本发明专利技术提供一种对大肠杆菌Ｏ１７２型（ＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉＯ１７２）的Ｏ－抗原特异的核苷酸，它是大肠杆菌Ｏ１７２型中控制Ｏ－抗原合成的基因簇的核苷酸全序列，如ＳＥＱＩＤＮＯ：１所示的分离的核苷酸，全长１２８５０个碱基；或者具有一个或多个插入、缺失或取代的碱基，同时保持所述分离的核苷酸功能的ＳＥＱＩＤＮＯ：１的核苷酸；还包括源于大肠杆菌Ｏ１７２型的Ｏ－抗原基因簇中的糖基转移酶基因和寡糖单位处理基因的寡核苷酸；本发明专利技术通过ＰＣＲ证实寡核苷酸对大肠杆菌Ｏ１７２型的Ｏ－抗原都有高度的特异性；本发明专利技术还公开了用本发明专利技术的寡核苷酸检测和鉴定人体及环境中的大肠杆菌Ｏ１７２型的方法。（*该技术在2023年保护过期，可自由使用*）
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及大肠杆菌O172型(Escherichia coli O172)中控制O-抗原合成的基因簇的核苷酸全序列，特别是涉及大肠杆菌O172型中控制O-抗原合成的基因簇中的寡核苷酸，可利用这些对O-抗原特异的寡核苷酸快速、准确地检测人体及环境中的大肠杆菌O172型并鉴定这些致病菌中的O-抗原。因为O-抗原是极强的抗原，是大肠杆菌重要的致病因素之一，同时它又具有极强的多样性，这启示我们能研究一种快速、准确地检测志大肠杆菌及其O-抗原的特异性好、灵敏度高的方法。以表面多糖为目标的血清学免疫反应自上世纪30年代以来一直被用于对细菌的分型和鉴定，是鉴定致病菌的唯一的手段。这种诊断方法需要大量的抗血清，而抗血清一般种类不全，数量不足，大量的抗血清在制备和储存中也存在一些困难。另一方面此法耗时长、灵敏度低、漏检率高、准确性差，所以，现在普遍认为这种传统的血清学检测方法将为现代分子生物学方法取代。1993年，Luk，J.M.C et.al用沙门氏菌(S.enterica)O-抗原基因簇的特异核苷酸序列通过PCR方法鉴定了沙门氏菌的O-抗原。Luk，et.al的方法是将相应于沙门氏菌血清型E1，D1，A，B和C2的O-抗原内的CDP-阿比可糖和CDP-泰威糖的合成基因的核苷酸序列排列后得到对不同血清型的沙门氏菌特异的寡核苷酸。1996年，Paton，A.W et.al用对E.coli O111的O-抗原特异的源于wbdI基因的寡核苷酸鉴定了一株产毒素的E.coli O111的血清型，但是后来的研究表明Paton，A.W et.al的用源于wbdI基因的寡核苷酸鉴定E.coli O111的血清型的方法有假阳性结果出现。Bastin D.A.and Reeves，P.R.认为，这是由于wbdI基因是一个推测的糖合成路径基因，而在其它细菌的O-抗原的结构中也可能有这个糖，所以糖合成路径基因对于O-抗原并不是高度特异的志贺氏菌有46种血清型，但只有33种不同的O-抗原，大肠杆菌有166种不同的O-抗原，二者亲缘关系非常近，并且有12种是大肠杆菌和志贺氏菌共有的 本专利技术的次一目的是提供了大肠杆菌O172型的O-抗原基因簇的全长核苷酸序列。本专利技术的另一目的是提供了构成大肠杆菌O172型的O-抗原基因簇的基因转运酶的基因即wzx基因或与wzx有相似功能的基因；聚合酶基因即wzy基因或与wzy有相似功能的基因；糖基转移酶基因，包括orf3，orf4，orf5，orf9基因。本专利技术的又一目的是提供了寡核苷酸，它们分别源于大肠杆菌O172型的O-抗原基因簇中编码糖基转移酶的基因包括orf3，orf4，orf5，orf9基因；源于编码转运酶的基因即wzx基因或与wzx有相似功能的基因、源于编码聚合酶的基因即wzy基因或与wzy有相似功能的基因；它们是上述基因内的寡核苷酸，长度在10-20nt；它们对大肠杆菌O172型的O-抗原是特异的；尤其是表1中列出的寡核苷酸，它们对大肠杆菌O172型的O-抗原是高度特异的，而且这些寡核苷酸还可重新组合，组合后的寡核苷酸对大肠杆菌O172型的O-抗原也是高度特异的。本专利技术的再一目的是提供的上述寡核苷酸可作为引物用于核酸扩增反应，或者作为探针用于杂交反应，或者用于制造基因芯片或微阵列，从而通过这些方法检测和鉴定大肠杆菌O172型的O-抗原及检测和鉴定大肠杆菌O172型。本专利技术的还一目的是提供了分离大肠杆菌O172型的O-抗原基因簇的全序列的方法。按照本方法操作可以获得其他细菌的O-抗原基因簇的全序列，也可以获得编码其他多糖抗原的细菌的基因簇的全序列。本专利技术的目的是由以下技术方案实现的。本专利技术对大肠杆菌O172型的O-抗原特异的核苷酸，其是如SEQ ID NO1所示的分离的核苷酸，全长12850个碱基；或者具有一个或多个插入、缺失或取代的碱基，同时保持所述分离的核苷酸功能的SEQ ID NO1的核苷酸。前述的对大肠杆菌O172型的O-抗原特异的核苷酸，其由10个基因组成，都位于galF基因和gnd基因之间。前述的对大肠杆菌O172型的O-抗原特异的核苷酸，其中所述的基因是转运酶的基因，包括wzx基因或与wzx有相似功能的基因；聚合酶基因wzy基因或与wzy有相似功能的基因；糖基转移酶基因，包括orf3、orf4、orf5、orf9基因；其中所述的基因wzx是SEQ ID NO1中的1120至2388碱基的核苷酸；wzy是SEQ ID NO1中的2381至3556碱基的核苷酸；orf3是SEQ IDNO1中的3553至4335碱基的核苷酸；orf4是SEQ ID NO1中的4335至5423碱基的核苷酸；orf5是SEQ ID NO1中的5420至6499碱基的核苷酸；orf9是SEQ ID NO1中的9795至11003碱基的核苷酸。前述的对大肠杆菌O172型的O-抗原特异的核苷酸，其中它是源于所述的wzx基因、wzy基因或糖基转移酶基因orf3、orf4、orf5、orf9基因；以及它们的混合或它们的重组。前述的对大肠杆菌O172型的O-抗原特异的核苷酸，其中所述的所述的源于wzx基因的寡核苷酸对是SEQ ID NO1中的1166至1182碱基的核苷酸和1854至1870碱基的核苷酸；SEQ ID NO1中的1415至1434碱基的核苷酸和2286至2303碱基的核苷酸；SEQ ID NO1中的1157至1174碱基的核苷酸和1934至1951碱基的核苷酸；源于wzy基因的寡核苷酸对是SEQ IDNO1中的2610至2627碱基的核苷酸和3452至3470碱基的核苷酸；SEQ IDNO1中的2711至2728碱基的核苷酸和3460至3477碱基的核苷酸；SEQ IDNO1中的2742至2759碱基的核苷酸和3480至3496碱基的核苷酸；源于orf3基因的寡核苷酸对是SEQ ID NO1中的3660至3677碱基的核苷酸和4255至4274碱基的核苷酸；SEQ ID NO1中的3728至3745碱基的核苷酸和4296至4313碱基的核苷酸；SEQ ID NO1中的3752至3769碱基的核苷酸和4308至4325碱基的核苷酸；源于orf4基因的寡核苷酸对是SEQ ID NO1中的4391至4410碱基的核苷酸和5211至5228碱基的核苷酸；SEQ ID NO1中的4463至4470碱基的核苷酸和5271至5289碱基的核苷酸；SEQ ID NO1中的4515至4530碱基的核苷酸和5396至5418碱基的核苷酸；源于orf5基因的寡核苷酸对是SEQ ID NO1中的5435至5452碱基的核苷酸和5992至6009碱基的核苷酸；SEQ ID NO1中的5687至5704碱基的核苷酸和6230至6247碱基的核苷酸；SEQ ID NO1中的5724至5741碱基的核苷酸和6319至6336碱基的核苷酸；源于orf9基因的寡核苷酸对是SEQ ID NO1中的9825至9842碱基的核苷酸和10687至10704碱基的核苷酸；SEQ ID NO1中的10001至10017碱基的核苷酸和10682至10699碱基的核苷酸；SEQ ID NO1中的10201至10218碱基的核苷酸和1本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种对大肠杆菌Ｏ１７２型的Ｏ－抗原特异的核苷酸，其特征在于，其是如ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１所示的分离的核苷酸，全长１２８５０个碱基；或者具有一个或多个插入、缺失或取代的碱基，同时保持所述分离的核苷酸功能的ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１的核苷酸。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
【专利技术属性】
技术研发人员：王磊，郭宏杰，冯露，
申请(专利权)人：南开大学，
类型：发明
国别省市：12[中国|天津]
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