数字分子测定制造技术

技术编号:22569547 阅读:16 留言:0更新日期:2019-11-17 10:02
本文提供了用于通过对结合事件的测定、通过对单独地分辨的分析物/报告物结合事件的直接数字测量来快速且准确测量分析物的系统、设备和方法。本文披露的数字分子测定系统、设备和方法能够使用检测和报告单一分析物分子的结合的光学报告分子实现逐个颗粒地读出,并且以二进制格式报告每种这样的结合。此类数字分子测定系统、设备和方法可用于多种应用中,如可用于在实地使用的移动电子设备上。

Digital molecular determination

This paper provides a system, equipment and method for rapid and accurate measurement of analytes by measurement of combined events and direct digital measurement of analyte / reporter combined events that are individually resolved. The digital molecular determination system, apparatus and method disclosed herein are capable of particle by particle readout using an optical reporting molecule that detects and reports the binding of a single analyte molecule, and reporting each such binding in a binary format. Such digital molecular measurement systems, devices and methods can be used in a variety of applications, such as mobile electronic devices used in the field.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】数字分子测定相关申请的交叉引用本申请要求于2017年3月12日提交的美国临时申请号62/470,303的优先权权益,其披露内容通过援引特此并入,如同本文以其全文书写一样。可在实地执行的定点照护诊断和其他测定是迫切需要的。如果可以消除与派送测定,如诊断测试、特别是血液测试到专用实验室以进行分析相关的延迟和费用,则可以更高效且有效地做出响应。临床实验室通过在精密台式仪器上执行生化测定来提供诊断测试。用于使这些仪器小型化或在移动电子设备上复现其功能的工作是充满困难的。在许多情况下,结果是无法使用的。例如,需要的是为医生及其患者提供迅速且准确的结果的价廉、但准确的定点照护测定如诊断测试。本文提供了用于通过对结合事件的测定、通过对单独地分辨的分析物/报告物结合事件的直接数字测量来快速且准确测量分析物的系统、设备和方法。本文披露的数字分子测定系统、设备和方法能够使用检测和报告单一分析物分子的结合的光学报告分子实现逐个颗粒地读出,并且以二进制格式报告每种这样的结合。此类数字分子测定系统、设备和方法可用于多种应用中,如可用于在实地使用的移动电子设备上。附图说明图1是模拟测定的概念性展示。图2是模拟测定程序的概念图。图3是对模拟测定结果的仿真。图4是数字分子测定系统的一部分的概念图。图5是替代性数字分子测定系统的一部分的概念图。图6是数字分子测定图像数据的概念图。图7是数字分子测定数据的图像。图8是对数字分子测定结果的仿真。图9示出了具有夹式测定芯片读取器的移动电子设备。图10展示了可以嵌入在数字分子测定中的代码。图11示出了报告体积厚度对报告分子的影响。在此图中,1表示报告体积;2表示记录设备的表面,3表示报告分子,并且4表示从报告分子到记录设备的光学路径。图12示出了薄的报告体积及其特性。在此图中,1表示报告体积;2表示记录设备的表面,3表示报告分子,4表示从报告分子到记录设备的光学路径,并且5表示附接至、或含有报告分子4的较大颗粒。图13示出了曲线拟合法在光学光谱上的应用。水平轴是指波长(nm),并且垂直轴是指光学信号的强度。图14示出了针对强结合的报告分子(上部曲线)和弱结合的报告分子(下部曲线)的结合等温线图。图15示出了在低报告分子饱和度下确定分析物浓度时的误差效应。水平轴是分析物浓度,并且垂直轴是结合的/总的报告分子浓度的比率。用1指示的深色的水平箭头和垂直箭头表示对报告分子浓度和分析物浓度的“正确”确定。用2指示的浅色的水平箭头和垂直箭头表示对报告分子浓度和分析物浓度的“不正确”确定。图16示出了在高报告分子饱和度下确定分析物浓度时的误差效应。水平轴是分析物浓度,并且垂直轴是结合的/总的报告分子浓度的比率。用1指示的深色的水平箭头和垂直箭头表示对报告分子浓度和分析物浓度的“正确”确定。用2指示的浅色的水平箭头和垂直箭头表示对报告分子浓度和分析物浓度的“不正确”确定。具体实施方式尽管对在移动电子设备上执行生物化学测定有很大的需求,但是在过去,简单地使常规测定小型化并且在专业的临床实验室的受控环境之外执行它们的尝试并没有成功。常规的生物化学测定不能可靠地小型化,这是因为它们本质上是模拟测量。数字测定以至少三种方式消除了模拟测定的固有不确定性:(1)数字测定是基于对模拟噪声具有高度抵抗性的二进制事件;(2)数字测定消除了源自模拟测定中未知分数的无活性测定分子的误差;(3)数字测定消除了与空间不均匀性如非均匀照明相关的问题。例如,考虑抗原-抗体测定,该测定被设计用于测量与已知浓度的抗体混合的样品中的抗原浓度。该测定具有光学读出,其中结合抗原的抗体发出与未结合抗原的抗体不同的光学信号。(例如,未结合的抗体可能不发出信号。)鉴于抗原-抗体结合的亲和力,可以使用整体光学读出信号来估计抗原浓度。此程序可以在具有严格的质量控制的专业实验室环境中相当良好地工作。然而,不幸的是,当在实地环境中使用移动设备执行时,它会失败。常规的模拟生物化学测定是脆弱的,并且当在移动电话、平板电脑、和类似设备上执行时产生非常不准确的结果。一个问题是,在没有严格的实验室方案下,所谓已知浓度的抗体的大部分可能是无活性的。在实地环境中,由于处理不当、污染、变性和其他问题,抗体的从10%至100%可能变为无活性的。更糟糕的是,无活性抗体的分数是未知的。它是不可观测的并且表示通过平均观测数据无法消除的系统误差。未结合的抗体的部分和无活性抗体的分数是混淆的;他们的信号难以区分。数字测定通过计数分析物与报告分子(如抗原与抗体或互补核苷酸序列)之间的单独结合事件而不是将数百万个它们的结果平均来减少或消除该问题。移动设备非常适合于数字测定,因为它们包括能够对数百万个生化事件进行采样的高质量相机-多达每像素一个或每次曝光数千万个。移动设备还包括用于图像分析的强大处理能力以及用于报告结果和必要时卸载处理的通信能力。数字测定选择图像中的特征并将其分类为有效或无效。无效特征包括图像中不符合对于例如位置、亮度、波长或形状的特定标准的任何特征。无活性抗体是无效特征的常见来源,但是不规则的样品照明、不精确的光学对准、样品不规则-移动环境中和控制不充分的其他情形中的所有常见问题-也是有贡献的。在数字测定中,无效特征是被数据分析丢弃的;只有有效特征有助于分析结果。将有效特征计数为结合或未结合的,并且这些是唯一的可能性。是或否;1或0。在数字测定中,如果463个有效特征被计数为结合的,并且886个特征被计数为未结合的,则结合的分数为463/(463+886)=463/1349=0.343。这种结果来自数字处理。当将它与已知的分析物结合亲和力组合时,它提供所希望的分析物浓度。归类为无效的事件的分数不产生结果上的差异。有必要记住,测定本身就是数字的。这个概念与普遍的模拟结果数字化毫无关系。通过模拟测定产生的信号可以被数字化以用于分析或存储,但是数字化模拟信号不能去掉“内置(bakedin)”于其中的系统误差。作为一个类比,用模拟设备制作的音乐录音保留了静态的砰砰声和嘶嘶声-与模拟录音过程中的音乐不可分割-即使录音是以数字方式存储的。现转至附图,图1是模拟测定的概念性展示。比色皿含有样品。例如,样品可以是含有抗原和抗体的溶液。可以标记抗体,使得在结合抗原分子时,新形成的抗体-抗原复合物在通过光学激发进行询问时发射光学信号。光学信号可以是光谱测量;即光强度相对于波长。虽然比色皿可以容纳小体积样品,但仅几毫升是常见的大小、含有数十亿的抗体和抗原分子。观测光谱是由数十亿结合的标记抗体-抗原复合物发出的光谱的复合物。但是,未知分数的抗体不起作用;它们不能结合抗原,因为它们阻塞在聚集体中、变性或有其他问题。图2是模拟测定程序的概念图。该测定以与一定抗体浓度混合的未知抗原浓度开始。活性抗体(准备好且能够结合抗原)与无活性抗体(不能或不可用于结合抗原)的比率是未知的。在专业的实验室环境中,在受控环境中遵循严格程序培训本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于确定样品中至少一种分析物的存在或浓度的方法,该方法包括:/n在由与至少一种类型的分析物分子一起孵育的至少一种类型的光学报告分子发出的多个信号的图像中,/n对于每种类型的光学报告分子,通过单独地分辨结合的光学报告分子和未结合的光学报告分子来确定该图像中与分析物分子结合的离散光学报告分子(“结合的光学报告分子”)的数量和未与分析物结合的离散光学报告分子(“未结合的光学报告分子”)的数量;并且,/n根据该结合的光学报告分子的数量将分析物的存在或浓度确定为占光学报告分子总数量的分数、或确定为与占光学报告分子总数量的分数成比例。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170312 US 62/470,3031.一种用于确定样品中至少一种分析物的存在或浓度的方法,该方法包括:
在由与至少一种类型的分析物分子一起孵育的至少一种类型的光学报告分子发出的多个信号的图像中,
对于每种类型的光学报告分子,通过单独地分辨结合的光学报告分子和未结合的光学报告分子来确定该图像中与分析物分子结合的离散光学报告分子(“结合的光学报告分子”)的数量和未与分析物结合的离散光学报告分子(“未结合的光学报告分子”)的数量;并且,
根据该结合的光学报告分子的数量将分析物的存在或浓度确定为占光学报告分子总数量的分数、或确定为与占光学报告分子总数量的分数成比例。


2.如权利要求1所述的方法,其中这些光学报告分子排列在报告表面上。


3.如权利要求2所述的方法,其中这些光学报告分子随机地排列。


4.如权利要求2所述的方法,其中这些光学报告分子以图案排列。


5.如权利要求2所述的方法,其中该结合的光学报告分子的分数是根据在引入该样品之前记录的未结合的光学报告分子的数量确定的。


6.如权利要求5所述的方法,其中该至少一种分析物的浓度被确定。


7.如权利要求6所述的方法,其中该样品是生物样品或化学样品。


8.如权利要求7所述的方法,其中该分析物选自:
·核苷酸序列;以及
·抗原。


9.如权利要求8所述的方法,其中该光学报告分子包含选自以下的捕获元件:
·结合该分析物的一种或多种核苷酸序列;以及
·结合该分析物的抗体或其片段。


10.如权利要求9所述的方法,其中每个光学报告分子包含等离激元纳米颗粒。


11.如权利要求10所述的方法,其中该光学报告分子包含功能化在一个或多个等离激元纳米颗粒上的一种或多种核苷酸序列。


12.如权利要求10所述的方法,其中该光学报告分子包含功能化在一个或多个等离激元纳米颗粒上的一种或多种抗体。


13.如权利要求11或权利要求12所述的方法,其中来自该光学报告分子的该信号选自:
·光的波长;
·信号的强度;
·亮度;
·信号或光谱的形状;以及
·光谱带的存在或不存在。


14.如权利要求13所述的方法,其中一种信号在分析物与该光学报告分子结合时产生。


15.如权利要求14所述的方法,其中一种信号在分析物与该光学报告分子结合并且第二报告分子与该分析物结合时产生。


16.如权利要求15所述的方法,其中由该结合的光学报告分子和该未结合的光学报告分子产生的这些信号是不同的。


17.如权利要求16所述的方法,其中这些结合的光学报告分子和未结合的光学报告分子通过以下方式来单独地分辨:
·光谱中心在指定波长之上或之下的偏移;
·该信号的大小或强度的变化;
·亮度的增加或减小;
·该信号的形状的变化;
·光谱带的存在或不存在;以及
·光谱的形状的变化。


18.如权利要求17所述的方法,其中由该光学报告分子发出的该信号是光的波长。


19.如权利要求18所述的方法,其中这些结合的光学报告分子和未结合的光学报告分子通过光谱中心在指定波长之上或之下的偏移来单独地分辨。


20.如权利要求19所述的方法,其中将这些光学报告分子中的至少一些附连至表面(该报告表面)上,由此使得每个附连的光学报告分子是空间上可分辨的。


21.如权利要求20所述的方法,其中这些附连的光学报告分子以网格或近似网格排列。


22.如权利要求21所述的方法,其中每个附连的光学报告分子可分辨为记录设备的一个像素。


23.如权利要求21所述的方法,其中活性光学报告分子和无活性光学报告分子发出不同的光学信号。


24.如权利要求23所述的方法,其中该方法确定该图像中与分析物分子结合的离散活性光学报告分子(“结合的活性光学报告分子”)的数量和未与分析物结合的离散光学报告分子(“未结合的活性光学报告分子”)的数量。


25.如权利要求23所述的方法,其中该样品的非均匀照明不影响该对分析物的存在或浓度的确定。


26.如权利要求25所述的方法,其中该图像是在已知照明波长下记录的。


27.如权利要求25所述的方法,其中将该图像中的任何点处的结果相对于该已知照明标准化。


28.如权利要求23所述的方法,其中将在发射波长下测量的强度通过图像中相同位置处的激发波长下的照明强度标准化。


29.如权利要求23所述的方法,其中记录该图像的传感器的一个或多个区段中的缺陷不影响该对分析物的存在或浓度的确定。


30.如权利要求23所述的方法,其中使用了一种类型的光学报告分子。


31.如权利要求30所述的方法,其中使用了多于一种类型的光学报告分子。


32.如权利要求31所述的方法,其中该方法采用夹心型测定。


33.如权利要求32所述的方法,其中将第一类型的光学报告分子附连至表面(该报告表面)上,由此使得每个附连的光学报告分子是空间上可分辨的。


34.如权利要求33所述的方法,其中该第一类型的光学报告分子包含功能化在等离激元纳米颗粒上的针对分析物的捕获元件。<...

【专利技术属性】
技术研发人员:J·T·格罗夫斯
申请(专利权)人:伊利蒂卡有限公司
类型:发明
国别省市:美国;US

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