湖羊MC4R基因的分子标记SNP706及其应用制造技术

本发明专利技术提供了湖羊MC4R基因的分子标记SNP706及其应用，本发明专利技术还提供了检测与湖羊体尺性状相关的SNP的引物对、包含该引物对的试剂盒以及它们在湖羊分子标记辅助育种中的应用。本发明专利技术进一步提供了筛选湖羊体尺性状的方法及其在湖羊分子标记辅助育种中的应用。

Molecular Marker SNP706 of MC4R Gene in Hu Sheep and Its Application

【技术实现步骤摘要】
湖羊MC4R基因的分子标记SNP706及其应用
本专利技术涉及分子标记领域，具体地涉及一种湖羊MC4R基因的SNP分子标记、相关引物对、试剂盒，以及它们在湖羊分子标记辅助育种中的应用，进一步涉及一种筛选湖羊体尺性状的方法及其在湖羊分子标记辅助育种中的应用。
技术介绍
黑素皮质素受体-4(Melanocortinreceptor-4，MC4R)是下丘脑腹内侧核分泌的一类肽类物质，参与体重以及能量平衡的调节，由中枢神经系统中的多个神经元群体表达。与MCR家族其它成员不同的是，MC4R不存在于肾上腺皮质、毛囊及胎盘内，而是大量存在于中枢神经系统的各个区域中，包括大脑皮质、丘脑、下丘脑、脑干和脊索。人、猪、牛、羊、犬等哺乳动物的MC4R由332个氨基酸残基组成，具有7次跨膜结构，是跨膜G蛋白耦联受体家族的成员之一。瘦素和胰岛素是动物摄食调控最重要的外周调节因子，MC4R可作为瘦素、胰岛素摄食调控通路的下游介质，实现对动物摄食的调控。因而该蛋白在中枢神经系统调节葡萄糖稳态过程中发挥着重要作用。哺乳动物MC4R基因的突变将破坏中枢神经系统内的肾上腺皮质通路，增加食欲和减少饱腹感，间接造成肥胖。人、犬、猪、牛、羊等哺乳动物MC4R基因的突变研究均显示，该基因可作为哺乳动物体重或生长性状的候选功能基因，在基因内存在很多与动物生长性状关联的SNPs。根据MC4R基因突变引起的表型效应，可以将该基因的突变分为五种类型：①引起MC4R蛋白质合成缺陷，或加速其降解，表现为MC4R蛋白量显著降低；②引发蛋白折叠或胞内转运的错误，导致蛋白滞留于细胞内；③虽然蛋白可正确整合于细胞膜，但与配体的结合能力下降；④引发信号传导障碍；⑤突变导致的效应尚不明确。MC4R基因作为哺乳动物经典的生长性状候选基因，其SNP研究受到了广泛关注，并在多物种中得到了可用于后续选育的候选功能性SNPs。因此，利用家畜群体内的MC4R基因SNP对家畜体重、体尺的影响，在该基因内筛选出有利于湖羊体重增长、生长增速及肥育、屠宰性状的SNP，并对有利于增加体重和肉质评分的基因型个体进行有目的的选种选配，将有助于培育出生长速度快，胴体品质好的湖羊群体，提高经济效益。
技术实现思路
本专利技术以湖羊肉用新类群第三世代核心群的202头雌性个体为研究对象，采取PCR及产物直接测序的方式，确定湖羊肉用新类群第三世代核心群MC4R基因的SNPs，并与个体的生长性状进行关联分析，筛选与湖羊生长性状关联的SNPs，为湖羊肉用系分子育种提供有用方法。为此，本专利技术的一个目的是提供一种与湖羊体尺性状相关的SNP分子标记，其特征在于与SEQIDNO:1比对，该分子标记包括位于相应于SEQIDNO:1的第706位的SNP706，其为C或A。优选，其中所述分子标记的序列如SEQIDNO:1所示，所述第706位为C或A。本专利技术的另一个目的是提供一种与湖羊体尺性状相关的SNP分子标记，其特征在于与SEQIDNO:1比对，该分子标记包括位于相应于SEQIDNO:1的第732位的SNP732，其为C或G。优选，其中所述分子标记的序列如SEQIDNO:1所示，所述第732位为C或G。本专利技术的另一个目的是提供一种用于检测上述的SNP706或SNP732的引物对。优选其序列如SEQIDNO:2和SEQIDNO:3所示。本专利技术的另一个目的是提供包含上述引物对的试剂盒。本专利技术的另一个目的是提供上述的SNP分子标记、引物对或试剂盒在筛选湖羊体尺性状或湖羊分子标记辅助育种中的应用。本专利技术的另一个目的是提供一种筛选湖羊体尺性状的方法，包括如下步骤：提取湖羊基因组DNA，分别利用检测上述的SNP706或SNP732的引物对进行PCR扩增，分别对扩增产物中相应于SEQIDNO:1的第706位或732位进行检测，从而筛选湖羊体尺性状。优选，其中所述引物对为权利要求4所述的引物对。优选，其中PCR扩增的反应程序为：94℃预变性5min；94℃变性30sec，58℃退火30sec，72℃延伸1min，35个循环；72℃延伸10min；PCR扩增的反应体系如下：本专利技术的另一个目的是提供任一项的方法在湖羊分子标记辅助育种中的应用。本专利技术的有益效果如下：本专利技术所述的分子标记、引物对及相关试剂盒可以用于筛选湖羊体尺性状或湖羊分子标记辅助育种。附图说明图1是MC4R基因引物1F+1R(泳道1～3)与引物2F+2R(泳道4-6)的PCR扩增(M:MarkerDL5000)。具体实施方式以下结合具体实施方式详细描述本专利技术，不能将其解释为限制本专利技术的范围。大量的研究表明性别这个因素对绵羊与山羊的生长发育都具有显著影响。由于性别对湖羊的体重和体尺性状存在显著影响，因此，本专利技术在湖羊肉用系雌性个体的MC4R基因内筛选可影响湖羊体重及体尺性状的SNP。对样本的性别鉴定可进一步避免个体的生产记录及基因组提取过程中的错误，影响后续MC4R基因SNP的关联分析结果。实施例1试验材料试验动物样本来源试验动物均来自杭州庞大农业开发有限公司构建的湖羊肉用新类群核心群G3代群体，共202只雌性个体，饲养管理按照肉羊标准的饲养管理方法进行饲养。每个个体采集颈静脉血10mL，置于EDTA抗凝管，-20℃保存。体尺指标的测定湖羊肉用新类群G3代系核心群个体的体尺测量包括体(斜)长、体高和胸围。每只羊至少测量3次，取平均值作为最终的测量结果。具体测定性状及测定方法见表1。表1测定性状及测定方法实施例2试验方法1.外周血基因组DNA提取，按照已知常规方法进行。2.DNA浓度和纯度检测，按照已知常规方法进行。3.湖羊MC4R基因PCR扩增及SNPs检测。湖羊MC4R基因PCR扩增引物引物由杭州擎科梓熙生物技术有限公司合成，引物序列、扩增片段长度及P退火温度见表2。表2湖羊MC4R基因PCR扩增引物PCR扩增PCR扩増体系为25μL，PCR反应程序见表3。具体成分见表4。表3湖羊MC4R基因PCR扩增程序表4湖羊MC4R基因PCR扩增体系PCR产物的检测取5μL的PCR产物上样于1.0％的琼脂糖凝胶，使用DL5000为Marker标记，200V电压电泳15min左右，EB染色5min，于凝胶成像仪中观察扩增条带的有无，并拍照。PCR产物的测序每个样品均按照表2列出的引物分别进行扩增，扩增产物交由杭州擎科梓熙生物技术有限公司，进行正、反向的双向测序，直至双向测序结果一致。序列分析使用MutationSurveyor5.02(Softgenetics，美国)软件分析每个个体的正、反向测序峰图，以NM_01126370为参照序列，确定每个个体MC4R基因的突变位置和突变方式。测序结果异常或正、反向测序结果不吻合的个体需进行二次测序，直至PCR产物正、反向测序分析结果完全一致。数据统计与分析使用Haploview4.2软件分析连锁不平衡程度。使用littlePrograme计算PIC值。使用PopGen32软件计算各SNPs的位点杂合度、Shannon信息含量、基因频率、基因型频率，并检测各位点是否符合Hardy-Weinberg平衡。多态信息含量分析PIC(Polymorphisminformationcontent)，表示一个后代所获得某个等位基因来自于它的亲本的同一个等位本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与湖羊体尺性状相关的SNP分子标记，其特征在于与SEQ ID NO:1比对，该分子标记包括位于相应于SEQ ID NO:1的第706位的SNP706，其为C或A。

【技术特征摘要】
1.一种与湖羊体尺性状相关的SNP分子标记，其特征在于与SEQIDNO:1比对，该分子标记包括位于相应于SEQIDNO:1的第706位的SNP706，其为C或A。2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其中所述分子标记的序列如SEQIDNO:1所示，所述第706位为C或A。3.一种用于检测权利要求1或2中所述的SNP732的引物对，作为优选，其序列如SEQIDNO:2和SEQIDNO:3所示。4.一种权利要求3所述的SNP732的引物对扩增的产物，其序列如SEQIDNO:6所示。5.一种包含权利要求3或4所述引物对的试剂盒。6.权利要求1或2所述的SNP分子标记、权利要求3或4所述的引物...

【专利技术属性】
技术研发人员：吴建良，蒋永清，宋雪梅，姜俊芳，郑会超，黄新，郑开之，
申请(专利权)人：浙江省农业科学院，
类型：发明
国别省市：浙江,33