一种同时定位两个性状相关基因的方法技术

本发明专利技术属于分子遗传学和分子育种技术领域，公开了一种利用重组表型分组分析同时定位两个性状相关基因位点的方法，基于基因组重测序或转录组测序的重组表型个体组的分析同时定位两个独立性状相关基因位点，具体为：利用两个性状有差异的亲本构建分离群体，在群体内选择两个性状的表型为不同亲本型的重组表型个体，将其分为两类：一类为性状A为母本型&性状B为父本型，另一类为性状A父本型&性状B父本型，通过对双亲和这两类个体组的混池或个体的基因组的重测序或转录组测序，计算个体组中双亲不同的SNP所对应的确定亲本型的SNP频率的差值，实现同时定位两个性状相关的基因位点。

A method of locating two character related genes at the same time

【技术实现步骤摘要】
一种同时定位两个性状相关基因的方法
：本专利技术属于分子遗传学和分子育种
，涉及一种同时定位两个性状相关基因位点的方法，基于基因组重测序或转录组测序技术，利用单次两个表型重组个体分组分析同时定位两个独立性状相关基因，提高了定位效率。
技术介绍
：集团分离分析法(BulkedSegregantAnalysis，BSA)又称分离个体分组混合分析法或混合分组分析法，首次由R.W.Michelmore等(PNAS.1991.88(21):9828)提出并成功地在莴苣中筛选出与抗病基因相连锁的标记。该方法首先从一对具有目标性状表型差异的亲本所产生的任何一种分离群体中，根据目标性状的表型分别选取一定数量的植株，构成两个极端性状的亚群或集团。将每群的个体DNA等量混合，形成两个相对性状的“基因池”(GenePool)，然后用亲本间存在多态的共显性分子标记对两个基因池进行分析，在两群间表现多态性的分子标记遗传上与目标性状基因座位相连锁。在获得了与目标基因相连锁的分子标记以后，可以利用某一作图群体进行分析以便进一步检测所得分子标记与目标性状基因的连锁程度，本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种同时定位两个目标性状相关基因的方法，其特征在于：基于常规基因组重测序或转录组测序技术，对来自双亲杂交后自交形成分离群体中重组表型个体分组测序分析，同时定位两个独立性状相关基因，具体步骤包括：/n(1)亲本的选择与杂交：选择两个亲缘关系较远，遗传多态性较大的两个纯合品种或品系材料作为亲本，双亲间差异性状越多越好，构建杂交组合；/n(2)分离群体的构建和选择：双亲杂交后，自交、强制自交或回交后自交形成分离群体；/n(3)重组表型个体的选择与分组：同时关注两个独立目标性状，分离群体中选取两个性状表型值以接近父母本的为极端表型个体，将分离群体中的极端表型个体根据两个性状的表型可以分为：两性状的...

【技术特征摘要】
1.一种同时定位两个目标性状相关基因的方法，其特征在于：基于常规基因组重测序或转录组测序技术，对来自双亲杂交后自交形成分离群体中重组表型个体分组测序分析，同时定位两个独立性状相关基因，具体步骤包括：
(1)亲本的选择与杂交：选择两个亲缘关系较远，遗传多态性较大的两个纯合品种或品系材料作为亲本，双亲间差异性状越多越好，构建杂交组合；
(2)分离群体的构建和选择：双亲杂交后，自交、强制自交或回交后自交形成分离群体；
(3)重组表型个体的选择与分组：同时关注两个独立目标性状，分离群体中选取两个性状表型值以接近父母本的为极端表型个体，将分离群体中的极端表型个体根据两个性状的表型可以分为：两性状的表型均与某一亲本一致的亲本表型个体和两性状的表型为不同亲本型的重组表型个体；其中两个性状的表型为不同亲本型的重组表型个体又可以分为两类：一类为性状A为母本型&性状B为父本型，即AmBf组，另一类为性状A为父本型&性状B为母本型，即AfBm组；将AmBf组和AfBm组作为极端性状个体的两个重组表型个体组混池；
(4)SNP和InDel突变位点的获取：对双亲及两个重组表型个体组混池分别进行基因组重测序或转录组测序，或个体分别进行基因组重测序或转录组测序，利用双亲和混池测序获得的cleanreads与参考基因组分别进行比对，获取与参考基因组的单核苷酸多态性位点(简称SNP)和插入缺失突变位点(简称InDel)变异；将分析到的所有双亲与参考基因组不同的SNP抽出，挑选在两个亲本中纯合，但在两个亲本间基因型不同的SNP用于后续的SNP_Index计算；
(5)重组表型组混池SNP_index及混池间ΔSNP_index的计算，进行性状相关位点的定位：通过与参考基因组的比对，选用在亲本中纯合，但双亲间基因型不同的SNP用于计算SNP标记的基因型频率即：SNP_index，此时的SNP有两种基因型：母本型SNPM和父本型SNPF；确定选用某一亲本的SNP基因型，计算两个混池中每一个SNP确定亲本型的SNP的基因型频率，具体为采用所含确定亲本型的SNP的reads数目占所有测到的reads中的比例，即SNPM_index或SNPF_index；然后计算两个混池间每个SNP对应的SNPM/F_index的差值，即ΔSNPM/F_index；为了消除假阳性的位点，利用标记在基因组上的位置，可对同一条染色体上标记的ΔSNP_index值进行滑动窗口的拟合，然后采用滑动窗口的均值进行绘图，通常采用200kb为区间取区间内ΔSNPM/F_index的平均值进行曲线绘制，并进行1000次置换检验，选取95％置信水平作为筛选的阈值，ΔSNPM/F_index的滑动窗口均值线超过正阈值或低于负阈值外的区域为潜在基因的候选区域；在一次分析中需要明确SNP的基因型并保持统一，但选择母本型或是父本型不做限定，也可以两种型分别计算后进行结果验证；在明确的情况下，两个性状对应的位点会表现为正值峰和负值峰的区别，方向与性状的对应取决于个体组做差的方向与SNP基因型的确定...

【专利技术属性】
技术研发人员：张晓军，于晓娜，王月福，张绍静，郭蕊，颜凡壮，赵瑞华，宋丹蕾，李季华，李瑶瑶，司彤，邹晓霞，王铭伦，
申请(专利权)人：青岛农业大学，
类型：发明
国别省市：山东;37