The invention relates to the field of medical diagnosis, in particular to a susceptible site of rheumatoid arthritis and its application. The susceptible site of rheumatoid arthritis discovered by the invention includes at least one of the following: C mutation at 32609965 on chromosome 6 is a; and / or C mutation at 32551894 on chromosome 6 is t. The SNP site discovered by the invention can realize rapid prediction of rheumatoid arthritis, and predict the risk of disease when the symptoms of rheumatoid arthritis are not shown or when the patient is just born, which is accurate and efficient.
【技术实现步骤摘要】
类风湿性关节炎易感位点及其应用
本专利技术涉及医学诊断领域,具体涉及一种类风湿关节炎易感位点及其应用。
技术介绍
类风湿性关节炎(RheumatoidArthritis,RA)是一种主要影响外周关节的慢性、系统性免疫疾病,患者主要表现为慢性,炎性的滑膜炎,且以手足小关节出现对称性,多关节性以及侵袭性的炎症为特征。倘若不及时进行治疗,患者很可能出现关节畸形,严重者甚至导致关节功能丧失,严重影响患者的日常生活。目前,临床上主要根据患者的主要表现,特征以及X线检查结果,类风湿因子等指标对类风湿性关节炎进行诊断。但是这些方式很容易发生误诊,导致不能及时诊断,易耽误最佳治疗时机。另外,进行抗瓜氨酸肽抗体检测虽然能提高诊断准确性,但是成本较高。而且这些方法都是当患者已经表现出了类风湿性关节炎的症状时,才能进行进一步的确诊。对于RA的发生的检测还需要进行进一步改进。
技术实现思路
本专利技术的专利技术人在研究过程中发现:现有针对类风湿性关节炎的诊断存在诸多问题,表现在:目前对类风湿性关节炎的诊断,都是在患者出现了相应症状,采用传统的方法,即通过美国风湿学学会的标准或者利用血清学实验的方法进行诊断,随访时间长,成本较高,易耽误最佳治疗时间。类风湿因子虽然不需要随访,但是正常人尤其是高龄者可有5%呈阳性,故类风湿因子(RF)阳性,不一定就是类风湿性关节炎。因此检测指标需要四个或者四个以上,才能对病人进行较为准确诊断,比较复杂。虽然检测环瓜氨酸酶多肽的抗体的方法,准确性较高,但是成本高。而且都是在病人已经出现 ...
【技术保护点】
1.一种确定疾病相关显著性位点的方法,其特征在于,包括:/n(1)基于多个所述疾病的阳性个体和多个所述疾病的阴性个体的基因组序列信息的至少一部分,构建第一突变位点集合,所述第一突变位点集合包含多个所述阳性个体的特异性突变位点;/n(2)基于最少等位基因频率、哈迪温伯格平衡点和缺失率,对所述第一突变位点集合进行过滤处理,以便获得第二突变位点集合;/n(3)针对所述第二突变位点集合中的每一个所述特异性突变位点,确定所述特异性突变位点的相关危险度和显著性;/n(4)选择所述显著性数值小于临界值的所述特异性突变位点作为所述疾病的相关显著性位点。/n
【技术特征摘要】
1.一种确定疾病相关显著性位点的方法,其特征在于,包括:
(1)基于多个所述疾病的阳性个体和多个所述疾病的阴性个体的基因组序列信息的至少一部分,构建第一突变位点集合,所述第一突变位点集合包含多个所述阳性个体的特异性突变位点;
(2)基于最少等位基因频率、哈迪温伯格平衡点和缺失率,对所述第一突变位点集合进行过滤处理,以便获得第二突变位点集合;
(3)针对所述第二突变位点集合中的每一个所述特异性突变位点,确定所述特异性突变位点的相关危险度和显著性;
(4)选择所述显著性数值小于临界值的所述特异性突变位点作为所述疾病的相关显著性位点。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述疾病是类风湿性关节炎,所述阳性个体为抗瓜氨酸肽抗体阳性个体;
任选地,所述基因组序列信息的至少一部分包括主要组织相容性复合体,优选包括人类白细胞抗原基因;
任选地,在步骤(2)中,所述过滤处理包括从所述第一突变位点集合中去除一些特异性突变位点,仅保留满足下列条件的所述特异性突变位点:
(a)最小等位基因频率大于等于0.01;
(b)哈迪温伯格平衡值大于等于1*10-6;
(c)缺失率小于等于0.1。
3.根据权利要求1或2所述的方法,其特征在于,利用plink软件计算所述特异性位点等位基因的相关危险度和显著性;
任选地,步骤(4)中以显著性数值最小且小于临界值的特异性突变位点作为协变量进行回归分析,直到找到所有显著性数值小于临界值的特异性突变位点作为所述疾病的相关显著性位点;
任选地,所述临界值为10-8~10-5;
任选地,所述方法进一步包括基于下述公式确定个体的遗传风险得分,
其中,i表示相关显著性位点的编号;
Ni表示第i个相关显著性位点在所述个体中的出现次数,其中,该显著性位点在该个体中纯合计为2,该显著性位点在该个体中杂合计为1,该显著性位点在该个体中不存在计为0;
βi表示第i个相关显著性位点的相关危险度的对数值。
4.一种SNP标记,其特征在于,包括选自下列的至少之一:
(A)位于6号染色体上32609965位置的C突变为A;以及
(B)位于6号染色体上32551894位置的C突变为T;
任选地,进一步包括选自下列的至少之一:
rs2476601,rs3761847,rs7574865,rs17066662,rs6920220,rs4810485,rs2812378,rs3087243,rs2240340,rs42041,rs3890745,rs4750316,rs1678542,rs6822844,rs10919563,rs11586238,rs1980422,rs394581,rs540386,rs548234,rs7552317,rs934734,rs6859219,rs26232,rs13315591,rs874040,rs309302...
【专利技术属性】
技术研发人员:李小苇,郭健萍,张涛,栗占国,贾慧珏,
申请(专利权)人:深圳华大生命科学研究院,北京大学人民医院,
类型:发明
国别省市:广东;44
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