本发明专利技术属于生物技术领域，提供了一种同时检测小麦和百萨偃麦草染色体的寡核苷酸探针试剂盒及其使用方法。通过百萨偃麦草基因组测序和生物信息学分析，成功开发出5个能在百萨偃麦草产生信号的寡核苷酸探针，通过与已经公开的小麦探针结合形成了包含13个探针的试剂盒，通过配制寡核苷酸染液，可以实现对小麦、百萨偃麦草及其小麦‑百萨偃麦草杂种后代染色体的批量准确鉴定，可以清晰区分全部小麦和百萨偃麦草染色体，并产生高清晰核型，为小麦‑百萨偃麦草染色体工程提供了有利的工具，这种试剂盒组配的寡核苷酸染液可以循环利用，利于提高原位杂交的自动化和商业化水平。
An Oligonucleotide Probe Kit for Simultaneous Detection of Chromosomes of Triticum aestivum and Elymus Bassa and Its Application
【技术实现步骤摘要】
一种同时检测小麦和百萨偃麦草染色体的寡核苷酸探针试剂盒及其用法
本专利公开了一种同时检测小麦和百萨偃麦草染色体的寡核苷酸探针试剂盒及其使用方法，属于生物
技术介绍
荧光原位杂交(FISH)是染色体鉴定和核型分析历史中的里程碑技术，得到了广泛的应用。FISH使用的探针包括重复序列克隆、基因组DNA和单拷贝基因序列克隆等，近年来，单链寡核苷酸探针成为FISH的新的探针类型，相比于传统的质粒克隆探针，寡核苷酸探针可以直接合成、探针和染色体不需要变性，因此大大简化了FISH程序、降低了成本(见参考文献：CuadradoJouveN(2010)Chromosomaldetectionofsimplesequencerepeats(SSRs)usingnondenaturingFISH(ND-FISH).Chromosoma，119(5)：495-503；DuP，ZhuangLF，WangYZ，YuanL，WangQ，WangDR，Dawadondup，TanLJ，ShenJ，XuHB，ZhaoH，ChuCG，QiZJ(2017)DevelopmentofoligonucleotidesandmultiplexprobesforquickandaccurateidentificationofwheatandThinopyrumbessarabicumchromosomes.Genome，60：93-103)。小麦是世界上重要的粮食作物之一，染色体工程是小麦遗传改良的重要途径。百萨偃麦草具有耐盐和抗多种小麦病害的特点，是小麦改良的重要亲缘物种。通过小麦和百萨偃麦草杂交，可以将百萨偃麦草有利基因转移进栽培小麦，为小麦改良提供新的基因资源(见参考文献：PuJ，WangQ，ShenY，ZhuangL，LiC，TanM，BieT，ChuC，QiZ(2015)Physicalmappingofchromosome4JofThinopyrumbessarabicumusinggammaradiation-inducedaberrations.TheorApplGenet128：1319-1328)。简单、高通量、低成本染色体鉴定技术是有效开展小麦-百萨偃麦草染色体工程的前提，有利于杂种后代准确批量地鉴定。前期曾经报道了百萨偃麦草基于染色体C-分带的核型(见参考文献：MirzaghaderiG，HassaniH，KarimzadehG(2010)C-bandedkaryotypeofThinopyrumbessarabicumandidentificationofitschromosomesinwheatbackground.GenetResourCropEvol57：319-324)和基于FISH的核型(见参考文献：DuP，ZhuangLF，WangYZ，YuanL，WangQ，WangDR，Dawadondup，TanLJ，ShenJ，XuHB，ZhaoH，ChuCG，QiZJ(2017)DevelopmentofoligonucleotidesandmultiplexprobesforquickandaccurateidentificationofwheatandThinopyrumbessarabicumchromosomes.Genome，60：93-103；GrewalS，YangC，EdwardsSH，ScholefieldD，AshlingS，BurridgeAJ，BurridgeAJ，KingIP，KingJ(2018)CharacterisationofThinopyrumbessarabicumchromosomesthroughgenome-wideintrogressionsintowheat.TheoreticalandAppliedGenetics131：389-406)，但是这些核型清晰度不高，无法实现对很多小麦-百萨偃麦草染色体间以及百萨偃麦草染色体间易位的准确鉴定(沈健(2011)普通小麦-百萨偃麦草异染色体系选育及分子细胞遗传学研究，南京农业大学硕士论文)，因此，迫切需要开发更多的寡核苷酸探针，建立更加清晰的百萨偃麦草核型，同时，需要利用开发的探针建立简单高通量的鉴定体系，简化染色体鉴定程序并提高染色体工程效率，因此开发针对小麦-百萨偃麦草染色体工程的试剂盒并建立简单有效的使用方法具有重要的应用前景。研究发现，单链寡核苷酸探针具有直接侵入非变性染色体双链DNA的能力(见参考文献：CuadradoJouveN(2010)Chromosomaldetectionofsimplesequencerepeats(SSRs)usingnondenaturingFISH(ND-FISH).Chromosoma，119(5)：495-503)，因此可以有效开展非变性FISH，目前在小麦(见参考文献：TangZ.X.，YangZ.J.，andFu，S.L.2014.OligonucleotidesreplacingtherolesofrepetitivesequencespAs1，pSc119.2，pTa-535，pTa71，CCS1，andpAWRC.1forFISHanalysis.J.Appl.Genet.55(3)：313-318；DuP，ZhuangLF，WangYZ，YuanL，WangQ，WangDR，Dawadondup，TanLJ，ShenJ，XuHB，ZhaoH，ChuCG，QiZJ(2017)DevelopmentofoligonucleotidesandmultiplexprobesforquickandaccurateidentificationofwheatandThinopyrumbessarabicumchromosomes.Genome，60：93-103；TangS，TangZ，QiuL，YangZ，LiG，LangT，ZhuW，ZhangJandFuS(2018)DevelopingnewoligoprobestodistinguishspecificchromosomalsegmentsandtheA，B，Dgenomesofwheat(TriticumaestivumL.)usingND-FISH.Front.PlantSci.9：1104)和玉米(ZhuM，DuP，ZhuangL，ChuC，ZhaoH，QiZ.Asimpleandefficientnon-denaturingFISHmethodformaizechromosomedifferentiationusingsingle-strandoligonucleotideprobes.Genome，2017，60(8)：657-664)都有非变性FISH的成功报道。2017年，Duetal.报到了(GAA)10在极低的浓度下可以高效进行小麦和黑麦染色体染色，产生稳定的杂交信号(见参考文献：DuP，ZhuangLF，WangYZ，YuanL，WangQ，WangDR，Dawadondup，TanLJ，ShenJ，XuHB，ZhaoH，ChuCG，QiZJ(2017)Developmen本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于同时检测小麦和百萨偃麦草染色体的寡核苷酸探针试剂盒的设计方法，其特征在于，所述的试剂盒包括寡核苷酸探针干粉13管(1OD/管)和1000ml 2×SSC缓冲液1瓶。
【技术特征摘要】
1.一种用于同时检测小麦和百萨偃麦草染色体的寡核苷酸探针试剂盒的设计方法，其特征在于，所述的试剂盒包括寡核苷酸探针干粉13管(1OD/管)和1000ml2×SSC缓冲液1瓶。2.一种如权利要求1所述的同时检测小麦和百萨偃麦草染色体的寡核苷酸探针试剂盒的设计方法，其特征在于，所述的寡核苷酸探针干粉，包括TAMRA荧光标记的pAs1-1、pAs1-3、pAs1-4、pAs1-6、AFA-3、AFA-4、pSc119.2-1、5S-1、5S-2和FAM荧光标记的(GAA)10、BSCL135-1、BSCL135-2、BSCL242-1各1管，其序列特征如下表：3.一种如权利要求1所述的同时检测小麦和...
【专利技术属性】
技术研发人员：亓增军，陈健泳，唐玉清，姚乐沙，
申请(专利权)人：南京农业大学，
类型：发明
国别省市：江苏,32
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