MHC-E限制性表位、结合分子以及相关方法和用途技术

提供了鉴定由命名为MHC‑E的非经典主要组织相容性复合物(MHC)分子识别的抗原的肽表位的方法。在一些实施方案中，该抗原是肿瘤抗原、自身免疫抗原或病原性抗原。还提供了鉴定与在MHC‑E分子的背景下的肽结合的肽结合分子的方法。在一些实施方案中，该肽结合分子是T细胞受体(TCR)或抗体，包括其抗原结合片段和其嵌合抗原受体(CAR)。还提供了遗传工程化含有此类MHC‑E限制性肽结合分子的细胞的方法，以及此类遗传工程化的细胞，包括其组合物和在过继细胞疗法中的用途。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】MHC-E限制性表位、结合分子以及相关方法和用途相关申请本申请要求来自2016年6月27日提交的标题为“MHC-E限制性表位、结合分子以及相关方法和用途(MHC-ERESTRICTEDEPITOPES,BINDINGMOLECULESANDRELATEDMETHODSANDUSES)”的美国临时专利申请62/355,236的优先权，将其内容通过引用以其整体而并入。通过引用并入序列表本申请是连同电子格式的序列表一起提交的。该序列表被提供为创建于2017年6月27日的标题为735042002240seqlist.txt的文件，其大小是39.3千字节。将该序列表的电子格式的信息通过引用以其整体并入。
在一些方面中，本公开文本涉及鉴定由命名为MHC-E的非经典主要组织相容性复合物(MHC)分子识别的抗原的肽表位的方法。在一些实施方案中，该抗原是肿瘤抗原、自身免疫抗原或病原性抗原。本公开文本还涉及鉴定与在MHC-E分子的背景下的肽结合的肽结合分子的方法。在一些实施方案中，该肽结合分子是T细胞受体(TCR)或抗体，包括其抗原结合片段和其嵌合抗原受体(CAR)。本公开文本还涉及遗传工程化含有此类MHC-E限制性肽结合分子的细胞的方法，以及此类遗传工程化的细胞，包括组合物及其在过继细胞疗法中的用途。专利技术背景多种策略可用于鉴定抗原的T细胞表位，其可以用于设计疫苗或开发针对此类表位的治疗性结合分子(例如TCR或抗体)。在大多数情况下，用于鉴定肽表位的现有方法限于鉴定已知抗原的典型肽表位，通常基于生物信息学分析和/或基于表位在经典MHCI类和/或MHCII类分子上的呈递。需要改进的策略来鉴定独特的T细胞表位，这可以增加TCR和其他结合分子的设计和开发的靶标，以用于开发治疗性分子，包括在过继免疫疗法中，用于在治疗癌症、感染性疾病和自身免疫疾病中使用。提供了满足此类需求的方法、细胞和组合物。专利技术概述本文提供了包含MHC-E分子的细胞(如MHC-E表达细胞)以及使用此类细胞和其他试剂鉴定在MHC-E分子的背景下结合的肽表位(例如MHC-E限制性表位)的方法。还提供了用于鉴定能够靶向或结合此类表位的肽结合分子(如TCR或其他重组抗原受体)的方法。在一些实施方案中，所提供的方法可以包括使此类细胞与潜在的肽表位接触，如通过于在该MHC分子的背景下引发抗原的潜在肽表位的加工和呈递在表面上的条件下向此类细胞中引入该蛋白质抗原。在一些实施方案中，可以鉴定或检测与MHC-E分子结合或复合的肽表位。在一些实施方案中，可以用候选结合分子(如TCR或CAR样TCR)的文库(例如相展示文库或如所述的其他文库)淘选或筛选其中肽表位在MHC-E分子的背景中在表面上结合或存在的细胞，以鉴定与在该MHC-E的背景下的肽表位结合的结合分子。在一些实施方案中，该方法可以用于鉴定可以例如在过继细胞疗法的背景下使用的抗原结合结构域。本文提供了鉴定肽表位的方法，该方法包括或涉及a)使MHC-E分子(也称为HLA-E)与一种或多种肽接触；并且b)检测或鉴定在该MHC-E分子的背景下的肽。在任何所提供的方法的一些实施方案中，该MHC-E分子在细胞的表面上表达。在任何所提供的方法的一些实施方案中，该方法还包括鉴定与在该MHC-E分子的背景下的该一种或多种肽中的至少一种结合的肽结合分子或其抗原结合片段。在一些实施方案中，本文提供了鉴定与在MHC-E分子的背景下的一种或多种肽结合的肽结合分子的方法，该方法包括或涉及a)提供在细胞的表面上包含在MHC-E分子的背景下的一种或多种肽的细胞；并且b)鉴定与在该MHC-E分子的背景下的该一种或多种肽中的至少一种结合的肽结合分子或其抗原结合片段。在一些实施方案中，提供包含在MHC-E分子的背景下的一种或多种肽的细胞包括使该细胞的表面上的MHC-E分子与该一种或多种肽接触。在一些实施方案中，该方法包括在a)中提供该细胞之前，检测或鉴定在MHC-E分子的背景下的肽是否存在或形成于该细胞的表面上。在任何所提供的方法的一些实施方案中，该一种或多种肽是或包括一种或多种蛋白质抗原的肽。在一些实施方案中，在该MHC-E分子的背景下的该一种或多种肽被鉴定为该一种或多种蛋白质抗原的肽表位。在一些实施方案中，该抗原是肿瘤抗原。在一些实施方案中，该抗原是病原性抗原。在一些实施方案中，该病原性抗原是细菌抗原或病毒抗原。在任何所提供的方法的一些实施方案中，该抗原是病毒抗原，并且该病毒抗原来自甲型肝炎病毒、乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒(HCV)、人乳头瘤病毒(HPV)、肝炎病毒感染、爱泼斯坦-巴尔病毒(Epstein-Barrvirus，EBV)、人疱疹病毒8(HHV-8)、人T细胞白血病病毒-1(HTLV-1)、人T细胞白血病病毒-2(HTLV-2)或巨细胞病毒(CMV)。在一些实施方案中，该抗原是选自HPV-16、HPV-18、HPV-31、HPV-33和HPV-35的HPV抗原。在一些实施方案中，该病毒抗原是选自爱泼斯坦-巴尔核抗原(EBNA)-1、EBNA-2、EBNA-3A、EBNA-3B、EBNA-3C、EBNA-前导蛋白(EBNA-LP)，潜伏膜蛋白LMP-1、LMP-2A和LMP-2B，EBV-EA、EBV-MA和EBV-VCA的EBV抗原。在一些实施方案中，该病毒抗原是HTLV抗原，其为TAX。在一些实施方案中，该病毒抗原是HBV抗原，其为乙型肝炎核心抗原或乙型肝炎包膜抗原。在任何所提供的方法的一些实施方案中，该抗原是肿瘤抗原。在一些实施方案中，该肿瘤抗原选自神经胶质瘤相关抗原、β-人绒毛膜促性腺激素、甲胎蛋白(AFP)、凝集素反应性AFP、甲状腺球蛋白、RAGE-1、MN-CAIX、人端粒酶逆转录酶、RU1、RU2(AS)、肠羧基酯酶、muthsp70-2、M-CSF、黑色素-A/MART-1、WT-1、S-100、MBP、CD63、MUC1(例如MUC1-8)、p53、Ras、细胞周期蛋白B1、HER-2/neu、癌胚抗原(CEA)、gp100、MAGE-A1、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A5、MAGE-A6、MAGE-A7、MAGE-A8、MAGE-A9、MAGE-A10、MAGE-A11、MAGE-A11、MAGE-B1、MAGE-B2、MAGE-B3、MAGE-B4、MAGE-C1、BAGE、GAGE-1、GAGE-2、pl5、酪氨酸酶(例如酪氨酸酶相关蛋白1(TRP-1)或酪氨酸酶相关蛋白2(TRP-2))、β-连环蛋白、NY-ESO-1、LAGE-1a、PP1、MDM2、MDM4、EGVFvIII、Tax、SSX2、端粒酶、TARP、pp65、CDK4、波形蛋白、S100、eIF-4A1、IFN诱导型p78、黑素转铁蛋白(melanotransferrin)(p97)、尿路斑块蛋白(Uroplakin)II、前列腺特异性抗原(PSA)、人激肽释放酶(huK2)、前列腺特异性膜抗原(PSM)、和前列腺酸性磷酸酶(PAP)、嗜中性粒细胞弹性蛋白酶、肝配蛋白B2、BA-46、Bcr-abl、E2A-PRL、H4-RET、IGH-IGK、MYL-RAR、半胱天冬酶8、FRa、CD24、CD44本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种鉴定肽表位的方法，其包括：a)使MHC‑E分子与一种或多种肽接触；并且b)检测或鉴定在该MHC‑E分子的背景下的肽。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.06.27 US 62/355,2361.一种鉴定肽表位的方法，其包括：a)使MHC-E分子与一种或多种肽接触；并且b)检测或鉴定在该MHC-E分子的背景下的肽。2.权利要求1的方法，其中该一种或多种肽包含一种或多种蛋白质抗原的肽。3.权利要求2的方法，其中在该MHC-E分子的背景下的该一种或多种肽被鉴定为该一种或多种蛋白质抗原的肽表位。4.权利要求2或权利要求3的方法，其中该抗原是肿瘤抗原。5.权利要求2或权利要求3的方法，其中该抗原是病原性抗原。6.权利要求5的方法，其中该病原性抗原是细菌抗原或病毒抗原。7.权利要求1-6中任一项的方法，其中其中该MHC-E分子在细胞的表面上表达。8.权利要求1-7中任一项的方法，其还包括鉴定与在该MHC-E分子的背景下的该一种或多种肽中的至少一种结合的肽结合分子或其抗原结合片段。9.一种鉴定与在MHC-E分子的背景下的一种或多种肽结合的肽结合分子的方法，其包括：a)提供在细胞的表面上包含在MHC-E分子的背景下的一种或多种肽的细胞；并且b)鉴定与在该MHC-E分子的背景下的该一种或多种肽中的至少一种结合的肽结合分子或其抗原结合片段。10.权利要求9的方法，其中提供包含在MHC-E分子的背景下的一种或多种肽的细胞包括使该细胞的表面上的MHC-E分子与该一种或多种肽接触。11.权利要求10的方法，其包括在a)中提供该细胞之前，检测或鉴定在MHC-E分子的背景下的肽是否存在或形成于该细胞的表面上。12.权利要求9-11中任一项的方法，其中该一种或多种肽包含蛋白质抗原的肽。13.权利要求9-12中任一项的方法，其中该抗原是肿瘤抗原或病原性抗原。14.权利要求13的方法，其中该病原性抗原是细菌抗原或病毒抗原。15.权利要求6或权利要求14的方法，其中该抗原是病毒抗原，并且该病毒抗原来自甲型肝炎病毒、乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒(HCV)、人乳头瘤病毒(HPV)、肝炎病毒感染、爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)、人疱疹病毒8(HHV-8)、人T细胞白血病病毒-1(HTLV-1)、人T细胞白血病病毒-2(HTLV-2)或巨细胞病毒(CMV)。16.权利要求15的方法，其中该抗原是选自HPV-16、HPV-18、HPV-31、HPV-33和HPV-35的HPV抗原。17.权利要求15的方法，其中该病毒抗原是选自爱泼斯坦-巴尔核抗原(EBNA)-1、EBNA-2、EBNA-3A、EBNA-3B、EBNA-3C、EBNA-前导蛋白(EBNA-LP)，潜伏膜蛋白LMP-1、LMP-2A和LMP-2B，EBV-EA、EBV-MA和EBV-VCA的EBV抗原。18.权利要求15的方法，其中该病毒抗原是HTLV抗原，其为TAX。19.权利要求15的方法，其中该病毒抗原是HBV抗原，其为乙型肝炎核心抗原或乙型肝炎包膜抗原。20.权利要求9-13中任一项的方法，其中该抗原是肿瘤抗原。21.权利要求4、7-8和20中任一项的方法，其中该肿瘤抗原选自神经胶质瘤相关抗原、β-人绒毛膜促性腺激素、甲胎蛋白(AFP)、凝集素反应性AFP、甲状腺球蛋白、RAGE-1、MN-CAIX、人端粒酶逆转录酶、RU1、RU2(AS)、肠羧基酯酶、muthsp70-2、M-CSF、黑色素-A/MART-1、WT-1、S-100、MBP、CD63、MUC1(例如MUC1-8)、p53、Ras、细胞周期蛋白B1、HER-2/neu、癌胚抗原(CEA)、gp100、MAGE-A1、MAGE-A2、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A5、MAGE-A6、MAGE-A7、MAGE-A8、MAGE-A9、MAGE-A10、MAGE-A11、MAGE-A11、MAGE-B1、MAGE-B2、MAGE-B3、MAGE-B4、MAGE-C1、BAGE、GAGE-1、GAGE-2、pl5、酪氨酸酶(例如酪氨酸酶相关蛋白1(TRP-1)或酪氨酸酶相关蛋白2(TRP-2))、β-连环蛋白、NY-ESO-1、LAGE-1a、PP1、MDM2、MDM4、EGVFvIII、Tax、SSX2、端粒酶、TARP、pp65、CDK4、波形蛋白、S100、eIF-4A1、IFN诱导型p78、黑素转铁蛋白(p97)、尿路斑块蛋白II、前列腺特异性抗原(PSA)、人激肽释放酶(huK2)、前列腺特异性膜抗原(PSM)、和前列腺酸性磷酸酶(PAP)、嗜中性粒细胞弹性蛋白酶、肝配蛋白B2、BA-46、Bcr-abl、E2A-PRL、H4-RET、IGH-IGK、MYL-RAR、半胱天冬酶8、FRa、CD24、CD44、CD133、CD166、epCAM、CA-125、HE4、Oval、雌激素受体、孕酮受体、uPA、PAI-1、CD19、CD20、CD22、ROR1、CD33/IL3Ra、c-Met、PSMA、糖脂F77、GD-2、胰岛素生长因子(IGF)-I、IGF-II、IGF-I受体和间皮素。22.权利要求1-8和11-21中任一项的方法，其中检测或鉴定在MHC-E分子的背景下的该一种或多种肽包括从该细胞的裂解物中提取肽，从细胞表面洗脱肽或分离该一种或多种MHC-E分子并从该MHC-E分子中洗脱该一种或多种肽。23.权利要求1-8和11-22中任一项的方法，其中该一种或多种肽包含长度从或从约8至20个氨基酸或9至15个氨基酸的一种或多种肽。24.权利要求1-8和11-23中任一项的方法，其中该一种或多种肽包含长度为或为约9个氨基酸、约10个氨基酸、约11个氨基酸、约12个氨基酸、约13个氨基酸、约14个氨基酸或约15个氨基酸的肽。25.权利要求1-8和11-24中任一项的方法，其中该一种或多种肽包含该抗原的重叠肽或该抗原的区域。26.权利要求25的方法，其中该重叠肽共同包含代表该抗原的氨基酸连续序列的至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％或更多的肽。27.权利要求1-8和11-24中任一项的方法，其中由该一种或多种肽包含的肽存在于正交库中，所述正交库中的每一个包含至少两种或更多种不同的肽，其中每个正交库中的至少一种肽与存在于至少另一个正交库中的肽相同。28.权利要求27的方法，其中在该MHC-E分子的背景下的肽被检测或鉴定，如果该肽在包含相同的肽的至少两个正交库中从该MHC-E分子或从表达该MHC-E分子的细胞中洗脱或提取的话。29.权利要求7-24中任一项的方法，其中该细胞包含对该细胞而言异源或外源的一种抗原或其组合。30.权利要求29的方法，其中将该细胞中存在的该一种抗原或其组合加工成一种或多种肽，从而使该MHC-E分子与一种或多种肽接触。31.权利要求29或权利要求30的方法，其中该细胞包含一种合成核酸分子或其组合，该合成核酸分子包含编码该一种抗原或其组合的一个或多个编码序列。32.一种鉴定肽表位的方法，其包括：a)向表达MHC-E分子的细胞中引入合成核酸分子或合成核酸分子的组合，该合成核酸分子包含编码抗原或抗原组合的一个或多个编码序列；b)在由此所编码的一种或多种抗原被加工成肽的条件下孵育该细胞；并且c)检测或鉴定在该MHC-E分子的背景下的该抗原的肽。33.权利要求32的方法，其还包括鉴定与在该MHC-E分子的背景下的该抗原的该一种或多种肽中的至少一种结合的肽结合分子或其抗原结合片段。34.一种鉴定与在MHC-E分子的背景下的肽结合的肽结合分子的方法，其包括：a)向表达MHC-E分子的细胞中引入合成核酸分子或合成核酸分子的组合，该合成核酸分子包含编码抗原或抗原组合的一个或多个编码序列；b)在由此所编码的抗原或抗原组合被加工成肽的条件下孵育该细胞；并且c)鉴定与在该MHC-E分子的背景下的该抗原的该一种或多种肽中的至少一种结合的肽结合分子或其抗原结合片段。35.权利要求32-34中任一项的方法，其中该抗原是蛋白质抗原。36.权利要求35的方法，其中在该MHC-E分子的背景下的该一种或多种肽被鉴定为该一种或多种蛋白质抗原的肽表位。37.权利要求35或权利要求36的方法，其中该抗原是肿瘤抗原或病原性抗原。38.权利要求31-37中任一项的方法，其中该合成核酸是合成DNA。39.权利要求38的方法，其中该合成DNA是互补DNA(cDNA)。40.权利要求31-39中任一项的方法，其中该细胞包含含有编码该抗原的编码序列的合成核酸。41.权利要求31-40中任一项的方法，其中该细胞包含合成核酸的组合，每种合成核酸分别包含该抗原组合之一的编码序列。42.权利要求41的方法，其中该合成核酸的组合包含cDNA文库的一种或多种核酸分子。43.权利要求42的方法，其中该cDNA文库是肿瘤衍生的cDNA文库。44.权利要求43的方法，其中该肿瘤是黑色素瘤、肉瘤、乳腺癌、肾癌、肺癌、卵巢癌、前列腺癌、结肠直肠癌、胰腺癌、头颈部鳞状肿瘤或肺鳞癌。45.权利要求31-44中任一项的方法，其中该合成核酸分子的组合和/或所编码抗原的组合存在于正交库中，所述正交库中的每一个包含至少两种或更多种不同的合成核酸分子和/或所编码的抗原，其中至少一种合成核酸分子和/或所编码的抗原在至少两个正交库中是相同的。46.权利要求45的方法，其中在MHC-E分子的背景下的肽被检测或鉴定，如果该肽在包含相同的肽的至少两个正交库中从MHC-E分子或从表达MHC-E分子的细胞中洗脱或提取的话。47.权利要求1-46中任一项的方法，其在阵列中进行。48.权利要求47的方法，其中该阵列是可寻址或空间阵列。49.权利要求1-48中任一项的方法，其中该MHC-E分子是HLAE*01:01或HLAE*0103。50.权利要求7-49中任一项的方法，其中该细胞是原代细胞或是细胞系。51.权利要求7-50中任一项的方法，其中该细胞是人细胞。52.权利要求7-51中任一项的方法，其中该细胞选自成纤维细胞、B细胞、树突细胞和巨噬细胞。53.权利要求7-52中任一项的方法，其中该细胞是细胞系，并且该细胞系是或衍生自选自K562、C1R、KerTr、HCT-15、DLD-1、Daudi、221、721.221、BLS-1、BLS-2、JEG-3和JAR的细胞。54.权利要求53的方法，其中该细胞是或衍生自221或K562细胞系。55.权利要求7-54中任一项的方法，其中该细胞是人工抗原呈递细胞。56.权利要求55的方法，其中该人工抗原呈递细胞表达该MHC-E分子以及刺激或共刺激分子、Fc受体、粘附分子或细胞因子中的一种或多种。57.权利要求7-56中任一项的方法，其中该细胞被遗传地或重组地工程化以表达该MHC-E分子。58.权利要求7-32和47-57中任一项的方法，其中：(1)在使该MHC-E分子与该一种或多种肽接触之前或与此同时，已经将或将该细胞与激活剂或刺激剂一起孵育；或者(2)该方法还包括在使该MHC-E分子与该一种或多种肽接触之前或与此同时，将该细胞与激活剂或刺激剂一起孵育。59.权利要求33-57中任一项的方法，其中：(1)在向该细胞中引入该合成核酸分子或合成核酸分子的组合之前或与此同时，已经将或将该细胞与激活剂或刺激剂一起孵育；或者(2)该方法还包括在向该细胞中引入...

【专利技术属性】
技术研发人员：S·U·塔瑞恩，J·萨松，M·弗洛里奇，A·埃本，
申请(专利权)人：朱诺治疗学股份有限公司，
类型：发明
国别省市：美国,US