肉用西门塔尔牛19号染色体上与脂肪酸C14:0含量相关的SNP位点及应用制造技术

本发明专利技术提供了肉用西门塔尔牛19号染色体上与脂肪酸C14：0含量相关的SNP位点及应用，所述SNP标记的位点为国际牛参考基因组UMD3.1版本19号染色体上第51333374个核苷酸位点，该位点的碱基是T或A。本发明专利技术通过优选该SNP的优势等位基因，能够逐代增加优势等位基因频率，提高肉用西门塔尔牛的脂肪酸C14：0含量，加快牛遗传改良进展从而有效提高肉牛育种的经济效益。

SNP sites related to c14:0 content of fatty acids on chromosome 19 of Simmental beef and their application

The invention provides SNP sites related to the content of fatty acid c14:0 on chromosome 19 of Simmental cattle for meat and its application. The SNP marked sites are 51333374 nucleotide sites on chromosome 19 of international reference genome umd3.1, and the base of the sites is t or a. By optimizing the dominant allele of the SNP, the invention can increase the frequency of the dominant allele generation by generation, improve the content of c14:0 fatty acid of Simmental beef cattle, accelerate the progress of cattle genetic improvement, and effectively improve the economic benefits of beef cattle breeding.

【技术实现步骤摘要】
肉用西门塔尔牛19号染色体上与脂肪酸C14：0含量相关的SNP位点及应用
本专利技术涉及肉用西门塔尔牛19号染色体上与脂肪酸性状相关的SNP位点及其用途。
技术介绍
我国对肉用西门塔尔牛的培育已有近20年的时间。目前，肉用西门塔尔牛占我国各类杂交改良牛群体的60％-70％，占中国肉牛存栏比例的50％以上。而我国肉牛后裔测定体系刚开始建立，仍需要逐步完善，因此，为加速我国肉牛分子育种进程，采用全基因组关联分析鉴定影响我国肉用西门塔尔牛的脂肪酸性状的显著位点。肌肉的脂肪酸含量是评估肉质的重要指标，其成分对肉质风味的提升具有重要意义，而肉质风味往往又是消费者最为看重的评价肉质的主要因素之一。有研究结果表明，脂肪酸成分往往属于中低等遗传力性状，而C14：0含量的遗传力相对较高，约为0.54。因此，利用遗传手段对资源群体肉用西门塔尔牛脂肪酸C14：0含量进行改良是可行的。脂肪酸C14：0含量是受多个基因控制的数量性状，牛基因组上存在大量影响脂肪酸C14：0含量的数量性状基因座(quantitativetraitloci，QTLs)。目前，利用全基因组关联分析(genome-wideassociationstudy，GWAS)的方法已在牛基因组上鉴别到超过诸多与脂肪酸C14：0含量相关的QTLs和大量单核苷酸多态位点(singlenucleotidepolymorphisms，SNPs)，将其中具有显著效应的SNP加入到分子标记辅助选择(markerassistedselection，MAS)、基因组选择(Genomicselection，GS)中则能显著提高脂肪酸C14：0含量的遗传改良进展，进而提高后代肉牛脂肪酸C14：0含量，提高牛肉肉质风味，增强养殖企业商品牛肉生产的市场竞争力。全基因组关联分析是基于SNP间的连锁不平衡，通过统计分析策略来鉴别影响表型和基因型之间关系的分析方法，在鉴别影响牛重要经济性状的分子标记方面发挥了重要作用。本专利技术通过GWAS分析策略鉴别到了影响肉用西门塔尔牛脂肪酸C14：0含量的显著SNP，将其用于分子标记辅助选择和基因组选择中，选择对提高脂肪酸C14：0含量有利的基因型进行留种，从而逐代提高优势等位基因的基因频率，则能加快种牛育种改良的进程，为肉牛养殖带来巨大经济效益。
技术实现思路
为了实现上述目标，本专利技术的首要目的在于提供牛19号染色体上与肉用西门塔尔牛脂肪酸C14：0含量相关的SNP位点，所述分子标记的核苷酸序列如SEQIDNO：1所示，其中序列中的M是T或A，导致牛脂肪酸C14：0含量的不同。所述分子标记位于肉用西门塔尔牛的19号染色体上的核苷酸序列上，所述分子标记的SNP位点为SEQIDNO：1序列标注位置为119位的T119-A119的核苷酸突变；所述的分子标记的SNP位点对应于国际牛基因组UMD3.1版本参考序列19号染色体上第51333374位T＞A突变。本专利技术的另一目的在于提供上述的分子标记在筛选高脂肪酸C14：0含量的牛个体的方法，具体为，检测牛19号染色体上权利要求1所述的分子标记，所述分子标记的5’端第119位单核苷酸是T还是A，淘汰A保留T。具体体现在所述牛选自内蒙古锡林郭勒盟乌拉盖管理区牧场的肉用西门塔尔牛资源群体。本专利技术的另一目的在于提供一种用于鉴定上述影响牛脂肪酸C14：0含量的分子标记的引物对，所述引物对的核酸序列如下所示：正向引物序列如SEQIDNO：2所示；反向引物序列如SEQIDNO：3所示。上述的引物对在鉴定影响牛脂肪酸C14：0含量中的应用。上述的引物对在牛基因组选择中的应用。上述的引物对在提高牛脂肪酸C14：0含量中的应用。本专利技术的目的在于提供一种牛的遗传改良的方法，所述方法包括：确定种牛资源群体中的种牛的上述的影响牛脂肪酸C14：0含量的分子标记的位点，并根据所述分子标记做出相应的选择：在所述种牛资源群体中选择国际牛参考基因组UMD3.1版本19号染色体上第51333374位点为TT和TA、AA基因型的种牛个体，淘汰在第51333374该位点为AA基因型的牛个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率，从而提高后代牛的脂肪酸C14：0含量。本专利技术相对于现有技术具有如下的优点及效果：本专利技术研究并确定与牛脂肪酸C14：0含量相关的分子标记，验证其对脂肪酸C14：0含量的影响效应，最终建立高效准确的基因组选择育种技术，将其应用于种牛提高脂肪酸C14：0含量的遗传改良中，从而提高后代牛的脂肪酸C14：0，提高肉质，进而增加养殖企业市场竞争力。附图说明图1为肉用西门塔尔牛在19号染色体上关于脂肪酸C14：0含量的全基因组关联分析(GWAS)曼哈顿图；其中：横坐标表示牛的染色体编号；纵坐标表示-logP值。图2为不同基因型肉用西门塔尔牛的脂肪酸C14：0含量。具体实施方式下面结合实施例及附图对本专利技术作进一步详细的描述，但本专利技术的实施方式不限于此。本专利技术的上述专利技术目的具体是这样实现的：实施例11、实验动物本专利技术所使用的实验牛群群体均来自内蒙古锡林郭勒盟乌拉盖管理区牧场中国肉用西门塔尔牛663头，为中国农业科学院北京畜牧兽医研究所牛遗传育种创新团队组建的肉用西门塔尔牛资源群体。本实验共选取该资源群体中663头肉用西门塔尔牛。肉用西门塔尔牛资源群体每年进行扩群，新增个体一般经历出生、育肥和屠宰3个阶段。每年3-5月出生的犊牛经过一段时间的放养管理后，在同年7月份由牛遗传育种创新团队进行统一初生重和体尺测量，并同时对基础母牛进行测量。同年10月份将5～9月龄的青年牛进行统一集中育肥，并收集生长发育性状的表型数据，同时左右用于IlluminaBovineHD芯片基因分型获得基因型数据。当所有个体育肥期达10-12个月时，即来年的11月份左右，对所有肉用西门塔尔牛进行分批屠宰。屠宰过程严格按照《肉类采购规范》执行，屠宰数据、胴体数据和肉质数据严格按照GB/T27643-2011《屠宰后胴体性状和肉质性状测定指南》的要求进行测定。2、样本采集用采血管收集上述牛群体所有个体静脉血50ml，置于-80℃冰箱保存备用。3、牛全基因组770K高密度芯片SNP判型从上述资源群体中选取的663头肉用西门塔尔牛中的每个个体采集静脉血50ml，用标准苯酚-氯仿法提取全基因组DNA，经Nanodrop2000/2000C核酸蛋白检测仪准确测定每一份样品的DNA的浓度和OD比值(OD260/280、OD260/230)。经NanoDrop2000/2000C核酸蛋白检测仪检测合格的DNA样品，按照检测的浓度将DNA稀释至50ng/μL左右。再将6μl已提取好的待测DNA样品与2μlLoadingBuffer混合，上样到1％的琼脂糖凝胶中，150V电压下电泳25min，在紫外分光光度仪和凝胶成像设备下观察并拍照，观察DNA的完整性。DNA样品送纽勤生物科技(上海)有限公司，根据本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.肉用西门塔尔牛19号染色体上与脂肪酸C14：0含量相关的SNP位点及应用，其特征在于，所述SNP标记的位点为国际牛参考基因组UMD3.1版本19号染色体上第51333374个核苷酸位点，该位点的碱基是T或A。/n

【技术特征摘要】
1.肉用西门塔尔牛19号染色体上与脂肪酸C14：0含量相关的SNP位点及应用，其特征在于，所述SNP标记的位点为国际牛参考基因组UMD3.1版本19号染色体上第51333374个核苷酸位点，该位点的碱基是T或A。


2.根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记的序列如SEQIDNO：1所示，所述SEQIDNO：1所示序列自5’端起第119位碱基是T或A。


3.一种用于检测如权利要求1或2所述的SNP标记的引物对，其特征在于，所述引物对的核酸序列如SEQIDNO：2和SEQIDNO：3所示。


4.一种用于检测如权利要求1或2所述的SNP标记的试剂盒，其特征在于，包括如权利要求3所述的引物对。


5.一种提高肉用西门塔尔牛脂肪酸C14：0含量的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：
检测牛的国际参考基因组UMD3.1版本19号染色体上第51333374个核苷酸...

【专利技术属性】
技术研发人员：徐凌洋，朱波，李俊雅，高雪，高会江，
申请(专利权)人：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：北京;11