本发明专利技术公开了一种黄牛MOGAT1基因SNP标记辅助选择生长性状的方法及应用：以黄牛全基因组DNA为模板，使用特异性引物扩增MOGAT1基因部分片段，使用限制性内切酶TaqⅠ消化PCR产物，对酶切后的片段进行琼脂糖凝胶电泳；根据琼脂糖凝胶电泳结果鉴定黄牛MOGAT1基因突变位点g.25940T>C的基因型；本发明专利技术利用PCR‑RFLP法进行DNA水平的分型检测，发现了与黄牛体重等生长性状密切相关的SNP标记，可以用于生长性状的标记辅助选择，快速建立遗传资源优良的黄牛专门化肉用种群。
【技术实现步骤摘要】
黄牛MOGAT1基因SNP标记辅助选择生长性状的方法及应用
本专利技术属于分子遗传育种领域，涉及黄牛MOGAT1基因突变位点g.25940T>C的单核苷酸多态性(SNP)的检测方法。
技术介绍
当前已有多种分子标记得到了大量使用，包括单核苷酸多态性(SNP)等。SNP技术具有以下几个优点：(1)SNP数量巨大，在全基因组上都有分布；(2)SNP的遗传具有稳定性，发生突变的概率低，这也使SNP具有在分子标记辅助选择方面的研究意义和应用价值；(3)大多数SNP属于二等位基因，利于大规模确定群体中个体的基因型。PCR-RFLP是在SNPs检测中较为常用的一种方法。此方法的原理是利用限制性内切酶的酶切位点的特异性，作用于同一DNA片段，然后对酶切后的产物进行核酸电泳检测，以判断是否为SNP位点以及碱基替换的类型(石磊等2007)。单酰基甘油-O-酰基转移酶1(MOGAT1)属于高等生物单酰甘油酰基转移酶(MGAT)家族成员之一。MOGAT1在体外具有MOGAT活性，但其在三酰甘油(Tag)代谢中的生理功能尚不清楚，研究表明，MOGAT1对肝脏中三酰甘油的合成起到的作用很小，下调MOGAT1可改善糖代谢和肝脏胰岛素信号转导(AgarwalAK2016)。MOGAT1基因mRNA在动物脂肪组织、胃、肾脏中均有表达，而在小肠中无表达。MOGAT2基因和MOGAT3基因在肠道中均有高表达，可能通过从脂肪酸和单酰甘油中重新合成甘油三酯，在肠道膳食脂肪吸收中发挥重要作用。而体外实验表明MOGAT3也具有显著的DGAT(二酯酰甘油酰基转移酶)活性。初期、持续性解除MOGAT1的调控可能与有利于MOGAT1表达的组蛋白修饰相关(Martaetal.2018.)。目前关于黄牛MOGAT1基因SNP及其对生长性状的影响尚未见报道。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种黄牛MOGAT1基因SNP标记辅助选择生长性状的方法及应用，从而加快良种选育速度。为达到上述目的，本专利技术采用了以下技术方案：一种检测黄牛MOGAT1基因单核苷酸多态性的方法，包括以下步骤：以黄牛(秦川牛、夏南牛、皮南牛和云岭牛四个品种)个体全基因组DNA为模板，以特异性引物对P1为引物，通过PCR扩增黄牛个体MOGAT1基因部分片段；用限制性内切酶TaqⅠ酶切PCR扩增产物，对酶切后的片段进行琼脂糖凝胶电泳；根据琼脂糖凝胶电泳结果鉴定黄牛个体MOGAT1基因第25940位单核苷酸多态性位点的基因型；所述引物对P1为：上游引物F：5′-TCAATGTATGTGGGCATGTTTGA-3′；下游引物R：5′-TTAAATGCAACTGTTCTGGGTGG-3′。优选的，所述PCR的扩增反应程序为：95℃预变性5min；94℃变性30s，59.1℃退火40s，72℃延伸30s，共36个循环；72℃延伸10min。优选的，所述琼脂糖凝胶电泳采用质量浓度为2.0％的琼脂糖凝胶。优选的，根据MOGAT1基因第25940位的单核苷酸多态性，TT基因型表现为461bp的一个条带；CC基因型表现为260和201bp的两个条带；TC基因型表现为461、201和260bp的三个条带。上述检测黄牛MOGAT1基因单核苷酸多态性的方法在黄牛分子标记辅助选择育种中的应用，所述单核苷酸多态性位点是用于黄牛肉用生长性状(例如，体重等)早期选育的分子标记位点。一种检测黄牛MOGAT1基因单核苷酸多态性的试剂盒，该试剂盒包括上述引物对P1。本专利技术的有益效果体现在：本专利技术根据所发现的分布于黄牛种群(秦川牛、夏南牛、皮南牛和云岭牛)中的MOGAT1基因第25940位T到C的突变(g.25940T>C)，并利用该突变所形成的限制性内切酶酶切位点，提出了基于PCR-RFLP法的黄牛MOGAT1基因单核苷酸多态性检测方法；该方法通过电泳检测，可以准确、快速、方便的对MOGAT1基因第25940位进行单核苷酸多态性分型鉴定。本专利技术通过将黄牛MOGAT1基因单核苷酸多态性与体重等生长性状进行关联分析，发现上述突变位点具有可用于黄牛分子育种中辅助选择的SNP标记，从而可以通过生长性状的标记辅助选择，快速建立遗传资源优良的黄牛专门化肉用种群。附图说明图1为黄牛MOGAT1基因现出多态性的25940位突变g.25940T>C的测序图；图2为黄牛MOGAT1基因PCR扩增产物TaqI酶切条带电泳图；其中M表示Marker。具体实施方式下面结合附图和实施例对本专利技术做进一步详细说明。所述实施例是对本专利技术的解释，而不是对本专利技术保护范围的限制。本专利技术利用PCR-RFLP法对对四个黄牛品种(秦川牛、夏南牛、皮南牛和云岭牛)MOGAT1基因第25940位突变位点(g.25940T>C)进行单核苷酸多态性(SNP)检测，并将该位点不同基因型与黄牛生长性状进行关联分析，筛选到与黄牛体重等生长性状密切相关的SNP标记，可根据SNP类型进行生长性状优异的黄牛种群的选育，具体过程如下。1、黄牛血液样本采集秦川牛：共计102头成年基础母牛，年龄2岁，采自陕西省宝鸡市扶风县秦川肉牛良种繁育中心，采集时间：2013年1月。夏南牛：共计60年基础母牛，年龄2岁，采集自河南省驻马店市泌阳县夏南牛科技有限公司，采集时间：2016年1月。皮南牛：共计100头成年基础母牛，年龄2岁，采自河南省南阳市新野县，采集时间：2016年2月。云岭牛：共计130头成年基础母牛，年龄2岁，采自云南省昆明市官渡区小哨乡草地动物科学研究院，采集时间：2018年9月。针对进行了血样采集的各品种黄牛，收集了相应黄牛的体尺数据。2、血样基因组DNA的提取①冷冻血样(主要为血细胞)室温解冻，吸取500μL血液于1.5mL离心管中，加入等体积的磷酸缓冲液(PBS)混匀，温和摇动，4℃、12000r/min离心5min，弃去上清液，重复上述步骤至上清液透明。②在离心管中加入DNA抽提缓冲液500μL，轻轻吹打，使血细胞沉淀脱离离心管壁，37℃水浴1h。③加蛋白酶K至5μL(20mg/mL)，并混匀，55℃水浴中消化过夜(16h左右)至絮状沉淀不见，溶液澄清，尚未澄清的，可补加10μL蛋白酶K混匀，继续消化直至澄清。④将反应液冷却至室温，加入500μLTris饱和酚，温和摇动15min，使其充分混匀，4℃、12000r/min离心10min，将上层水相转入另一灭菌离心管，重复本步骤1次。⑤加入氯仿500μL，温和摇动20min，充分混匀，4℃、12000r/min离心15min，将上层水相转入另一灭菌的1.5mL离心管。⑥加入氯仿:异戊醇混合液(24:1)500μL，充分混合20min，4℃、12000r/min离心10min，将上清液转入另一1.5mL离心管中。⑦加入0.1倍体积的NaAc缓冲液及2倍体积本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种检测黄牛MOGAT1基因单核苷酸多态性的方法，其特征在于：包括以下步骤：/n以黄牛基因组DNA为模板，通过PCR扩增MOGAT1基因部分片段，用限制性内切酶酶切扩增产物，对酶切后的片段进行琼脂糖凝胶电泳，根据琼脂糖凝胶电泳结果鉴定黄牛MOGAT1基因第25940位单核苷酸多态性位点的基因型。/n
【技术特征摘要】
1.一种检测黄牛MOGAT1基因单核苷酸多态性的方法，其特征在于：包括以下步骤：
以黄牛基因组DNA为模板，通过PCR扩增MOGAT1基因部分片段，用限制性内切酶酶切扩增产物，对酶切后的片段进行琼脂糖凝胶电泳，根据琼脂糖凝胶电泳结果鉴定黄牛MOGAT1基因第25940位单核苷酸多态性位点的基因型。
2.根据权利要求1所述一种检测黄牛MOGAT1基因单核苷酸多态性的方法，其特征在于：所述PCR的扩增引物为：
上游引物F：5′-TCAATGTATGTGGGCATGTTTGA-3′；
下游引物R：5′-TTAAATGCAACTGTTCTGGGTGG-3′。
3.根据权利要求1所述一种检测黄牛MOGAT1基因单核苷酸多态性的方法，其特征在于：所述PCR的扩增反应程序为：95℃预变性5min；94℃变性30s，59.1℃退火40s，72℃延伸30s，共36个循环；72℃延伸10min。
4.根据权利要求1所述一种检测黄牛MOGAT1基因单核苷酸多态性的方法，其特征在于：所述限制性内切酶选自TaqⅠ。
5.根据权利要求1所述一种检测黄牛MOGAT1基因单核苷酸多态性的方法，其...
【专利技术属性】
技术研发人员：刘贤，黄永震，吕世杰，杨鹏，刘燕蓉，宋天，王二耀，蔡雯雯，贺花，张子敬，王建钦，田全召，施巧婷，陈付英，徐照学，茹宝瑞，雷初朝，陈宏，
申请(专利权)人：河南省畜牧总站，
类型：发明
国别省市：河南;41
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