【技术实现步骤摘要】
简化基因组测序文库构建分析方法、检测设备及存储介质
本专利技术涉及基因检测领域，特别涉及一种简化基因组测序文库的构建方法、简化基因组测序数据的分析方法、检测设备及存储介质。
技术介绍
目前，在某个物种的个体之间检测全基因组水平的遗传特征是当前国际上动植物基因组学研究的热点之一。这对研究物种的进化历史、环境适应性、自然选择、遗传图谱构建、目标性状连锁分析以及性状QTL精确定位等方面具有重大意义。为了提高上述研究的检测强度、检测精度以及检测的准确性，通常需要在大规模群体内(样本量≥100，甚至需要200)找到高密度的单核苷酸遗传多态位点(SNPs，SingleNucleotidePolymorphisms)或是插入缺失位点(INDELs，Insertion-Deletion)。以目前高通量测序技术平台的成本水平，在如此大样本群体中进行全基因组重测序是很难实现的。简化基因组测序(RAD-seq，Restriction-siteassociatedDNAsequencing)是基于限制性内切酶关联片段技术，特定的选择基因组中...
【技术保护点】
1.一种简化基因组测序文库的构建方法，其特征在于，所述方法包括：/n将基因组DNA进行第一轮酶切处理，形成多个DNA片段；/n将每个DNA片段的两端分别连接接头，形成DNA片段样本；/n从DNA片段样本中选择符合预设设计长度大小的DNA片段样本；/n将选择出来的所述DNA片段样本进行第二轮酶切处理，提取出有效细胞核基因组序列DNA片段；/n使用引物将所述有效基因组序列DNA片段进行PCR扩增；/n从PCR扩增后的有效基因组序列DNA片段中选择目标基因组序列DNA片段，得到原始简化基因组测序DNA片段。/n
【技术特征摘要】
1.一种简化基因组测序文库的构建方法，其特征在于，所述方法包括：
将基因组DNA进行第一轮酶切处理，形成多个DNA片段；
将每个DNA片段的两端分别连接接头，形成DNA片段样本；
从DNA片段样本中选择符合预设设计长度大小的DNA片段样本；
将选择出来的所述DNA片段样本进行第二轮酶切处理，提取出有效细胞核基因组序列DNA片段；
使用引物将所述有效基因组序列DNA片段进行PCR扩增；
从PCR扩增后的有效基因组序列DNA片段中选择目标基因组序列DNA片段，得到原始简化基因组测序DNA片段。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述将基因组DNA进行酶切处理，形成多个DNA片段；包括：使用REs酶切组合对基因组DNA进行第一轮酶切处理，形成多个DNA片段。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述将每个DNA片段的两端分别连接接头，形成DNA片段样本；包括：所述接头包括条形码接头和通用接头；将每个DNA片段的两端分别连接一个条形码接头和一个通用接头，构成一个DNA片段样本。
4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述从DNA片段样本中选择符合预设设计长度大小的DNA片段样本，包括：
将所有的DNA片段样本构建形成DNA片段样本池；
在所述DNA片段样本池中选择符合预设设计长度大小的DNA片段样本。
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述在所述DNA片段样本池中选择符合预设设计长度大小的DNA片段样本，包括：
采用Pippin-Prep全自动片段选择回收仪在所述DNA片段样本池中自动选择符合预设设计长度大小的DNA片段样本。
6.根据权利要求4或5所述的方法，其特征在于，所述将选择出来的所述DNA片段样本进行第二轮酶切处理，提取出有效细胞核基因组序列DNA片段；包括：
使用预设的REs酶切组合对按照预先设计长度大小选择出来的DNA片段样本进行第二轮酶切处理，切除所述DAN片段样本中的高拷贝的非目标基因组序列片段，保留细胞核基因组序列DNA片段，得到有效基因组序列DNA片段。
7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述从PCR扩增后的有效基因组序列DNA片段中选择目标基因组序列DNA片段，得到原始简化基因组测序DNA片段，包括：
从经过PCR扩增后的有效基因组序列DNA片段中进行第二轮选择符合预设设计长度大小的目标基因组序列DNA片段；
去除在所述目标基因组序列DNA片段的两端接头处形成的D...
【专利技术属性】
技术研发人员：莫晖，姜宁，尹良超，
申请(专利权)人：深圳市儒翰基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东;44
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