一种基于组织芯片的蛋白-蛋白相关性的分析方法及应用技术

本发明专利技术提供了一种基于组织芯片的蛋白‑蛋白相关性的分析方法及应用。所述的分析方法通过先对组织芯片进行全局性预览，分级进行观察，在连号的组织芯片上同一个组织点相同视野中对比待研究的蛋白的表达情况及分析。本发明专利技术分析方法将待分析的蛋白的表达在相同组织的几乎相同位置进行相关性比较分析，特异性和精细性得到了显著的提高，更加贴近真实表达情况，由此更好地呈现和反映样品如肿瘤组织中蛋白‑蛋白表达的相关性，更好地辅助肿瘤基础研究，对于蛋白‑蛋白表达相关性研究、疾病科学研究等均具有重要意义和应用价值。

A protein protein correlation analysis method based on tissue microarray and its application

【技术实现步骤摘要】
一种基于组织芯片的蛋白-蛋白相关性的分析方法及应用
本专利技术属于生物检测方法领域，特别涉及一种基于组织芯片的蛋白-蛋白相关性的分析方法及应用。
技术介绍
蛋白-蛋白表达相关性的分析与鉴定对于肿瘤基础研究中确定两个蛋白的表达关系至关重要，尤其是利用临床肿瘤组织进行的分析更为关键。然而，现有的分析方法难以满足特异性和精细性。目前的分析方法一般将蛋白在肿瘤组织中的表达水平分为三个或四个等级，有些组织中这个蛋白的表达水平并不完全属于三或四个等级中的一个，但最终也会勉强归到一个近似的等级，出现分级不够精细、不够特异的问题。另一方面，由于同一个组织点不同视野蛋白的表达可能有明显差异，现有的分析方法会导致一些蛋白评分偏差。因此，研究开发特异性和精细性更好的方法，使分析与鉴定更加贴近真实表达情况，对于蛋白-蛋白表达相关性研究、疾病科学研究等均具有重要意义。
技术实现思路
本专利技术的首要目的在于克服现有技术的缺点与不足，提供一种基于组织芯片的蛋白-蛋白相关性的分析方法；本专利技术将待分析的不同蛋白在相同的视野下进行评分比较。本专利技术的又一目的在于提供所述的基于组织芯片的蛋白-蛋白相关性的分析方法的应用。本专利技术的目的通过下述技术方案实现：一种基于组织芯片的蛋白-蛋白相关性的分析方法，包括如下步骤：(1)在组织芯片上对其中一种待分析蛋白进行染色；(2)通过完整的全局性预览该组织芯片中该种待分析蛋白的表达水平，将所述的待分析蛋白的表达强度和表达百分比分别分为五个等级，例如从1到5，或者0到4；(3)在特定视野下，将该种待分析蛋白的表达强度的分值乘以该种待分析蛋白的表达百分比的分值，得出该种待分析蛋白表达总分，也即染色强度；(4)在与步骤(1)所述的组织芯片连号的其他组织芯片上的相同特定视野中，依次对其他待分析蛋白进行染色强度的观察分析，重复步骤(1)～(3)；一般来说，一个组织芯片只对一种待分析蛋白进行染色分析，比如组织芯片I染A蛋白，组织芯片Ⅱ染B蛋白；(5)将所得到的不同待分析蛋白的表达总分利用统计学中的相关性分析方法进行相关性分析。步骤(1)中所述的组织芯片优选为肿瘤组织芯片。步骤(1)中所述的染色的方法可以是常规的免疫组化染色方法或组织免疫荧光染色方法等等。步骤(2)中所述的表达百分比的等级优选依次为0～20％，21～40％，41～60％，61～80％，80％以上这五个等级。步骤(2)中所述的表达强度的等级优选依次为：完全没表达为0；弱为1；中等为2；较强为3；很强为4。步骤(2)所述的全局性预览优选在低倍镜下进行预览，所述的低倍镜的放大倍数可以是5倍左右。步骤(3)中所述的特定视野可以选择染色强度较为接近的多个，例如三个，可以均是表达相对高的，可以均是表达相对适中的，也可以是表达相对低的。步骤(5)中所述的相关性分析方法根据数据类型、样本量选择Spearman或者Pearson相关系数分析。所述的基于组织芯片的蛋白-蛋白相关性的分析方法在肿瘤组织研究中的应用。本专利技术通过先对组织芯片进行全局性预览，分级进行观察，观察整张可能包括几十到几百个组织点的组织芯片，选择一个组织点相同视野中对比待研究的蛋白(如蛋白A和蛋白B)的表达情况，在连号的组织芯片上在同一个组织点上进行观察分析。本专利技术建立了一种新型分析策略，解决现有分析方法中存在的两个问题，相对于现有技术具有如下的优点及效果：(1)针对特定蛋白在组织芯片中表达评分分级不够精细的问题，本专利技术强调通过全局性预览整张组织芯片中特定蛋白的表达水平，将此蛋白的表达水平分为五个等级，特异性和精细性得到了显著的提高，更加贴近真实表达情况。(2)在连号的至少另一张组织芯片中，采用同样的评分分级方法观察相同视野中其他特定蛋白的表达，避免同一个组织点不同视野蛋白的表达可能存在较大差异。该分析策略使要分析的蛋白的表达在相同组织的几乎相同位置进行相关性比较分析，能够使蛋白-蛋白相关性的分析更加精细，更加接近组织中的真实情况，能更好地呈现和反映肿瘤组织中蛋白-蛋白表达的相关性，更好地辅助肿瘤基础研究。附图说明图1是hnRNPK正调控AC-α-tubulin的表达水平的结果图；其中，A,B为利用hnRNPK的siRNA敲低其表达，Westernblot检测AC-α-tubulin的表达变化；C,D为H1299细胞转染Flag-hnRNPK质粒，Westernblot检测AC-α-tubulin的表达变化。图2是hnRNPK和AC-α-tubulin蛋白在肺腺癌组织芯片中的表达情况结果图。具体实施方式下面结合实施例及附图对本专利技术作进一步详细的描述，但本专利技术的实施方式不限于此。实施例1细胞水平上蛋白hnRNPK和AC-α-tubulin在肿瘤细胞和肿瘤组织中表达关系的研究在肿瘤基础研究过程中，我们需要鉴定两个特定蛋白hnRNPK和AC-α-tubulin在肿瘤细胞和肿瘤组织中的表达关系。首先，我们在肺腺癌细胞H1299中发现敲低hnRNPK蛋白后，AC-α-tubulin的表达也下降，相反，过表达Flag-hnRNPK之后，AC-α-tubulin的表达也相应升高，三次独立实验均得出相同结论，结果如图1所示。1.hnRNPK的siRNA片段序列以及在细胞中的转染(1)合成得到hnRNPK的siRNA片段序列由上海吉玛制药合成干扰片段，得到3个siRNA片段sihnRNPK#1、sihnRNPK#2和siNC(阴性对照组)，片段序列如下表所示：表1(2)siRNA在细胞中的转染过程①H1299肺腺癌细胞(购于上海中科院)经1×PBS洗两次，胰酶消化下来。离心机离心3min，室温，1100rpm。②弃上清，用新鲜的完全培养基重悬，并用血球计数板计算细胞密度，将6×105cell/皿铺到20cm2培养皿。③放在细胞培养箱中培养过夜。④准备siRNA瞬时干扰体系混合液A液:100μLOpti-MEM(Invitrogen公司)与10μLsiRNA干扰片段(200mmol/L)相混合后室温放置5min；所述的siRNA干扰片段设置两个组别：一是对照组，所述的siRNA干扰片段为干扰片段siNC；二是试验组，所述的siRNA干扰片段为sihnRNPK#1和sihnRNPK#2按体积比1:1混合得到。B液:100μLOpti-MEM与7μLLipofectamine2000(Invitrogen公司)相混合后在室温放置5min；⑤将A液和B液相混合后，在室温放置20min；⑥弃掉培养皿里的培养基，加入1.8mLOpti-MEM，再加入上述准备的干扰体系混合液；⑦放细胞培养箱中培养4～6h，弃去干扰体系混合液，换新鲜培养基继续培养48h后，收细胞进行检测本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基于组织芯片的蛋白-蛋白相关性的分析方法，其特征在于，包括如下步骤：/n(1)在组织芯片上对其中一种待分析蛋白进行染色；/n(2)通过完整的全局性预览该组织芯片中该种待分析蛋白的表达水平，将所述的待分析蛋白的表达强度和表达百分比分别分为五个等级；/n(3)在特定视野下，将该种待分析蛋白的表达强度的分值乘以该种待分析蛋白的表达百分比的分值，得出该种待分析蛋白表达总分，也即染色强度；/n(4)在与步骤(1)所述的组织芯片连号的其他组织芯片上的相同特定视野中，依次对其他待分析蛋白进行染色强度的观察分析，重复步骤(1)～(3)；/n(5)将所得到的不同待分析蛋白的表达总分利用统计学中的相关性分析方法进行相关性分析。/n

【技术特征摘要】
1.一种基于组织芯片的蛋白-蛋白相关性的分析方法，其特征在于，包括如下步骤：
(1)在组织芯片上对其中一种待分析蛋白进行染色；
(2)通过完整的全局性预览该组织芯片中该种待分析蛋白的表达水平，将所述的待分析蛋白的表达强度和表达百分比分别分为五个等级；
(3)在特定视野下，将该种待分析蛋白的表达强度的分值乘以该种待分析蛋白的表达百分比的分值，得出该种待分析蛋白表达总分，也即染色强度；
(4)在与步骤(1)所述的组织芯片连号的其他组织芯片上的相同特定视野中，依次对其他待分析蛋白进行染色强度的观察分析，重复步骤(1)～(3)；
(5)将所得到的不同待分析蛋白的表达总分利用统计学中的相关性分析方法进行相关性分析。


2.根据权利要求1所述的基于组织芯片的蛋白-蛋白相关性的分析方法，其特征在于：
步骤(1)中所述的组织芯片为肿瘤组织芯片。


3.根据权利要求1所述的基于组织芯片的蛋白-蛋白相关性的分析方法，其特征在于：
步骤(1)中所述的染色的方法为免疫组化染色方法或组织免疫荧光染色方法。


4.根据权利要求1所述的基于组织芯片的蛋白-蛋白相关性的分析方法，其特征在于：
步骤(1)中所述的染色为一个组织芯片只对一种待分析蛋白进行染色...

【专利技术属性】
技术研发人员：高学娟，刘秋雨，刘朗夏，张还添，刘小会，黄文思，
申请(专利权)人：暨南大学，
类型：发明
国别省市：广东;44