用于在基因组中表征DNA序列组成的方法技术

本发明专利技术涉及用于在基因组中表征DNA序列组成的方法。具体地，本文公开了针对转基因事件进行高通量分析的方法。所述方法使用经剪切的基因组DNA的文库，其连接到专门的接头并且合并以用于序列分析以及与已知基因组和插入序列的比较。所述方法可用于检测表征插入位点、转基因完整性，以及转基因拷贝数。

【技术实现步骤摘要】
用于在基因组中表征DNA序列组成的方法本申请是申请日为2014年4月17的中国专利申请201480021755.8“用于在基因组中表征DNA序列组成的方法”的分案申请。
本专利技术涉及植物生物
更具体地讲，本专利技术涉及确定植物基因组内的DNA序列组成的方法。对通过EFS-WEB作为文本文件提交的序列列表的引用遵照美国信息交换标准码(AmericanStandardCodeforInformationInterchange(ASCII))，通过EFS-Web将序列表的正式文本作为文本文件与本说明书同时提交，文件名为431978seqlist.txt，创建日期为2013年4月17日，文件大小为2Kb。通过EFS-Web提交的序列表是说明书的一部分，藉此将其全文以引用的方式并入本文。
技术介绍
当含有所关注的靶序列的质粒转化到植物中时，需要进行测试来确认转化已发生并且评估转化的质量。例如，当在已用相同构建体转化的多个植物中选择时，所选择的植物应具有完整的所关注靶序列，该完整靶序列没有重排、插入、缺失、或外源侧本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于在植物的基因组中表征靶序列的方法，所述方法包括：/na)对包含富集的文库的样品池进行测序以获得读数，其中所述富集的文库包含植物基因组DNA，其中所述植物基因组DNA具有关注的靶序列；/nb)将所述读数过滤并且与对照植物的基因组序列以及与所述关注的靶序列比对；/nc)选择与所述关注的靶序列对齐的读数；/nd)从所述选择的读数确定连接序列；以及/ne)使用所述连接序列在所述样品植物的所述基因组中表征所述关注的靶序列的完整性。/n

【技术特征摘要】
20130417 US 61/812876;20130417 US 61/8130011.一种用于在植物的基因组中表征靶序列的方法，所述方法包括：
a)对包含富集的文库的样品池进行测序以获得读数，其中所述富集的文库包含植物基因组DNA，其中所述植物基因组DNA具有关注的靶序列；
b)将所述读数过滤并且与对照植物的基因组序列以及与所述关注的...

【专利技术属性】
技术研发人员：M贝蒂，KR哈耶斯，JL霍夫曼，H林，GM扎斯特罗哈耶斯，
申请(专利权)人：先锋国际良种公司，
类型：发明
国别省市：美国;US