【技术实现步骤摘要】
林木差异表达基因SSR引物组及多态性SSR标记开发方法
本专利技术属于基因转录及分子标记领域，具体涉及林木差异表达基因SSR标记方法。
技术介绍
林木在长期演化过程中，由于地理、生境的隔离，在温度、湿度等因素影响下，同一物种的不同群体的遗传组成以及形态、适应性、生长发育、抗性等性状产生显著差异，形成了地理种源，遗传多样性丰富。林木的遗传改良需以遗传变异为基础，因此，准确有效的分析不同种质的遗传背景具有重要意义。简单序列重复（Simplesequencerepeats，SSR，也称为微卫星和小卫星）是一类由相对较短的基序的串联重复组成，并且很容易发生突变的DNA区段。越来越多的证据表明SSRs能够正向调节生物适应性进化（Kashietal，2006）。SSR标记符合孟德尔遗传规则，共显性表达，普遍分布于真核生物的基因组中且具有数量多、分布均匀、多态性信息丰富、易于检测等优点，已广泛应用于种质及基因型鉴定与品种保护、遗传图谱构建、分子标记辅助育种等领域（Baietal,2008)。基于转录组测序序列开发的SSR源于基因的转录区，因此这些SSR与目标基因功能关联密切，比...
【技术保护点】
1.一种利用权利要求1所述的林木差异表达基因SSR引物组进行的SSR标记开发方法，其特征在于，包括如下步骤：（1）转录组测序，提取某树种不同组织或不同发育阶段材料的RNA，经RNA质量检测合格后建库，并进行转录组测序；对转录组检测序列进行拼接，挑选每个基因中最长的转录本作为该基因的unigene；（2）差异表达基因筛选及SSR标记开发，根据qvalue < 0.05的阈值筛选差异表达基因，用MISA对差异表达的unigene进行SSR检测，获取该树种差异表达基因SSR引物组，采用 Primer3进行 SSR 引物设计，合成林木差异表达基因SSR引物，以该树种至少8个不...
【技术特征摘要】
1.一种利用权利要求1所述的林木差异表达基因SSR引物组进行的SSR标记开发方法，其特征在于，包括如下步骤：（1）转录组测序，提取某树种不同组织或不同发育阶段材料的RNA，经RNA质量检测合格后建库，并进行转录组测序；对转录组检测序列进行拼接，挑选每个基因中最长的转录本作为该基因的unigene；（2）差异表达基因筛选及SSR标记开发，根据qvalue<0.05的阈值筛选差异表达基因，用MISA对差异表达的unigene进行SSR检测，获取该树种差异表达基因SSR引物组，采用Primer3进行SSR引物设计，合成林木差异表达基因SSR引物，以该树种至少8个不同来源个体DNA为模板，经PCR扩增，对PCR扩增产物进电泳检测，筛选并开发出具有多态性的差异表达基因SSR标记。2.根据权利要求1所述的林木差异表达基因的SSR标记开发方法方法，其特征在于，所述SSR检测条件：单核苷酸为重复单位时，重复至少20次；二核苷酸重复至少6次；三核苷酸重复至少5次；四核苷酸重复至少5次；五核苷酸重复至少5次；六核苷酸重复至少5次。3.根据权利要求1所述的林木差异表达基因的SSR标记开发方法，其特征在于，所述PCR扩增的SSR反应体系，以总体积为20μL为计：10nguL-1模板DNA1μL，5U·μL-1的TaqDN...
【专利技术属性】
技术研发人员：李魁鹏，黄开勇，陈代喜，陈晓明，蓝肖，戴俊，陈琴，程琳，
申请(专利权)人：广西壮族自治区林业科学研究院，
类型：发明
国别省市：广西,45
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