综合式消费者基因组服务制造技术

本发明专利技术提供一种用于与测序数据或基因组信息进行消费者驱动交互的新型方法。对于具有多种访问和许可的用户而言，测序数据访问可由中央中枢介导。所述中枢还可有利于访问第三方软件应用程序的所述测序数据。所述中枢还可提供数据分析或可访问所分析的数据，以利用此类数据来向基因组拥有者或所述系统的非拥有者次级用户提供用户界面。

Integrated consumer genomic services

【技术实现步骤摘要】
综合式消费者基因组服务本申请是申请日为2015年2月12日、国际申请号为PCT/US2015/015674、国家申请号为201580019193.8、专利技术名称为“综合式消费者基因组服务”的专利技术专利申请的分案申请。相关申请的交叉引用本申请要求提交于2014年2月13日的标题为“综合式消费者基因组服务(INTEGRATEDCONSUMERGENOMICSERVICES)”的美国临时申请No.61/939,695和提交于2014年7月31日的标题为“消费者生物数据系统和方法(CONSUMERBIOLOGICALDATASYSTEMANDMETHOD)”的美国临时申请No.62/031,556的权益，这两个申请的公开内容出于所有目的以引用方式被并入本文。
技术介绍
本公开一般涉及购买、分布、共享、显示和消费基因组信息，并且更具体地，涉及在客户端服务器环境中购买、分布、共享、显示和消费基因组信息。传统上，个人DNA或基因组测序在一般公众中尚属遥不可及。执行测序所需的机器是昂贵的，并且通常由较大实体购买，诸如研究机构或公司。此外，一旦获得样本，这些机器一般耗费长时间段来对DNA进行测序。近年来，测序的成本和用于执行测序所需的时间已降低。先前需要数月进行测序的样本现在可在数天或数周内进行测序。全基因组测序或部分基因组测序现在可以低得多的成本来执行，这消除了对大多数消费者而言的成本壁垒。若干公司已利用较低成本和较短测序时间来直接向个人消费者提供基因组产品或服务。例如，一些公司提供允许个人消费者基于DNA样本追溯他或她的祖先的服务。其他服务包括基于DNA样本提供统计值，诸如个人消费者在他或她生命中会感染具体疾病的可能性。然而，在利用这些公司的服务之后，如果个人消费者或用户想利用另一家公司的服务，那么该用户将必须提供另一份DNA样本并且等待对该样本进行测序。例如，如果用户已通过一家仅追溯祖先的公司测序其DNA，那么在他想要关于在他生命中可能感染的疾病的报告的情况下，该用户将必须通过另一家公司对其DNA进行测序。这可能导致多家公司执行重复工作。这也可能导致该用户DNA的多个副本被储存于各个位置，这对于该用户而言可能难以保持追踪，并且对于大量消费者而言还可能引发隐私问题。另外，此类直面消费者的服务可提供不同格式的信息，这些格式难以与其他类型的可用信息协调，诸如基于网络的搜索信息。例如，在没有另外的上下文或工具的情况下，某些消费者可能难以理解序列数据或统计数据。其他消费者(诸如医疗专业人员)可能很少使用基本上下文信息，而是反而可能希望直接访问原始基因组数据以用于进一步分析。因此，存在对各种类型的序列数据(例如，基因组信息)的消费者驱动交互工具和对更有效的购买、分布、共享、显示和消费基因组信息的需求。
技术实现思路
本文提供用于与测序数据、基因组数据或其他类型的生物数据进行用户交互的技术，这些数据可经由中央中枢来介导，该中央集线器储存并控制测序数据的拥有者或系统的次级用户对与测序数据的各种交互的访问。例如，交互可包括与社交媒体、数据工具、消费者产品供应、保健信息等的交互。这些交互可有助于用户从用户界面推送或拖出关于测序数据的信息。在一个示例中，搜索引擎可被提供成基于基因组信息以及患者的许可返回结果，其可被视为用于患者与系统进行交互的“基因组头像(genomeavatar)”或“基因组cookie”。例如，如果特定患者关注于临床试验而非营销信息，那么结果可朝向授权许可偏斜。消费者中枢系统解决患者对于由测序设施所提供的基因组数据中的可实践性和功能性的关注。此外，测序或其他生物数据为存储器密集的。因此，终端用户可能不希望将此类数据储存于移动装置或平板电脑上。然而，因为消费者越来越频繁地使用移动装置来访问互联网，所以具有有利于数据访问的远程中枢允许消费者与其数据进行交互，而无需将数据储存于其自己的装置上。例如，用户可能希望使用将其基因组与名人基因组相比较的新型应用程序。在这样的实施例中，用户可将应用程序下载至其移动装置并且许可该应用程序从中枢访问其基因组数据。虽然基因组比较工具可能需要超出通常的移动装置能够达到的处理功率，但是分析可远程地执行(例如，经由中枢或通信地联接至中枢的处理器)，并且应用程序可仅用作图形输出或其他应用程序显示的终端接收者。这样，基因组数据未被传送至移动装置并由该移动装置处理，这(如所提及的)释放了处理和内存。本技术还提供对生物数据的粒度和动态许可和/或访问控制。例如，测序数据可包括某些序列，这些序列与外部状态相关联，包括眼睛颜色、头发颜色、种族等。此外，某些类型的序列分析(例如，表观遗传数据)可提供关于测序个人的年龄的信息。因此，作为消费者，在个人测序数据与中枢进行交互的情况下，个人可能希望不仅为匿名的，而且阻止访问可能包括识别信息的那些序列和/或数据。为了有利于粒度和动态许可控制，本技术可包括用户界面工具，这些用户界面工具通过许可等级引导序列拥有者。在某些实施例中，本公开提供一种用于测序数据交互的系统。该系统包括至少一个服务器，该服务器包括储存与拥有者相关联的测序数据的一个或更多个存储器装置。服务器被联接至处理器，该处理器被配置成执行指令，该指令包括：从第一个基于处理器的装置接收访问测序数据的第一请求；访问测序数据的许可信息；当许可信息指示第一个基于处理器的装置与测序数据的拥有者相关联时，向服务器提供指令以容许第一个基于处理器的装置访问测序数据；从第二个基于处理器的装置接收访问测序数据的第二请求；以及当许可信息指示第二个基于处理器的装置与授权用户相关联以用于有限基因组访问时，向服务器提供指令以容许第二个基于处理器的装置仅访问测序数据的一部分。在另一个实施例中，处理器被配置成执行指令，该指令包括：从第三个基于处理器的装置接收访问测序数据的第三请求；以及当许可信息指示第三个基于处理器的装置不与授权用户相关联时，向服务器提供指令以容许第三个基于处理器的装置仅访问关于测序数据的默认信息。在另一个实施例中，来自第一个基于处理器的装置的访问测序数据的第一请求包括如下指令：在服务器或远离第一个基于处理器的装置的其他装置上执行基因组分析，以及将基因组分析的输出传送至第一个基于处理器的装置。在另一个实施例中，第一请求不包括将测序数据发送至第一个基于处理器的装置的请求。在另一实施例中，处理器被配置成执行指令，该指令包括：从与外部用户相关联的第三个基于处理器的装置接收访问测序数据的第三请求；以及将外部用户的访问测序数据的请求已被接收的通知传送至第一个基于处理器的。在另一个实施例中，本公开还提供一种用于与序列数据进行交互的计算机实现的方法。该方法包括以下步骤：将搜索请求传送至相关于序列数据的服务器，该序列数据与个人相关联，其中序列数据没有被储存于移动装置上；传送与搜索请求相关联的许可或识别信息；在与搜索请求相关联的用户已基于许可或识别信息而许可访问序列数据的情况下，基于搜索请求接收搜索输出，该搜索输出包括相关于序列数据的搜索引擎结果；以及显示搜索输出。在另一个实施例中，处理器被配置成执行指令，该指本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于在基因组环境中处理基因组信息的方法，所述方法包括：/n在第一用户使用图形用户界面中的窗口完成第一用户交易之后，在中央储存库中储存第一用户交易数据，其中所述第一用户交易包括来自下述事项中的至少一者：查看卖方、查看卖方出售物和购买卖方出售物；/n在第二用户在第二用户装置上完成第二用户交易之后，在所述中央储存库中储存第二用户交易数据，其中所述第二用户交易包括来自下述事项中的至少一者：查看卖方、查看卖方出售物和购买卖方出售物；/n将所储存的所述第一用户交易数据与所述第二用户交易数据相比较以重叠交易历史；/n基于所述比较，在图形用户界面中向所述第二用户装置推送有关建议的交易出售物的建议通知。/n

【技术特征摘要】
20140213 US 61/939,695;20140731 US 62/031,5561.一种用于在基因组环境中处理基因组信息的方法，所述方法包括：
在第一用户使用图形用户界面中的窗口完成第一用户交易之后，在中央储存库中储存第一用户交易数据，其中所述第一用户交易包括来自下述事项中的至少一者：查看卖方、查看卖方出售物和购买卖方出售物；
在第二用户在第二用户装置上完成第二用户交易之后，在所述中央储存库中储存第二用户交易数据，其中所述第二用户交易包括来自下述事项中的至少一者：查看卖方、查看卖方出售物和购买卖方出售物；
将所储存的所述第一用户交易数据与所述第二用户交易数据相比较以重叠交易历史；
基于所述比较，在图形用户界面中向所述第二用户装置推送有关建议的交易出售物的建议通知。


2.根据权利要求1所述的方法，其中所述通知包括相关于来自所述第一用户交易的购买卖方出售物的信息，所述信息不存在于所述第二用户交易数据中。


3.根据权利要求2所述的方法，其中所述第一用户交易数据和所述第二用户交易数据部分地重叠。


4.根据权利要求3所述的方法，其中所述比较包括匹配所述第一用户的交易和所述第二用户的交易。


5.根据权利要求4所述的方法，其中所述部分地重叠的数据包括第一卖方交易和第二卖方交易。


6.根据权利要求5所述的方法，其中对所述第二用户的建议的交易链接至所述第二卖方，所述建议的交易不同于有关所述第二卖方的第二交易。


7.根据权利要求1所述的方法，其中访问来自所述第一卖方的信息是通过应用程序编程套件。


8.根据权利要求1所述的方法，所述方法还包括在窗口上验证所述第二用户，其中推送所述建议通知在所述第二用户关闭所述窗口之后发生。


9.一种用于处理基因组信息的方法，所述方法包括：
将第一用户交易数据储存于中央储存库中，其中所述中央储存库储存所述第一用户的序列数据，...

【专利技术属性】
技术研发人员：尼古拉斯·A·纳尔逊，亚历山大·G·迪金森，肯尼斯·R·布鲁姆，索菲·I·库恩，肯尼斯·J·谢尔曼，肯尼斯·G·约克姆，凯文·P·罗兹，杰罗姆·沙代尔，马修·L·波萨德，
申请(专利权)人：ILLUMINA公司，
类型：发明
国别省市：美国;US