一种用于淋巴瘤预后判断的方法、试剂盒及应用技术

本发明专利技术涉及基因突变检测领域，具体讲，涉及一种用于淋巴瘤预后判断的方法、试剂盒及应用。本发明专利技术通过数据分析计算IPI分型为中高危患者的预后风险值，协助区分高危与低危风险人群，能有效地区分出IPI分型无法确定的潜在不复发的患者，减少此类患者过度治疗的现象，从而降低患者的不良影响，有助于节省治疗成本，同时还能改善患者的生活条件。

【技术实现步骤摘要】
一种用于淋巴瘤预后判断的方法、试剂盒及应用
本专利技术涉及基因突变检测领域，具体讲，涉及一种用于淋巴瘤预后判断的方法、试剂盒及应用。
技术介绍
淋巴瘤是我国发病率最高的血液系统恶性肿瘤，具有种类多样、分型复杂的特点。在我国的癌症发病率的统计中位列前十。作为异质性很强的疾病，传统的淋巴瘤分类主要依托于病理形态、细胞遗传学和单基因突变的检测方法，对淋巴瘤细胞来源及恶性程度进行判断。在现有的对淋巴瘤的认识及多参数分类方法，大体上可以分为霍奇金淋巴瘤(Hodgkin’sLymphoma,HL)和非霍奇金淋巴瘤(Non-Hodgkin’sLymphoma,NHL)两大类，后者又可以进一步根据免疫细胞来源分为如B细胞非霍奇金淋巴瘤或T细胞非霍奇金淋巴瘤等不同类别。在我国，弥漫大B细胞淋巴瘤(DiffuseLargeBCellLymphoma,DLBCL)是非霍奇金淋巴瘤中较为常见的且具有高度异质性的侵袭性淋巴瘤。发病率占到非霍奇金淋巴瘤(NHL)总数的30％和占B-细胞非霍奇金淋巴瘤(B-NHL)总数的50％以上。虽然现在有超过60％的DLBCL病患能够通过一利妥昔单抗(R)联合联合环磷酰胺(CTX)、阿霉素(ADR)、长春新碱(VCR)、强的松(Pred)的R-CHOP方案治疗达到完全缓解(CompleteRemission,CR)，但是仍然有进1/3以上的患者短期内出现复发，针对这类高危患者，需要在R-CHOP方案的基础上，联合大剂量化疗和自体造血干细胞移植，因此早期发现此类高危患者，意义重大。目前预后评分主要采用IPI国际预后指数(IntationalPrognosisIndex，IPI)，纳入包括如患者的年龄、血清LDH水平、AnnArbor分期、结外疾病、体能状况、是否中枢侵犯等因素，将DLBCL分为不同的危险度，区分患者生存预后情况。然而，IPI评分主要针对患者的自身状态，没有考虑肿瘤本身的生物学特征，由于DLBCL肿瘤背景的复杂性，因此判断高危患者能力有限。随着分子生物学技术的发展，大量研究表明，DLBCL中存在数百种异常的突变，每个DLBCL患者体内可能存在其中一种至十几种不等的基因改变，从而构成每个患者独有的分子学背景，产生特定的预后和药物反应特征。因而如何寻找淋巴瘤相关的分子标记物，从肿瘤生物学本质上揭示患者预后成为了研发发展的主要方向。2018年，R.Schmitz和B.Chapuy分别进行了针对DLBCL分子病理的全球多中心临床研究，对上百例患者的几百个相关基因进行了研究，依据基因变化的特点，分别鉴定出了4类和5类的DLBCL分子亚型，不仅从分子生物学的角度解释了DLBCL的致病过程，还发现一些驱动基因的改变可能与DLBCL的预后相关，如：CD79A/B、CARD11、TNFAIP3激活BCR-NF-KB信号通路，TP53、PTEN的突变使抑癌基因失去抑癌作用，这些都会加速疾病的进展，携带此类突变的患者预后往往不良。该分子分型，目前在国际上广泛认可，被一些研究性医院作为DLBCL高危患者筛选的重要手段。由于人群的差异性，以西方人数据建立起来的模型算法在中国人群中并不适用，检测比例很低。如何建立一个适合中国人群DLBCL预后检测模型成为了国内淋巴瘤研究者研究的热点。鉴于此，特提出本专利技术。
技术实现思路
本专利技术的首要专利技术目的在于提供一种用于淋巴瘤预后判断的方法。本专利技术的第二专利技术目的在于提供一种用于淋巴瘤预后判断的试剂盒。本专利技术的第三专利技术目的在于提供淋巴瘤预后相关基因的应用。为了完成本专利技术的专利技术目的，采用的技术方案为：本专利技术涉及一种淋巴瘤预后评估方法，至少包括以下步骤：获得所述待测者的所述淋巴瘤预后相关基因的测序数据；对所述测序数据进行数据分析，获得所述淋巴瘤预后相关基因是否发生突变的数据分析结果；对所述数据分析结果进行评分，进行预后判断；所述预后判断的方法包括：如某一基因发生突变，则将该基因记为1；如某一基因未发生突变，则将该基因记为0，将所述淋巴瘤预后相关基因的数值代入以下公式，得到评分：评分＝3.2593×CD79B基因+1.8022×CREBBP基因+2.3581×EP300基因-2.8398×KMT2C基因+0.9023×KMT2D基因-2.6909×MYD88基因+2.2589×SOCS1基因+1.4449×CD70基因-0.9538×GNA13基因+1.6873×NOTCH1基因+1.4748×TNFAIP3基因-1.6888×BTG1基因-0.9441×BTG2基因-1.1043×STAT3基因+0.5809×PIM1基因+0.4379×DTX1基因+1.0021×TP53基因+0.5812×IPI_3+3.5937×IPI_4+18.2859×IPI_5；将获得的评分按照以下标准进行评判：若评分≤1.60，判断为预后不易复发；若评分＞1.60，判断为预后易复发。可选的，IPI_3代表所述待测者的IPI评分等于3，IPI_4代表所述待测者的IPI评分等于3，IPI_5代表所述待测者的IPI评分等于5。可选的，当IPI评分为2时，IPI_3的值、IPI_4的值和IPI_5的值均为0，当IPI评分为3时，IPI_3的值为1，IPI_4的值和IPI_5的值为0，当IPI评分为4时，IPI_4的值为1，IPI_3的值和IPI_5的值为0，当IPI评分为5时，IPI_5的值为1，IPI_4的值和IPI_5的值为0。本专利技术还涉及一种用于淋巴瘤预后判断的试剂盒，所述试剂盒中包括以下组件：组件A、组件B、组件C、组件D；所述组件A为对待测者的淋巴瘤预后相关基因进行文库制备和杂交捕获的试剂盒；所述淋巴瘤预后相关基因至少包括：CD79B基因、CREBBP基因、EP300基因、KMT2C基因、KMT2D基因、MYD88基因、SOCS1基因、CD70基因、GNA13基因、NOTCH1基因、TNFAIP3基因、BTG1基因、BTG2基因、STAT3基因、PIM1基因、DTX1基因和TP53基因；所述组件B为用于测序的设备；所述组件C为对所述组件B获得的测序结果进行数据处理的数据分析系统；所述组件D为记载有如下方法的载体：获得所述待测者的所述淋巴瘤预后相关基因的测序数据；对所述测序数据进行数据分析，获得所述淋巴瘤预后相关基因是否发生突变的数据分析结果；对所述数据分析结果进行评分，进行预后判断；所述预后判断的方法包括：如某一基因发生突变，则将该基因记为1；如某一基因未发生突变，则将该基因记为0，将所述淋巴瘤预后相关基因的数值代入以下公式，得到评分：评分＝3.2593×CD79B基因+1.8022×CREBBP基因+2.3581×EP300基因-2.8398×KMT2C基因+0.9023×KMT2D基因-2.6909×MYD88基因+2.2589×SOCS1基因+1.4449×CD70基因-本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种淋巴瘤预后评估方法，其特征在于，至少包括以下步骤：/n获得所述待测者的所述淋巴瘤预后相关基因的测序数据；/n对所述测序数据进行数据分析，获得所述淋巴瘤预后相关基因是否发生突变的数据分析结果；/n对所述数据分析结果进行评分，进行预后判断；所述预后判断的方法包括：/n如某一基因发生突变，则将该基因记为1；如某一基因未发生突变，则将该基因记为0，将所述淋巴瘤预后相关基因的数值代入以下公式，得到评分：/n评分＝3.2593×CD79B基因+1.8022×CREBBP基因+2.3581×EP300基因-2.8398×KMT2C基因+0.9023×KMT2D基因-2.6909×MYD88基因+2.2589×SOCS1基因+1.4449×CD70基因-0.9538×GNA13基因+1.6873×NOTCH1基因+1.4748×TNFAIP3基因-1.6888×BTG1基因-0.9441×BTG2基因-1.1043×STAT3基因+0.5809×PIM1基因+0.4379×DTX1基因+1.0021×TP53基因+0.5812×IPI_3+3.5937×IPI_4+18.2859×IPI_5；/n将获得的评分按照以下标准进行评判：/n若评分≤1.60，判断为预后不易复发；/n若评分＞1.60，判断为预后易复发。/n...

【技术特征摘要】
1.一种淋巴瘤预后评估方法，其特征在于，至少包括以下步骤：
获得所述待测者的所述淋巴瘤预后相关基因的测序数据；
对所述测序数据进行数据分析，获得所述淋巴瘤预后相关基因是否发生突变的数据分析结果；
对所述数据分析结果进行评分，进行预后判断；所述预后判断的方法包括：
如某一基因发生突变，则将该基因记为1；如某一基因未发生突变，则将该基因记为0，将所述淋巴瘤预后相关基因的数值代入以下公式，得到评分：
评分＝3.2593×CD79B基因+1.8022×CREBBP基因+2.3581×EP300基因-2.8398×KMT2C基因+0.9023×KMT2D基因-2.6909×MYD88基因+2.2589×SOCS1基因+1.4449×CD70基因-0.9538×GNA13基因+1.6873×NOTCH1基因+1.4748×TNFAIP3基因-1.6888×BTG1基因-0.9441×BTG2基因-1.1043×STAT3基因+0.5809×PIM1基因+0.4379×DTX1基因+1.0021×TP53基因+0.5812×IPI_3+3.5937×IPI_4+18.2859×IPI_5；
将获得的评分按照以下标准进行评判：
若评分≤1.60，判断为预后不易复发；
若评分＞1.60，判断为预后易复发。


2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，IPI_3代表所述待测者的IPI评分等于3，IPI_4代表所述待测者的IPI评分等于3，IPI_5代表所述待测者的IPI评分等于5。


3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，
当IPI评分为2时，IPI_3的值、IPI_4的值和IPI_5的值均为0，
当IPI评分为3时，IPI_3的值为1，IPI_4的值和IPI_5的值为0，
当IPI评分为4时，IPI_4的值为1，IPI_3的值和IPI_5的值为0，
当IPI评分为5时，IPI_5的值为1，IPI_4的值和IPI_5的值为0。


4.一种用于淋巴瘤预后判断的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒中包括以下组件：组件A、组件B、组件C、组件D；
所述组件A为对待测者的淋巴瘤预后相关基因进行文库制备和杂交捕获的试剂盒；所述淋巴瘤预后相关基因至少包括：CD79B基因、CREBBP基因、EP300基因、KMT2C基因、KMT2D基因、MYD88基因、SOCS1基因、CD70基因、GNA13基因、NOTCH1基因、TNFAIP3基因、BTG1基因、BTG2基因、STAT3基因、PIM1基因、DTX1基因和TP5...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵维莅，许彭鹏，付迪，王黎，俞浩，刘以哲，熊慧，
申请(专利权)人：上海交通大学医学院附属瑞金医院，上海源奇生物医药科技有限公司，
类型：发明
国别省市：上海;31