一种鉴定胡萝卜品种真实性的方法及其专用SSR引物组合技术

本发明专利技术属于分子标记及其检测领域，具体涉及一种鉴定胡萝卜品种真实性的方法及其专用SSR引物组合。鉴定胡萝卜品种真实性的SSR位点，根据胡萝卜的参考基因组Daucus carota与36份种质资源全基因组重测序数据进行数据挖掘所获得；上述SSR引物组合选自：第一SSR引物对至第二十四SSR引物对，分别用于PCR扩增上述第一SSR位点至第二十四SSR位点，分别优选为与序列表中的SEQ ID NO：1‑48的核苷酸序列的同源性为85％‑100％的核苷酸序列。本发明专利技术可用于对胡萝卜品种进行自种子开始的全生命周期的真实性鉴定，并为胡萝卜种质资源和新品种保护提供技术支持。

A method for identifying the authenticity of Carrot Varieties and its special SSR primer combination

【技术实现步骤摘要】
一种鉴定胡萝卜品种真实性的方法及其专用SSR引物组合
本专利技术属于分子标记及其检测领域，具体涉及一种鉴定胡萝卜品种真实性的方法及其专用SSR引物组合。
技术介绍
胡萝卜是伞形科植物，原产于中亚细亚一袋，已经有四千多年的栽培历史，由汉朝张骞出使西域待会我国，在国内广泛栽培，同时胡萝卜也是一种世界性蔬菜，在全世界范围内都广受欢迎。胡萝卜的变种与亚种较少，在伞形科胡萝卜属里面，仅有野胡萝卜一种，栽培胡萝卜被认为是野生胡萝卜的变种，从另一个角度来说也就是胡萝卜的遗传多样性并不丰富，现今全世界范围内栽培的胡萝卜其品种间差异可能并不大，尤其是不同国家之间的引种驯化工作造成了同名异种和同种异名现象，经过多年的积累对胡萝卜种子市场已经造成了一定的负面影响，故而如何快速有效的对胡萝卜品种进行真实性鉴定成了一个刻不容缓的需要解决的问题。对于大部分作物来说DUS测试都是标准的真实性鉴定手段，但是胡萝卜属于根菜类植物，其主要商品部分几乎完全处于地下，DUS测试的难度较大，同时由于受到种植条件造成的影响更加显著，根菜类作物可能并不适于DUS测试，故而此本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.鉴定胡萝卜品种真实性的SSR位点，所述SSR位点选自如下第一SSR位点到第二十四SSR位点中的任1到24种：/n第一SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030387.1所述序列的第7499095-7499106位，或其种间同源基因组片段；/n第二SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030382.1所述序列的第36613402-36613411位，或其种间同源基因组片段；/n第三SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030389.1所述序列的第33287904-33287919位，或其种间同源基因组片段；/n第四SSR位点，位于...

【技术特征摘要】
1.鉴定胡萝卜品种真实性的SSR位点，所述SSR位点选自如下第一SSR位点到第二十四SSR位点中的任1到24种：
第一SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030387.1所述序列的第7499095-7499106位，或其种间同源基因组片段；
第二SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030382.1所述序列的第36613402-36613411位，或其种间同源基因组片段；
第三SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030389.1所述序列的第33287904-33287919位，或其种间同源基因组片段；
第四SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030386.1所述序列的第25850818-25850827位，或其种间同源基因组片段；
第五SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030389.1所述序列的第15004822-15004839位，或其种间同源基因组片段；
第六SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030384.1所述序列的第28259340-28259354位，或其种间同源基因组片段；
第七SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030386.1所述序列的第29640136-29640145位，或其种间同源基因组片段；
第八SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030384.1所述序列的第29264089-29264103位，或其种间同源基因组片段；
第九SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030387.1所述序列的第12352369-12352378位，或其种间同源基因组片段；
第十SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030387.1所述序列的第35393957-35393970位，或其种间同源基因组片段；
第十一SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030382.1所述序列的第27935052-27935061位，或其种间同源基因组片段；
第十二SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030387.1所述序列的第20723244-20723253位，或其种间同源基因组片段；
第十三SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030386.1所述序列的第33583239-33583250位，或其种间同源基因组片段；
第十四SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030389.1所述序列的第25935567-25935581位，或其种间同源基因组片段；
第十五SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030382.1所述序列的第20936935-20936946位，或其种间同源基因组片段；
第十六SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030383.1所述序列的第38294478-38294487位，或其种间同源基因组片段；
第十七SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030389.1所述序列的第31015109-31015118位，或其种间同源基因组片段；
第十八SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030384.1所述序列的第12013711-12013722位，或其种间同源基因组片段；
第十九SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030383.1所述序列的第29910830-29910855位，或其种间同源基因组片段；
第二十SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030388.1所述序列的第19372226-19372235位，或其种间同源基因组片段；
第二十一SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030382.1所述序列的第2839462-2839471位，或其种间同源基因组片段；
第二十二SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030381.1所述序列的第48784263-48784274位，或其种间同源基因组片段；
第二十三SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030382.1所述序列的第29461594-29461608位，或其种间同源基因组片段；
第二十四SSR位点，位于胡萝卜参考基因组中NCBI序列登录号NC_030385.1所述序列的第1774792-1774801位，或其种间同源基因组片段；
所述参考基因组为胡萝卜参考基因组Daucuscarota。


2.鉴定胡萝卜品种真实性的SSR引物组，所述SSR引物组用于分别扩增如权利要求1所述的SSR位点，所述SSR引物组包括：
第一SSR引物对，用于扩增所述第一SSR位点；
第二SSR引物对，用于扩增所述第二SSR位点；
第三SSR引物对，用于扩增所述第三SSR位点；
第四SSR引物对，用于扩增所述第四SSR位点；
第五SSR引物对，用于扩增所述第五SSR位点；
第六SSR引物对，用于扩增所述第六SSR位点；
第七SSR引物对，用于扩增所述第七SSR位点；
第八SSR引物对，用于扩增所述第八SSR位点；
第九SSR引物对，用于扩增所述第九SSR位点；
第十SSR引物对，用于扩增所述第十SSR位点；
第十一SSR引物对，用于扩增所述第十一SSR位点；
第十二SSR引物对，用于扩增所述第十二SSR位点；
第十三SSR引物对，用于扩增所述第十三SSR位点；
第十四SSR引物对，用于扩增所述第十四SSR位点；
第十五SSR引物对，用于扩增所述第十五SSR位点；
第十六SSR引物对，用于扩增所述第十六SSR位点；
第十七SSR引物对，用于扩增所述第十七SSR位点；
第十八SSR引物对，用于扩增所述第十八SSR位点；
第十九SSR引物对，用于扩增所述第十九SSR位点；
第二十SSR引物对，用于扩增所述第二十SSR位点；
第二十一SSR引物对，用于扩增所述第二十一SSR位点；
第二十二SSR引物对，用于扩增所述第二十二SSR位点；
第二十三SSR引物对，用于扩增所述第二十三SSR位点；
第二十四SSR引物对，用于扩增所述第二十四SSR位点。


3.根据权利要求2所述SSR引物组，其特征在于：
所述第一SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：1和SEQIDNO：2的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第二SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：3和SEQIDNO：4的核苷酸序列的同源性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第三SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：5和SEQIDNO：6的核苷酸序列的同源性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第四SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：7和SEQIDNO：8的核苷酸序列的同源性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第五SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：9和SEQIDNO：10的核苷酸序列的同源性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第六SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：11和SEQIDNO：12的核苷酸序列的同源性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第七SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：13和SEQIDNO：14的核苷酸序列的同源性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第八SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：15和SEQIDNO：16的核苷酸序列的同源性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第九SSR引物对，与序列表中的SEQIDNO：17和SEQIDNO：18的核苷酸序列的同源性大于等于85％、...

【专利技术属性】
技术研发人员：温常龙，杨静静，梁毅，张建，罗江，李晓杰，
申请(专利权)人：北京市农林科学院，
类型：发明
国别省市：北京;11