一种与甜瓜黄色种皮共分离的分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与甜瓜黄色种皮共分离的分子标记及其应用。本发明专利技术提供了检测待测甜瓜基因组中是否含有序列3所示的第25‑38位的核苷酸的物质如下1)‑4)中至少一种中的应用：1)鉴定或辅助鉴定待测甜瓜的种皮颜色是否为黄色；2)制备鉴定或辅助鉴定待测甜瓜的种皮颜色是否为黄色产品；3)选育携带黄色种皮基因型的甜瓜品种；4)制备选育携带黄色种皮基因型的甜瓜品种产品。利用本发明专利技术的分子标记鉴定甜瓜黄色种皮的准确性可达100％，进一步可用于甜瓜分子标记辅助育种、基因聚合育种等，在甜瓜生长的任意阶段进行筛选、鉴定，效率高、特异性好、准确度高，大大节约时间和成本，对加速甜瓜黄色种皮育种具有重要意义。

A Molecular Marker Isolated from Yellow Seedcoat of Muskmelon and Its Application

【技术实现步骤摘要】
一种与甜瓜黄色种皮共分离的分子标记及其应用
本专利技术属于农业生物
，具体涉及一种与甜瓜黄色种皮共分离的分子标记及其应用。
技术介绍
甜瓜(CucumismeloL.)为葫芦科(Cucurbitaceae)黄瓜属(Cucumis)甜瓜种一年生草本植物，其果实香甜、营养丰富，是世界范围内广泛种植的一种重要经济作物。近年来，随着农村产业结构调整和人民生活水平的日益提高，我国甜瓜的露地和保护地栽培均取得了长足发展，显著地提高了甜瓜的周年供应水平。因甜瓜具有较强的杂种优势，甜瓜杂交种子的生产培育具有巨大的经济价值。目前，生产上的甜瓜大多属于雄花两性花品种，在杂交一代种子生产过程中主要采用人工授粉的方式，存在工作量较大、成本较高及易于混杂等问题，而对于杂交种的纯度鉴定多采用田间鉴定或室内分子标记检测，耗时且成本较高。如果利用肉眼可见的形态标记作为指示性状，则可大大节约种子生产中纯度鉴定时的成本。甜瓜种皮颜色分为白色、黄色和棕褐色等类型。1936年，Hagiwara和Kamimura首次对甜瓜种皮颜色进行了分析，认为种皮白色对黄色和棕褐色为显性，由基因Wt(Whitetesta)控制。Périn等(1999)对甜瓜资源PI414723的白色种皮性状进行了遗传分析，表明白色种皮对黄色种皮为显性，受一对单显性基因Wt-2控制，并将该基因定位于IV连锁群。张可鑫等(2018)将控制甜瓜种皮颜色的白色基因(WT)定位在第5连锁群上，两端连锁标记为HD0520和HD0519，与连锁标记的遗传距离分别为13.3cM和7cM。在甜瓜杂种一代繁种过程中，由于黄色种皮颜色容易目测识别，可将它们作为杂种纯度鉴定的标记性状，应用于种子的机械混杂、生物学混杂以及杂种种子纯度初步鉴定的目测性状。但甜瓜的黄色种皮为隐性基因控制，而种皮本身是由母体细胞发育而来的，其性状由母体基因控制，种子的基因型控制的性状要在下一代才能表现出来，表现为典型的延迟遗传，因此，必须将种子种下去并根据后代种子的分离情况才能判断上一代的基因型。因此，利用常规杂交方法选育黄色种皮品种费事费力，开发与黄色种皮基因相关的特异分子标记，进行黄色种皮基因的分子标记辅助选择，可在后代选育过程中提高选择效率，降低育种成本，尽快将黄色种皮性状应用于杂交种纯度鉴定，对促进甜瓜产业化发展具有重要意义。
技术实现思路
本专利技术所要解决的技术问题是提供一种与甜瓜黄色种皮共分离的分子标记及其应用，本专利技术提供如下技术方案：本专利技术的一个目的是提供检测待测甜瓜基因组中是否含有序列3所示的第25-38位的核苷酸的物质的用途。本专利技术提供的检测待测甜瓜基因组中是否含有序列3所示的第25-38位的核苷酸的物质在如下1)-6)中至少一种中的应用：1)鉴定或辅助鉴定待测甜瓜的种皮颜色基因型；2)制备鉴定或辅助鉴定待测甜瓜的种皮颜色基因型；3)选育携带黄色种皮基因型的甜瓜品种；4)制备选育携带黄色种皮基因型的甜瓜品种的产品；5)选育子代为非黄色种皮的甜瓜品种；6)制备选育子代为非黄色种皮的甜瓜品种的产品；所述种皮颜色基因型为黄色种皮基因型A2A2、非黄色种皮基因型A1A1或非黄色种皮基因型A1A2；所述黄色种皮基因型A2A2为甜瓜基因组的2条同源染色体中均含有序列4或均不含有序列3第25-38位的核苷酸；所述非黄色种皮基因型A1A1为甜瓜基因组的2条同源染色体中均含有序列3或均含有序列3第25-38位的核苷酸；所述非黄色种皮基因型A1A2为甜瓜基因组的1条同源染色体中含有序列3或含有序列3第25-38位的核苷酸，另一个条同源染色体中含有序列4或不含有序列3第25-38位的核苷酸。本专利技术的另一个目的是提供检测待测甜瓜基因组中是否含有序列3和/或序列4的物质的用途。本专利技术提供了检测待测甜瓜基因组中是否含有序列3和/或序列4的物质如下1)-6)中至少一种中的应用：1)鉴定或辅助鉴定待测甜瓜的种皮颜色基因型；2)制备鉴定或辅助鉴定待测甜瓜的种皮颜色基因型；3)选育携带黄色种皮基因型的甜瓜品种；4)制备选育携带黄色种皮基因型的甜瓜品种的产品；5)选育子代为非黄色种皮的甜瓜品种；6)制备选育子代为非黄色种皮的甜瓜品种的产品；所述种皮颜色基因型为黄色种皮基因型A2A2、非黄色种皮基因型A1A1或非黄色种皮基因型A1A2；所述黄色种皮基因型A2A2为甜瓜基因组的2条同源染色体中均含有序列4或均不含有序列3第25-38位的核苷酸；所述非黄色种皮基因型A1A1为甜瓜基因组的2条同源染色体中均含有序列3或均含有序列3第25-38位的核苷酸；所述非黄色种皮基因型A1A2为甜瓜基因组的1条同源染色体中含有序列3或含有序列3第25-38位的核苷酸，另一个条同源染色体中含有序列4或不含有序列3第25-38位的核苷酸。上述应用中，所述检测待测甜瓜基因组中是否含有序列3所示的第25-38位的核苷酸的物质或，所述检测待测甜瓜基因组中是否含有序列3和/或序列4的物质为如下1)或2)：1)成套引物，所述成套引物由序列表中序列1所示的单链DNA分子(YS-F)或其衍生物个序列表中序列2所示的单链DNA分子(YS-R)或其衍生物；2)含有所述成套引物的PCR试剂或试剂盒。上述一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加为不超过10个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加。所述引物对满足：以甜瓜基因组DNA为模板进行PCR扩增得到的DNA片段含有序列3或序列4所示的序列，其中序列3和序列4的差异在于是否含有序列3的第25-38位的核苷酸。上述成套引物中，所述引物YS-F和所述引物YS-R的摩尔比为1:1。含有上述引物对的PCR试剂也是本专利技术保护的范围。上述PCR试剂中，所述引物对中的引物YS-F和引物YS-R的在所述PCR试剂中的浓度均为0.5μmol/L。上述应用中，所述序列表中序列1所示的单链DNA分子的衍生物为将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有相同功能的DNA分子；所述序列表中序列2所示的单链DNA分子的衍生物为将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同功能的DNA分子。本专利技术还有一个目的是提供一种产品。本专利技术提供的产品，包括所述检测待测甜瓜基因组中是否含有序列3所示的第25-38位的核苷酸的物质，或，所述检测待测甜瓜基因组中是否含有序列3和/或序列4的物质；所述产品具有如下1)-3)中至少一种功能：1)鉴定或辅助鉴定待测甜瓜的种皮颜色基因型；2)选育携带黄色种皮基因型的甜瓜品种；3)选育子代为非黄色种皮的甜瓜品种。本专利技术还提供一种生物材料，其包括序列3所示的第25-38位的核苷酸或包括序列3所示的DNA分子和/或序列4所示的DNA分子；或，本专利技术还提供所述生物材料在如下1)-3)中至少一种中的应用：1)鉴定或辅助鉴定待测甜瓜的种皮颜色基因型；2)选育携带黄色种皮基因型的甜瓜品种；3)选育子代为非黄色种皮的甜瓜品种。本专利技术还提供了一种鉴定或辅助鉴定待测甜瓜的种皮颜色基因型的方法，包括如下步骤：检测待测甜瓜的基因组中是否含有序列3所示的第25-38位的核苷酸，若所述待测甜瓜的基因组中不含有序列3所示的第25-38位的核苷酸，则所述待测甜瓜的种皮颜色基因型为黄色种皮基因型A2A2；若所述待本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.检测待测甜瓜基因组中是否含有序列3所示的第25‑38位的核苷酸的物质如下1)‑6)中至少一种中的应用：1)鉴定或辅助鉴定待测甜瓜的种皮颜色基因型；2)制备鉴定或辅助鉴定待测甜瓜的种皮颜色基因型；3)选育携带黄色种皮基因型的甜瓜品种；4)制备选育携带黄色种皮基因型的甜瓜品种的产品；5)选育子代为非黄色种皮的甜瓜品种；6)制备选育子代为非黄色种皮的甜瓜品种的产品；所述种皮颜色基因型为黄色种皮基因型A2A2、非黄色种皮基因型A1A1或非黄色种皮基因型A1A2；所述黄色种皮基因型A2A2为甜瓜基因组的2条同源染色体中均含有序列4或均不含有序列3第25‑38位的核苷酸；所述非黄色种皮基因型A1A1为甜瓜基因组的2条同源染色体中均含有序列3或均含有序列3第25‑38位的核苷酸；所述非黄色种皮基因型A1A2为甜瓜基因组的1条同源染色体中含有序列3或含有序列3第25‑38位的核苷酸，另一个条同源染色体中含有序列4或不含有序列3第25‑38位的核苷酸。

【技术特征摘要】
1.检测待测甜瓜基因组中是否含有序列3所示的第25-38位的核苷酸的物质如下1)-6)中至少一种中的应用：1)鉴定或辅助鉴定待测甜瓜的种皮颜色基因型；2)制备鉴定或辅助鉴定待测甜瓜的种皮颜色基因型；3)选育携带黄色种皮基因型的甜瓜品种；4)制备选育携带黄色种皮基因型的甜瓜品种的产品；5)选育子代为非黄色种皮的甜瓜品种；6)制备选育子代为非黄色种皮的甜瓜品种的产品；所述种皮颜色基因型为黄色种皮基因型A2A2、非黄色种皮基因型A1A1或非黄色种皮基因型A1A2；所述黄色种皮基因型A2A2为甜瓜基因组的2条同源染色体中均含有序列4或均不含有序列3第25-38位的核苷酸；所述非黄色种皮基因型A1A1为甜瓜基因组的2条同源染色体中均含有序列3或均含有序列3第25-38位的核苷酸；所述非黄色种皮基因型A1A2为甜瓜基因组的1条同源染色体中含有序列3或含有序列3第25-38位的核苷酸，另一个条同源染色体中含有序列4或不含有序列3第25-38位的核苷酸。2.检测待测甜瓜基因组中是否含有序列3和/或序列4的物质如下1)-6)中至少一种中的应用：1)鉴定或辅助鉴定待测甜瓜的种皮颜色基因型；2)制备鉴定或辅助鉴定待测甜瓜的种皮颜色基因型；3)选育携带黄色种皮基因型的甜瓜品种；4)制备选育携带黄色种皮基因型的甜瓜品种的产品；5)选育子代为非黄色种皮的甜瓜品种；6)制备选育子代为非黄色种皮的甜瓜品种的产品；所述种皮颜色基因型为黄色种皮基因型A2A2、非黄色种皮基因型A1A1或非黄色种皮基因型A1A2；所述黄色种皮基因型A2A2为甜瓜基因组的2条同源染色体中均含有序列4或均不含有序列3第25-38位的核苷酸；所述非黄色种皮基因型A1A1为甜瓜基因组的2条同源染色体中均含有序列3或均含有序列3第25-38位的核苷酸；所述非黄色种皮基因型A1A2为甜瓜基因组的1条同源染色体中含有序列3或含有序列3第25-38位的核苷酸，另一个条同源染色体中含有序列4或不含有序列3第25-38位的核苷酸。3.根据权利要求1或2所示的应用，其特征在于：所述检测待测甜瓜基因组中是否含有序列3所示的第25-38位的核苷酸的物质或，所述检测待测甜瓜基因组中是否含有序列3和/或序列4的物质为如下1)或2)：1)成套引物，所述成套引物由序列表中序列1所示的单链DNA分子或其衍生物个序列表中序列2所示的单链DNA分子或其衍生物；2)含有所述成套引物的PCR试剂或试剂盒。4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于：所述序列表中序列1所示的单链DNA分子的衍生物为将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有相同功能的DNA分子；所述序列表中序列2所示的单链DNA分子的衍生物为将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同功能的DNA分子。5.一种产品，包括权利要求3或4中所述检测待测甜瓜基因组中是否含有序列3...

【专利技术属性】
技术研发人员：马建，王建设，李丛丛，张朦，张栋霞，
申请(专利权)人：北京市农林科学院，
类型：发明
国别省市：北京,11