一种基于二代和三代ONT技术进行宏基因组组装方法技术

本发明专利技术实施例提供一种基于二代和三代ONT技术进行宏基因组组装方法，方法包括：利用三代ONT测序的reads进行自身比对，找到不同数据间的重叠部分overlap；根据不同数据间的重叠部分overlap对不同数据进行组装，得到组装后的数据；利用三代数据对所述组装后的数据进行自身纠错；利用二代测序继续进行纠错，得到最终的组装结果。本发明专利技术实施例先利用ONT三代测序的reads进行自身比对，找到数据间的overlap进行组装，组装后利用三代数据进行自身纠错，之后再利用二代测序继续进行纠错，从而提高组装结果的准确性。

【技术实现步骤摘要】
一种基于二代和三代ONT技术进行宏基因组组装方法
本专利技术属于生物学
，尤其涉及一种基于二代和三代ONT技术进行宏基因组组装方法。
技术介绍
宏基因组学避开纯培养技术探知微生物的多样性及其功能,为我们提供了一种发现新基因、开发新的微生物活性物质和研究微生物群落结构及其功能的新技术。二代测序具有高质量的数据、较低的样品需求以及简单的操作流程等优点，但是读长短，扩增存在偏好性，为组装带来了很大的挑战。三代ONT测序实现了读长长，同时也降低了测序成本，但测序不够精准，三代ONT与二代结合将很大程度提高组装长度。
技术实现思路
为克服上述现有问题或者至少部分地解决上述问题，本专利技术实施例提供一种基于二代和三代ONT技术进行宏基因组组装方法。本专利技术实施例提供了一种基于二代和三代ONT技术进行宏基因组组装方法，包括：利用三代ONT测序的reads进行自身比对，找到不同数据间的重叠部分overlap；根据不同数据间的重叠部分overlap对不同数据进行组装，得到组装后的数据；>利用三代数据对所述本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基于二代和三代ONT技术进行宏基因组组装方法，其特征在于，包括：/n利用三代ONT测序的reads进行自身比对，找到不同数据间的重叠部分overlap；/n根据不同数据间的重叠部分overlap对不同数据进行组装，得到组装后的数据；/n利用三代数据对所述组装后的数据进行自身纠错；/n利用二代测序继续进行纠错，得到最终的组装结果。/n

【技术特征摘要】
1.一种基于二代和三代ONT技术进行宏基因组组装方法，其特征在于，包括：
利用三代ONT测序的reads进行自身比对，找到不同数据间的重叠部分overlap；
根据不同数据间的重叠部分overlap对不同数据进行组装，得到组装后的数据；
利用三代数据对所述组装后的数据进行自身纠错；
利用二代测序继续进行纠错，得到最终的组装结果。


2.根据权利要求1所述的组装方法，其特征在于，所述利用三代ONT测序的reads进行自身比对，找到不同数据间的重叠部分overlap包括：
利用minimap2软件通过将测序数据分成多个k长度的kmer组；
采用minimizers方法从多个相邻的kmers组里挑选出z值最小的两个kmer组；
如果两个kmer组序列间具有overlap重叠部分,则这两个序列为具有相同的代表性kmer；
通过使用单链聚类的方法使具有共线性的minimizers为一组kmer；
通过求解最长递增序列问题得到最大的共线性minimizers子集，即minimap的map结果。


3.根据权利要求1所述的组装方法，其特征在于，所述根据不同数据间的重叠部分overlap对不同数据进行组装，得到组装后的数据包括：
利用miniasm-master软件通过检查read之间的映射关系，并去除接头和嵌合体；
基于与其他所有reads之间满足预设条件映射关系的每一条read，计算所述read的每一个碱基覆盖度，选择覆盖度不小于3的最长区域；
修剪过reads后，通过分析存在overlap的两条序列之间的map关系构建组装图；
利用miniasm方法去除transitiveedges,修剪包含少于4个reads的unitigs,弹出小气泡；
将相邻的多个组装图串联合并成一个uni...

【专利技术属性】
技术研发人员：郑洪坤，龚雪情，王凡，
申请(专利权)人：北京百迈客生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：北京;11