检测癌症中微卫星不稳定性的生物标志物组和方法技术

本发明专利技术总体涉及癌症领域，特别是涉及具有微卫星不稳定性(MSI)和/或错配修复(MMR‑)缺陷的癌症。这类癌症的实例包括许多结肠直肠、胃和子宫内膜肿瘤。因此，本发明专利技术提供了用于分析MSI基因座的新诊断标志物组，以及使用所述组用于检测具有微卫星不稳定性(MSI)和/或错配修复(MMR‑)缺陷的癌症的方法和试剂盒。

Biomarkers and methods for detecting microsatellite instability in cancer

The present invention relates generally to the field of cancer, in particular to cancer with microsatellite instability (MSI) and / or mismatch repair (MMR \u2212) defects. Examples of this type of cancer include many colorectal, gastric and endometrial tumors. Therefore, the present invention provides a new set of diagnostic markers for the analysis of MSI loci, and methods and kits for detecting cancers with microsatellite instability (MSI) and / or mismatch repair (MMR \u2212) defects using the set.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】检测癌症中微卫星不稳定性的生物标志物组和方法
本专利技术一般地涉及癌症领域，特别是涉及具有微卫星不稳定性(MSI)和/或错配修复(MMR-)缺陷的癌症。这类癌症的实例包括许多结肠直肠、胃和子宫内膜肿瘤。因此，本专利技术提供了用于分析MSI基因座的新诊断标志物组，以及使用所述组用于检测具有微卫星不稳定性(MSI)和/或错配修复(MMR-)缺陷的癌症的方法和试剂盒。
技术介绍
在欧洲和美国，每年大约有440,000名患者被诊断患有结肠直肠癌(CRC)。最近的指南，例如NCCNGuidelinesforPatients:ColonCancerVersion1.2017和ESMOClinicalPracticeGuidelinesonfamilialrisk-colorectalcancer,建议在所有CRC患者进行关于DNA错配修复(MMR)缺陷和/或MSI状态的肿瘤测试。然而，由于这些测试隐含的技术复杂性，今天这些测试仍未得到充分利用。特别是，很难测试MMR缺乏隐含的所有可能突变，尽管存在筛选它的替代方法，但目前的测定法仍需要在实验室中的大量操作时本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.用于分析生物学样品中的MSI基因座的生物标志物组，该组包括映射至GRCh38/hg38人参考基因组的以下同聚物重复区域或其突变形式：/n包含11个连续腺嘌呤的同聚物重复，其定位在人DIDO1基因并起始于位置chr20:62,905,340；/n包含11个连续腺嘌呤的同聚物重复，其定位在人MRE11基因并起始于位置chr11:94,479,765；/n包含10个连续腺嘌呤的同聚物重复，其定位在人SULF2基因并起始于位置chr20:47,657,577；和/n包含8个连续腺嘌呤的同聚物重复，其定位在人ACVR2A基因并起始于位置chr2:147,926,117。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180123 EP 18153056.9;20180419 EP 18168304.61.用于分析生物学样品中的MSI基因座的生物标志物组，该组包括映射至GRCh38/hg38人参考基因组的以下同聚物重复区域或其突变形式：
包含11个连续腺嘌呤的同聚物重复，其定位在人DIDO1基因并起始于位置chr20:62,905,340；
包含11个连续腺嘌呤的同聚物重复，其定位在人MRE11基因并起始于位置chr11:94,479,765；
包含10个连续腺嘌呤的同聚物重复，其定位在人SULF2基因并起始于位置chr20:47,657,577；和
包含8个连续腺嘌呤的同聚物重复，其定位在人ACVR2A基因并起始于位置chr2:147,926,117。


2.根据权利要求1的组，还包括映射至GRCh38/hg38人参考基因组的以下同聚物重复区域或其突变形式的任何一个、两个或全部：
包含9个连续胸腺嘧啶的同聚物重复，其定位在人SEC31A基因并起始于位置chr4:82,864,412；
包含10个连续腺嘌呤的同聚物重复，其定位在人BTBD7基因并起始于位置chr14:93,241,685；
包含10个连续腺嘌呤的同聚物重复，其定位在人RYR3基因并起始于位置chr15:33,865,341。


3.分析生物学样品中的MSI基因座的方法，包括以下步骤：
-确定映射至GRCh38/hg38人参考基因组的以下同聚物重复中的核苷酸数量：
包含11个连续腺嘌呤的同聚物重复，其定位在人DIDO1基因并起始于位置chr20:62,905,340；
包含11个连续腺嘌呤的同聚物重复，其定位在人MRE11基因并起始于位置chr11:94,479,765；
包含10个连续腺嘌呤的同聚物重复，其定位在人SULF2基因并起始于位置chr20:47,657,577；和
包含8个连续腺嘌呤的同聚物重复，其定位在人ACVR2A基因并起始于位置chr2:147,926,117。


4.根据权利要求3的方法，还包括确定映射至GRCh38/hg38的以下同聚物重复区域的任何一个、两个或所有中的核苷酸数量：
包含9个连续胸腺嘧啶的同聚物重复，其定位在人SEC31A基因并起始于位置chr4:82,864,412；
包含10个连续腺嘌呤的同聚物重复，其定位在人BTBD7基因并起始于位置chr14:93,241,685；
包含10个连续腺嘌呤的同聚物重复，其定位在人RYR3基因并起始于位置chr15:33,865,341。


5.根据权利要求3-4中任一项的方法，还包括以下步骤：
-扩增包含权利要求3-4中所列的同聚物重复或其突变形式的核酸区域。


6.根据权利要求5的方法，其中扩增的步骤导致生成熔解曲线数据。


7.根据权利要求6的方法，还包括以下步骤：
(a)在熔解曲线数据上应用小波变换；和
(b)使用从(a)获得的结果确定权利要求3-4中所列的任何同聚物重复中的核苷酸数量。
...

【专利技术属性】
技术研发人员：B·德克拉内，K·德坎涅瑞，J·万德维尔德，G·马尔滕斯，
申请(专利权)人：比奥卡尔齐斯股份有限公司，
类型：发明
国别省市：比利时;BE