一种评估无参物种酵母双杂交文库质量的方法技术

本发明专利技术公开了一种新的评估由无参考基因组物种构建的酵母双杂交文库质量的方法，该方法能够体现文库中插入基因数量、基因丰度等关键性指标，解决了传统的由无参考基因组物种构建的酵母双杂交文库质量评估方法的片面性，适合一般的实验室进行准确的文库评估。该方法通过文库15轮循环数的PCR扩增、产物回收之后的浓度测定和电泳情况初步判断，之后将回收产物进行高通量测序、de novo组装后详细分析，获得文库的插入基因数量、基因丰度等关键性指标，完成由无参考基因组物种构建的酵母双杂交文库质量的准确评估。同时，还能获得无参考基因组物种基因的序列信息，为下一步互作蛋白编码基因的克隆提供基础。

【技术实现步骤摘要】
一种评估无参物种酵母双杂交文库质量的方法
本专利技术涉及基因工程领域，具体涉及一种评估无参物种酵母双杂交文库质量的方法。
技术介绍
酵母双杂交技术作为目前研究蛋白质相互作用的主要方法和手段,在寻找蛋白质相互作用区域时具有显著优势，目前已经得到了很大发展和越来越广泛的应用。酵母双杂交系统作为研究蛋白间相互作用的最常用技术手段，最早是由Fields和Song在研究真核基因转录调控中建立的，其原理是：诱饵蛋白(bait)与BD(DNABindingDomain，DNA结合结构域)，猎物蛋白(pery)与AD(DNAActivationDomain，转录激活结构域)分别形成融合蛋白，然后通过杂交使两种融合蛋白进入同一酵母细胞，如果诱饵蛋白和猎物蛋白之间存在互作，就能使BD和AD在空间上相互靠近，使转录因子同时具有识别报告基因上的特异序列以及作用于转录复合体的其他成分的功能，从而形成有活性的转录因子，激活下游报告基因的表达。酵母双杂交技术因具有高效、灵敏等优点，故被广泛应用于蛋白组学的研究，但其也有假阳/阴性高、操作复杂等缺点。其中，文库本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种评估无参考基因组物种酵母双杂交文库质量的方法，其特征在于，所述方法包括下列步骤：/n(1)文库扩增：将无参考基因组物种酵母双杂交文库稀释成1ng/μL的文库模版，按如下PCR体系和程序进行文库扩增；/nPCR体系：/n

【技术特征摘要】
1.一种评估无参考基因组物种酵母双杂交文库质量的方法，其特征在于，所述方法包括下列步骤：
(1)文库扩增：将无参考基因组物种酵母双杂交文库稀释成1ng/μL的文库模版，按如下PCR体系和程序进行文库扩增；
PCR体系：



PCR程序：



所述AD引物对序列如下：
上游引物AD-F：5′-CTATTCGATGATGAAGATACCCCACCAAACCC-3′(SEQIDNO.1)，
下游引物AD-R：5′-GTGAACTTGCGGGGTTTTTCAGTATCTACGATT-3′(SEQIDNO.2)；
(2)回收步骤(1)扩增得到的无参考基因组物种酵母双杂交文库PCR产物；
(3)电泳：取步骤(2)回收得到的无参考基因组物种酵母双杂交文库PCR产物5μL加入1μL核酸染料和1μL上样缓冲液混合均匀后跑电泳观察条带；
(4)高通量测序：构建步骤(2)所得到PCR回收产物的测序文库，采用第二代测序仪进行高通量测序，测序模式为PE150，测序量不少于6G，得到原始reads；
(5)获取无参考基因组物种的基因集序列和/或文库中插入基因数量和/或文库基因丰度数据：
对...

【专利技术属性】
技术研发人员：宋爱萍，余琪，苏江硕，胡月姮，张璐瑶，刘晔，周李杰，陈发棣，
申请(专利权)人：南京农业大学，
类型：发明
国别省市：江苏;32