一种与豇豆荚色基因紧密连锁的SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与豇豆荚色基因紧密连锁的SNP分子标记，其为分子标记24729或分子标记17947，其特征在于，所述分子标记定位于豇豆6号连锁群上，分别位于荚色基因两侧；其中，分子标记24729包含SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列或其同源SNP序列；分子标记17947包含SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列或其同源SNP序列。两标记间的遗传距离为2.14cM，定位的位点对该质量性状存在显著关联关系(p

A SNP Molecular Marker Closely Linked to Cowpea Pod Color Gene and Its Application

The invention discloses a SNP molecular marker closely linked with cowpea pod color gene, which is a molecular marker 24729 or 17947. The molecular marker is characterized by that the molecular marker is located on cowpea linkage group 6 and is located on both sides of the pod color gene, in which the molecular marker 24729 contains the nucleotide sequence shown by SEQ ID NO.1 or its homologous SNP sequence; and the molecular marker 17947 contains SEQ I SNP sequence. The nucleotide sequence shown in D-NO.2 or its homologous SNP sequence. The genetic distance between the two markers was 2.14 cM, and there was a significant correlation between the locations and the quality traits (p

【技术实现步骤摘要】
一种与豇豆荚色基因紧密连锁的SNP分子标记及其应用
本专利技术属于分子检测技术及育种领域，特别涉及一种与豇豆荚色基因紧密连锁的SNP分子标记及其应用。
技术介绍
随着人们生活水平的提高和保健意识的增强，天然产物正逐渐取代化工合成产物在人们生活中所占的地位，在这种社会趋势中，天然来源的食品着色剂越来越受到人们的关注。在众多的天然色素中，花青素(Anthocyanin)是自然界一类广泛存在于植物中的天然水溶性色素，是花色苷(Anthocyains)水解得到的有颜色的苷元。因为花青素的颜色范围很宽，从红到蓝，包括桔黄色、紫色等，因其独特的性质成为了广为研究的对象；它在植物体中的分布也广，不仅存在于植物的花朵、果实中，在一些植物的茎、叶、根以及一些贮藏器官也含有大量花青素；更重要的是花青素具有超强的抗氧化能力，对人类许多慢性疾病如心脏病、癌症、帕金森症以及对衰老都有很好的预防和治疗作用。而豇豆豆荚紫红色素主体物质为花色苷类色素，随着科学研究的深入，社会的需求，人们越来越重视食品的营养保健作用，因此，选育高花青素豇豆是未来豇豆品质育种的重要目标之一。用传统育种方式来选育紫红色豇豆品种虽然可行，但耗时耗力，不利于我国豇豆的育种事业的发展。随着高通量测序技术的逐渐成熟和成本的下降，特别是大量的SNP(单碱基扩增多态性)标记的开发，应用高密度遗传图谱的方法开展植物性状基因定位成为挖掘植物基因的热点之一。特别是豇豆的全基因组测序尚未完成，利用高通量测序技术开发与性状连锁的SNP标记，可以进行品种的初期筛选，达到分子辅助育种的目的，大大缩短了育种的周期、提高了育种的效率。因此，进行豇豆果荚颜色的基因定位，筛选与果荚颜色紧密连锁的分子标记，建立早期辅助选择技术体系，对高花青素含量的遗传改良具有重要意义。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供与豇豆荚色紧密连锁的SNP标记位点，dCAPS标记。开发及其应用。本专利技术所采取的技术方案是：一种与豇豆荚色基因紧密连锁的SNP分子标记，其为分子标记24729或分子标记17947，分子标记24729包含SEQIDNO.1所示的核苷酸序列或其同源SNP序列；分子标记17947包含SEQIDNO.2所示的核苷酸序列或其同源SNP序列。进一步地，SEQIDNO.1所示序列自5’端起第41位碱基是SNP位点，其碱基为G或C。进一步地，SEQIDNO.2所示序列自5’端起第259位碱基是SNP位点，其碱基为G或T。可识别或扩增上述的SNP分子标记的分子探针或引物对。进一步地，引物对为dCAPS引物对。进一步地，用于检测分子标记24729的dCAPS引物对的核苷酸序列如下所示：F1:5’-AATGATTTAAACGGCGTTACAGAAAGGATC-3’(SEQIDNO.3)；R1:5’-TCTTCATTGCTGGGTATGCCCTTT-3’(SEQIDNO.4)。其对应的限制性核酸内切酶为BamHⅠ。进一步地，用于检测分子标记17947的dCAPS引物对的核苷酸序列如下所示：F1:5’-CTGAGCTTATACATTGAGATTCCAATTGGC-3’(SEQIDNO.5)；R1:5’-TGCTCCAGGCATGGCAGTGAGATGTGATT-3’(SEQIDNO.6)。其对应的限制性核酸内切酶为MseⅠ。上述的分子探针或引物对在豇豆荚色辅助育种中的应用。一种用于豇豆荚色辅助育种的试剂盒，其包括上述的分子探针或引物对。一种豇豆荚色辅助育种的方法，包括提取豇豆基因组DNA，检测上述SNP分子标记的类型，根据SNP类型确定豇豆荚色。本专利技术的有益效果是：本专利技术对豇豆荚色的质量性状位点进行了定位，并筛选得到了与豇豆荚色紧密连锁的分子标记24729和分子标记17947，两标记间的遗传距离为2.14cM，定位的位点对该质量性状存在显著关联关系(p<0.05)。通过这两个分子标记可以预测豇豆果荚颜色，为实现豇豆荚色性状的早期鉴定和筛选提供技术支持，同时大大缩短了传统育种的时间。附图说明图1分别为绿色豇豆母本(P1)，果荚颜色表型为绿色；紫红色豇豆为父本(P2)，果荚颜色表型为紫红色；图2为豇豆荚色基因在高密度遗传连锁图谱的初步定位结果图：横坐标表示连锁群的位置，纵坐标表示LOD值；红线表示所有的LOD值拟合后的结果；虚线标记的阈值是代表p<0.05的关联阈值，表示关联性显著；图3为豇豆荚色基因所在的6号连锁群的紧密连锁区间，左边为连锁群的遗传距离(cM)，右边为标记的编号，Pp1为花青素基因所在位点；图4为分子标记24729的PCR扩增后酶切结果：P1、P2分别为绿色豇豆母本和紫红豇豆父本的酶切带型，其中P2不能被酶切，片段长度为257bp，P1酶切完全，仅有一条232bp片段；F1部分酶切，存在257bp和232bp的片段，F2群体的随机单株中存在P1，P2和F1的三种类型；图5为分子标记17947的PCR扩增后酶切结果：P1、P2分别为绿色豇豆母本和紫红豇豆父本的酶切带型，其中P2不能被酶切，片段长度为273bp，P2酶切完全，仅有一条243bp片段；F1部分酶切，存在273bp和243bp的片段，F2群体的随机单株中存在P1，P2和F1的三种类型。具体实施方式下面进一步列举实施例以详细说明本专利技术。同样应理解，以下实施例只用于对本专利技术进行进一步说明，不能理解为对本专利技术保护范围的限制，本领域技术人员根据本专利技术阐述的原理做出的一些非本质的改进和调整均属于本专利技术的保护范围。下述示例具体的工艺参数等也仅是合适范围中的一个示例，即本领域技术人员可以通过本文的说明做合适范围内的选择，而并非要限定于下文示例的具体数据。以下实施例中所采用的分子生物学实验技术包括DNA提取、PCR扩增、PAGE凝胶电泳、酶切等实验，如无特殊说明，通常按照常规方法操作即可，具体可参见《分子克隆实验指南》(第三版)(SambrookJ,RussellDW,JanssenK,ArgentineJ.黄培堂等译,2002,北京:科学出版社)，或按照制造厂商所建议的条件。实施例1一、遗传群体的构建及遗传分析1、供试材料：低花青素含量材料是本所育成的宝佳豇豆经多代自交获得的高代自交系，而高花青素含量材料是从湖南引进的紫红豇豆经多代自交获得的高代自交系。图1为P1和P2的植株照片，低花青素含量的母本(P1)，豆荚颜色为绿色；高花青素含量的父本(P2)，豆荚颜色为紫红色。宝佳豇豆和紫红豇豆杂交获得F1，F1自交获得F2，同时回交获得BC1，观察各世代的颜色，统计分离世代的颜色分离比，进行遗传分析，并对紫红色性状进行定位。2、供试材料豆荚颜色遗传规律分析，田间性状统计结果显示，两亲本的正反交F1代植株均为紫红色；BC1(P2)紫红色，BC1(P1)紫红色与绿色出现1：1的分离；F2代紫红色与绿色出现3：1的分离。综上所述，紫红色对绿色性状为显性。表1为六世代群体果荚颜色性状的调查。表1：六世代群体的荚色分离情况二、豇豆遗传图谱构建和果荚颜色的初步定位1、豇豆基因组DNA的提取使用CTAB法提取豇豆2个亲本及150株F2群体基因组DNA，提取的单株DNA用于文库构建；2、遗传图谱构建本研究前期委托北京百迈客生物科技有限公司的SLAF-seq技术本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与豇豆荚色基因紧密连锁的SNP分子标记，其为分子标记24729或分子标记17947，其特征在于：分子标记24729包含SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列或其同源SNP序列；分子标记17947包含SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列或其同源SNP序列。

【技术特征摘要】
1.一种与豇豆荚色基因紧密连锁的SNP分子标记，其为分子标记24729或分子标记17947，其特征在于：分子标记24729包含SEQIDNO.1所示的核苷酸序列或其同源SNP序列；分子标记17947包含SEQIDNO.2所示的核苷酸序列或其同源SNP序列。2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于：SEQIDNO.1所示序列自5’端起第41位碱基是SNP位点，其碱基为G或C。3.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于：SEQIDNO.2所示序列自5’端起第259位碱基是SNP位点，其碱基为G或T。4.可识别或扩增权利要求1～3任一项所述的SNP分子标记的分子探针或引物对。5.根据权利要求4所述的分子探针或引物对，其特征在于：引物对为dCAPS引物对。6.根据权利要求5所述的分子探针或引物对，其特征在于：用于检测分子标记24729的dCAPS引物对的核苷酸序列如下所示：F1:5’-AATGATTTAAACGGCGTT...

【专利技术属性】
技术研发人员：李桂花，王青，罗文龙，郭巨先，黎庭耀，
申请(专利权)人：广东省农业科学院蔬菜研究所，
类型：发明
国别省市：广东,44