一种新型冠状病毒2019-nCoV数字PCR超敏检测试剂盒及检测方法技术

本发明专利技术公开了一种新型冠状病毒2019‑nCoV数字PCR超敏检测试剂盒及检测方法，所述新型冠状病毒2019‑nCoV包括ORF1ab基因、N基因和E基因，所述试剂盒包括数字PCR反应液A、数字PCR反应液B、数字PCR引物混合液C和阴性对照溶液D，所述数字PCR引物混合液C包括用于检测新型冠状病毒新型冠状病毒2019‑nCoV的ORF1ab基因、N基因和E基因的正向引物、反向引物和引物探针，引物探针上设有至少一个荧光基团；检测方法包括以下几个步骤：核酸样本提取；PCR反应体系的配置；制备液滴；PCR扩增；结果分析与判定。本发明专利技术具有使快速准确检测新型冠状病毒2019‑nCoV的三个基因，检测过程不依赖于扩增曲线的阈值进行定量，不受扩增效率的影响，无需依靠标准曲线来测定核算量，操作简便，灵敏度高等优点。

【技术实现步骤摘要】
一种新型冠状病毒2019-nCoV数字PCR超敏检测试剂盒及检测方法
本专利技术涉及新型冠状病毒检测的
，特别是一种新型冠状病毒2019-nCoV数字PCR超敏检测试剂盒及检测方法的

技术介绍
2019年12月以来，陆续发现了多例不明原因肺炎病例，现已证实为一种新型冠状病毒感染引起的急性呼吸道传染病。基于目前的流行病学调查，潜伏期一般为3-7天，最长不超过14天。鉴于该病潜伏期患者也可进行人传人现象，目前迫切需要一种灵敏和精确的方法，用于快速检测2019新型冠状病毒感染所引起的肺炎的。而《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案》明确规定疑似病例，需要具备以下病原学证据之一者才能确诊：1.呼吸道标本或血液标本实时荧光RT-PCR检测新型冠状病毒核酸阳性；2.呼吸道标本或血液标本病毒基因测序，与已知的新型冠状病毒高度同源。目前，各厂家快速研发的2019-nCov实时荧光RT-PCR试剂盒并不稳定，特别是个别病例在不同时间经5次以上的检测后结果由阴性转为阳性，为临床诊断和疾病控制带来极大的困难。因此实时荧光RT-PCR对有限的标本材料以及早期低病毒含量样本的检测仍存在一定的应用限制，如检测过程依赖于扩增曲线的阈值(CT)进行定量，受扩增效率的影响。与前述实时荧光RT-PCR相比，NGS虽然可以鉴定新的病毒株，也可用于早期低病毒含量样本的检测或实时荧光RT-PCR检测可疑或灰区结果的确认，但鉴于目前大多数医院缺乏测序设备、缺乏生信人员来协助测序结果的解读、缺乏研发阶段的流程和试剂配比的优化、缺乏阳性和阴性参考品的设立以及初步预临床试验的支持，再加上NGS的成本高和检测周期较长，目前还不适合于常规临床检测。
技术实现思路
本专利技术的目的就是解决现有技术中的问题，提出一种新型冠状病毒2019-nCoV数字PCR超敏检测试剂盒及检测方法，针对病毒3个靶基因设计特异性引物探针，数字PCR利用泊松分布计算出目标拷贝数，实现单分子检测，能够使快速准确检测新型冠状病毒2019-nCoV的三个基因，且操作简便灵敏度高。为实现上述目的，本专利技术提出了一种新型冠状病毒2019-nCoV数字PCR超敏检测试剂盒，所述新型冠状病毒2019-nCoV包括ORF1ab基因、N基因和E基因，所述试剂盒包括数字PCR反应液A、数字PCR反应液B、数字PCR引物混合液C和阴性对照溶液D，所述数字PCR引物混合液C包括用于检测新型冠状病毒新型冠状病毒2019-nCoV的ORF1ab基因、N基因和E基因的正向引物、反向引物和引物探针，引物探针上设有至少一个荧光基团。作为优选，所述检测新型冠状病毒新型冠状病毒2019-nCoV的ORF1ab基因用的正向引物、反向引物和引物探针分别为ORF1ab-F、ORF1ab-R和ORF1ab-P，所述ORF1ab-F的正向引物序列为5’-CCCTGTGGGTTTTACACTTAA-3’，所述ORF1ab-F的反向引物序列为5’-ACGATTGTGCATCAGCTGA-3’，所述ORF1ab-P的探针序列为5’-ROX-CCGTCTGCGGTATGTGGAAAGGTTATGG-BHQ2-3’，其中，ROX为荧光基团，BHQ2为淬灭基团。作为优选，所述检测新型冠状病毒新型冠状病毒2019-nCoV的ORF1ab基因的N基因的正向引物、反向引物和引物探针分别为N-F、N-R、N-P，所述N-F的引物序列为5’-GGGGAACTTCTCCTGCTAGAAT-3’，所述N-R的引物序列为5’-CAGACATTTTGCTCTCAAGCTG-3’，所述N-P的探针序列为5’-FAM-TTGCTGCTGCTTGACAGATT-BHQ1-3’，其中，FAM为荧光基团，BHQ1为淬灭基团。作为优选，所述检测新型冠状病毒新型冠状病毒2019-nCoV的E基因的F基因的正向引物、反向引物和引物探针分别为E-F、E-R、E-P，所述E-F的引物序列为5’-ACAGGTACGTTAATAGTTAATAGCGT-3’，所述E-R的引物序列为5’-ATATTGCAGCAGTACGCACACA-3’，所述E-P的探针序列为5’-CY5-ACACTAGCCATCCTTACTGCGCTTCG-BHQ2-3’，其中CY5为荧光基团，BHQ2为淬灭基团。作为优选，所述正向引物和反向引物的浓度为600nM，所述引物探针的浓度为200nM。作为优选，所述数字PCR反应液A包括PCR缓冲液、Mg2+、dNTPs、逆转录酶、热启动DNA酶，所述数字PCR反应液B为DTT溶液,所述阴性对照溶液D为生理盐水，所述PCR缓冲液为Tris-Hcl缓冲液。本专利技术还提出了一种采用上述新型冠状病毒2019-nCoV数字PCR超敏检测试剂盒的检测方法，包括以下几个步骤：第一步，核酸样本提取；第二步，PCR反应体系的配置；第三步，制备液滴：取适量PCR反应液转移至液滴芯片中并进行油相封闭，放入样本制备仪中进行液滴制备处理，液滴芯片上生成液滴；第四步，PCR扩增：将生成好液滴的液滴芯片放入PCR扩增仪中，设置PCR反应程序进行PCR扩增；第五步，结果分析与判定：将经过PCR扩增后的液滴芯片放入生物芯片阅读仪中，生物芯片阅读仪对液滴芯片进行拍照并依据软件进行液滴定位和计算，获得各通道的阳性拷贝数浓度并根据各通道的阳性拷贝数浓度判定核酸样本的阴阳性；其中，各通道的阳性拷贝数浓度判定时，若ROX≥0.2copy/μL，该通道判定为阳性；若ROX<0.1copy/μL,则该通道阴性或低于本试剂盒的检测下限；若ROX≥0.1copy/μL且ROX<0.2copy/μL,则为灰区，需重新检测；若复检ROX<0.1copy/μL,则该通道阴性或低于本试剂盒的检测下限，若ROX≥0.1copy/μL，则报告该通道阳性；若FAM≥0.2copy/μL，该通道判定为阳性；若FAM<0.1copy/μL,则该通道阴性或低于本试剂盒的检测下限；若FAM≥0.1copy/μL且FAM<0.2copy/μL,则为灰区，需重新检测；若复检FAM<0.1copy/μL,则该通道阴性或低于本试剂盒的检测下限，若FAM≥0.1copy/μL，则报告该通道阳性；若CY5≥0.2copy/μL，该通道判定为阳性；若CY5<0.1copy/μL,则该通道阴性或低于本试剂盒的检测下限；若CY5≥0.1copy/μL且CY5<0.2copy/μL,则为灰区，该通道报告疑似阳性，需重新检测；若复检CY5<0.1copy/μL,则该通道阴性或低于本试剂盒的检测下限，若CY5≥0.1copy/μL，则报告该通道阳性；其中，以上3通道中至少2通道为阳性则核酸样本结果判定为阳性；若只有1通道为阳性，则核酸样本结果判读为疑似阳性；若3通道均为阴性，则核酸样本结果判读为阴性。作为优选，所述第二步中PCR反应体系总体积为15μL且依次为2μL的数本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种新型冠状病毒2019-nCoV数字PCR超敏检测试剂盒，所述新型冠状病毒2019-nCoV包括ORF1ab基因、N基因和E基因，其特征在于：所述试剂盒包括数字PCR反应液A、数字PCR反应液B、数字PCR引物混合液C和阴性对照溶液D，所述数字PCR引物混合液C包括用于检测新型冠状病毒新型冠状病毒2019-nCoV的ORF1ab基因、N基因和E基因的正向引物、反向引物和引物探针，引物探针上设有至少一个荧光基团。/n

【技术特征摘要】
1.一种新型冠状病毒2019-nCoV数字PCR超敏检测试剂盒，所述新型冠状病毒2019-nCoV包括ORF1ab基因、N基因和E基因，其特征在于：所述试剂盒包括数字PCR反应液A、数字PCR反应液B、数字PCR引物混合液C和阴性对照溶液D，所述数字PCR引物混合液C包括用于检测新型冠状病毒新型冠状病毒2019-nCoV的ORF1ab基因、N基因和E基因的正向引物、反向引物和引物探针，引物探针上设有至少一个荧光基团。


2.如权利要求1所述的新型冠状病毒2019-nCoV数字PCR超敏检测试剂盒，其特征在于：所述检测新型冠状病毒新型冠状病毒2019-nCoV的ORF1ab基因用的正向引物、反向引物和引物探针分别为ORF1ab-F、ORF1ab-R和ORF1ab-P，所述ORF1ab-F的正向引物序列为5’-CCCTGTGGGTTTTACACTTAA-3’，所述ORF1ab-F的反向引物序列为5’-ACGATTGTGCATCAGCTGA-3’，所述ORF1ab-P的探针序列为5’-ROX-CCGTCTGCGGTATGTGGAAAGGTTATGG-BHQ2-3’，其中，ROX为荧光基团，BHQ2为淬灭基团。


3.如权利要求1所述的新型冠状病毒2019-nCoV数字PCR超敏检测试剂盒，其特征在于：所述检测新型冠状病毒新型冠状病毒2019-nCoV的ORF1ab基因的N基因的正向引物、反向引物和引物探针分别为N-F、N-R、N-P，所述N-F的引物序列为5’-GGGGAACTTCTCCTGCTAGAAT-3’，所述N-R的引物序列为5’-CAGACATTTTGCTCTCAAGCTG-3’，所述N-P的探针序列为5’-FAM-TTGCTGCTGCTTGACAGATT-BHQ1-3’，其中，FAM为荧光基团，BHQ1为淬灭基团。


4.如权利要求1所述的新型冠状病毒2019-nCoV数字PCR超敏检测试剂盒，其特征在于：所述检测新型冠状病毒新型冠状病毒2019-nCoV的E基因的F基因的正向引物、反向引物和引物探针分别为E-F、E-R、E-P，所述E-F的引物序列为5’-ACAGGTACGTTAATAGTTAATAGCGT-3’，所述E-R的引物序列为5’-ATATTGCAGCAGTACGCACACA-3’，所述E-P的探针序列为5’-CY5-ACACTAGCCATCCTTACTGCGCTTCG-BHQ2-3’，其中CY5为荧光基团，BHQ2为淬灭基团。


5.如权利要求1所述的新型冠状病毒2019-nCoV数字PCR超敏检测试剂盒，其特征在于：所述正向引物和反向引物的浓度为600nM，所述引物探针的浓度为200nM。


6.如权利要求1至5中任一项所述的新型冠状病毒2019-nCoV数字PCR超敏检测试剂盒，其特征在于：所述数字PCR反应液A包括PCR缓冲液、Mg2+、dNTPs、逆转录酶、热启动DNA酶，所述数字PCR反应液B为DTT溶液,所述阴性对照溶液D为生理盐水，所述P...

【专利技术属性】
技术研发人员：李强，曹丽萍，徐威，张辉，马涛，孙聪，
申请(专利权)人：绍兴同创医疗器械有限公司，
类型：发明
国别省市：浙江;33