一种多引物oligo探针的制备方法技术

本发明专利技术公开了一种多引物oligo探针的制备方法，利用生物信息学途径设计oligo序列，根据其在基因组的位置划分为独立探针，在所有探针的oligo序列的5’端加上相同引物序列F1，不同探针的oligo序列的3’端加上不同的引物序列(R1‑R8)用以探针的扩增和区分，通过人工合成可一次制备8个不同的单链oligo探针。该方法可将一个oligo探针序列库拆分为8个探针，消除了oligo探针库无法拆分的弊端，本发明专利技术的多引物oligo探针制备方法提高了FISH技术在更为精细的植物分子细胞遗传学研究中的应用能力，有助于FISH技术的进一步发展。

Preparation of a multi-primer oligo probe

【技术实现步骤摘要】
一种多引物oligo探针的制备方法
本专利技术涉及FISH技术探针制备与应用领域，具体涉及一种多引物oligo探针的制备方法。
技术介绍
荧光原位杂交技术(FISH)兴起于1982年，经过三十多年的发展已经成为植物分子细胞遗传学研究中最重要的手段之一。其原理是将已知序列制备成带有标记物的探针，基于碱基互补配对的原则，与细胞或组织中的核酸进行杂交，通过特定波长光激发标记物实现对已知序列的精准定位。目前，FISH技术在植物染色体组学和基因组学研究中应用广泛。但是，在非模式的植物中，可用于研究应用的DNA探针是十分少量的，并且其开发工作也是十分困难和耗费人力的。这极大地阻碍了FISH技术在植物染色体组学和基因组学研究中的应用。几十年来随着技术的发展革新，其所依赖的DNA探针也有了更多可供选择的类型。如重复序列DNA、大的插入片段BACs和单拷贝基因序列等。探针类型的多样化扩大了FISH技术在植物染色体组学和基因组学研究中的应用范围。但是对于倍性较高、染色体数目较多的植物物种，开发可用于实验研究的DNA探针仍是十分艰难的。近年来由于DNA合成技术的迅速发展，数以万计的寡核苷酸(oligos)本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种多引物oligo探针的制备方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)oligo探针序列的设计：通过Repeat Masker软件过滤基因组重复序列，将剩余序列设计成简短oligo片段，通过BLAST去除含有多个比对位点的oligo片段，得到单一拷贝的oligo序列，根据oligo序列在基因组的位置划分区间，每个区间的oligo序列组成一个oligo探针，在所有探针的oligo序列的5’端加上相同的引物序列F1，在不同探针的oligo序列的3’端分别加上不同的引物序列R1‑R8；(2)Oligo探针的制备：以oligo探针序列库为模板，5’端通用引物F和3’端不同的引物序列R1f‑R8f组成...

【技术特征摘要】
1.一种多引物oligo探针的制备方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)oligo探针序列的设计：通过RepeatMasker软件过滤基因组重复序列，将剩余序列设计成简短oligo片段，通过BLAST去除含有多个比对位点的oligo片段，得到单一拷贝的oligo序列，根据oligo序列在基因组的位置划分区间，每个区间的oligo序列组成一个oligo探针，在所有探针的oligo序列的5’端加上相同的引物序列F1，在不同探针的oligo序列的3’端分别加上不同的引物序列R1-R8；(2)Oligo探针的制备：以oligo探针序列库为模板，5’端通用引物F和3’端不同的引物序列R1f-R8f组成不同引物对，通过PCR的方式扩增得到8个不同的oligo探针DNA，再体外转录成RNA，再用带有荧光标记物的3’端引物序列R1f-R8f进行反转录得到DNA/RNA杂链，再水解掉杂链中的RNA链，得到8个不同的单链oligo探针。2.如权利要求1所述的一种多引物oligo探针的制备方法，其特征在于：步骤(1)中，引物序列F1如SEQIDNO.1所示，引物序列R1-R8分别如SEQIDNO.2-9所示。3.如权利要求1所述的一种多引物oligo探针的制备方法，其特征在于：步骤(1)中，每个oligo序列的长度为59bp，每个oligo探针由1568条oligo序列组成，8个不同的oligo探针组成1个oligo探针序列库。4.如权利要求1所述的一种多引物oli...

【专利技术属性】
技术研发人员：王凯，孟状，
申请(专利权)人：福建农林大学，
类型：发明
国别省市：福建,35