至少一种靶基因的表达水平(20)，所述靶基因选自下述：BCL2、FOXA2、FOXF1、H19、HHIP、IL1R2、JAG2、JUP、MIF、MYLK、NKX2.2、NKX2.8、PITRM1和TOM1。


5.权利要求1的方法，其中所述推断进一步基于在所述医学受试者的组织和/或细胞的提取样品中测量的所述AR途径的至少一种靶基因的表达水平(20)，所述靶基因选自下述：APP、NTS、PLAU、CDKN1A、DRG1、FGF8、IGF1、PRKACB、PTPN1、SGK1和TACC2。


6.权利要求1-5中任一项的方法，其中所述方法用于下述活动的至少一种中：
基于所述医学受试者的组织和/或细胞中的所述细胞信号传导途径的推断活性的不利效应预测；
药物开发；
测定开发；
途径研究；
基于所述医学受试者的组织和/或细胞中的所述细胞信号传导途径的推断活性，所述医学受试者在临...

【专利技术属性】
技术研发人员：H·J·范奥伊詹，W·F·J·维哈伊格，P·A·范德维伊，
申请(专利权)人：皇家飞利浦有限公司，
类型：发明
国别省市：荷兰;NL