一种玉米全基因组SNP芯片及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种玉米全基因组SNP芯片及其应用，本发明专利技术通过大规模的测序挖掘，针对玉米现有高密度芯片存在问题，对国内外具有广泛代表性的400份自交系玉米进行深度测序，从中挖掘优异位点，并集成6张玉米芯片的研究结果；采取生物信息数据分析，位点基本参数评估，探针设计评估等步骤，形成一套SNP位点组合，包含1536个位点，并在Affymetrix axiom技术平台上实现基因分型。本发明专利技术的玉米全基因组SNP芯片含有针对上述1536个SNP位点的探针。本发明专利技术的芯片可应用于玉米品种DNA指纹构建、品种鉴别和确权，基因组水平种质资源研究，分子标记辅助选择育种。

A corn genome SNP chip and its application

【技术实现步骤摘要】
一种玉米全基因组SNP芯片及其应用
本专利技术属于作物育种与分子生物学
，具体地说，涉及一种玉米全基因组SNP芯片及其应用。
技术介绍
随着基因组学及生物技术平台的快速发展，农作物基因型分析进入了新的时代。各作物陆续开展大样本重测序工作，建立其全基因组遗传信息库。在全基因组遗传信息库建立的基础上，优异分子标记开发、单倍型图谱绘制、基因组多样性评估等方面开始系统展开。分子标记(MolecularMarkers)，指可遗传并可检测的DNA序列，是以个体间核苷酸序列变异为基础的遗传标记，是DNA水平遗传多态性的直接的反映。同时高密度芯片技术分型平台陆续发布，并将其陆续应用于分子鉴定、分子育种以及基础研究之中。SNP标记具有在基因组上分布密度高、分布均匀的特征，为最适于开发芯片的标记。玉米为二倍体杂交作物，具有重组率高、遗传多样性丰富以及较好的基因组学研究基础，其SNP位点开发、评估具有较好的研究基础。SNP(SingleNucleotidePolymorphism，单核苷酸多态性)作为第三代遗传标记，在基因组上分布最为丰富，具有二态性，本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种玉米全基因组SNP分子标记，其特征在于，由表1所示的1536个SNP分子标记组成，所述SNP分子标记是指表1中“序列”一栏对应的序列，其中每个序列中方括号[]内的核苷酸代表SNP位点。/n

【技术特征摘要】
1.一种玉米全基因组SNP分子标记，其特征在于，由表1所示的1536个SNP分子标记组成，所述SNP分子标记是指表1中“序列”一栏对应的序列，其中每个序列中方括号[]内的核苷酸代表SNP位点。


2.用于检测权利要求1所述的SNP分子标记的探针。


3.权利要求2所述的探针在制备玉米全基因组SNP芯片中的应用。


4.一种玉米全基因组SNP芯片，其特征在于，含有权利要求2所述的探针。


5.权利要求1所述的SNP分子标记或权利要求2所述的探针或权利要求4所述的SNP芯片在构建玉米DNA指纹数据库中的应用。


6.权利要求1所述的SNP分子标记或权利要求2所...

【专利技术属性】
技术研发人员：王凤格，田红丽，赵久然，杨扬，易红梅，许理文，王蕊，王璐，葛建镕，范亚明，
申请(专利权)人：北京市农林科学院，
类型：发明
国别省市：北京;11