类风湿性关节炎易感位点及其应用制造技术

技术编号:22566811 阅读:50 留言:0更新日期:2019-11-16 12:47
本发明专利技术涉及医学诊断领域,具体涉及一种类风湿关节炎易感位点及其应用。本发明专利技术发现的类风湿性关节炎易感位点,包括选自下列的至少之一:位于6号染色体上32609965位置的C突变为A;和/或位于6号染色体上32551894位置的C突变为T。利用本发明专利技术发现的SNP位点,可以实现对于类风湿性关节炎的快速预测,而且在未表现出类风湿性关节炎的症状时,或者在刚出生时即可进行患病风险的预测,准确又高效。

Susceptible sites of rheumatoid arthritis and their application

The invention relates to the field of medical diagnosis, in particular to a susceptible site of rheumatoid arthritis and its application. The susceptible site of rheumatoid arthritis discovered by the invention includes at least one of the following: C mutation at 32609965 on chromosome 6 is a; and / or C mutation at 32551894 on chromosome 6 is t. The SNP site discovered by the invention can realize rapid prediction of rheumatoid arthritis, and predict the risk of disease when the symptoms of rheumatoid arthritis are not shown or when the patient is just born, which is accurate and efficient.

【技术实现步骤摘要】
类风湿性关节炎易感位点及其应用
本专利技术涉及医学诊断领域,具体涉及一种类风湿关节炎易感位点及其应用。
技术介绍
类风湿性关节炎(RheumatoidArthritis,RA)是一种主要影响外周关节的慢性、系统性免疫疾病,患者主要表现为慢性,炎性的滑膜炎,且以手足小关节出现对称性,多关节性以及侵袭性的炎症为特征。倘若不及时进行治疗,患者很可能出现关节畸形,严重者甚至导致关节功能丧失,严重影响患者的日常生活。目前,临床上主要根据患者的主要表现,特征以及X线检查结果,类风湿因子等指标对类风湿性关节炎进行诊断。但是这些方式很容易发生误诊,导致不能及时诊断,易耽误最佳治疗时机。另外,进行抗瓜氨酸肽抗体检测虽然能提高诊断准确性,但是成本较高。而且这些方法都是当患者已经表现出了类风湿性关节炎的症状时,才能进行进一步的确诊。对于RA的发生的检测还需要进行进一步改进。
技术实现思路
本专利技术的专利技术人在研究过程中发现:现有针对类风湿性关节炎的诊断存在诸多问题,表现在:目前对类风湿性关节炎的诊断,都是在患者出现了相应症状,采用传统的方法,即通过美国风湿学学会的标准或者利用血清学实验的方法进行诊断,随访时间长,成本较高,易耽误最佳治疗时间。类风湿因子虽然不需要随访,但是正常人尤其是高龄者可有5%呈阳性,故类风湿因子(RF)阳性,不一定就是类风湿性关节炎。因此检测指标需要四个或者四个以上,才能对病人进行较为准确诊断,比较复杂。虽然检测环瓜氨酸酶多肽的抗体的方法,准确性较高,但是成本高。而且都是在病人已经出现相应症状才可以进行的检测。本专利技术旨在至少在一定程度上解决相关技术中的技术问题之一。另外,目前已经有针对欧洲人群的基因型风险预测模型,利用他们构建的风险模型能够得到0.77的准确度,但是采用的位点数量太多,该模型所需表型数据也比较多,会增加信息采集的工作量。为了解决如上问题,能够实现对类风湿性关节炎的快速诊断和预测,本专利技术提供了一种类风湿性关节炎易感位点,能够在检测对象未表现出类风湿性关节炎的症状时,或者在刚出生时即可进行患病风险检测。而且根据本专利技术提供的易感位点数量很少,且所需要的的表型数据容易获得,大大降低了成本,并且本专利技术所涉及的预测模型综合考虑了各个维度的信息(如表型:性别,年龄以及吸烟状况),提高了预测结果的准确性。根据本专利技术的一个方面,本专利技术提供了一种确定疾病相关显著性位点的方法,包括:(1)基于多个所述疾病的阳性个体和多个所述疾病的阴性个体的基因组序列信息的至少一部分,构建第一突变位点集合,所述第一突变位点集合包含多个所述阳性个体的特异性突变位点;(2)基于最少等位基因频率、哈迪温伯格平衡点和缺失率,对所述第一突变位点集合进行过滤处理,以便获得第二突变位点集合;(3)针对所述第二突变位点集合中的每一个所述特异性突变位点,确定所述特异性突变位点的相关危险度和显著性;(4)选择所述显著性数值小于临界值的所述特异性突变位点作为所述疾病的相关显著性位点。根据本专利技术的实施例,以上确定疾病相关显著性位点的方法可以进一步附加如下技术特征:根据本专利技术的实施例,所述疾病是类风湿性关节炎,所述阳性个体为抗瓜氨酸肽抗体阳性个体。临床诊断中发现几乎所有的RA患者血清中均含有抗瓜氨酸肽抗体(Anti-CitrullinatedPeptideAntibody,ACPA),将其应用在临床诊断上,具有很高的特异性以及敏感性。因此,ACPA可以作为RA早期诊断、鉴别诊断以及预后评估的有效血清学标记。利用检测有抗瓜氨酸肽抗体阳性的个体作为本专利技术的阳性个体来指示类风湿关节炎患者,通过与正常个体(即阴性个体)的基因组序列信息进行比较,从而可以确定与类风湿性关节炎相关的突变位点。根据本专利技术的实施例,所述基因组序列信息的至少一部分包括主要组织相容性复合体,优选包括人类白细胞抗原基因。主要组织相容性复合体(majorhistocompatibilitycomplex,MHC)是一组编码主要组织相容性抗原的具有高度多态性、紧密连锁的基因群,其可以控制移植排斥、免疫应答以及免疫调节等等。这些基因群的表达同疾病的产生关联很大,而且在不同的个体中具有高度的特异性,通过对主要组织相容性复合体的序列进行分析,可以实现疾病相关显著性位点的判断,从而可以进一步用来确定疾病的状态,而且对主要组织相容性复合体的基因组信息进行分析,可以实现快速准确鉴定疾病相关显著性位点。在人体中,主要是指的人类白细胞抗原基因,人类白细胞抗原基因(HLA)位于第6号染色体短臂6P21.3区,是已知的人类基因组中基因最丰富的一个区域,至少包括239个基因。HLA基因表达的人类白细胞抗原作为人体细胞表面的重要标志之一,在免疫应答及免疫调节中具有重要作用,其具有复杂的多态性,一些遗传性状与疾病密切关联,是人类群体遗传特征的最佳遗传标记,可以用于疾病易感性群体分布调查和疾病相关研究。通过目标区域基因捕获的方式,对于不同样本来源(包括多个患病的阳性个体以及多个不患病的阴性样本)的HLA基因进行捕获,然后对比分析,进行变异检测,并进行HLA分型,从而可以用来确定与疾病相关的显著性位点,应用这些相关的显著性位点,可以实现对于疾病的预测和评估,从而可以将其进一步应用到组织配型、器官移植、疾病相关性研究、人类学和法医学等领域。根据本专利技术的实施例,在步骤(2)中,所述过滤处理包括从所述第一突变位点集合中去除一些特异性突变位点,仅保留满足下列条件的所述特异性突变位点:(a)最小等位基因频率大于等于0.01;(b)哈迪温伯格平衡值大于等于1*10-6;(c)缺失率小于等于0.1。最小等位基因频率(minorallelefrequency,MAF)通常是指在给定人群中的不常见的等位基因发生的频率,可以用来表征一个突变位点的最小突变频率。本专利技术选择最小等位基因频率在0.01以上的突变位点,可以尽量保证能够对所有可能的突变位点检测到。哈迪温伯格平衡定律是群体有性繁殖上下代之间基因频率与基因型频率是否保持平衡的检测尺度,反映的是在没有进化影响的情况下,当基因一代一代传递时,群体的基因频率和基因型频率将保持不变,当存在近亲婚配、遗传漂变或者严重突变时,将会出现哈迪温伯格不平衡。本专利技术选择哈迪温伯格平衡值在1*10-6以上的突变位点,可以用来筛选得到稳定的突变位点。缺失率是指对于某个位点,群体中该位点变异的个体所占到的比例,其反映的是群体中该位点变异检测到准确度,当群体中比较多的个体都缺失这个SNP时,则将这个SNP去掉。根据本专利技术的实施例,利用plink软件计算所述特异性突变位点等位基因的相关危险度和所述显著性。其中,本专利技术中“特异性位点等位基因的相关危险度”指的是病例组(即所述疾病的阳性个体)中携带特异性等位基因的个体数与非携带特异性等位基因的个体数的比值,除以对照组(即所述疾病的阴性个体)中携带特异性等位基因的个体数与非携带特异性等位基因的个体数的比值。参照文献WhiteCC,YangHS,YuL,etal.Identificationofgene本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种确定疾病相关显著性位点的方法,其特征在于,包括:/n(1)基于多个所述疾病的阳性个体和多个所述疾病的阴性个体的基因组序列信息的至少一部分,构建第一突变位点集合,所述第一突变位点集合包含多个所述阳性个体的特异性突变位点;/n(2)基于最少等位基因频率、哈迪温伯格平衡点和缺失率,对所述第一突变位点集合进行过滤处理,以便获得第二突变位点集合;/n(3)针对所述第二突变位点集合中的每一个所述特异性突变位点,确定所述特异性突变位点的相关危险度和显著性;/n(4)选择所述显著性数值小于临界值的所述特异性突变位点作为所述疾病的相关显著性位点。/n

【技术特征摘要】
1.一种确定疾病相关显著性位点的方法,其特征在于,包括:
(1)基于多个所述疾病的阳性个体和多个所述疾病的阴性个体的基因组序列信息的至少一部分,构建第一突变位点集合,所述第一突变位点集合包含多个所述阳性个体的特异性突变位点;
(2)基于最少等位基因频率、哈迪温伯格平衡点和缺失率,对所述第一突变位点集合进行过滤处理,以便获得第二突变位点集合;
(3)针对所述第二突变位点集合中的每一个所述特异性突变位点,确定所述特异性突变位点的相关危险度和显著性;
(4)选择所述显著性数值小于临界值的所述特异性突变位点作为所述疾病的相关显著性位点。


2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述疾病是类风湿性关节炎,所述阳性个体为抗瓜氨酸肽抗体阳性个体;
任选地,所述基因组序列信息的至少一部分包括主要组织相容性复合体,优选包括人类白细胞抗原基因;
任选地,在步骤(2)中,所述过滤处理包括从所述第一突变位点集合中去除一些特异性突变位点,仅保留满足下列条件的所述特异性突变位点:
(a)最小等位基因频率大于等于0.01;
(b)哈迪温伯格平衡值大于等于1*10-6;
(c)缺失率小于等于0.1。


3.根据权利要求1或2所述的方法,其特征在于,利用plink软件计算所述特异性位点等位基因的相关危险度和显著性;
任选地,步骤(4)中以显著性数值最小且小于临界值的特异性突变位点作为协变量进行回归分析,直到找到所有显著性数值小于临界值的特异性突变位点作为所述疾病的相关显著性位点;
任选地,所述临界值为10-8~10-5;
任选地,所述方法进一步包括基于下述公式确定个体的遗传风险得分,



其中,i表示相关显著性位点的编号;
Ni表示第i个相关显著性位点在所述个体中的出现次数,其中,该显著性位点在该个体中纯合计为2,该显著性位点在该个体中杂合计为1,该显著性位点在该个体中不存在计为0;
βi表示第i个相关显著性位点的相关危险度的对数值。


4.一种SNP标记,其特征在于,包括选自下列的至少之一:
(A)位于6号染色体上32609965位置的C突变为A;以及
(B)位于6号染色体上32551894位置的C突变为T;
任选地,进一步包括选自下列的至少之一:
rs2476601,rs3761847,rs7574865,rs17066662,rs6920220,rs4810485,rs2812378,rs3087243,rs2240340,rs42041,rs3890745,rs4750316,rs1678542,rs6822844,rs10919563,rs11586238,rs1980422,rs394581,rs540386,rs548234,rs7552317,rs934734,rs6859219,rs26232,rs13315591,rs874040,rs309302...

【专利技术属性】
技术研发人员:李小苇郭健萍张涛栗占国贾慧珏
申请(专利权)人:深圳华大生命科学研究院北京大学人民医院
类型:发明
国别省市:广东;44

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