一种CEBPA基因的探针设计方法及其应用技术

本发明专利技术公开了一种CEBPA基因的探针设计方法及其应用，针对CEBPA基因的编码序列，按照序列反向互补的原则，以rs762459325位点为中心向两侧每隔20bp平铺设计长度为120bp的探针序列；并结合cosmic数据库，对以上得到的探针序列进行优化得到优选的探针序列。同时公开了由该探针序列构建的DNA探针文库以及用于CEBPA基因突变的检测试剂，并公开了CEBPA基因突变的检测方法。本申请对CEBPA基因突变的检测具有较高的灵敏度和检出率，能够达到国际报道水平，其对血液肿瘤患者疾病诊断提供了一种可靠的途径，具有一定的市场推广经济价值。

A probe design method of CEBPA gene and its application

【技术实现步骤摘要】
一种CEBPA基因的探针设计方法及其应用
本专利技术属于生物
，具体涉及一种CEBPA基因的探针设计方法及其应用。
技术介绍
CEBPA基因突变在急性髓系白血病（AML）中发生率约为10-15%（PMID:21177436）。2017年欧洲血液病网络（ELN）、2019年美国国立综合癌症网络（NCCN）、成人急性髓系白血病（非急性早幼粒细胞白血病）中国诊疗指南（2017年版，中华血液学杂志,2017,38(3):177-182)AML预后分层指南提示：CEBPA双突变AML患者采用化疗治疗预后较好属于低危组。此外，2016世界卫生组织（WHO）新增髓系肿瘤伴胚系易感基因变异亚型，CEBPA胚系易感基因变异属于其中之一。因此，CEBPA双突变检测在血液肿瘤精准医疗中具有重要的临床应用意义。CEBPA基因位于染色体19q13.11，该基因仅有1个外显子，开放阅读框全长1077bp，GC含量高达74.7%。CEBPA基因主要分为三个区域，分别是TAD1区、TAD2区和bZIP区，其突变主要发生在靠近N端的TAD1区和C端的bZIP区。当本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种CEBPA基因的探针设计方法，其特征在于，包括以下步骤：/n（1）针对CEBPA基因的编码序列，按照序列反向互补的原则，以rs762459325位点为中心向两侧每隔20bp平铺设计长度为120bp的探针序列；/n（2）结合cosmic数据库，对步骤（1）得到的探针序列进行优化，优化原则为：当探针序列前6个碱基内cosmic数据库报道具有6个碱基以上移码突变，探针序列优化位移至报道突变位点两侧，保证该处位置发生移码突变时具有更好的捕获效率。/n

【技术特征摘要】
1.一种CEBPA基因的探针设计方法，其特征在于，包括以下步骤：
（1）针对CEBPA基因的编码序列，按照序列反向互补的原则，以rs762459325位点为中心向两侧每隔20bp平铺设计长度为120bp的探针序列；
（2）结合cosmic数据库，对步骤（1）得到的探针序列进行优化，优化原则为：当探针序列前6个碱基内cosmic数据库报道具有6个碱基以上移码突变，探针序列优化位移至报道突变位点两侧，保证该处位置发生移码突变时具有更好的捕获效率。


2.采用权利要求1所述的探针设计方法得到的探针序列，其特征在于，所述的探针序列如SEQIDNO.1-SEQIDNO.55所示。


3.使用权利要求2所述的探针序列制备的DNA探针文库。

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【专利技术属性】
技术研发人员：李霆，
申请(专利权)人：苏州元德基因生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：江苏;32