一种与肾病综合征相关的肠道菌属Faecalitalea及其应用制造技术

本发明专利技术公开了肠道菌群在肾病综合征诊断中的应用，本发明专利技术通过对肾病综合征受试者的样本进行16SrRNA测序，首次发现了Faecalitalea的丰度在患者中存在显著性差异，提示可以通过检测Faecalitalea的丰度实现肾病综合征的早期精确诊断。

【技术实现步骤摘要】
一种与肾病综合征相关的肠道菌属Faecalitalea及其应用
本专利技术属于生物医学领域，涉及肠道菌群在肾病综合征诊断中的应用。
技术介绍
肾病综合征(nephroticsyndrom，NS)是目前肾脏疾病中最常见的一种，肾病综合征的患者主要表现为低蛋白血症、大量蛋白尿、高血脂及水肿的临床症状，其中大量蛋白尿和低蛋白血症是肾病综合征诊断必需条件。根据发病原因的不同，肾病综合征包括原发性和继发性两种情况。肾病综合征的进展及预后与基础疾病、合并症、并发症及肾脏病理类型等多种因素有关。感染、血栓栓塞、急性肾损伤、内分泌及代谢异常等是NS常见的并发症。其中血栓栓塞事件，是除了感染外最严重的并发症，其患者普遍存在高凝状态，血栓栓塞事件发生率高达2％～50％，具有非常高的发病率和死亡率，严重影响该病的治疗及预后。目前报道可以影响NS血栓栓塞事件发生的因素有很多，如发病年龄、病程长短、血清白蛋白水平、凝血功能、病理类型、病情严重程度等，但尚未有一致的结论。研究表明，病理类型为膜性肾病是肾小球肾炎患者发生血栓栓塞事件的独立危险因素。NS并发血栓栓塞症包括静脉血栓和动脉血栓，临床上静脉血栓发生率较动脉血栓高。其肺栓塞、肾静脉及深静脉血栓在临床中较常见，心脑等血管也是血栓高发部位。同时需要注意的是血栓对机体有较大的危害，如下肢出现血栓未及时接受治疗，患者可能会因此出现下肢瘫痪甚至残废，而心脑肾等重要脏器的血栓未及时处理则会危及生命。因此早期诊断、积极预防对NS合并血栓患者尤其重要。微生物群落与宿主之间的关系极为密切，据研究，肠道菌群失调与多种临床疾病密切相关。肠道菌群在肾病综合征发展过程中的作用并不明确，探究肠道菌群与肾病综合征的相关性，尤其是病理类型为膜性肾病的肾病综合征，寻找可用来进行早期诊断的微生物标志物具有重要的意义。
技术实现思路
为了弥补现有技术的不足，本专利技术的目的在于提供一种早期诊断肾病综合征的手段和产品。为了实现上述目的，本专利技术采用如下技术方案：本专利技术提供了检测微生物的试剂在制备诊断肾病综合征的产品中的应用，所述微生物为Faecalitalea(屎豆属菌)。进一步，所述产品通过测定样本中的微生物Faecalitalea(屎豆属菌)的丰度来确定受试者是否患有肾病综合征，其中所述样本包括细胞、组织、脏器、体液(血液、淋巴液等)、消化液、尿、粪便等。进一步，所述样本为粪便样本。进一步，所述试剂包括检测Faecalitalea(屎豆属菌)的特异性的引物、探针、反义寡核苷酸、适配体或抗体。进一步，特异性的引物是检测Faecalitalea(屎豆属菌)16SrRNA的引物。进一步，所述肾病综合征的病理类型为膜性肾小球肾炎。本专利技术提供了一种利用微生物标志物预测肾病综合征的系统，包括：核酸样本分离单元，用于从检测对象中分离肠道菌群核酸样本；测序单元，用于对分离的肠道菌群核酸样本进行测序，以获得测序结果；数据处理单元，用于根据测序结果，对肠道菌群中的所述微生物标志物的相对丰度进行检测，将所得到的相对丰度值进行分析，得出上述微生物标志物的临界值；结果判定单元，用于将数据处理单元得到的微生物标志物的临界值与设定诊断值进行比较。进一步，所述微生物标志物包括Faecalitalea(屎豆属菌)。本专利技术提供了一种诊断肾病综合征的产品，所述产品包括检测样本中Faecalitalea(屎豆属菌)丰度的试剂，其中所述产品包括试剂盒、芯片、核酸膜条。进一步，所述试剂包括检测Faecalitalea(屎豆属菌)的特异性的引物、探针、反义寡核苷酸、适配体或抗体。进一步，所述特异性的引物是检测Faecalitalea(屎豆属菌)16SrRNA的引物。作为一种可选择的实施方式，本专利技术提供了一种基于检测Faecalitalea(屎豆属菌)丰度的诊断肾病综合征的试剂盒。试剂盒组分如下：DNA提取试剂、特异性检测Faecalitalea(屎豆属菌)16SrRNA的引物对，反应缓冲液、三磷酸碱基脱氧核苷酸(dNTPs)、Taq-聚合酶逆转录酶、DNase、RNAse抑制剂、DEPC-水、无菌水、SYBRGreen荧光染料。本专利技术提供了Faecalitalea(屎豆属菌)在制备预测肾病综合征的计算模型中的应用。在本专利技术中，术语“生物标志物”应做广义理解，其包括任何能够反映异常状态的任何可检测生物指标，可以包含基因标志物、物种标志物(种标志物/属标志物)以及功能标志物。其中，基因标志物的含义并不局限于现有可以表达为且有生物活性的蛋白质的基因，还包括任何核酸片段，可以为DNA，也可以为RNA，可以是经修饰的DNA或者RNA，也可以为未经修饰的DNA或者RNA。在本文中基因标志物有时也可以称为特征片段。特别地，本专利技术的生物标志物为微生物标志物。根据本专利技术的实施例，分析肾病综合征的粪便样本。基于高通量测序数据，对肾病综合征呈现差异的肠道菌群进行统计，从而确定与肾病综合征相关的特异性序列。作为一种优选的实施方案，包括以下步骤：(1)样品的收集与处理：收集相关粪便样本，使用试剂盒进行DNA提取，得到核酸样本；(2)文库构建和测序：利用高通量测序进行DNA文库构建和测序，以便得到粪便样品中所包含肠道微生物的核酸序列；(3)通过生物信息学的分析方法确定结肾病综合征相关的特异性肠道微生物核酸序列。首先，获得所述个体的粪便样本中的核酸序列的测序数据，所述测序数据包括多个读段；组装所述读段，获得基因集，所述基因集包括多个组装片段，所述基因集中的组装片段为非冗余序列；确定所述标志物中的各种微生物包含的组装片段；依据所述测序数据，分别确定所述基因集中的各个组装片段的丰度，其中包括，分别确定所述标志物中的各种微生物包含的组装片段的丰度；分别依据所述确定的组装片段的丰度，确定各种微生物的丰度。在本专利技术中，测序依据所选的测序平台的不同，可选择但不限于半导体测序技术平台比如PGM，合成测序的技术平台比如Illumina公司的HISeq、Miseq序列平台以及单分子实时测序平台比如PaCBio序列平台。测序方式可以选择单端测序，也可以选择双末端测序，获得的下机数据是测读出来的片段，称为读段。在本专利技术中，所称的组装可以利用已知序列组装方法或软件进行，例如利用SOAPdenovo、velvet等。根据本专利技术的一个实施例，通过将基因集中的组装片段与微生物参考序列运用软件MetaGeneMark比对，依据与某种微生物参考序列的相似程度来判断组装片段是否来自该种微生物。所称参考序列指预先确定的序列，可以是预先获得的待测样本所属或者所包含的生物类别的任意参考模板，例如，若目标是待测样本中的微生物，参考序列可选择NCBI数据库中的各种微生物的参考基因组和或MetaHIT项目公开的DAcc肠道基因组，进一步地，也可以预先配置包含更多参考序列的资源库，例如依据待测样本来源的个体的状态、地域等因素选本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.检测微生物的试剂在制备诊断肾病综合征的产品中的应用，其特征在于，所述微生物为Faecalitalea。/n

【技术特征摘要】
1.检测微生物的试剂在制备诊断肾病综合征的产品中的应用，其特征在于，所述微生物为Faecalitalea。


2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述产品通过测定样本中的微生物Faecalitalea的丰度来确定受试者是否患有肾病综合征。


3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述样本为粪便样本。


4.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述试剂包括检测Faecalitalea的特异性的引物、探针、反义寡核苷酸、适配体或抗体。


5.根据权利要求4的应用，其特征在于，所述特异性的引物是检测Faecalitalea16SrRNA的引物。


6.根据权利要求1-5任一项所述的应用，其特征在于，所述肾病综合征的病理类型为膜性肾小球肾炎。


7.一种利用微生物标志物预测肾病综合征的系统，其特征在于，包括：
核酸样本分离单元，用于从检测对象中分离肠道菌群核酸样本；
测序单...

【专利技术属性】
技术研发人员：张森，王琰，张东明，王伟达，李昭君，
申请(专利权)人：中国医学科学院药物研究所，
类型：发明
国别省市：北京;11