The invention provides a method for sample standardization. In some embodiments, the method includes: (a) reacting a sample with a defined amount of single turnover sequence specific endonuclease identifying the target sequence to cut a portion of the nucleic acid molecule containing the target sequence to produce a standardized amount of the first cut product; and (b) separating, transcribing or selectively amplifying the standardized amount of the first cut product. In the method, since a limited amount of nuclease is used, the standardized amount of the first cut product is determined by a limited amount of first single turnover sequence specific nuclease used in step (a).
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于核酸样品标准化的方法相关申请的交叉引用本申请要求2017年1月19日提交的英国专利申请No.1700941.6的权益,该申请通过引用并入本专利技术。
技术介绍
许多分子学实验方案,例如制备测序文库、片段化、接头连接、片段化的同时添加标签(tagmentation)等,都需要样品的浓度在可接受的工作范围内。在实验室中,通常通过测量样品中核酸的浓度,然后在实验方案的下个步骤中仅使用适当量的样品(等分试样或其稀释样)来实现。该过程称为“标准化”,由此产生的样品具有基本上等量的核酸分子。在许多情况下,样品在合并之前被标准化,以确保在该方法的下一步骤中处理相同量的每种样品。常规的标准化方法涉及物理测量样品中核酸的量、进行计算,然后对样品进行适当调整。这些方法通常耗时、费力,并且容易出现人为的错误。此外,某些方法会损失掉一些样品、发生样品变性和/或需要专用的实验室设备。由于不能自动化,在许多情况下(特别是在高通量实验室中)标准化步骤为限速步骤。因此,需要更好的样品标准化的方法。专利技术概述本专利技术提供了用于样品标准化的各种方法。在一些实施方案中,所述方法包括:(a)使样品与限定量的识别靶序列的单周转序列特异性核酸内切酶反应,从而切割一部分包含所述靶序列的核酸分子并产生标准化量的第一切割产物;(b)分离、转录或选择性扩增所述标准化量的第一切割产物。在所述方法中,因为使用限定量的核酸内切酶,所以通过步骤(a)中使用的限定量的第一单周转序列特异性核酸内切酶来确定第一切割产物的标准化量。在进行所述方法时, ...
【技术保护点】
1.一种样品标准化的方法,其包括:/n(a)获得包含核酸的样品;/n(b)将所述样品中的至少一些核酸分子拴系到支持物上;/n(c)使(b)中拴系的核酸分子与识别样品中的第一靶序列的、限定量的第一核酸向导的核酸内切酶反应,从而切割一部分包含所述靶序列的拴系核酸分子,并将标准化量的第一切割产物释放到溶液中,和/n(d)分离步骤(c)中释放的所述第一切割产物;/n其中,步骤(d)中分离的所述第一切割产物的量通过步骤(c)中使用的限定量的第一核酸向导的核酸内切酶来确定。/n
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170119 GB 1700941.61.一种样品标准化的方法,其包括:
(a)获得包含核酸的样品;
(b)将所述样品中的至少一些核酸分子拴系到支持物上;
(c)使(b)中拴系的核酸分子与识别样品中的第一靶序列的、限定量的第一核酸向导的核酸内切酶反应,从而切割一部分包含所述靶序列的拴系核酸分子,并将标准化量的第一切割产物释放到溶液中,和
(d)分离步骤(c)中释放的所述第一切割产物;
其中,步骤(d)中分离的所述第一切割产物的量通过步骤(c)中使用的限定量的第一核酸向导的核酸内切酶来确定。
2.如权利要求1所述的方法,其特征在于,所述样品中的所述核酸是扩增产物。
3.如权利要求1或2所述的方法,其特征在于,所述扩增产物包含PCR产物。
4.如权利要求1、2或3所述的方法,其特征在于,所述方法的步骤(c)包括:
(c)使(b)中拴系的核酸分子与:
(i)识别样品中的第一靶序列的、限定量的第一核酸向导的核酸内切酶反应,从而切割一部分包含所述靶序列的拴系核酸分子,并将标准化量的第一切割产物释放到溶液中;以及
(ii)识别样品中的第二靶序列的、限定量的第二核酸向导的核酸内切酶反应,从而切割一部分包含所述第二靶序列的拴系核酸分子,并将标准化量的第二切割产物释放到溶液中;和
步骤(d)包括:
(d)分离步骤(c)中释放的所述第一切割产物和所述第二切割产物;
其中,步骤(d)中分离的所述第一和切割产物的量通过步骤(c)中使用的限定量的所述第一核酸向导的核酸内切酶和所述第二核酸向导的核酸内切酶来确定。
5.如权利要求4所述的方法,其特征在于,所述第一核酸内切酶切割第一扩增产物,且所述第二核酸内切酶切割第二扩增产物中的序列。
6.如权利要求4或5所述的方法,其特征在于,所述第一扩增产物和所述第二扩增产物在不同的反应中制备,然后合并在一起。
7.如权利要求4或5所述的方法,其特征在于,所述第一扩增产物和所述第二扩增产物在相同的反应中制备。
8.如权利要求1、2或3所述的方法,其特征在于,所述方法...
【专利技术属性】
技术研发人员:罗伯特·格罗博纳,
申请(专利权)人:新加坡科技研究局,
类型:发明
国别省市:新加坡;SG
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