西番莲内参基因及其筛选方法和应用技术

本发明专利技术提供一种西番莲内参基因及其筛选方法和应用，属于分子生物学领域。利用RNA‑Seq测序数据分析表达量中度、稳定的基因作为候选内参基因，选择了5个表达量中度(FPKM≈25)的基因，并进行引物设计，然后在表型差异明显的西番莲品种的不同组织部位的mRNA中去验证，利用软件评估各个候选内参基因的表达稳定性，最终筛选出适宜的西番莲内参基因C27182。C27182在台农一号和黄金果2号的茎、叶、花和果实中都能稳定的表达。为后续西番莲基因表达相关的科学研究提供了参考。

The gene of Passiflora edulis and its screening method and Application

【技术实现步骤摘要】
西番莲内参基因及其筛选方法和应用
本专利技术涉及分子生物学领域，具体涉及西番莲内参基因及其筛选方法和应用。
技术介绍
西番莲是我国南方重要的果树，其果实具有芳香气味，富含糖类、维生素和矿质元素等物质，营养价值高、经济效益好。西番莲果汁中含有菠萝、香蕉、草莓、苹果、酸梅、芒果等165种水果香味，是举世闻名的香料水果，果实中含有超过132种以上的芳香物质，有“果汁之王”的美誉。它的天然原汁以其自身鲜艳的色泽，独特浓郁的芳香风味，丰富的营养以及对人体的保健作用，被称为天然营养浓缩物和热带果后。西番莲果实不仅营养价值高，生津止渴，还有防病健身的功效。据测定，西番莲汁含有60多种挥发性化合物，可溶性固物含量高达10--14％，有机酸含量为1.5--3％。氨基酸含量也相当丰富，还含有多种维生素和矿物质元素。西番莲种子含油量高达25％，可榨成食用油，油质与葵花油媲美。用它作原料，可加工成果汁、果露、果酱、果冻等产品，具有美容养颜、清暑开胃、消除疲劳、提神醒酒、消炎祛斑、降脂降压、防止动脉硬化等功效。西番莲中的应用逐渐受到重视，其分子生物学的研究也不断本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.西番莲内参基因，其特征在于，所述内参基因为C27182，所述内参基因C27182的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。/n

【技术特征摘要】
1.西番莲内参基因，其特征在于，所述内参基因为C27182，所述内参基因C27182的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示。


2.根据权利要求1所述的西番莲内参基因，其特征在于，所述内参基因C27182的PCR扩增引物核苷酸序列：正向序列如SEQIDNO.2所示；反向序列如SEQIDNO.3所示。


3.根据权利要求1所述的西番莲内参基因的筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：
S1、从数据库选择4个样品数据，序列登录号分别为：SRX4224487、SRX4224486、SRX4224485和SRX4224484，然后分别进行序列的组装，预测序列的表达量分析，基因序列的功能注释；最后计算所有西番莲基因在4个样品中表达量值的稳定性，使用变异系数CV进行评估，选择CV值小于0.2，且cDNA≥1000bp的基因作为候选内存基因；
S2、从候选内存基因中，根据西番莲基因的表达量值，选择了5个基因；
S3、对步骤S2筛选的5个基因进行引物设计，并利用电泳评估引物的特异性；
S4、提取紫果7号和黄果原生种的根、茎、叶、花和果实的总RNA，反转录合成第一链cDNA，进行实时荧光定量PCR分析，计算Ct值，对步骤S2筛选的5个基因的表达稳定性进行分析；
S5、综合确定最稳定表达的西番莲内参基因为C27182。


4.根据权利要求1所述的西番莲内参基因的筛选方法，其特征在于，步骤S1中，从NCBI数据库中下载所述4个样品数据；使用Trinity软件，参数min_kmer_cov2进行序列的组装；使用RSEM...

【专利技术属性】
技术研发人员：吴艳艳，刘洁云，田青兰，杨行海，黄伟华，牟海飞，
申请(专利权)人：广西壮族自治区农业科学院，
类型：发明
国别省市：广西;45