【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】胞啃介导的表位发现相关申请的交叉引用本申请要求2017年7月25日提交的美国临时申请第62/536,828号的权益，在此通过引用将该申请以其整体并入用于所有目的。关于联邦资助的研究或开发的声明本专利技术根据国立卫生研究院(theNationalInstituteofHealth)授予的批准第CA199090号在政府支持下完成。政府在本专利技术中拥有某些权利。序列表本申请包含序列表，该序列表已经通过EFS-Web提交并且在此通过引用以其整体并入。于20XX年XX月创建的所述ASCII副本被命名为XXXXXUS_sequencelisting.txt并且大小为X,XXX,XXX字节。背景T细胞通过与靶细胞的直接、抗原特异性接触来介导适应性免疫。每种T细胞的抗原特异性由其独特的T细胞受体(TCR)决定1，所述T细胞受体(TCR)结合呈递在靶细胞或抗原呈递细胞(APC)表面的主要组织相容性复合体(MHC)蛋白分子上的关联(cognate)肽配体(表位)。通常，识别自身MHC上的自身配体的初生(nascent)T细胞在胸腺阴性选择期间被消除，从而产生成熟T细胞库(repertoire)，所述成熟T细胞具有结合被呈递在受感染的细胞上的外来配体、被呈递在癌细胞上的突变的自身配体(新表位)、或被呈递在APC上的多种来源的配体的能力。以此方式，TCR抗原特异性指导T细胞帮助B细胞产生抗体并使抗体成熟，以活化固有效应物、维持对自身的免疫耐受性以及直接杀死受感染的细胞和癌细胞，它们全都以准确靶向的方式进行。TCR配体...
【技术保护点】
1.一种抗原鉴定的方法，所述方法包括以下步骤：/na)提供一种或更多种表达抗原特异性T细胞受体(TCR)的细胞群体；/nb)提供一种或更多种靶细胞群体，其中所述靶细胞群体将一种或更多种抗原肽呈递在一种或更多种主要组织相容性复合体(MHC)等位基因上；/nc)使所述一种或更多种表达抗原特异性TCR的细胞群体与所述一种或更多种靶细胞群体接触，其中所述接触包括提供足以用于所述一种或更多种表达抗原特异性TCR的细胞群体中的至少一种特异性结合所述一种或更多种靶细胞群体中的至少一种的条件，并且其中在结合之后，一种或更多种膜组分在至少一种表达抗原特异性TCR的细胞与至少一种靶细胞之间转移；/nd)分离或已经分离/ni)感兴趣的靶细胞，其中所述感兴趣的靶细胞包含在接触步骤(c)之后从所述至少一种表达抗原特异性TCR的细胞转移的所述一种或更多种膜组分，以及任选地/nii)感兴趣的表达TCR的细胞，其中所述感兴趣的表达TCR的细胞包含在接触步骤(c)之后从所述至少一种靶细胞转移的所述一种或更多种膜组分；并且/ne)确定或已经确定/ni)与所述感兴趣的靶细胞相关的一种或更多种抗原肽的序列，/nii)与所述感...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170725 US 62/536,8281.一种抗原鉴定的方法，所述方法包括以下步骤：
a)提供一种或更多种表达抗原特异性T细胞受体(TCR)的细胞群体；
b)提供一种或更多种靶细胞群体，其中所述靶细胞群体将一种或更多种抗原肽呈递在一种或更多种主要组织相容性复合体(MHC)等位基因上；
c)使所述一种或更多种表达抗原特异性TCR的细胞群体与所述一种或更多种靶细胞群体接触，其中所述接触包括提供足以用于所述一种或更多种表达抗原特异性TCR的细胞群体中的至少一种特异性结合所述一种或更多种靶细胞群体中的至少一种的条件，并且其中在结合之后，一种或更多种膜组分在至少一种表达抗原特异性TCR的细胞与至少一种靶细胞之间转移；
d)分离或已经分离
i)感兴趣的靶细胞，其中所述感兴趣的靶细胞包含在接触步骤(c)之后从所述至少一种表达抗原特异性TCR的细胞转移的所述一种或更多种膜组分，以及任选地
ii)感兴趣的表达TCR的细胞，其中所述感兴趣的表达TCR的细胞包含在接触步骤(c)之后从所述至少一种靶细胞转移的所述一种或更多种膜组分；并且
e)确定或已经确定
i)与所述感兴趣的靶细胞相关的一种或更多种抗原肽的序列，
ii)与所述感兴趣的表达TCR的细胞相关的TCR肽的TCR序列的至少一部分，或
iii)与所述感兴趣的靶细胞相关的一种或更多种抗原肽的序列以及与所述感兴趣的表达TCR的细胞相关的TCR肽的TCR序列的至少一部分。
2.一种抗原鉴定的方法，所述方法包括以下步骤：
a)提供表达抗原特异性TCR的抗原特异性T细胞群体；
b)提供多于一种靶细胞群体，其中所述靶细胞群体将抗原肽呈递在主要组织相容性复合体(MHC)等位基因上；
c)使所述抗原特异性T细胞群体与所述多于一种靶细胞群体接触，其中所述接触包括提供足以用于所述抗原特异性T细胞群体特异性结合所述多于一种靶细胞群体中的至少一种的条件，并且其中在结合之后，一种或更多种膜组分在抗原特异性T细胞与至少一种靶细胞之间转移；
d)分离或已经分离
i)感兴趣的靶细胞，其中所述感兴趣的靶细胞包含在接触步骤(c)之后从表达抗原特异性TCR的所述细胞转移的所述一种或更多种膜组分；以及
e)确定或已经确定与所述感兴趣的靶细胞相关的一种或更多种抗原肽的序列，
其中确定步骤(e)包括从所述感兴趣的靶细胞纯化一种或更多种多核苷酸或已经从所述感兴趣的靶细胞纯化一种或更多种多核苷酸，并且对纯化的多核苷酸或使用纯化的多核苷酸作为模板产生的任何多核苷酸进行测序或已经对纯化的多核苷酸或使用纯化的多核苷酸作为模板产生的任何多核苷酸进行测序。
3.一种抗原特异性TCR鉴定的方法，所述方法包括以下步骤：
a)提供一种或更多种表达抗原特异性TCR的细胞群体；
b)提供一种或更多种靶细胞群体，其中所述靶细胞群体将一种或更多种抗原肽呈递在一种或更多种主要组织相容性复合体(MHC)等位基因上；
c)使所述一种或更多种表达抗原特异性TCR的细胞群体与所述一种或更多种靶细胞群体接触，其中所述一种或更多种表达抗原特异性TCR的细胞群体中的至少一种特异性结合所述一种或更多种靶细胞群体中的至少一种，并且其中在结合之后，一种或更多种膜组分在至少一种表达抗原特异性TCR的细胞与至少一种靶细胞之间转移；
d)分离或已经分离
i)感兴趣的表达TCR的细胞，其中所述感兴趣的表达TCR的细胞包含在接触步骤(c)之后从所述至少一种靶细胞转移的所述一种或更多种膜组分，或者其中所述感兴趣的表达TCR的细胞显示出在接触步骤(c)之后从所述至少一种表达抗原特异性TCR的细胞转移的所述一种或更多种膜组分的丢失，以及任选地
ii)感兴趣的靶细胞，其中所述感兴趣的靶细胞包含在接触步骤(c)之后从所述至少一种表达抗原特异性TCR的细胞转移的所述一种或更多种膜组分；并且
e)确定或已经确定
i)与所述感兴趣的靶细胞相关的一种或更多种抗原肽的序列，
ii)编码与所述感兴趣的表达TCR的细胞相关的TCR肽的TCR序列的至少一部分，或
iii)与所述感兴趣的靶细胞相关的一种或更多种抗原肽的序列以及编码与所述感兴趣的表达TCR的细胞相关的TCR肽的TCR序列的至少一部分。
4.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种表达抗原特异性TCR的细胞群体包括永生化细胞系。
5.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种表达抗原特异性TCR的细胞群体包括一种或更多种抗原特异性T细胞群体。
6.如权利要求5所述的方法，其中所述一种或更多种抗原特异性T细胞群体选自由以下组成的组：细胞毒性T细胞(CTL)群体、CD8+T细胞群体、CD4+T细胞群体、原代T细胞群体、离体培养的T细胞群体、肿瘤浸润性T细胞群体、自身免疫性T细胞群体、病原体特异性T细胞群体、调节性T细胞群体、耗竭性T细胞、记忆T细胞群体，自然杀伤T细胞群体、γ-δ(γδ)T细胞群体、工程化T细胞群体、永生化T细胞系及其组合。
7.如权利要求5-6中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种抗原特异性T细胞群体中的至少一种从受试者分离。
8.如权利要求7所述的方法，其中所述受试者已知患有癌症或被怀疑患有癌症。
9.如权利要求1-8中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种表达抗原特异性TCR的细胞群体中的至少一种是人类细胞。
10.如权利要求1-9中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种表达抗原特异性TCR的细胞群体中的至少一种包含一种或更多种外源性TCR，任选地其中所述一种或更多种表达抗原特异性TCR的细胞群体不表达内源性TCR。
11.如权利要求10所述的方法，其中所述一种或更多种外源性TCR由一种或更多种TCR多核苷酸序列编码，其中所述一种或更多种TCR多核苷酸序列被可操作地连接至启动子核苷酸序列。
12.如权利要求11所述的方法，其中所述一种或更多种外源性TCR包括TCRα链和TCRβ链。
13.如权利要求11所述的方法，其中所述一种或更多种外源性TCR包括TCRγ链和TCRδ链。
14.如权利要求12或13所述的方法，其中所述外源性TCR的链在同一TCR多核苷酸序列上编码。
15.如权利要求11-14所述的方法，其中所述一种或更多种TCR多核苷酸序列选自由以下组成的组：病毒载体、cDNA、质粒、线性双链DNA载体、线性单链DNA载体和线性单链RNA载体。
16.如权利要求15所述的方法，其中所述病毒载体被整合到所述一种或更多种表达抗原特异性TCR的细胞群体的基因组中。
17.如权利要求10-16中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种外源性TCR在肿瘤样品中被鉴定出或已经在肿瘤样品中被鉴定出。
18.如权利要求17所述的方法，其中所述一种或更多种外源性TCR基于在所述肿瘤样品中的频率来选择。
19.如权利要求17或18所述的方法，其中所述一种或更多种外源性TCR基于表达所述一种或更多种外源性TCR的细胞的表型来选择。
20.如权利要求19所述的方法，其中所述表型选自由以下组成的组：PD-1阳性、CD39阳性、CD137阳性及其组合。
21.如权利要求1-20中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种表达抗原特异性TCR的细胞群体包含TCR共受体。
22.如权利要求21所述的方法，其中所述TCR共受体选自由以下组成的组：CD3、CD4、CD8或其组合。
23.如权利要求21所述的方法，其中所述TCR共受体是CD3。
24.如权利要求21-23中任一项所述的方法，其中所述TCR共受体是外源性TCR共受体，任选地，其中所述一种或更多种表达抗原特异性TCR的细胞群体不表达内源性TCR共受体。
25.如权利要求24所述的方法，其中所述外源性TCR共受体由TCR共受体多核苷酸序列编码，其中所述共受体多核苷酸序列被可操作地连接至启动子核苷酸序列。
26.如权利要求25所述的方法，其中所述TCR共受体多核苷酸序列选自由以下组成的组：病毒载体、cDNA、质粒、线性双链DNA载体、线性单链DNA载体和线性单链RNA载体。
27.如权利要求26所述的方法，其中所述病毒载体被整合到所述一种或更多种表达抗原特异性TCR的细胞群体的基因组中。
28.如权利要求1-27中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种靶细胞群体包括永生化细胞系。
29.如权利要求28所述的方法，其中所述永生化细胞系是K562细胞系。
30.如权利要求1-28中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种靶细胞群体包括专职性抗原呈递细胞(APC)群体。
31.如权利要求30所述的方法，其中所述专职性APC群体选自由以下组成的组：树突状细胞、巨噬细胞和B细胞。
32.如权利要求1-31中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种MHC等位基因中的至少一种包括外源性MHC等位基因，任选地，其中所述一种或更多种靶细胞群体不表达内源性MHC等位基因。
33.如权利要求32所述的方法，其中所述外源性MHC等位基因由一种或更多种MHC多核苷酸序列编码，其中所述一种或更多种MHC多核苷酸序列被可操作地连接至启动子核苷酸序列。
34.如权利要求33所述的方法，其中所述一种或更多种MHC多核苷酸序列选自由以下组成的组：病毒载体、cDNA、质粒、线性双链DNA载体、线性单链DNA载体和线性单链RNA载体。
35.如权利要求34所述的方法，其中所述病毒载体被整合到所述一种或更多种靶细胞群体的基因组中。
36.如权利要求1-35中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种MHC等位基因中的至少一种包括哺乳动物MHC等位基因。
37.如权利要求36所述的方法，其中所述哺乳动物MHC等位基因包括人类MHC等位基因。
38.如权利要求1-37中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种MHC等位基因中的至少一种包括MHCI类分子。
39.如权利要求38所述的方法，其中所述MHCI类分子选自由以下组成的组：HLA-A、HLA-B和HLA-C。
40.如权利要求1-37中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种MHC等位基因中的至少一种包括MHCII类分子。
41.如权利要求40所述的方法，其中所述MHCII类分子包括并且MHC分子选自由以下组成的组：HLA-DQ和HLA-DR。
42.如权利要求1-41中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种MHC等位基因中的至少一种包括单链三聚体(SCT)。
43.如权利要求1-42中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种MHC等位基因中的至少一种包括受试者的MHC等位基因。
44.如权利要求43所述的方法，其中所述受试者已知患有癌症或被怀疑患有癌症。
45.如权利要求1-44中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种抗原肽中的至少一种选自由以下组成的组：肿瘤相关表位、新表位、肿瘤新表位、病毒表位、磷酸化表位、细菌表位、微生物表位、组织特异性自身表位、自身表位及其组合。
46.如权利要求1-44中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种抗原肽包括新表位。
47.如权利要求46所述的方法，其中所述新表位通过分析来自受试者的肿瘤、病毒或细菌测序数据以鉴定一种或更多种体细胞突变来选择。
48.如权利要求47所述的方法，其中所述受试者已知患有癌症或被怀疑患有癌症。
49.如权利要求47或48所述的方法，其中所述分析使用计算机预测算法来进行。
50.如权利要求49所述的方法，其中所述预测算法包括预测新抗原与所述受试者的MHC等位基因之间的结合的MHC结合算法。
51.如权利要求50所述的方法，其中所述一种或更多种MHC等位基因中的至少一种是所述受试者的MHC等位基因。
52.如权利要求1-44中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种抗原肽中的每一种包括源自健康样品的抗原肽。
53.如权利要求1-52中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种抗原肽中的至少一种被呈递在MHCI类分子上。
54.如权利要求53所述的方法，其中被呈递在MHCI类分子上的一种或更多种抗原肽中的至少一种的长度为7-15个、7-10个、8-9个、7个、...
【专利技术属性】
技术研发人员：迈克尔·T·贝休恩，大卫·巴尔的摩，乔斯林·T·金姆，李贵登，斯蒂芬妮·王，
申请(专利权)人：加州理工学院，派克特制药公司，
类型：发明
国别省市：美国;US
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