Genetic modifying compositions for the treatment of gastric cancer, such as non viral vectors and tumor infiltrating lymphocytes, are disclosed. A method for producing a genetically modified composition using CRISPR system is disclosed. A method for preparing and using a genetically modified composition for the treatment of gastric cancer is also disclosed.
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】肿瘤浸润性淋巴细胞和治疗方法交叉引用本申请要求于2016年10月18日提交的美国临时专利申请号62/409,651和于2017年1月30日提交的美国临时专利申请号62/452,244的权益，所述临时申请中的每一个均通过引用整体并入本文用于所有目的。
技术介绍
肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)的过继转移在介导转移性黑素瘤的持久消退方面取得了相当大的成功。尽管取得了这些成功，但TIL疗法在其他实体肿瘤环境中的应用仍具有挑战性。这可能是由于肿瘤微环境所发挥的抑制作用和在受体信号传导和效应子功能获得方面的T细胞内在损伤。靶向程序性细胞死亡蛋白1(PD-1)和细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白(CTLA-4)功能的基于单克隆抗体的免疫检查点抑制剂有时可以减轻T细胞的外在抑制作用，但具有由于它们对非肿瘤反应性T细胞的全身活性而导致的可能致命的自身免疫副作用风险。近来，在用于体内识别肿瘤上的分子靶标的淋巴细胞基因工程方面取得了显著进步，从而导致了靶向肿瘤缓解的显著病例。然而，这些成功在很大程度上局限于血液肿瘤，并且针对实体瘤的更广泛应用受限于缺乏由特定肿瘤中的细胞表达的可鉴别分子以及缺乏可用于特异性结合肿瘤靶标以便介导肿瘤破坏的分子。一些近期进展关注对在一些情况下触发抗肿瘤T细胞应答的肿瘤特异性突变的鉴别。例如，可使用全外显子组测序方法来鉴别这些内源性突变。TranE等人,“Cancerimmunotherapybasedonmutation-specificCD4+Tcellsinapatientwithepithelialcancer,”Science...
【技术保护点】
1.一种治疗方法，其包括：/n向有需要的受试者施用：/na)预备方案，所述预备方案包括以足以降低所述受试者的免疫应答的量向所述受试者施用至少一种免疫抑制剂；/nb)包含足以抑制所述受试者的真菌感染的量的抗真菌剂的药物组合物；以及/nc)包含多种肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)的药物组合物，所述肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)包含细胞因子诱导含SH2蛋白(CISH)基因的至少一部分的破坏。/n
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20161018 US 62/409,651;20170130 US 62/452,2441.一种治疗方法，其包括：
向有需要的受试者施用：
a)预备方案，所述预备方案包括以足以降低所述受试者的免疫应答的量向所述受试者施用至少一种免疫抑制剂；
b)包含足以抑制所述受试者的真菌感染的量的抗真菌剂的药物组合物；以及
c)包含多种肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)的药物组合物，所述肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)包含细胞因子诱导含SH2蛋白(CISH)基因的至少一部分的破坏。
2.如权利要求1所述的方法，其进一步包括施用抗生素。
3.一种治疗方法，其包括：
向有需要的受试者施用：
a)预备方案，所述预备方案包括以足以抑制所述受试者的免疫应答的量向所述受试者施用至少一种免疫抑制剂；
b)包含足以抑制所述受试者的细菌感染的量的抗生素的药物组合物；以及
c)包含多种肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)的药物组合物，所述肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)包含细胞因子诱导含SH2蛋白(CISH)基因的至少一部分的破坏。
4.如权利要求3所述的方法，其进一步包括施用抗真菌剂。
5.一种治疗方法，其包括：
向有需要的受试者施用：
a)包含足以降低所述受试者的免疫应答的量的环磷酰胺和氟达拉滨的药物组合物；
b)包含足以抑制所述受试者的真菌感染的量的氟康唑的药物组合物；以及
c)包含多种肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)的药物组合物，所述肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)包含细胞因子诱导含SH2蛋白(CISH)基因的至少一部分的破坏。
6.如权利要求5所述的方法，其进一步包括施用包含足以抑制所述受试者的细菌感染的量的三甲氧苄二氨嘧啶和磺胺甲噁唑的药物组合物。
7.一种治疗方法，其包括：
向有需要的受试者施用：
a)包含足以降低所述受试者的免疫应答的量的环磷酰胺和氟达拉滨的药物组合物；
b)包含足以抑制所述受试者的细菌感染的量的三甲氧苄二氨嘧啶和磺胺甲噁唑的药物组合物；以及
c)包含多种肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)的药物组合物，所述肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)包含细胞因子诱导含SH2蛋白(CISH)基因的至少一部分的破坏。
8.如权利要求7所述的方法，其进一步包括施用包含足以抑制所述受试者的真菌感染的量的氟康唑的药物组合物。
9.一种用于治疗癌症的方法，其包括：向有需要的受试者施用治疗有效量的离体工程化肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)，其中所述离体工程化TIL包含：细胞因子诱导含SH2蛋白(CISH)基因中的破坏，所述破坏导致所述体外工程化TIL中CISH蛋白质功能的抑制，其中所述破坏位于由SEQIDNO:68的指导多核酸所结合的序列处。
10.如权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述预备方案包括在施用所述TIL之前约14天至约24小时施用免疫抑制剂。
11.如权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述预备方案包括在施用所述TIL之前约10天至约24小时施用免疫抑制剂。
12.如权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述预备方案包括在施用所述TIL之前约7天至约24小时施用免疫抑制剂。
13.如权利要求1至4和10至12中任一项所述的方法，其中所述免疫抑制剂包括放射治疗剂、生物剂或化学剂。
14.如权利要求13所述的方法，其中所述免疫抑制剂包括所述化学剂。
15.如权利要求14所述的方法，其中所述化学剂包括以下的至少一种：环磷酰胺、氮芥、苯丁酸氮芥、美法仑、异环磷酰胺、噻替哌、六甲三聚氰胺、白消安、氟达拉滨、亚硝基脲、铂、甲氨蝶呤、硫唑嘌呤、巯基嘌呤、丙卡巴肼、达卡巴嗪、替莫唑胺、卡莫司汀、洛莫司汀、链脲菌素、氟尿嘧啶、更生霉素、蒽环类、丝裂霉素C、博来霉素和光神霉素。
16.如权利要求15所述的方法，其中所述化学剂包括所述环磷酰胺。
17.如权利要求15所述的方法，其中所述化学剂为氟达拉滨。
18.如权利要求15至17中任一项所述的方法，其中施用约40mg/kg所述受试者至约50mg/kg所述受试者的所述环磷酰胺。
19.如权利要求18所述的方法，其中所述环磷酰胺经至少约2天至约5天施用至所述受试者。
20.如权利要求15至17中任一项所述的方法，其中施用约10mg/kg所述受试者至约15mg/kg所述受试者的所述环磷酰胺。
21.如权利要求20所述的方法，其中所述环磷酰胺经至少约7天至约10天施用至所述受试者。
22.如权利要求15至17中任一项所述的方法，其中施用约3mg/kg所述受试者至约5mg/kg所述受试者的所述环磷酰胺。
23.如权利要求15至17中任一项所述的方法，其中施用约50mg/kg所述受试者至约80mg/kg所述受试者的所述环磷酰胺。
24.如权利要求15至17中任一项所述的方法，其中施用超过50mg/kg的所述环磷酰胺。
25.如权利要求24所述的方法，其中施用约60mg/kg的所述环磷酰胺。
26.如权利要求15至25中任一项所述的方法，其中施用约20mg/m2所述受试者的体表面积至约30mg/m2所述受试者的体表面积的所述氟达拉滨。
27.如权利要求26所述的方法，其中施用约25mg/m2所述受试者的体表面积的所述氟达拉滨。
28.如权利要求1至4和10至27中任一项所述的方法，其中所述预备方案包括部分或完全的免疫抑制。
29.如权利要求1、2、4和10至28中任一项所述的方法，其中所述抗真菌剂选自：多烯、唑、烯丙基胺和棘白菌素。
30.如权利要求29所述的方法，其中所述抗真菌剂为所述唑。
31.如权利要求30所述的方法，其中所述唑选自：联苯苄唑、布康唑、克霉唑、益康唑、芬替康唑、异康唑、酮康唑、卢立康唑、咪康唑、奥莫康唑、奥昔康唑、舍他康唑、硫康唑、噻康唑、阿巴康唑、艾氟康唑、氟环唑、氟康唑、艾沙康唑、伊曲康唑、泊沙康唑、丙环唑、雷夫康唑、特康唑和伏立康唑。
32.如权利要求31所述的方法，其中所述唑为氟康唑。
33.如权利要求32所述的方法，其中施用约100mg至约800mg的所述氟康唑。
34.如权利要求33所述的方法，其中施用400mg的所述氟康唑。
35.如权利要求1、2、4和10至34中任一项所述的方法，其中所述抗真菌剂与所述TIL同时或顺序施用。
36.如权利要求35所述的方法，其中在所述TIL之后约第0天至约第4天施用所述抗真菌剂。
37.如权利要求2-4和10至36中任一项所述的方法，其中所述抗生素包括以下的至少一种：细菌壁靶向剂、细胞膜靶向剂、细菌酶干扰剂、杀菌剂、蛋白质合成抑制剂或抑菌剂。
38.如权利要求37所述的方法，其中所述抗生素包括杀菌剂。
39.如权利要求38所述的方法，其中所述杀菌剂为头孢菌素或喹诺酮。
40.如权利要求37所述的方法，其中所述抗生素包括抑菌剂。
41.如权利要求40所述的方法，其中所述抑菌剂预防性施用。
42.如权利要求37至41中任一项所述的方法，其中所述抑菌剂为三甲氧苄二氨嘧啶、磺胺甲噁唑或戊烷脒。
43.如权利要求42所述的方法，其中施用约100mg至约1000mg的所述三甲氧苄二氨嘧啶、磺胺甲噁唑或戊烷脒。
44.如权利要求43所述的方法，其中施用160mg的所述三甲氧苄二氨嘧啶。
45.如权利要求43所述的方法，其中施用800mg的所述磺胺甲噁唑。
46.如权利要求43所述的方法，其中施用300mg的所述戊烷脒。
47.如权利要求37至46中任一项所述的方法，其中所述抑菌剂在所述TIL之前、与所述TIL同时或在所述TIL之后施用。
48.如权利要求47所述的方法，其中所述抑菌剂在所述TIL的所述施用之前约14天至所述TIL的所述施用之后约6个月施用。
49.如权利要求37至48中任一项所述的方法，其中所述抑菌剂在所述TIL之前约8天至所述TIL之后至少4天施用。
50.如权利要求1至49中任一项所述的方法，其中所述施用包括静脉内、口服、肌内、腹膜内或胸膜内施用。
51.如权利要求1至50中任一项所述的方法，其中所述免疫抑制剂通过输注施用。
52.如权利要求15至51中任一项所述的方法，其中所述环磷酰胺为约60mg/kg的剂量，并稀释在250ml5％葡萄糖水溶液中且经1小时输注。
53.如权利要求15至52中任一项所述的方法，其中所述氟达拉滨为在100ml0.9％氯化钠(USP)中25mg/m2的剂量，并经约15至约30分钟输注。
54.如权利要求1至53中任一项所述的方法，其进一步包括施用包含足以激活所述受试者中的所述TIL的量的免疫刺激剂的药物组合物。
55.如权利要求54所述的方法，其中所述免疫刺激剂包括以下的至少一种：疫苗、集落刺激剂、干扰素、白介素、病毒、抗原、共刺激剂、免疫原性剂、免疫调节剂或免疫治疗剂。
56.如权利要求55所述的方法，其中所述免疫刺激剂包括所述白介素。
57.如权利要求56所述的方法，其中所述白介素为阿地白介素，并且以约550,000至约800,000IU/kg的剂量施用。
58.如权利要求57所述的方法，其中所述阿地白介素以约720,000IU/kg的剂量施用。
59.如权利要求1至58中任一项所述的方法，其进一步包括施用包含足以预防所述受试者的感染的量的感染预防剂的药物组合物。
60.如权利要求59所述的方法，其中所述感染预防剂为疱疹病毒预防剂。
61.如权利要求60所述的方法，其中所述受试者为HSV阳性。
62.如权利要求60至61中任一项所述的方法，其中所述疱疹病毒预防剂为伐昔洛韦或阿昔洛韦。
63.如权利要求1至62中任一项所述的方法，其中通过选自CRISPR、锌指、TALEN及其任何组合的系统来诱导所述破坏。
64.如权利要求63所述的方法，其中所述系统为CRISPR系统。
65.如权利要求63至64中任一项所述的方法，其中所述CRISPR系统包括选自Cas1、Cas1B、Cas2、Cas3、Cas4、Cas5、Cas6、Cas7、Cas8、Cas9、Cas10、Csy1、Csy2、Csy3、Cse1、Cse2、Csc1、Csc2、Csa5、Csn2、Csm2、Csm3、Csm4、Csm5、Csm6、Cmr1、Cmr3、Cmr4、Cmr5、Cmr6、Csb1、Csb2、Csb3、Csx17、Csx14、Csx10、Csx16、CsaX、Csx3、Csx1、Csx1S、Csf1、Csf2、CsO、Csf4、Cpf1、c2c1、c2c3和Cas9HiFi的内切核酸酶。
66.如权利要求65所述的方法，其中所述内切核酸酶为Cas9。
67.如权利要求65至66中任一项所述的方法，其中所述内切核酸酶执行所述破坏。
68.如权利要求1至67中任一项所述的方法，其中所述破坏包括基因的外显子或内含子。
69.如权利要求68所述的方法，其中所述破坏在基因的外显子中。
70.如权利要求1至69中任一项所述的方法，其中所述破坏在前间区序列邻近基序(PAM)的约20个碱基对内。
71.如权利要求1至70中任一项所述的方法，其中所述破坏在前间区序列邻近基序(PAM)的约10个碱基对内。
72.如权利要求1至71中任一项所述的方法，其中所述破坏在前间区序列邻近基序(PAM)的约5个碱基对内。
73.如权利要求1至72中任一项所述的方法，其中所述破坏距离前间区序列邻近基序(PAM)3个碱基对。
74.如权利要求1至73中任一项所述的方法，其中所述破坏在SEQIDNO:13的外显子或内含子中。
75.如权利要求74所述的方法，其中所述破坏在SEQIDNO:13的外显子中。
76.如权利要求63至75中任一项所述的方法，其中所述CRISPR系统包括指导多核酸。
77.如权利要求76所述的方法，其中所述指导多核酸与SEQIDNO:68具有至少约60％的同源性。
78.如权利要求1至77中任一项所述的方法，其中所述破坏包括双链断裂。
79.如权利要求78所述的方法，其中所述双链断裂发生在SEQIDNO:71或SEQIDNO:77处。
80.如权利要求1至79中任一项所述的方法，其中所述TIL以约1x109个细胞、3x109个细胞、1x1010个细胞、3x1010个细胞至约1x1011个细胞的剂量施用。
81.如权利要求1至80中任一项所述的方法，其中所述TIL经约30分钟施用。
82.如权利要求1至81中任一项所述的方法，其中所述TIL静脉内施用。
83.如权利要求82所述的方法，其中所述静脉内包括输注。
84.如权利要求1至83中任一项所述的方法，其进一步包括对所述TIL进行输注前测试。
85.如权利要求84所述的方法，其中所述输注前测试包括以下的至少一种：表型测试、效力测试、微生物学测试、内毒素测试、活力测试和肿瘤细胞测试。
86.如权利要求85所述的方法，其中所述表型测试包括检测所述TIL上的CD3的存在。
87.如权利要求85至86中任一项所述的方法，其中所述效力测试包括在对所述TIL进行抗CD3刺激后检测IFNγ水平。
88.如权利要求85至87中任一项所述的方法，其中所述微生物学测试包括检测需氧培养物、厌氧培养物的生长、革兰状态、真菌状态或支原体状态。
89.如权利要求85至88中任一项所述的方法，其中所述内毒素测试包括进行鲎测定。
90.如权利要求85至89中任一项所述的方法，其中所述活力测试包括进行台盼蓝排除测定。
91.如权利要求85至90中任一项所述的方法，其中所述肿瘤细胞测试包括细胞病理学测定。
92.如权利要求84至91中任一项所述的方法，其中当所述输注前测试中的所述微生物学测试为阴性时，施用所述TIL。
93.如权利要求84至92中任一项所述的方法，其中当所述输注前测试中的所述活力测试存在超过至少约70％的活细胞时，施用所述TIL。
94.如权利要求84至93中任一项所述的方法，其中当所述输注前测试中的所述表型测试存在至少约80％的CD3阳性时，施用所述TIL。
95.如权利要求84至94中任一项所述的方法，其中当所述输注前测试在所述效力测试中对所述TIL进行抗CD3刺激后的IFNγ为至少约200pg/mL/105个细胞时，施用所述TIL。
96.如权利要求84至95中任一项所述的方法，其中当所述输注前测试在所述细胞病理学测试中检查的每至少约200个TIL中的肿瘤细胞为阴性时，施用所述TIL。
97.一种治疗产品，其包含具有多种肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)的剂型，所述肿瘤浸润性淋巴细胞(...
【专利技术属性】
技术研发人员：布兰登·莫里亚提，博·韦伯，莫达希尔·乔杜里，史蒂文·A·罗森堡，道格拉斯·C·帕尔默，尼古拉斯·P·雷思蒂福，
申请(专利权)人：明尼苏达大学董事会，因提玛生物科学公司，美利坚合众国，由健康及人类服务部部长代表，
类型：发明
国别省市：美国;US
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