一种鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀的DNA条形码及其鉴别方法和应用技术

本发明专利技术提供了一种鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀的DNA条形码及其鉴别方法和应用，属于分子生物学技术领域，本发明专利技术所述中颌棱鳀的DNA条形码序列如SEQ ID No.1所示；所述赤鼻棱鳀的DNA条形码序列如SEQ ID No.2所示。扩增所述的DNA条形码的引物，包括F295和R517；所述方法包括以下步骤：提取待鉴别样本的基因组DNA；用所述的引物扩增所述的待鉴别DNA；将扩增产物的序列与DNA条形码进行比对；确定待鉴别样本的种类。利用本发明专利技术提供的DNA条形码鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀结果稳定，可重复性强。

A DNA barcode for the identification of anchovy in the middle jaw and anchovy in the red nose and its identification method and Application

【技术实现步骤摘要】
一种鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀的DNA条形码及其鉴别方法和应用
本专利技术属于分子生物学
，尤其涉及一种鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀的DNA条形码及其鉴别方法和应用。
技术介绍
中颌棱鳀体侧扁，在腹鳍前后处的腹部位置有一排锐利的棱鳞：腹鳍前15～16个，腹鳍后10个，共约25～26个。头略小，侧扁。吻钝，吻长短于眼径。口大倾斜；上颌骨末端尖但短，仅达前鳃盖骨后缘；第一鳃弓下枝鳃耙数28～31。体被圆鳞，鳞中大，易脱落，无侧线；背鳍前方具1小棘，胸、腹鳍具腋鳞。背鳍起始于体中部，具12软条；臀鳍长，具28～34分枝之软条；尾鳍叉形。体背部青灰色，具暗灰色带，侧面银白色。背鳍、胸鳍及尾鳍黄色或淡黄色；腹鳍及臀鳍淡色。中颌棱鳀同赤鼻棱鳀一样，皆为海南省近海较常见鱼种。其肉质细腻鲜美，具有较高的食用价值。由于二者形态比较相似，且分布区存在一定重叠，仅凭借形态特征较难将两者区分，因此寻找区分中颌棱鳀和赤鼻棱鳀的可靠标准，从混杂的种质中鉴别、分离种质成为一个迫不及待的问题。目前用于鉴定中颌棱鳀的微型DNA条形码技术还没有见正式报道。
技术实现思路
有鉴于此，本专利技术的目的在于提供一种鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀的DNA条形码及其鉴别方法和应用；采用微型DNA条形码将两种棱鳀进行鉴别，操作简单，易于掌握，准确性高；有助于解决种质混杂等问题，为种质保护、合理利用以及种质的生物多样性研究提供技术支撑。为了实现上述专利技术目的，本专利技术提供了以下技术方案：本专利技术提供了一种鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀的DNA条形码，所述中颌棱鳀的DNA条形码序列如SEQIDNo.1所示；所述赤鼻棱鳀的DNA条形码序列如SEQIDNo.2所示。本专利技术提供了扩增所述的DNA条形码的引物，包括F295和R517；所述F295的核苷酸序列如SEQIDNo.3所示；所述R517的核苷酸序列如SEQIDNo.4所示。本专利技术提供了一种利用DNA条形码鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀的方法，包括以下步骤：1)提取待鉴别样本的基因组DNA获得待鉴别DNA；2)用所述的引物扩增步骤1)中所述的待鉴别DNA获得扩增产物；3)将所述扩增产物的序列与DNA条形码进行比对；如果所述扩增产物序列和中颌棱鳀的DNA条形码一致，则待鉴别样本为中颌棱鳀；如果所述扩增产物序列和赤鼻棱鳀的DNA条形码一致，则待鉴别样本为赤鼻棱鳀。优选的，步骤2)中所述扩增的扩增体系以25.15μL计，包括以下组分：超纯水17.5μL，10×buffer2.5μL，dNTPs2μL，rTaq0.15μL，待鉴别DNA1μL，引物F2951μL，引物R5171μL。优选的，步骤2)中所述扩增的扩增程序如下：94℃预变性3min；94℃变性20s，50℃退火20s，72℃延伸20s，38个循环；72℃延伸5min，4℃保存。优选的，所述扩增产物的序列通过将扩增产物测序获得。本专利技术提供了所述的鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀的DNA条形码、扩增所述DNA条形码的引物在鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀中的应用。本专利技术的有益效果：本专利技术提供的鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀的DNA条形码，位于mtDNA12SrRNA上；利用所述DNA条形码鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀结果稳定，可重复性强；鉴别方法简单。具体实施方式本专利技术提供了一种鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀的DNA条形码，所述中颌棱鳀的DNA条形码序列如SEQIDNo.1所示；所述赤鼻棱鳀的DNA条形码序列如SEQIDNo.2所示。在本专利技术中，所述鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀的DNA条形码位于mtDNA12SrRNA上，所述中颌棱鳀的DNA条形码序列具体如下：CACCGCGGTTATACGAGAGGCCCTAGTTGATAAATACGGCGTAAAGAGTGGTTATGGAATTATTTTTATTAAAGCCGAAAGCCCCTTAGACTGTCATACGCACCCAGAGGCTAGAACCCCACTAAACGAAAGTAGCTTTATTAATGCCCACCAGAACCCACGACAGCTGGGACA；所述赤鼻棱鳀的DNA条形码序列具体如下：CACCGCGGTTATACGAGAGGCCCAAGTTGACTAATACGGCGTAAAGAGTGGTTATGGAGTCCTTACACTAAAGCCGAAAGCCCCTTAAACTGTCATACGCACCCAGGGGCCAGAATCCCACCGCACGAAAGTAGCTTTATTAACGCCCACCAGAACCCACGACAGCTAGGACA。在本专利技术中，所述中颌棱鳀与赤鼻棱鳀的DNA条形码序列存在19个碱基的差异，表现为5个颠换，13个转换、1个插入/缺失。在本专利技术中，中颌棱鳀种内(包括三亚群体，陵水群体和海口群体)的扩增结果表现出高度的一致性；与赤鼻棱鳀的扩增结果差异显著。本专利技术提供的基于12SrRNA基因的碱基差异的DNA条形码能够区分中颌棱鳀和赤鼻棱鳀的种质。本专利技术提供了扩增所述的DNA条形码的引物，包括F295和R517；所述F295的核苷酸序列如SEQIDNo.3所示，具体如下：5’-GTCGGTAAAACTCGTGCCAGC-3’；所述R517的核苷酸序列如SEQIDNo.4所示，具体如下：5’-CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG-3’。本专利技术还提供了一种利用DNA条形码鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀的方法，包括以下步骤：1)提取待鉴别样本的基因组DNA获得待鉴别DNA；2)用所述的引物扩增步骤1)中所述的待鉴别DNA获得扩增产物；3)将所述扩增产物的序列与DNA条形码进行比对；如果所述扩增产物序列和中颌棱鳀的DNA条形码一致，则待鉴别样本为中颌棱鳀；如果所述扩增产物序列和赤鼻棱鳀的DNA条形码一致，则待鉴别样本为赤鼻棱鳀。在本专利技术中，提取待鉴别样本的基因组DNA获得待鉴别DNA。本专利技术对所述待鉴别样本的基因组DNA的提取方法没有特殊限定，采用本领域常规的动物基因组DNA提取方法即可，可采用商品化的试剂盒进行提取。本专利技术在获得所述待鉴别DNA后，用所述的引物扩增所述的待鉴别DNA获得扩增产物。在本专利技术中，所述扩增的扩增体系以25.15μL计，优选的包括以下组分：超纯水17.5μL，10×buffer2.5μL，dNTPs2μL，rTaq0.15μL，待鉴别DNA1μL，引物F2951μL，引物R5171μL。在本专利技术中，所述扩增的扩增程序优选的如下：94℃预变性3min；94℃变性20s，50℃退火20s，72℃延伸20s，38个循环；72℃延伸5min，4℃保存。本专利技术在所述扩增结束后优选的还包括扩增产物的纯化步骤；本专利技术对所述纯化的方法没有特殊限定，采用本领域常规的PCR产物纯化试剂盒即可。本专利技术在获得所述纯化产物后，优选的将所述扩增产物测序获得扩增产物的序列。本专利技术对所述测序的方法没有特殊限定，优选的委托生物测序公司进行。本专利技术在获得所述扩增产物序列后，将所述扩增产物的序列与本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀的DNA条形码，其特征在于，所述中颌棱鳀的DNA条形码序列如SEQ ID No.1所示；所述赤鼻棱鳀的DNA条形码序列如SEQ ID No.2所示。/n

【技术特征摘要】
1.一种鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀的DNA条形码，其特征在于，所述中颌棱鳀的DNA条形码序列如SEQIDNo.1所示；所述赤鼻棱鳀的DNA条形码序列如SEQIDNo.2所示。


2.扩增权利要求1所述的DNA条形码的引物，其特征在于，包括F295和R517；所述F295的核苷酸序列如SEQIDNo.3所示；所述R517的核苷酸序列如SEQIDNo.4所示。


3.一种利用DNA条形码鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀的方法，包括以下步骤：
1)提取待鉴别样本的基因组DNA获得待鉴别DNA；
2)用权利要求2所述的引物扩增步骤1)中所述的待鉴别DNA获得扩增产物；
3)将所述扩增产物的序列与DNA条形码进行比对；如果所述扩增产物序列和中颌棱鳀的DNA条形码一致，则待鉴别样本为中颌棱鳀；如果所述扩增产物序列和赤鼻棱鳀的DNA条形码一致，则待鉴...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈治，杨超杰，王海山，叶乐，刑晓萱，苏丽灿，
申请(专利权)人：海南热带海洋学院，
类型：发明
国别省市：海南;46