一种对慢性疾病多基因风险评估产品的可信性的评测方法与装置制造方法及图纸

本发明专利技术是一种对慢性疾病多基因风险评估产品的可信性的评测方法，包括如下步骤：S1：判断所述慢性疾病多基因风险评估产品是否满足以下条件：1)多基因风险评估预测值与实际观测风险值一致；S2：得出评测结果，若所述慢性疾病多基因风险评估产品满足步骤S1所有条件，则所述慢性疾病多基因风险评估产品的可信性高。本发明专利技术所述方法可定量，检测方法客观，方法严谨。

A Method and Device for Evaluating the Credibility of Polygenic Risk Assessment Products for Chronic Diseases

【技术实现步骤摘要】
一种对慢性疾病多基因风险评估产品的可信性的评测方法与装置
本专利技术涉及一种医学数据处理领域，特别是涉及一种对慢性疾病多基因风险评估产品的可信性的评测方法与装置。
技术介绍
单核苷酸多态性(SingleNucleotidePolymorphisms，SNPs)是指在个体基因组水平上，由单个核苷酸所引起的DNA序列的差异，是人类遗传变异最常见的一种，广泛存在于基因组上，总数可达300多万个，但其中只有一些与疾病风险相关。疾病风险相关的SNPs可以通过全基因组关联研究(GWAS)发现。GWAS研究是在全基因组范围内，通过大样本比较病例和对照两组间SNPs位点的频率差异，找出与疾病风险相关的SNPs。由于GWAS研究采用了最严格的统计显著性标准(P<5x10-8)，并且能在独立人群中验证结果，所以通过GWAS发现的风险相关SNPs是可靠的。目前已经在全球主要的几个种族人群中找到与多个疾病风险相关的SNPs。比如在高加索人群中分别找到了100多个与乳腺癌和前列腺癌风险相关的SNPs。对个体来讲，每个SNP都有两个拷贝，称为等位基因，一个来自父亲，一个来自母亲。对每个风险相关的SNP，一个等位基因是与疾病高风险相关，我们称为风险等位基因，而另一个等位基因则与疾病低风险相关。因此对每一个风险相关的SNP来说，个体可能会携带有0、1、或2个风险等位基因。在一般人群中，风险等位基因频率都比较常见，大于5％，且单个风险等位基因只略微增加疾病的风险，OR值介于1.1-1.5之间。虽然单个SNP对疾病风险的效应较弱，但是可以累加，累加效应可以产生较强的作用。多基因风险评估是计算多个SNPs累积效应的评分方法，总结如下：非权重风险等位基因计数法(RAC)。这是第一代多基因风险评估法。简而言之，它只是对个体在一组SNPs中的风险等位基因数量的简单相加，而不考虑SNP的OR值。因此，评分会随着SNPs数量的增加而增加。权重风险等位基因计数法(wRAC)。这是第二代多基因风险评估法。在计算一组SNPs的风险等位基因数量时，它考虑了每个SNP的OR值。OR越高的SNP赋予越高的权重。显然，这种评分也会随着SNPs数量的增加而增加。这种方法也常常被称为PRS，被广泛应用。人群标化的风险等位基因计数法(psRAC)。这是第三代多基因风险评估法。除了对风险等位基因进行权重计数之外，每个SNP还要除上该SNP在人群中的贡献(通过OR值和人群中的频率计算得到)。因此，这种评分不会一定随着SNPs数量的增加而增加。这种方法常常被称为GRS。由于GRS是人群标化，所以它的数值比较容易理解，可以解释为相对与群体的风险。GRS有几个重要的特征：在总体人群中，不管SNP的数量多少，GRS的预期平均值总是接近于1。GRS>1表示其风险比一般人群高。例如，GRS1.5可以解释为比一般人群高50％的风险。GRS<1表示其风险比一般人群低。例如，GRS0.5可以解释为比一般人群低50％的风险。在大样本的病例对照风险评估中，PRS和GRS的评估能力是完全一致。但在个体风险评估时，只有GRS的数值是有意义的，因此，是个体风险评估首选的方法。多基因风险评分在各种疾病遗传风险评估中的临床有效性已经被一致和明确的证实。自2008年首次证实了前列腺癌和乳腺癌多基因风险评分的临床有效性以来，在许多其它疾病的研究中也得到了广泛证实，包括常见的肿瘤(如结直肠癌等)、心血管疾病、II型糖尿病、阿尔茨海默病、炎症性肠病等。这些临床有效性研究的质量都是相当高的，包括超过100,000名研究对象以上的大型病例对照研究，前瞻性研究的回顾性分析，以及前瞻性研究。这些研究大部分发表在顶级医学期刊如：新英格兰医学杂志，柳叶刀和美国医学会杂志等。多基因风险评分不适用于诊断；它不会告诉受试对象是否会患有疾病。o评分高并不意味着受试者肯定会发病。o评分低也不意味着受试者将永远不会患病。多基因风险评分适用于风险评估；它可以评估个体未来发生疾病的风险(概率)。o评分高表示发生疾病的风险高于一般人群，但不一定会发生该疾病。o评分低则表示发生疾病的风险低于一般人群，但也不一定不会发生该疾病。由于多基因风险评分是对未来疾病预测的概率指标，所以它的可信性不能很快的通过个体经历获得。其可信性只能在已知疾病状态的大样本人群中评估。在应用多基因风险评分进行风险评估之前，必须提供高质量和可靠性的数据。
技术实现思路
鉴于以上所述现有技术的缺点，本专利技术的目的在于提供一种对慢性疾病多基因风险评估产品的可信性的评测方法与装置。为实现上述目的及其他相关目的，本专利技术第一方面提供一种对慢性疾病多基因风险评估产品的可信性的评测方法，包括如下步骤：S1：判断所述慢性疾病多基因风险评估产品是否满足以下条件：1)多基因风险评估预测值与实际观测风险值一致；S2：得出评测结果，若所述慢性疾病多基因风险评估产品满足步骤S1所有条件，则所述慢性疾病多基因风险评估产品的可信性高。本专利技术第二方面提供一种对慢性疾病多基因风险评估产品的可信性的评测装置，包括：判断模块，判断所述慢性疾病多基因风险评估产品是否满足以下条件：1)多基因风险评估预测值与实际观测风险值一致；结果输出模块，用于得出评测结果，若所述多基因风险评估在满足判断模块的所有条件，则所述慢性疾病多基因风险评估产品的可信性高。本专利技术第三方面提供一种计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序，其上存储有计算机程序，该程序被处理器执行时实现前述对慢性疾病多基因风险评估产品的可信性的评测方法。本专利技术第四方面提供一种计算机处理设备，包括处理器及前述的计算机可读存储介质，所述处理器执行所述计算机可读存储介质上的计算机程序，实现前述对慢性疾病多基因风险评估产品的可信性的评测方法的步骤。本专利技术第五方面提供一种电子终端，包括：处理器、存储器、及通信器；所述存储器用于存储计算机程序，所述通信器用于与外部设备进行通信连接，所述处理器用于执行所述存储器存储的计算机程序，以使所述终端执行实现前述对慢性疾病多基因风险评估产品的可信性的评测方法。如上所述，本专利技术的对慢性疾病多基因风险评估产品的可信性的评测方法与装置，具有以下有益效果：本专利技术所述的对慢性疾病多基因风险评估产品的可信性的评测方法可定量，检测方法客观，方法严谨，用于辅助判别多基因风险评估产品的可信性，实现多基因风险评估对精准预防和早期干预这一目的，从而有助于个性化的预防和筛查策略的制定。无论是中国还是美国，没有风险评估的产品提出该定量测定方法。附图说明图1显示为本专利技术一实施例的对慢性疾病多基因风险评估产品的可信性的评测方法的流程图。图2显示为本专利技术一实施例的对慢性疾病多基因风险评估产品的可信性的评测装置的结构示意图。图3显示为本专利技术一实施例中电子终端示意图。图4显示为评测案例1中基于三组SNPs计算GRS。图5显示为评测案例1中每种遗传风险评估产品的GRS均值统计图。图6显示为评测案例1中每种遗传风险评估产品的预测风险(GRS)和观察风险(OR)之间的关系图。图7显示为评测案例2中基于三组SNPs计算GRS。图8显示为评测案例2中每种遗传风险评估产品的GRS均值统计图。图9显示为评测案例2中每种遗传风险评估产品的预测风险(GRS)和观察风险本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种对慢性疾病多基因风险评估产品的可信性的评测方法，其特征在于，包括如下步骤：S1：判断所述慢性疾病多基因风险评估产品是否满足以下条件：1)多基因风险评估预测值与实际观测风险值一致；S2：得出评测结果，若所述慢性疾病多基因风险评估产品满足步骤S1所有条件，则所述慢性疾病多基因风险评估产品的可信性高。

【技术特征摘要】
1.一种对慢性疾病多基因风险评估产品的可信性的评测方法，其特征在于，包括如下步骤：S1：判断所述慢性疾病多基因风险评估产品是否满足以下条件：1)多基因风险评估预测值与实际观测风险值一致；S2：得出评测结果，若所述慢性疾病多基因风险评估产品满足步骤S1所有条件，则所述慢性疾病多基因风险评估产品的可信性高。2.如权利要求1所述的对慢性疾病多基因风险评估产品的可信性的评测方法，其特征在于，步骤S1的1)中，所述多基因风险评估预测值计算方法为：Wi＝fi2ORi2+2fi(1-fi)ORi+(1-fi)2gi代表个人第i个SNP的基因型，ORi代表第i个SNP的OR值，fi代表第i个SNP风险等位基因频率。3.如权利要求1所述的对慢性疾病多基因风险评估产品的可信性的评测方法，其特征在于，还包括以下特征中的一项或多项：(1)步骤S1的1)中，所述实际观测风险值的计算方法为：根据总人群中，个体的多基因风险预测值，将总人群进行分组，然后计算每组人群相较于总人群的疾病相对风险值，即实际观测风险值；(2)步骤S1的1)中，多基因风险评估预测值与实际观测风险值一致是指，多基因风险评估预测值与实际观测风险值线性相关，且斜率为0.9-1.1，误差分数小于0.1。4.如权利要求3所述的对慢性疾病多基因风险评估产品的可信性的评测方法，其特征在于，特征(2)中，所述斜率的计算方法为：以每组的多基因风险评估预测值均值为横坐标，实际观测风险值为纵坐标，绘制散点图，并进行线性回归分析，分析结果中的标准化回归系数，即β值代表斜率。5.如权利要求1所述的对慢性疾病多基因风险评估产品的可信性的评测方法，其特征在于，步骤S1中，判断所述慢性疾病多基因风险评估产品满足的条件还包括以下条件中的一个或多个：2)总人群的多基因风险评估预测值均值接近1；3)所述慢性疾病多基因风险评估产品所检测的疾病为能进行个性化预防和干预的疾病；4)所述慢性疾病多基因风险评估产品选择的待检测疾病为比较效益研究证据支持多基因风险评估比现有的家族史或其它风险评估的方法有更好的性能和/或附加的价值的疾病；5)待检测疾病相关的SNPs信息的实验室能保证测序和基因分型的质量，具备样品处理流程和数据管理能力。6.如权利要求5所述的对慢性疾病多基因风险评估产品的可信性的评测方法，其特征在于，还包括以下特征中的一项或多项：(1)步骤S1的2)中，所述总人群的多基因风险评估预测值均值的计算方法为：总人群中，每个个体计算得到的多基因风险评估预测值的总和除以总人数；(2)步骤S1的2)中，所述总人群的多基因风险评估预测值均值接近1是指，所述总人群的多基因风险评估预测值均值的范围是0.98-1.02。7.一种对慢性疾病多基因风险评估产品的可信性的评测装置，其特征在于，包括：判断模块，用于判断所述慢性疾病多基因风险评估产品是否满足以下条件：1)多基因风险评估预测值与实际观测风险值一致；结果输出模块，用于得出评测结果，若所述慢性疾病多基因风险评估在满足判断模块的所有条件，则所述慢性疾病多基因风险评估产品的可信性高。8.如权利要求7所述的对慢性疾病多基因风险评估产品的可信性的...

【专利技术属性】
技术研发人员：徐剑锋，虞洪杰，石竹青，
申请(专利权)人：上海诺效基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：上海,31