Disclosed embodiments relate to non-invasive methods, devices, and systems for identifying infections. The method is based on the identification of a discriminating peptide present on a peptide array that binds differently to different antibody mixtures present in a sample from an infected subject compared to an antibody mixture present in a reference subject.
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】筛查感染的方法交叉引用本申请要求2017年2月22日提交的第62/462,320号美国临时专利申请的权益，该临时申请通过引用整体并入本文。
技术介绍
感染性疾病是通常由诸如细菌、病毒、真菌或寄生虫等微生物引起的病症。感染的诊断通常需要对诸如血液、尿液、咽拭子、粪便样品以及某些情况下的脊髓液等体液进行实验室检验。也可以利用成像扫描和活检来鉴定感染源。多种单独的检验可用于诊断感染，并且包括病原体的免疫测定、聚合酶链反应、荧光原位杂交和遗传检测。当前的方法是耗时、复杂且劳动密集的，并且可能需要不同程度的专业知识。另外，可用的诊断工具通常不能可靠地检测感染的早期阶段，并且常常需要一种以上的方法来阳性地诊断出感染。在许多情况下，感染者可能不会表现出任何感染症状，直到出现严重的并发症。一个例子是克氏锥虫(T.cruzi)的感染，它引起查加斯病(Chagasdisease)。查加斯病是拉丁美洲和加勒比海地区死亡和发病的主要原因之一[PerezCJ等人，LymberyAJ，ThompsonRC(2014)TrendsParasitol30：176...
【技术保护点】
1.一种鉴定具有或疑似具有克氏锥虫感染的受试者的血清学状态的方法，所述方法包括：/n(a)使来自所述受试者的样品与包含至少10,000个不同肽的肽阵列接触；/n(b)检测所述样品中存在的抗体与所述阵列上的至少25个肽的结合，以获得结合信号的组合；以及/n(c)将结合信号的所述组合与两组或更多组参考结合信号的组合进行比较，其中所述组参考结合信号组合中的每组中的至少一个从已知对所述感染呈血清阳性的多个参考受试者中获得，并且其中所述组参考结合信号组合中的每组中的至少一个从已知对所述感染呈血清阴性的多个受试者中获得，从而确定所述受试者关于克氏锥虫的血清学状态。/n
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170222 US 62/462,3201.一种鉴定具有或疑似具有克氏锥虫感染的受试者的血清学状态的方法，所述方法包括：
(a)使来自所述受试者的样品与包含至少10,000个不同肽的肽阵列接触；
(b)检测所述样品中存在的抗体与所述阵列上的至少25个肽的结合，以获得结合信号的组合；以及
(c)将结合信号的所述组合与两组或更多组参考结合信号的组合进行比较，其中所述组参考结合信号组合中的每组中的至少一个从已知对所述感染呈血清阳性的多个参考受试者中获得，并且其中所述组参考结合信号组合中的每组中的至少一个从已知对所述感染呈血清阴性的多个受试者中获得，从而确定所述受试者关于克氏锥虫的血清学状态。
2.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括：
(i)鉴定区别性参考结合信号的组合，其中所述区别性参考结合信号将来自已知对所述感染呈血清阳性的参考受试者的样品与来自已知对所述感染呈血清阴性的参考受试者的样品区分开；以及
(ii)鉴定判别肽的组合，其中区别性参考结合信号的所述组合对应于判别肽的所述组合。
3.根据权利要求2所述的方法，其中区别性参考结合信号的所述组合中的每一个是通过检测来自所述多个所述参考受试者中的每个受试者的样品中存在的抗体与权利要求1的步骤(a)中包含至少10,000个不同肽的肽阵列上的至少25个肽的结合而获得的。
4.根据权利要求1所述的方法，其中所述具有或疑似具有所述感染的受试者对所述感染而言是无症状的。
5.根据权利要求1所述的方法，其中所述具有或疑似具有所述感染的受试者对所述感染而言是有症状的。
6.根据权利要求1所述的方法，其中所述具有或疑似具有所述感染的受试者和所述参考受试者对任何感染性疾病而言是无症状的。
7.根据权利要求2所述的方法，其中所述判别肽由图9B和图23A-23C中列出的一个或多个序列基序组成，与所有阵列肽中的判别肽相比，所述基序在所有含有该基序的肽中的判别肽中的富集大于100％。
8.根据权利要求2所述的方法，其中所述区别性肽选自图21A-N、表6和表7中列出的肽。
9.根据权利要求1所述的方法，其中与在步骤(b)中获得的抗体结合相对应的结合信号高于从当使用S/CO评分系统时得分＜1的受试者样品的抗体结合中获得的参考结合信号。
10.根据权利要求1所述的方法，其中所述一组或多组对克氏锥虫呈血清阴性的参考受试者对乙型肝炎病毒(HBV)呈血清阳性。
11.根据权利要求10所述的方法，其中所述判别肽大于100％地富集图14A中列出的一个或多个序列基序。
12.根据权利要求1所述的方法，其中所述一组或多组对克氏锥虫呈血清阴性的参考受试者对丙型肝炎病毒(HCV)呈血清阳性。
13.根据权利要求12所述的方法，其中所述判别肽大于100％地富集图15A中的一个或多个序列基序。
14.根据权利要求1所述的方法，其中所述一组或多组对克氏锥虫呈血清阴性的参考受试者对西尼罗病毒(WNV)感染呈血清阳性。
15.根据权利要求14所述的方法，其中所述判别肽大于100％地富集图16A中列出的一个或多个序列基序。
16.一种鉴定具有或疑似具有病毒感染的受试者的血清学状态的方法，所述方法包括：
(a)使来自所述受试者的样品与包含至少10,000个不同肽的肽阵列接触；
(b)检测所述样品中存在的抗体与所述阵列上的至少25个肽的结合，以获得结合信号的组合；以及
(c)将结合信号的所述组合与两组或更多组参考结合信号的组合进行比较，其中所述组参考结合信号组合中的每组中的至少一个从已知对所述感染呈血清阳性的多个参考受试者中获得，并且其中所述组参考结合信号组合中的每组中的至少一个从已知对所述感染呈血清阴性的多个受试者中获得，从而确定所述受试者的血清学状态。
17.根据权利要求16所述的方法，其进一步包括：
(i)鉴定区别性参考结合信号的组合，其中所述区别性结合信号将来自已知对所述感染呈血清阳性的参考受试者的样品与来自已知对所述感染呈血清阴性的参考受试者的样品区分开；以及
(ii)鉴定判别肽的组合，其中区别性参考结合信号的所述组合对应于判别肽的所述组合。
18.根据权利要求17所述的方法，其中所述病毒感染是HBV感染，并且其中所述一组或多组参考受试者对HBV呈血清阴性而对HCV呈血清阳性。
19.根据权利要求18所述的方法，其中所述判别肽包含一个或多个来自图17A的、富集大于100％的序列基序。
20.根据权利要求17所述的方法，其中所述病毒感染是HBV感染，并且其中所述一组或多组参考受试者对HBV呈血清阴性而对WNV呈血清阳性。
21.根据权利要求20所述的方法，其中所述判别肽包含一个或多个来自图18A的、富集大于100％的序列基序。
22.根据权利要求17所述的方法，其中所述病毒感染是HCV感染，并且其中所述一组或多组参考受试者对HCV呈血清阴性而对WNV呈血清阳性。
23.根据权利要求22所述的方法，其中所述判别肽包含一个或多个来自图19A的、富集大于100％的序列基序。
24.一种确定具有或疑似具有选自克氏锥虫、HBV、HCV和WNV的多种感染中至少一种的受试者的血清学状态的方法，所述方法包括：
(a)使来自疑似具有所述感染之一的受试者的样品与包含至少10,000个不同肽的肽阵列接触；
(b)检测所述样品中存在的抗体与所述阵列上的至少25个肽的结合，以获得结合信号的组合；以及
(c)提供至少第一、第二、第三和第四组区别性结合信号，其对应于来自克氏锥虫、HBV、HCV和WNV的感染，其中所述组区别性结合信号中的每组将来自对所述感染之一呈血清阳性的一组受试者的样品与从各自对所述多种感染中的其余一种呈血清阳性的受试者中获得的样品混合物区分开；
(d)组合所述组区别性结合信号，以获得区别性结合信号的多类别组，其中所述多类别组能够将所述克氏锥虫、HBV、HCV和WNV感染中的每一种彼此区分开；以及
(e)将在步骤(b)中从所述受试者获得的结合信号的所述组合与区别性结合信号的所述多类别组进行比较，从而鉴定所述受试者的血清学状态。
25.根据权利要求24所述的方法，其进一步包括针对所述第一、第二、第三和至少第四组区别性结合信号中的每组鉴定一组判别肽。
26.根据权利要求25所述的方法，其中所述第一组判别肽展示出信号，所述信号将对克氏锥虫呈血清阳性的样品与各自对HBV、HCV和WNV之一呈血清阳性的样品的混合物区分开。
27.根据权利要求26所述的方法，其中所述判别肽包含图10A中列出的一个或多个序列基序，当与所述阵列中的所述至少10,000个肽相比时，所述基序富集大于100％。
28.根据权利要求25所述的方法，其中所述第二组判别肽展示出信号，所述信号将对HBV呈血清阳性的样品与各自对克氏锥虫、HCV和WNV之一呈血清阳性的样品的混合物区分开。
29.根据权利要求28所述的方法，其中所述判别肽包含图11A中列出的一个或多个序列基序，当与所述阵列中的所述至少10,000个肽相比时，所述基序富集大于100％。
30.根据权利要求25所述的方法，其中所述第三组判别肽展示出信号，所述信号将HCV血清阳性样品与各自对HBV、克氏锥虫和WNV之一呈血清阳性的样品的混合物区分开。
31.根据权利要求30所述的方法，其中所述判别肽包含图12A中列出的一个或多个序列基序，当与所述阵列中的所述至少10,000个肽相比时，所述基序富集大于100％。
32.根据权利要求25所述的方法，其中所述至少第四组判别肽将对WNV呈血清阳性的样品与各自对HBV、HCV和克氏锥虫之一呈血清阳性的样品的混合物区分开。
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【专利技术属性】
技术研发人员：凯瑟琳·弗朗西丝·赛克斯，罗伯特·威廉·葛文，乔纳森·斯科特·梅尔尼克，迈克尔·威廉·罗，西奥多·迈克尔·塔拉索，
申请(专利权)人：健康之语公司，
类型：发明
国别省市：美国;US
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