检测癌症的探针组合制造技术

一种用于检测癌症的探针组合，其包括一组或多组HBV局部基因组靶向探针。其中当每一组该HBV局部基因组靶向探针依该HBV局部基因组的序列排列对齐时，已对齐的该些HBV局部基因组靶向探针于对齐后所组成的一整体序列和一种HBV基因组中的一参考序列或一HBV基因组上的DR序列(direct repeat region)互相匹配。在该些已对齐的多组探针中，每一探针序列的一部分和相邻的一个或二个探针序列的一部分重迭。该探针组合可进一步包括一组或多组癌症热点基因靶向探针，例如CTNNB1、TERT和TP53基因靶向探针、一组或多组外源性基因如一部分λ噬菌体的基因组靶向探针以及多组内源性基因如GAPDH和GdX基因靶向探针。

Probe combination for cancer detection

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】检测癌症的探针组合相关申请的交叉引用本申请要求2017年2月7日提交的美国临时申请No.62/456087的优先权，该临时申请通过引用文献并入本文。
本申请涉及一种探针组合，尤其是涉及一种用于检测癌症且具有序列专一性的探针组合。
技术介绍
肝病毒科(Hepadnaviridae)被认为是和肝炎、肝细胞癌(hepatocellularcarcinoma；HCC)和肝硬化(cirrhosis)的致病机转有关的一类病毒。HBV(HepatitisBVirus，即乙型肝炎病毒)为肝病毒科中最常见的病毒，且为一小型DNA病毒，其可被分类为基因型A至J。大部分成人被HBV感染后会康复，然而大约有5％至10％感染HBV的病患无法清除体内的病毒且会成为慢性带原者。乙型肝炎的慢性带原者演变为肝细胞癌的机率很高，因为HBV能嵌入宿主的基因组中且造成肝细胞在遗传上或表观遗传(epigenetic)上的改变。目前和检测HBV嵌入基因组有关的方法，有Jiang等人发表的“TheeffectofhepatitisBvirusintegrationi本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于检测癌症的探针组合，其特征在于，包括：/n一组或多组HBV局部基因组靶向探针，/n其中当每一组该HBV局部基因组靶向探针依该HBV局部基因组序列排列对齐时，已对齐的该些HBV局部基因组靶向探针于对齐后所组成的一整体序列和一种HBV基因型的一基因组中的一DR序列的一参考序列互相匹配，且/n在该些已对齐的多组HBV局部基因组靶向探针中，每一个该HBV局部基因组靶向探针序列的一部分和相邻的一个或二个HBV局部基因组靶向探针序列的一部分相重迭。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170207 US 62/4560871.一种用于检测癌症的探针组合，其特征在于，包括：
一组或多组HBV局部基因组靶向探针，
其中当每一组该HBV局部基因组靶向探针依该HBV局部基因组序列排列对齐时，已对齐的该些HBV局部基因组靶向探针于对齐后所组成的一整体序列和一种HBV基因型的一基因组中的一DR序列的一参考序列互相匹配，且
在该些已对齐的多组HBV局部基因组靶向探针中，每一个该HBV局部基因组靶向探针序列的一部分和相邻的一个或二个HBV局部基因组靶向探针序列的一部分相重迭。


2.如权利要求1所述的探针组合，其特征在于，该HBV基因型包括基因型A型、基因型B型、基因型C型、基因型D型、基因型E型、基因型F型、基因型G型、基因型H型、基因型I型和基因型J型。


3.如权利要求1所述的探针组合，其特征在于，该DR序列的该参考序列包括SEQIDNOs.3-32。


4.如权利要求1所述的探针组合，其特征在于，还包括：
一组或多组HBV全基因组靶向探针，
其中当每一组该HBV全基因组靶向探针依该HBV全基因组序列排列对齐时，已对齐的该些HBV全基因组靶向探针于对齐后所组成的一整体序列和一种HBV基因型的该基因组互相匹配，且
在该些已对齐的多组HBV全基因组靶向探针中，每一个该HBV全基因组靶向探针序列的一部分和相邻的一个或二个HBV全基因组靶向探针序列的一部分相重迭。


5.如权利要求4所述的探针组合，其特征在于，还包括：
一组或多组癌症热点基因靶向探针，
其中当每一组该癌症热点基因靶向探针依该癌症热点基因序列排列对齐时，已对齐的该些癌症热点基因靶向探针于对齐后所组成的一整体序列和一癌症热点基因的一参考序列互相匹配，且
在该些已对齐的多组癌症热点基因靶向探针中，每一个该癌症热点基因靶向探针序列的一部分和相邻的一个或二个癌症热点基因靶向探针序列的一部分相重迭。


6.如权利要求5所述的探针组合，其特征在于，该癌症热点基因包括CTNNB1、TERT和TP53。


7.如权利要求5所述的探针组合，其特征在于，该癌症热点基因的该参考序列包括SEQIDNOs.33-41。


8.如权利要求5所述的探针组合，其特征在于，还包括：
一组或多组外源性基因靶向探针，
其中当该每一组外源性基因靶向探针依该外源性基因序列排列对齐时，已对齐的该些外源性基因靶向探针于对齐后所组成的一整体序列和一外源性基因的一参考序列互相匹配，且
在该些已对齐的多组外源性基因靶向探针中，每一个该外源性基因靶向探针序列的一部分和相邻的一个或二个外源性基因靶向探针序列的一部分相重迭。


9.如权利要求8所述的探针组合，其特征在于，该外源性基因源自于一λ噬菌体。


10.如权利要求8所述的探针组合，其特征在于，该外源性基因的该参考序列包括SEQIDNOs.42-54。


11.如权利要求8所述的探针组合，其特征在于，还包括：
一组或多组内源性基因靶向探针，
其中当该每一组内源性基因靶向探针依该内源性基因序列排列对齐时，已对齐的该些内源性基因靶向探针于对齐后所组成的一整体序列和一内源性基因的一参考序列互相匹配，且
在该些已对齐的多组内源性基因靶向探针中，每一个该内源性基因靶向探针序列的一部分和相邻的一个或二个内源性基因靶向探针序列的一部分相重迭。


12.如权利要求11所述的探针组合，其特征在于，该内源性基因包括GAPDH和GdX。


13.如权利要求11所述的探针组合，其特征在于，该内源性基因的该参考序列包括SEQIDNO.55和SEQIDNO.56。


14.如权利要求1所述的探针组合，其特征在于，该癌症包括肝细胞癌。


15.如权利要求1所述的探针组合，其特征在于，该探针组合是用于捕捉具有病毒-宿主嵌合点的靶向核酸片段，该靶向核酸片段是由一感染HBV的对象的一样本中的DNA所取得。


16.如权利要求15所述的探针组合，其特征在于，该DNA包括宿主的基因组DNA和循环系统中的肿瘤DNA。


17.如权利要求15所述的探针组合，其特征在于，该样本包括生物性液体和...

【专利技术属性】
技术研发人员：林友瑜，王雅俊，曾晟泰，
申请(专利权)人：泰宗生物科技股份有限公司，
类型：发明
国别省市：中国台湾;TW