【技术实现步骤摘要】
一种用于培育优质小麦的亲本品种的筛选方法及其使用的引物组组合
本专利技术属于生物
,具体涉及一种用于培育优质小麦的亲本品种的筛选方法及其使用的引物组组合。
技术介绍
近年来,基于DNA序列多态性的分子标记受到国内外育种家的高度重视。利用与目标性状紧密连锁的分子标记进行选择,不受环境影响,选择结果可靠,而且在聚合有利性状时,可以在回交渗透过程中通过遗传背景选择,减少连锁累赘,加速育种进程。通过现代分子生物学手段开发控制小麦重要性状的分子标记,对我国小麦育种具有重要意义。迄今为止,小麦遗传育种中常用的分子标记有RFLP、RAPD、AFLP、SSR、STS、CAPS、DArT、SCAR和SNP。随着小麦基因的克隆,基于小麦功能基因开发的功能标记也逐渐得到应用。在小麦中,几十个重要性状的基因已经克隆,其相应的功能标记为育种家向新品种导入有利基因提供了方便,通过目标选择,并结合感兴趣性状的功能基因的有利等位变异,提高了选择效率,缩短了育种年限。Sun等(2005)和He等(2007)根据小麦PPO基因序列分别开发了多酚氧化酶基因Ppo-A1的功能标记PPO18、Ppo-D1的功能标记PPO16和PPO29,这些标记所检测的等位变异类型能有效反映品种的PPO活性值,为选育低PPO活性的小麦品种提供理论依据和方法。He等(2008,2009)和Wang等(2009)分别开发了黄色素合成途径中八氢番茄红素合成酶基因Psy-A1的功能标记YP7A,Psy-B1的功能标记YP7B-1、YP7B-2、YP7B-3和P ...
【技术保护点】
1.引物组组合,由用于扩增GluA1-Indel的引物组1、用于扩增GluA1-SNP的引物组2、用于扩增GluD1-SNP的引物组3、用于扩增Glu-A3e-490SNP的引物组4、用于扩增Glu-A3g-SNP的引物组5、用于扩增Glu-B3b-SNP的引物组6、用于扩增Glu-B3c-SNP的引物组7、用于扩增PpoA1-SNP的引物组8、用于扩增PpoD1-Indel的引物组9、用于扩增PsyA1-Indel的引物组10、用于扩增PsyB1-SNP的引物组11、用于扩增PsyD1-SNP的引物组12、用于扩增ZdsA1-Indel的引物组13、用于扩增LoxB1-SNP的引物组14、用于扩增LcyA1-SNP的引物组15、用于扩增LcyB1-SNP的引物组16、用于扩增PdsB1-SNP的引物组17、用于扩增PodA1-SNP的引物组18、用于扩增PinaD1-Indel的引物组19、用于扩增PinbD1-SNP的引物组20和用于扩增PinbB2-Indel的引物组21中的至少一个组成;/nGluA1-Indel和GluA1-SNP为基于小麦Glu-A1基因开发的STARP标记 ...
【技术特征摘要】
1.引物组组合,由用于扩增GluA1-Indel的引物组1、用于扩增GluA1-SNP的引物组2、用于扩增GluD1-SNP的引物组3、用于扩增Glu-A3e-490SNP的引物组4、用于扩增Glu-A3g-SNP的引物组5、用于扩增Glu-B3b-SNP的引物组6、用于扩增Glu-B3c-SNP的引物组7、用于扩增PpoA1-SNP的引物组8、用于扩增PpoD1-Indel的引物组9、用于扩增PsyA1-Indel的引物组10、用于扩增PsyB1-SNP的引物组11、用于扩增PsyD1-SNP的引物组12、用于扩增ZdsA1-Indel的引物组13、用于扩增LoxB1-SNP的引物组14、用于扩增LcyA1-SNP的引物组15、用于扩增LcyB1-SNP的引物组16、用于扩增PdsB1-SNP的引物组17、用于扩增PodA1-SNP的引物组18、用于扩增PinaD1-Indel的引物组19、用于扩增PinbD1-SNP的引物组20和用于扩增PinbB2-Indel的引物组21中的至少一个组成;
GluA1-Indel和GluA1-SNP为基于小麦Glu-A1基因开发的STARP标记;
GluD1-SNP为基于小麦Glu-D1基因开发的STARP标记;
Glu-A3e-490SNP和Glu-A3g-SNP为基于小麦Glu-A3基因开发的STARP标记;
Glu-B3b-SNP和Glu-B3c-SNP为基于小麦Glu-B3基因开发的STARP标记;
PpoA1-SNP为基于小麦Ppo-A1基因开发的STARP标记;
PpoD1-Indel为基于小麦Ppo-D1基因开发的STARP标记;
PsyA1-Indel为基于小麦Psy-A1基因开发的STARP标记;
PsyB1-SNP为基于小麦Psy-B1基因开发的STARP标记;
PsyD1-SNP为基于小麦Psy-D1基因开发的STARP标记;
ZdsA1-Indel为基于小麦TaZds-A1基因开发的STARP标记;
LoxB1-SNP为基于小麦TaLox-B1基因开发的STARP标记;
LcyA1-SNP为基于小麦TaLcy-A1基因开发的STARP标记;
LcyB1-SNP为基于小麦TaLcy-B1基因开发的STARP标记;
PdsB1-SNP为基于小麦TaPds-B1基因开发的STARP标记;
PodA1-SNP为基于小麦TaPod-A1基因开发的STARP标记;
PinaD1-Indel为基于小麦Pina-D1基因开发的STARP标记;
PinbD1-SNP为基于小麦Pinb-D1基因开发的STARP标记;
PinbB2-Indel为基于小麦Pinb-B2基因开发的STARP标记;
引物组1包括引物1、引物2和引物3;
引物组2包括引物4、引物5和引物6;
引物组3包括引物7、引物8和引物9;
引物组4包括引物10、引物11和引物12;
引物组5包括引物13、引物14和引物15;
引物组6包括引物16、引物17和引物18;
引物组7包括引物19、引物20和引物21;
引物组8包括引物22、引物23和引物24;
引物组9包括引物25、引物26和引物27;
引物组10包括引物28、引物29和引物30;
引物组11包括引物31、引物32和引物33;
引物组12包括引物34、引物35和引物36;
引物组13包括引物37、引物38和引物39;
引物组14包括引物40、引物41和引物42;
引物组15包括引物43、引物44和引物45;
引物组16包括引物46、引物47和引物48;
引物组17包括引物49、引物50和引物51;
引物组18包括引物52、引物53和引物54;
引物组19包括引物55、引物56和引物57;
引物组20包括引物58、引物59和引物60;
引物组21包括引物61、引物62和引物63;
引物1的核苷酸序列由标签序列B和SEQIDNO:1自5′末端起第22至39位所示的核苷酸序列组成;
引物2的核苷酸序列由标签序列A和SEQIDNO:2自5′末端起第22至39位所示的核苷酸序列组成;
引物3的核苷酸序列如SEQIDNO:3所示;
引物4的核苷酸序列由标签序列B和SEQIDNO:4自5′末端起第22至42位所示的核苷酸序列组成;
引物5的核苷酸序列由标签序列A和SEQIDNO:5自5′末端起第22至42位所示的核苷酸序列组成;
引物6的核苷酸序列如SEQIDNO:6所示;
引物7的核苷酸序列由标签序列B和SEQIDNO:7自5′末端起第22至45位所示的核苷酸序列组成;
引物8的核苷酸序列由标签序列A和SEQIDNO:8自5′末端起第22至45位所示的核苷酸序列组成;
引物9的核苷酸序列如SEQIDNO:9所示;
引物10的核苷酸序列由标签序列A和SEQIDNO:10自5′末端起第22至42位所示的核苷酸序列组成;
引物11的核苷酸序列由标签序列B和SEQIDNO:11自5′末端起第22至42位所示的核苷酸序列组成;
引物12的核苷酸序列如SEQIDNO:12所示;
引物13的核苷酸序列由标签序列B和SEQIDNO:13自5′末端起第22至44位所示的核苷酸序列组成;
引物14的核苷酸序列由标签序列A和SEQIDNO:14自5′末端起第22至44位所示的核苷酸序列组成;
引物15的核苷酸序列如SEQIDNO:15所示;
引物16的核苷酸序列由标签序列A和SEQIDNO:16自5′末端起第22至46位所示的核苷酸序列组成;
引物17的核苷酸序列由标签序列B和SEQIDNO:17自5′末端起第22至46位所示的核苷酸序列组成;
引物18的核苷酸序列如SEQIDNO:18所示;
引物19的核苷酸序列由标签序列B和SEQIDNO:19自5′末端起第22至40位所示的核苷酸序列组成;
引物20的核苷酸序列由标签序列A和SEQIDNO:20自5′末端起第22至40位所示的核苷酸序列组成;
引物21的核苷酸序列如SEQIDNO:21所示;
引物22的核苷酸序列由标签序列A和SEQIDNO:22自5′末端起第22至40位所示的核苷酸序列组成;
引物23的核苷酸序列由标签序列B和SEQIDNO:23自5′末端起第22至40位所示的核苷酸序列组成;
引物24的核苷酸序列如SEQIDNO:24所示;
引物25的核苷酸序列由标签序列A和SEQIDNO:25自5′末端起第22至47位所示的核苷酸序列组成;
引物26的核苷酸序列由标签序列B和SEQIDNO:26自5′末端起第22至48位所示的核苷酸序列组成;
引物27的核苷酸序列如SEQIDNO:27所示;
引物28的核苷酸序列由标签序列B和SEQIDNO:28自5′末端起第22至46位所示的核苷酸序列组成;
引物29的核苷酸序列由标签序列A和SEQIDNO:29自5′末端起第22至46位所示的核苷酸序列组成;
引物30的核苷酸序列如SEQIDNO:30所示;
引物31的核苷酸序列由标签序列B和SEQIDNO:31自5′末端起第22至43位所示的核苷酸序列组成;
引物32的核苷酸序列由标签序列A和SEQIDNO:32自5′末端起第22至43位所示的核苷酸序列组成;
引物33的核苷酸序列如SEQIDNO:33所示;
引物34的核苷酸序列由标签序列B和SEQIDNO:34自5′末端起第22至41位所示的核苷酸序列组成;
引物35的核苷酸序列由标签序列A和SEQIDNO:35自5′末端起第22至41位所示的核苷酸序列组成;
引物36的核苷酸序列如SEQIDNO:36所示;
引物37的核苷酸序列由标签序列B和SEQIDNO:37自5′末端起第22至47位所示的核苷酸序列组成;
引物38的核苷酸序列由标签序列A和SEQIDNO:38自5′末端起第22至47位所示的核苷酸序列组成;
引物39的核苷酸序列如SEQIDNO:39所示;
引物40的核苷酸序列由标签序列A和SEQIDNO:40自5′末端起第22至39位所示的核苷酸序列组成;
引物41的核苷酸序列由标签序列B和SEQIDNO:41自5′末端起第22至39位所示的核苷酸序列组成;
引物42的核苷酸序列如SEQIDNO:42所示;
引物43的核苷酸序列由标签序列A和SEQIDNO:43自5′末端起第22至39位所示的核苷酸序列组成;
引物44的核苷酸序列由标签序列B和SEQIDNO:44自5′末端起第22至39位所示的核苷酸序列组成;
引物45的核苷酸序列如SEQIDNO:45所示;
引物46的核苷酸序列由标签序列B和SEQIDNO:46自5′末端起第22至39位所示的核苷酸序列组成;
引物47的核苷酸序列由标签序列A和SEQIDNO:47自5′末端起第22至39位所示的核苷酸序列组成;
引物48的核苷酸序列如SEQIDNO:48所示;
引物49的核苷酸序列由标签序列B和SEQIDNO:49自5′末端起第22至46位所示的核苷酸序列组成;
引物50的核苷酸序列由标签序列A和SEQIDNO:50自5′末端起第22至46位所示的核苷酸序列组成;
引物51的核苷酸序列如SEQIDNO:51所示;
引物52的核苷酸序列由标签序列A和SEQIDNO:52自5′末端起第22至40位所示的核苷酸序列组成;
引物53的核苷酸序列由标签序列B和SEQIDNO:53自5′末端起第22至40位所示的核苷酸序列组成;
引物54的核苷酸序列如SEQIDNO:54所示;
引物55的核苷酸序列由标签序列B和SEQIDNO:55自5′末端起第22至41位所示的核苷酸序列组成;
引物56的核苷酸序列由标签序列A和SEQIDNO:56自5′末端起第22至41位所示的核苷酸序列组成;
引物57的核苷酸序列如SEQIDNO:57所示;
引物58的核苷酸序列由标签序列B和SEQIDNO:58自5′末端起第22至42位所示的核苷酸序列组成;
引物59的核苷酸序列由标签序列A和SEQIDNO:59自5′末端起第22至41位所示的核苷酸序列组成;
引物60的核苷酸序列如SEQIDNO:60所示;
引物61的核苷酸序列由标签序列B和SEQIDNO:61自5′末端起第22至46位所示的核苷酸序列组成;
引物62的核苷酸序列由标签序列A和SEQIDNO:62自5′末端起第22至48位所示的核苷酸序列组成;
引物63的核苷酸序列如SEQIDNO:63所示。
2.如权利要求1所述的引物组组合,其特征在于:引物组1—引物组21均还包括引物甲和/或引物乙;
所述引物甲从5’至3’依次包括DNA片段甲、PCRblocker和DNA片段乙;DNA片段甲的核苷酸序列如SEQIDNO:64所示;DNA片段乙的核苷酸序列如SEQIDNO:2自5′末端起第1至21位所示;
所述引物乙从5’至3’依次包括DNA片段丙、PCRblocker和DNA片段丁;DNA片段丙的核苷酸序列如SEQIDNO:65所示;DNA片段丁的核苷酸序列如SEQIDNO:1自5′末端起第1至21位所示。
3.如权利要求2所述的引物组组合,其特征在于:
所述DNA片段甲的5’末端具有荧光标记甲;所述DNA片段乙进行猝灭基团修饰;
所述DNA片段丙的5’末端具有荧光标记乙;所述DNA片段丁进行猝灭基团修饰。
4.如权利要求3所述的引物组组合,其特征在于:
荧光标记甲为FAM荧光标记;标签序列A的核苷酸序列如SEQIDNO:2自5′末端起第1至21位所示;
荧光标记乙为HEX荧光标记;标签序列B的核苷酸序列如SEQIDNO:1自5′末端起第1至21位所示。
5.权利要求1至4任一所述引物组组合的应用,为x1)至x6)中的任一种:
x1)检测待测小麦基于权利要求1所述21个STARP标记的基因型;
x2)制备用于检测待测小麦基于权利要求1所述21个STARP标记的基因型的试剂盒;
x3)检测待测小麦的面筋强度、多酚氧化酶活性、小麦制品褐变程度、黄色素含量、过氧化物酶活性、面粉白度、面粉粘性和籽粒硬度中的至少一种;
x4)制备用于检测待测小麦的面筋强度、多酚氧化酶活性、小麦制品褐变程度、黄色素含量、过氧化物酶活性、面粉白度、面粉粘性和籽粒硬度中的至少一种的试剂盒;
x5)小麦育种;
x6)制备用于小麦育种的试剂盒。
6.一种试剂盒,含有权利要求1至4任一所述引物组组合;所述试剂盒的用途为x1)、x3)和x5)中的任一种:
x1)检测待测小麦基于权利要求1所述21个STARP标记的基因型;
x3)检测待测小麦的面筋强度、多酚氧化酶活性、小麦制品褐变程度、黄色素含量、过氧化物酶活性、面粉白度、面粉粘性和籽粒硬度中的至少一种;
x5)小麦育种。
7.一种检测待测小麦的面筋强度、多酚氧化酶活性、小麦制品褐变程度、黄色素含量、是否适宜制作面条、过氧化物酶活性、面粉白度、面粉粘性和籽粒硬度中的至少一种的方法,包括如下步骤:分别检测待测小麦基于权利要求1所述21个STARP标记的基因型,然后进行如下判断:
“GluA1-In...
【专利技术属性】
技术研发人员:武玉莹,夏先春,何中虎,
申请(专利权)人:中国农业科学院作物科学研究所,
类型:发明
国别省市:北京;11
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