一组卵巢癌预后相关基因的应用制造技术

本发明专利技术基于浆液性卵巢癌中一组11个预后相关基因谱的发现和其在临床肿瘤样本中表达水平的检测，根据一组这些基因的预后相关系数计算患者的预后评分，来评估卵巢癌患者的临床预后及其相关应用。此系统可辅助评估卵巢癌患者对治疗干预的反应，从而判断患者是否从化学或靶向治疗中获益，进行治疗选择，避免过度医疗，达到个体化治疗的目的。根据此系统和不同的检测技术平台，设计开发相应的11基因表达测量试剂盒。

The application of a group of prognosis related genes in ovarian cancer

The present invention is based on the discovery of a group of 11 prognosis related gene spectrum in serous ovarian cancer and the detection of its expression level in clinical tumor samples. According to the prognosis related coefficient of a group of these genes, the prognosis score of patients is calculated to evaluate the clinical prognosis and related application of patients with ovarian cancer. This system can help to evaluate the response of patients with ovarian cancer to treatment intervention, so as to judge whether the patients benefit from chemical or targeted treatment, select treatment, avoid over treatment, and achieve the purpose of individualized treatment. According to this system and different detection technology platform, the corresponding 11 gene expression measurement kit is designed and developed.

【技术实现步骤摘要】
一组卵巢癌预后相关基因的应用
本专利技术属于肿瘤基因检测
，具体涉及一组浆液性卵巢癌相关基因及其应用。
技术介绍
卵巢癌是严重威胁女性健康的重大疾病，其发病率位于女性生殖系统恶性肿瘤第二位，其病死率居恶性肿瘤的第五位，在妇科肿瘤中居于首位。根据著名期刊CA:acancerjournalforclinicians的最新的年度报告显示，全球每年有超过29.5万新发卵巢癌患者，超过18.5万患者死亡，且患者和死亡人数呈上升趋势。卵巢的解剖位置隐蔽，卵巢癌早期症状不明显，目前还没有有效且有益的方法进行早期诊断或开展人群中的广泛筛查，因此卵巢癌的早期诊断率很低，有高达70％-80％的患者就诊时已属晚期。在众多人类肿瘤中，卵巢癌被称为女性的“沉默杀手”，足可见其临床和社会重要性之显著。虽然大多数卵巢癌患者可以通过肿瘤细胞减灭术以及初始化疗达到缓解，但是其复发率仍高达75％。此外，根据美国妇产科协会(ACOG)的统计数据，目前卵巢癌的治疗效果及预后均欠佳，5年生存率只有20％左右。因此，建立早期诊断方法、寻找有效治疗靶点、准确评估预后指导临床干预为提高卵巢癌患者生存率的重要挑战。近年来，卵巢癌手术技术在不断进步，新型化疗药物不断投入使用，化疗方案也在不断优化。具体说来主要包括BRCA突变患者的PARP抑制剂治疗、叶酸受体等分子靶向治疗、免疫疗法、抗血管生成药物治疗、紫杉醇每周化疗方案等。根据2014年世界卫生组织(WHO)标准，卵巢肿瘤在组织学上分为上皮性肿瘤、性索间质肿瘤、生殖细胞肿瘤等，每一大类下又细分为诸多亚类，如上皮性卵巢癌又分为浆液性癌、黏液性癌、子宫内膜样癌、透明细胞癌、浆液-黏液性癌等。浆液性卵巢癌(SerousOvarianCarcinoma,SOC)是上皮性卵巢癌中最主要的，占卵巢癌死亡率的70-80％。基于每种亚型特异性的基因过表达水平，大多数SOC可分为四种亚型：间充质性，免疫反应性，分化性和增殖性。浆液性卵巢癌的特征在于遗传改变，包括遗传性BRCA基因突变，TP53突变，DNA损伤，染色体不稳定，以及RNA和miRNA表达和甲基化状态的变化。卵巢癌和其他肿瘤一样，是一种“多因素起因、多步骤发展的全身性、系统性疾病”，即使是同一类型的卵巢癌，不同个体间在分子水平上也存在着高度的异质性，因此简单的组织学分类对于临床干预的指导价值较为有限。不同的肿瘤患者，即使其病理类型、分期、分级乃至所接受的治疗均相同，其生存期仍然会呈现差异。肿瘤异质性包括相同类型肿瘤不同患者间的异质性和个体肿瘤内细胞间的异质性。现有比较一致的观点认为每个病人的肿瘤都是独一无二的，且这种独特性从宏观到微观可以延伸到个体肿瘤中的不同细胞克隆中，且在几乎所有类型的肿瘤中均存在这样的独特性。正如我们所知，不同的遗传背景、内在因素和环境因素构成了宏观的患者间的肿瘤异质性。伴随着高通量技术和单细胞测序技术的广泛推广应用，肿瘤内部异质性已然是目前肿瘤领域的一个研究热点。而针对每个个体肿瘤分子水平的差异而提供个体化的精准治疗是未来医疗发展的必然趋势。目前这方面工作做得最为成功的是乳腺癌，不仅可以根据相关分子(ER、Her2等)的不同表达情况进行分型并对不同类型的乳腺癌患者有针对性的实行手术和辅助治疗，还可以通过OncotypeDX(美国GenomicHealth公司)和MammaPrint(挪威Agendia公司)，检测多基因表达对乳腺癌的复发和转移等预后情况进行评估以及指导治疗。以上方法均已成熟应用于临床并获得显著的疗效。目前这两项检测均获美国FDA批准上市。另外，OncotypeDX还获得NCCN指南推荐并为美国医疗保险覆盖项目，完整实现了从基础研究到临床应用的转化。此外，在前列腺癌和结肠癌方面也有类似OncotypeDX的基因检测项目被开发。但是目前针对卵巢癌则尚未有类似的基因检测可以用于指导治疗方案的选择，而我们知道卵巢癌是基因因素占较大发病原因的肿瘤种类，且是困扰病人和医生的巨大挑战。因此，针对卵巢癌开发类似的基因检测和评分系统用于指导临床，不仅有广泛坚实的技术条件和知识基础，而且也很有必要以及获得良好结果的前景和希望。
技术实现思路
本专利技术的目的在于对卵巢癌患者进行预后预测和治疗方案评估等基因诊断。本专利技术中的样本为卵巢癌患者的肿瘤组织，由患者的肿瘤组织样本分离mRNA，测定卵巢癌相关基因表达水平，并利用评价卵巢癌预后的多基因表达谱和评分系统对浆液性卵巢癌预后相关基因在临床样本中表达水平进行检测，通过计算预后评分来预测病人的临床预后。为了实现上述目的，本专利技术提供一组11个卵巢癌相关基因在制备用于卵巢癌预后预测试剂中的应用，上述11个卵巢癌相关基因为(1)同源重组修复基因：RAD51AP1；(2)编码生物酶类基因：MTHFD2，GALNT10，PYCR1；(3)信号转导相关基因：CADPS2，DSE，ITGB8，PDE10A，SNX1；(4)其他基因：C9orf16，ARL4；和(5)对照基因：GAPDH，ACTB，GUSB和TFRC。在一些实施方案中，卵巢癌为浆液性卵巢癌。在另一实施方案中，本专利技术提供针对权利要求1的11个卵巢癌相关基因在制备用于卵巢癌预后预测试剂中的应用所设计的一组基因探针或引物，该基因探针能够通过分子杂交与上述11个卵巢癌相关基因结合产生杂交信号，该引物能够通过基于PCR的技术对上述11个卵巢癌相关基因进行扩增。在另一实施方案中，本专利技术提供一种卵巢癌预后预测诊断用组合物，其包括上述基因探针或引物。在另一实施方案中，本专利技术提供一种卵巢癌预后预测诊断试剂盒，其包括上述组合物。在一些实施方案中，上述11个卵巢癌相关基因可通过实时荧光定量PCR，基因芯片，二代高通量测序，Panomics或Nanostring技术来检测。在一些实施方案中，可通过实时荧光定量PCR，基因芯片，二代高通量测序，Panomics或Nanostring技术来检测上述11个相关基因在卵巢癌中的mRNA表达水平。本说明书中使用的术语“基因探针”和“引物”表示寡核苷酸，优选为单链的脱氧核糖核苷酸，包括天然(naturallyoccurring)dNMP(dAMP、dGMP、dCMP和dTMP)、变形核苷酸或非天然核苷酸，此外，还可以包含核糖核苷酸。本专利技术中利用的基因探针和引物包含与靶核酸的目标位置互补的杂交核苷酸序列。术语“互补”的含义是指，在杂交条件下引物或探针与靶核酸序列选择性地进行杂交的充分互补，具有将实质上互补(substantiallycomplementary)和完全互补(perfectlycomplementary)全部包括在内的含义，优选地为完全互补。本说明书中使用的术语“实质上互补的序列”不仅包括完全一致的序列，也包括在能够在特定靶序列上发挥引物作用且与作为比较对象的序列有部分不一致的序列。基因探针和引物的序列不需要具有与模板的一部分序列完全互补的序列，只要在能够与模板杂交从而发挥其固有作用的范围内具有充分的互补性即可。因此，本专利技术中的基因探针和引物本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一组11个卵巢癌相关基因在制备用于卵巢癌预后预测试剂中的应用，其特征在于，所述11个卵巢癌相关基因为(1)同源重组修复基因：RAD51AP1；(2)编码生物酶类基因：MTHFD2，GALNT10，PYCR1；(3)信号转导相关基因：CADPS2，DSE，ITGB8，PDE10A，SNX1；(4)其他基因：C9orf16，ARL4；和(5)对照基因：GAPDH，ACTB，GUSB和TFRC。/n

【技术特征摘要】
1.一组11个卵巢癌相关基因在制备用于卵巢癌预后预测试剂中的应用，其特征在于，所述11个卵巢癌相关基因为(1)同源重组修复基因：RAD51AP1；(2)编码生物酶类基因：MTHFD2，GALNT10，PYCR1；(3)信号转导相关基因：CADPS2，DSE，ITGB8，PDE10A，SNX1；(4)其他基因：C9orf16，ARL4；和(5)对照基因：GAPDH，ACTB，GUSB和TFRC。


2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述卵巢癌为浆液性卵巢癌。


3.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于，所述11个卵巢癌相关基因可通过实时荧光定量PCR，基因芯片，二代高通量测序，Panomics或Nanostring技术来检测。


4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，可通过实时荧光定量PCR，基因芯片，二代高通量测序，Panomics或Nanostring技术来检测所述11个相关基因在卵巢癌中的mRNA表达水平。


5.针对权利要求1或2的11个卵巢癌相关基因在制备用于卵巢癌预后预测试剂中...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵玥，王频，安托万·M·斯内德，毛建华，杭渤，
申请(专利权)人：伯克利南京医学研究有限责任公司，
类型：发明
国别省市：江苏;32